蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在線軟件

蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)在線分析常用軟件推薦蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)分析網(wǎng)址集錦

物理性質(zhì)預(yù)測(cè)：

ComputePI/MW

http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html

Peptidemasshttp://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.htmlTGREASE

/pub/fasta/

SAPS

http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html

基于組成的蛋白質(zhì)識(shí)別預(yù)測(cè)

AACompIdent

http://expaxy.hcuge.ch...htmlAACompSim

http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html

PROPSEARCH

http://www.embl-heidelberg.de/prs.html

二級(jí)結(jié)構(gòu)和折疊類預(yù)測(cè)

nnpredict

/~nomi/nnpredict

Predictprotein

tein/SOPMA

http://www.ibcp.fr/predict.html

SSPRED

http://www.embl-heidel...prd_info.html

特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

COILS

http://ulrec3.unil.ch/...ILS_form.html

MacStripe

/...acstripe.html

與核酸序列一樣，蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進(jìn)行相關(guān)分析的第一步，由于數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡(luò)技校術(shù)的發(fā)展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫下載到本地檢索和通過國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行檢索均是可行的。

由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列

可聯(lián)網(wǎng)到：“http://www.ncbi.nlm.ni...gi?db=protein”進(jìn)行檢索。

利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列

聯(lián)網(wǎng)到：http://srs.ebi.ac.uk/”，可利用EMBL的SRS系統(tǒng)進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的檢索。

通過EMAIL進(jìn)行序列檢索

當(dāng)網(wǎng)絡(luò)不是很暢通時(shí)或并不急于得到較多數(shù)量的蛋白質(zhì)序列時(shí)，可采用EMAIL方式進(jìn)行序列檢索。

蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析

蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成，分子質(zhì)量，等電點(diǎn)，親水性，和疏水性、信號(hào)肽，跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如，疏水性圖譜可通知來預(yù)測(cè)跨膜螺旋。同時(shí)，也有很多短片段被細(xì)胞用來將目的蛋白質(zhì)向特定細(xì)胞器進(jìn)行轉(zhuǎn)移的靶標(biāo)（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類資源用于幫助預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的功能。

疏水性分析

位于ExPASy的ProtScale程序（

/cgi-bin/protscale.pl）可被用來計(jì)算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜。該網(wǎng)站充許用戶計(jì)算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。輸入的數(shù)據(jù)可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT數(shù)據(jù)庫的序列接受號(hào)。需要調(diào)整的只是計(jì)算窗口的大?。╪）該參數(shù)用于估計(jì)每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。

進(jìn)行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時(shí)，也可用一些windows下的軟件如，bioedit,dnamana等。

跨膜區(qū)分析

有多種預(yù)測(cè)跨膜螺旋的方法，最簡(jiǎn)單的是直接，觀察以20個(gè)氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區(qū)域，但同時(shí)還有多種更加復(fù)雜的、精確的算法能夠預(yù)測(cè)跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性。這些技術(shù)主要是基于對(duì)已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase數(shù)據(jù)庫，可通過匿名FTP獲得(http://www.isrec.isb-s...erver/tmbase)，參見表一

資源名稱網(wǎng)址說明

TMPRED

http://www.ch.embnet.o...RED_form.html基于對(duì)tmpred數(shù)據(jù)庫的統(tǒng)計(jì)分析PHDhtm

http://www.embl-heidelberg.de/se

...tprotein.htmlMEMSAT

ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk微機(jī)版本

，蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等，從而，含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細(xì)胞的功能狀態(tài)密切相關(guān)。http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/TMHMM-2.0“或“http://www.ch.embnet.o...RED_form.html”

前導(dǎo)肽與蛋白質(zhì)定位

在生物內(nèi)，蛋白質(zhì)的合成場(chǎng)所與功能場(chǎng)所常被一層或多層細(xì)胞膜所隔開，這樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)。合成的蛋白質(zhì)只有準(zhǔn)確地定向運(yùn)行才能保證生命活動(dòng)的正常進(jìn)行。一般來說，蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結(jié)構(gòu)中，并通過與膜上特殊的受體相互作用而得以表達(dá)。在起始密碼子之后，有一段編碼疏水性氨基酸序列的RNA片段，這個(gè)氨基酸序列就這個(gè)氨基酸序列就是信號(hào)肽序列。含有信號(hào)肽的蛋白質(zhì)一般都是分泌到細(xì)胞外，可能作為重要的細(xì)胞因子起作用，從而具有潛在的應(yīng)用價(jià)值。

http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/signalP-2.0

卷曲螺旋分析

另一個(gè)能夠直接從序列中預(yù)測(cè)的功能motif是α-螺旋的卷曲排列方式。在這種結(jié)構(gòu)中，兩種螺旋通過其疏水性界面相互纏在一起形成一個(gè)十分穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。

蛋白質(zhì)卷曲的相關(guān)資源

義，同源蛋白質(zhì)（homolog）進(jìn)一步劃分為直系同源（ortholog）和旁系同源（paralog）,前者指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因，后者則指在同一物種內(nèi)具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白、β珠蛋白和肌紅蛋白。

蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫（ProtoMap）

是對(duì)SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫中的全部蛋白質(zhì)由計(jì)算機(jī)自動(dòng)時(shí)行層次分類，把相關(guān)者聚集分極所得到的數(shù)據(jù)庫。teinmap.cs.huji.ac.il

蛋白質(zhì)序列多重對(duì)齊分析及進(jìn)化分析

如果發(fā)現(xiàn)一個(gè)未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列具有較高的同源性（大于30%）那么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應(yīng)家族的成員，從而可從分子時(shí)化的角度對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行綜合分析。

常用在線蛋白工具

BCMSearchLauncher

/seq-search/

蛋白序列二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)綜合站點(diǎn)，從此出發(fā)，輸入蛋白序列，可以根據(jù)需要，使用各種在線預(yù)測(cè)工具，包括Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAPS、TMpred、SOUSI、Paircoil、ProteinHydrophilicity/HydrophobicitySearch、SOPM，使用十分方便。

DAS

蛋白跨膜預(yù)測(cè)服務(wù)器、輸入蛋白序列，預(yù)測(cè)跨膜區(qū)域。

TopPred2

斯德哥爾摩大學(xué)理論化學(xué)蛋白預(yù)測(cè)服務(wù)器提供的膜蛋白拓?fù)鋵W(xué)預(yù)測(cè)Topologypredictionofmembraneproteins在線工具

SOSUI

東京農(nóng)業(yè)科技大學(xué)（TokyoUniversityofAgricultureandTechnology）提供的膜蛋白分類和二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在線工具。

PSIpred-MEMSAT2

本蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器允許你提交一個(gè)蛋白序列，進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與跨膜拓樸結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，并將結(jié)果用EMAIL提供給您。

HMMTOP

預(yù)測(cè)蛋白序列的跨膜螺旋與拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)服務(wù)器

TMpred

預(yù)測(cè)蛋白序列跨膜區(qū)

TMHMM

預(yù)測(cè)蛋白的跨膜螺旋

ThePredictProteinserver

提供蛋白數(shù)據(jù)庫查詢，預(yù)測(cè)蛋白各種結(jié)構(gòu)的服務(wù)

SMART

提供蛋白序列，在結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫中查詢，顯示出其結(jié)構(gòu)域及跨膜區(qū)等

SPLIT

膜蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器

PRED-TMR

提供基于SwissProt數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計(jì)分析的預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù)

CoPreThi

基于INTERNET的JAVA程序，預(yù)測(cè)蛋白的跨膜區(qū)

TMAP

提供預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù)

multalin

蛋白序列對(duì)照服務(wù)器，比較幾條蛋白序列的結(jié)構(gòu)。

ProteinSequenceAnalysis

巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在線工具，絕對(duì)精選。

PSA

Pro