文稿入門指南howprism letusknowhow

TOC\o"1-2"\h\z\u及導(dǎo) PRISM產(chǎn)量測試數(shù)據(jù)分 張家港市三陽泰農(nóng)業(yè)科技簡歐美流行著名育種軟件品牌作物育種農(nóng)業(yè)科研領(lǐng)域?qū)＜易罘壿嬘N理念完現(xiàn)海量數(shù)據(jù)管理分析解決方案兼容多種流行輸入輸出設(shè)備全方位的售前售后技術(shù)服務(wù) Wi Dr.FredvanEeuwijk)， 2006年在Limagrain荷蘭NickersonZwaan公司實習(xí)；2009-2011年在杜邦先鋒公司印第安納實驗站工作,主要負責田和分子育種事務(wù)。2012年底起兼任國家玉米產(chǎn)業(yè)體系首席辦科研。對歐美玉米商業(yè)化育從成立至今，三陽泰積極參與并推動商業(yè)化育種的轉(zhuǎn)變，在各大公司企業(yè)和科研單位中努力宣傳PRISM育種數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)及商業(yè)化育種的理念，同時開發(fā)研制了多個PC端及平板POD端APP系統(tǒng)。如今，越來越多的中型育種單位成為 的忠實客戶， 與之交流技術(shù)，探討育種理論與實踐，為作物育種作出自己的貢獻。旗艦產(chǎn)品：PRISM（ntResearchInformationSharingManager，植物育種科研信息 培訓(xùn)大綱內(nèi)容及使用此培訓(xùn)手冊主要是幫助初學(xué)者快速準確理解PRISM的使用方法，運用技巧和基本的育種思路時間。會參考眾籌的方式，根據(jù)使用者具體情況和提出要求的頻率，不斷增加新內(nèi)容和新實踐，使用者有任何建議或者需求請：limsmil.cm。此培訓(xùn)手冊以育種個案結(jié)合育種實踐整理而成，育種人員可根據(jù)自己需要選擇某些內(nèi)容閱讀。同時此手冊在每個個案中提供使用技巧、報錯處理等信息，幫助育種人員快速解決常見問題。PRISM安裝過程中出現(xiàn)的問題及解決方法PRISM分單機版和網(wǎng)絡(luò)版。單機版由SQLexpress支持，網(wǎng)絡(luò)版由SQLserverexpress（者professional和企業(yè)版）。PRISM支持SQL2005、SQL2008和SQL2012等各種SQL版本。在裝機過程中出現(xiàn)errormsg的如下Wis操作系統(tǒng)版本過低或者非正版Wis操作系統(tǒng)中沒有安裝framework3.5及3.5以上版本，請在中搜索并下SQL安裝過程出現(xiàn)問題 一般為Wis操作系統(tǒng)相關(guān)問SQL端口沒有開啟，需要在控制面板-系統(tǒng)管理-服務(wù)中調(diào)試安裝SQL2012中文版時會出現(xiàn)安裝錯誤，因為微軟對于除英語以外的SQL系統(tǒng)會有bug況在西班牙語和葡萄牙語中均有出現(xiàn)，因此考慮直接安裝SQL2012英文版。Framework3.5或者在安裝PRISM或者在安裝PRISM的時候直接報錯：缺PRISMEM關(guān)閉PRISM，重新打開PRISMsPRISM與作物育種信息PRISM作為國際知名的育種管理軟件系統(tǒng)，在國際上各類種業(yè)公司中均有應(yīng)用。育種軟件是作物育種 商業(yè)化的必備利器，也能促進育種進程快速有效的推進。PRISM在種業(yè)信息化平臺中處于樞紐地位，大田與分子輔助育種通過PRISM這個數(shù)據(jù)庫管理平臺相互溝通交流。PRISM育種信息化平臺的構(gòu)架如下：—般來說計算機通過 服務(wù)器上安裝的PRISM，需要使用或者中間件技術(shù)。這可以按照公司大小或IT技術(shù)能力自行安裝。PRISM和育種流程的兼PRISM和國際主流的外設(shè)（播種機、收割機、測產(chǎn)設(shè)備和平板系統(tǒng)）無縫，保證數(shù)據(jù)商業(yè)化育種過程中迅速交流。PRISMPRISM由PRISMEM（設(shè)置管理器）和PRISM（軟件主體）組成。在PRISM安裝好后，在啟動-程序里面會出現(xiàn)PRISM文件夾，其中含有PRISMEM和PRISM2個部分軟件。PRISMEM主要用于用戶權(quán)限設(shè)置，育種項目季節(jié)地點設(shè)置，性狀和軟件更新等的設(shè)置和修改。PRISM主要為每個用戶登錄后具體操作育種實踐過程。PRISMPRISMEM界面介紹PRISMEM界面介紹PRISMEM用戶的權(quán)限設(shè)置每個單位都有自己權(quán)限設(shè)置的規(guī)則，這需要用 不斷溝通交流最后確定PRISM管理員可以打印出以下excel表格，然后根據(jù)用戶職能確定權(quán)限。管理員也可根據(jù)公 職能設(shè)定用戶的角色，對應(yīng)的權(quán)限和需要相互共享的數(shù)據(jù)類PRISM界面介紹PRISM主界面介紹：sPRISM四方向箭頭的使用grouptoBelowisadescriptionoftheresultofdrop 5Top:Draggedbookwillappearabovetheoriginaltabgroup.Left:Draggedbookwillappeartotheleftoftheoriginaltabgroup.Right:Draggedbookwillappeartotherightoftheoriginaltabgroup.為什么不能導(dǎo)入中文數(shù)據(jù)有個時候如果沒有設(shè)置Column列接受unicode中文，則中文無法顯示。UnicodecharactersinPRISMEnterprise試驗名稱、地名、項目名稱和季節(jié)起英文名稱PRISM默認名稱使用英文命名。保存路徑完全為英文PRISM保存路徑為全英文，中間不存在任何中文字符，例如C:\2015nursery為可接受路徑，如果是：C:\alfiles\PRISM\翻譯\翻譯稿\正式翻譯稿則不可接受，文件不能被保存。excel表格設(shè)計PRISM中有固定的excel表頭，甚至表格內(nèi)容的定義，如果不清楚如何數(shù)據(jù)，可以將inventory、EL或FB輸出成excel，對照表頭和少量表格內(nèi)容自行添加形成完整的excel文件，以便導(dǎo)入數(shù)據(jù)。出現(xiàn)以下情況怎么辦？創(chuàng)建的試驗沒有顯示出來：可能是project，season沒有選中合適的選項沒有顯示 要的性狀列，在格式--查看里面顯示PRISMInventory種質(zhì)使Inventory是系統(tǒng)中所有數(shù)據(jù)循環(huán)的起始點，因此inventory的Inventory以后的數(shù)據(jù)流向參見PRISM的數(shù)據(jù)流向介紹。SourceID：除第一次導(dǎo)入外，其他時間均為系統(tǒng)生成例如：13SEN:13SPBJNR:MPVPPOP075Generation：世代InventoryType：自交系雜交種分離群體Whereced：在哪些試驗中材料被使用HarvestedQty：收獲數(shù)量QtyRecId：唯一記錄號PedId注意：一個系譜號可以有多個RecId，比如自交系可以有多個批次入庫在PRISM中添加可以是單張也可以是批量導(dǎo)入如果使用精育田間系統(tǒng)，就可以將大量 導(dǎo)入PRISM中，可在PRISM中同時打開多個 查看。導(dǎo)入 的excel如下注意一定要 的 書寫準excel準備好后可以通過file-輸入直接導(dǎo)入到PRISM中，注意表頭要一一對應(yīng)。導(dǎo)入 后可以使用以下辦法打開 Inventory顧名思義就是所有種質(zhì)資源的綜合庫，種質(zhì)資源包括：自交系、雜交種、分離群體、雙單倍體和轉(zhuǎn)世代等等。育種圃操作一般包括親本擴繁，小材料雜交，區(qū)，IPT等，因此inventory中需要添加以下信息以便安排育種圃試驗：材料熟期，海南生長期GDD，其他與授粉/品種審定相關(guān)的性狀。Inventory體、雙單倍體和轉(zhuǎn)世代等等因此產(chǎn)量測試試驗中主要針對的是雜交種，因此在inventory設(shè)計時就應(yīng)該與產(chǎn)量測試試驗設(shè)計一起考慮。—般而言產(chǎn)量測試首先要對inventory中那個雜交種按照以下標準進行分類：熟期和測配種（玉米），花色果色和株型（蔬菜）。為了方便分類篩選，在inventory中最好預(yù)先添加這些column：熟期，測配種，群等信息。PRISMNursery育種圃導(dǎo)入Entrylist和授粉在設(shè)計育種圃時，每個育種材料所需種植的壟數(shù)可能不盡相同，因此在EL本中可以將#copy設(shè)置成自己所需的壟數(shù)，系統(tǒng)會在FB中自動生成相應(yīng)的壟數(shù)。#copies表示2行育種人員可以在EL中安排各種授粉，例如區(qū)，IPT，雙列或半雙列雜交，甚至記錄隨機性的授粉。授粉完成后，可以將此應(yīng)用于fieldbook中。FB中的記錄的花粉來源，收獲數(shù)量，混收或拉穗行，自交或雜交等數(shù)據(jù)將用于系譜升級并轉(zhuǎn)入下一代inventory中。在FB中建立田間本/應(yīng)用授粉用戶通過使用特殊功能中的建立田間本或者應(yīng)用授粉創(chuàng)建FB的授粉有3種，一種以行為單位，一種以單株為單位，最后一種為隨機授粉。建立田間本是針對以行為單位的授粉，例如區(qū)。應(yīng)用授粉是針對以單株為單位的授粉，例如雙列或者半雙列對于隨機授粉則不能通過建立田間本或者應(yīng)該用授粉完成FB的創(chuàng)建區(qū)授粉一般用于產(chǎn)生產(chǎn)量測試初級試驗材料，首先從inventory中導(dǎo)入選系材料例如A/B-2-1-3等，然后倒入自交系例如MS013,將MS013設(shè)定為CBWKSUSE為Male。打開相關(guān)田間本中的授粉工作區(qū)，然后點開setup-opencrossing選定第一個選項以row為單位按父母本按父母本2：5的比例MFFFFFM區(qū) 排列方式為從左到右Wz添加到右側(cè)FB中：從下圖看出35個材料+14個測配種=49個小區(qū)。導(dǎo)入EL后出現(xiàn)MS013：5MS013的排列順序。田間排布如下，黑框內(nèi)為測配種：IPT間隔Inselectedrecords第一個測配種放置規(guī)律為：Entry重新排序后，順序編為Tester1放置第二個測配種：則排列順序變?yōu)椋篢ester1，Material放置到地里后：黑色代表Tester1，紅色代表雙列和雙列和半雙列的授粉需要 nt為基礎(chǔ)，選擇第二選 nt半雙列雜交，在需要做雜交 打完全雙列雜交：全選打叉完全雙列雜交：全選打叉育種家經(jīng)常會在地里根據(jù)喜好隨機地調(diào)整授粉，因此 需要在FB中記錄一下數(shù)據(jù)以便生成新的系譜：花粉來源的MaleEntry（默認在同一地塊、同一試驗內(nèi)）MaleSeq#（默認同一地塊的malelocseq#）Fielme（不同地塊來源），MaleSeq#（不同地塊來源的maleloc特殊授粉混收/拉穗行混合有些作物授粉比較特殊，例如蔬菜作物，一行種15棵，每株上有多個雌花，需要某些植株上部分雌花做雜交，部分雌花做自交。PRISM有設(shè)置植株，植株內(nèi)亞植株，亞植株內(nèi)亞植株的功能。例如第四row，seq顯示為4第四row內(nèi)的植株編號為，4.001，4.002，4.003......4.001內(nèi)的亞植株表示為如果既有雜交又有自交，則在4的位置做自交，在4.001，4.001.001等位置做雜交如果收獲時既有拉穗行又有混收，則在#Item和BulkItems都需要填寫收獲穗數(shù)數(shù)量系譜升級需要完成以下表頭的填充：SingMethod：bulk，eartorow，bothMaleFielme：當花粉來源不在同一塊地時填MaleSeq#：不論花粉來源是不是同一塊地時，都可填寫花粉的LocSqe#編號MaleEntry：不論花粉來源是不是同一塊地時，不論花粉來源的試驗名稱，都可填寫花粉的Malent#：花粉從那個Enty或Seq#中的哪個植株而所以確定花粉來源的順序為：MaleFielme確定地塊，MaleSeq#確定花粉來源的MaleEntry確定某個試驗中的哪個MaleSeq#是整片地的Seq#，可以不確定哪個試驗MaleEntry是默認在同一個試驗中Malent#即確定好了哪個Entry來源后再確定植株編#item表示eeartorow收獲的穗數(shù)Bulkitem表示混選的穗數(shù)Decision：一般升級都必須選擇PRISMYieldTrial產(chǎn)量測試選擇特殊功能里面的查看/將此EL添加至FB：JY15YT001第二個選項Gen.Lattice-GeneralizedLatice被稱為alphalatticeCreatedwiththe alEditionofHelpNDoc:CreateHTMLHelp,DOC,PDFandprint 20（如果小區(qū)width不出現(xiàn)，PRISMEM中設(shè)置）。然后在ELS使用上下鍵調(diào)整位置。輸入對照編號。點擊Ok，然后更改都在EL本中顯示?？梢苑胖迷诿總€區(qū)域的位置，例如上例中有4個區(qū)域，第一個區(qū)域在row1-5。Wzentryrow1RCB效果。用戶必須設(shè)置tierwidth和設(shè)定順序。間隔Inselectedrecords左側(cè)選擇inventoryCheckposition固定，然后隨機導(dǎo)入測試材料化。點擊Lockposition列Yes，就可以鎖定entry。 了設(shè)置好對照lock以后EL本的樣式：sYieldTrial中有一個booktype是產(chǎn)量測試工作單：創(chuàng)建以后出現(xiàn)以下界面：通過創(chuàng)建新本或者批處理創(chuàng)建新本 會有一系列的EL和FB，可以通過worksheet把多個EL分不到不同的FB中。篩選添加不同的EL到不同的FB中去。最終形成一個這樣的界面：可以直接在此worksheet上添加或者刪除重復(fù)。注意如果材料已經(jīng)在種植圖中定植，需要將材料從定植位置中解除定植，然后才能刪除重復(fù)。批處理bookcreation導(dǎo)入Entrylist和授粉15品種2個重復(fù)20個點的產(chǎn)量測試15品種2個重復(fù)20 創(chuàng)建一個YieldTrialEntryList本，創(chuàng)建20個YieldTrialFieldBook Wz點擊相關(guān)田間本-->OpenYieldTrialField輸入2Range，每個Range15 OpentheYieldTrialEntryListSelectarecordforOpenan