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文檔簡介
代謝組學技術及其在中藥研究中的應用1整理ppt
代謝組學概念是生物體或細胞在外源性物質或病理生理刺激和遺傳因素改變的條件下,內源性代謝物會發(fā)生變化,利用現(xiàn)代分析方法對體液、細胞或組織中的所有低分子量內源性代謝物組(endogenousmetabolites)進行定性、定量分析,定量檢測其代謝變化,通過測定整個機體的系統(tǒng)代謝圖譜來探討基因功能調控機制的學科Wuhanuniversity2整理ppt吸收分布代謝排泄內源性代謝物改變藥物外源性代謝產物內源性代謝產物是基因表達的終產物,代謝組學所關注的是相對分子質量為1,000以下的小分子物質Wuhanuniversity病理生理的變化3整理ppt歷史沿革英國帝國理工大學J.KNicholson教授的研究小組利用核磁共振(NMR)技術分析大鼠的尿液,并于1999年J.KNicholson教授等3名科研人員共同發(fā)表了一篇“代謝組學”研究論文,一個新的學科從此誕生,Nicholson教授也由于其在代謝組學發(fā)展中的開拓性的貢獻,而被譽為“國際代謝組學之父”Wuhanuniversity4整理ppt歷史沿革
是繼基因組學、轉錄物組學、蛋白質組學之后的一門新型學科,是系統(tǒng)生物學的重要組成部分系統(tǒng)生物學(systembiology)研究的四個層次:Wuhanuniversity5整理ppt系統(tǒng)生物學
基因與蛋白質的表達緊密相連,代謝物則更多地反映了細胞所處的環(huán)境。正如BillyDavid所言:“基因組學和蛋白質組學告訴你可能發(fā)生什么,而代謝組學則告訴你已經發(fā)生了什么”
歷史沿革6整理ppt歷史沿革
1999年Nicholson首次提出了以NMR分析為主的代謝組學研究模式并聯(lián)合國際六大醫(yī)藥公司(Bristol-Meyers-Squibb,Elililly,Hoffmann-laRoche,NovoNordisk,Pfizer,Pharmacia)英國帝國學院(ImperialCollege,London)面對風險的挑戰(zhàn),于2001年組織并公布了一個研究計劃COMET(ConsortiumforMetabonomicToxicology),應用代謝物組學評價藥物毒性,進行候選藥物的臨床前毒性篩選,進而對廣泛模型化合物評價和安全性預測,以縮短藥物開發(fā)的時間,減少損失.3年中對大鼠和小鼠的尿液用NMR分析研究了150個肝腎毒性模型Wuhanuniversity7整理ppt歷史沿革自2002年第一屆國際植物代謝組學大會在荷蘭瓦赫寧根召開以來,植物代謝組學分析技術和方法發(fā)展迅速已開始應用于植物科學研究、生物安全性評價等多個領域,在基因功能研究、代謝途徑及代謝網絡調控機理的解析等方面發(fā)揮重要作用我國植物代謝組學的研究于2005年前后開始起步,目前已形成較好的發(fā)展趨勢Wuhanuniversity8整理ppt代謝組學研究的優(yōu)勢
與研究蛋白組或基因組相比,研究代謝組具有許多優(yōu)勢:(1)生物體的小分子代謝產物所構成的代謝組要比轉錄物組蛋白組簡單得多(例如釀酒酵母有6000多個基因,但代謝物僅有600個),那么分析代謝組就降低了樣本的復雜性;(2)對多數(shù)小分子內源性代謝產物的作用及其所在代謝通路代謝調控已有相當?shù)恼J識,而目前對基因功能與調控的認識仍相當有限Wuhanuniversity9整理ppt代謝組學研究的優(yōu)勢(3)代謝組是基因功能活動的終點。代謝控制理論和實驗證明在一個生化反應中,雖然酶的濃度和代謝通量不會發(fā)生重大變化,但是代謝物的濃度會發(fā)生很大變化,因此針對代謝變化重大的代謝物進行分析更加直觀,也更加敏感代謝組是基因表達的下游產物,所以它更能正確地反映細胞的功能水平,與蛋白組或基因組相比,代謝組具有終點放大的特征。研究表明代謝通量不僅受基因表達控制,而且還受環(huán)境的調節(jié),因此,測量下游產物代謝物較為合適從這一角度分析,代謝組包含的信息量要大于基因組、蛋白組學Wuhanuniversity10整理ppt代謝組學研究的優(yōu)勢(4)代謝組變化揭示的是系列關聯(lián)生物標記物(biomarker)的綜合差異,要比傳統(tǒng)依賴單一標志物的診斷方法具有更高的準確性,而且其最小限度的侵入性以及時空動態(tài)性,是基因組和蛋白組學研究所無法比擬的。(5)代謝物譜在不同生物樣本中基本上都是一樣的,再加上其檢測技術的多樣性,代謝組學的研究具有較好的便利性Wuhanuniversity11整理ppt代謝組學研究的特點代謝組學作為一門新興學科,概括起來具有以下特點:①對機體損傷小,其檢測的體液主要是尿液與血液;②信息量大,代謝組學能夠提供整個機體功能統(tǒng)一性信息;③檢測更容易,基因和蛋白質表達的有效的微量變化會在代謝物上得到放大;④無需特征化的數(shù)據(jù)庫;⑤檢測物種類少,代謝物的種類數(shù)遠遠小于基因和蛋白數(shù)目⑥代謝物產物具有通用性;⑦能夠反映生理病理狀態(tài)Wuhanuniversity12整理ppt研究方法代謝組學研究步驟包括:樣品采集與制備;樣品分析與鑒定;數(shù)據(jù)處理與分析;生物標志物(Markers)分析
Wuhanuniversity13整理pptWuhanuniversity14整理ppt研究方法樣品采集與制備:采集后的樣品需首先進行預處理,而且整個預處理過程應盡可能保留和體現(xiàn)樣品中完整的代謝物組分信息。組織樣品取樣后,由于酶活性和氧化過程的繼續(xù),會引起代謝物的生成和改變,故樣品需即時用液氮冷凍,低溫(-80℃)貯存。血和尿樣也應在-80℃保存,尿樣中還要加疊氮化鈉抑菌Wuhanuniversity15整理ppt研究方法
尿樣或稀釋的尿樣可直接進樣,優(yōu)點是在樣品制備時,代謝物沒有損傷,高通量。缺點是直接用ESI/MS分析時,鹽類有抑制作用(代謝物之間也會相互抑制),在ESI過程中生成加合物,不揮發(fā)物的積累會降低儀器性能。血液和尿樣常用甲醇、乙腈或混合溶劑沉淀蛋白,離心后取上清液進行分析或除去溶劑后,用LC流動相溶解后分析溶劑萃取應用得最早,冷凍的組織樣品常用溶劑萃取,樣品需要在冷凍情況下粉碎,選用極性與非極性溶劑的結合如甲醇/氯仿,可形成雙相,分別對水溶性及脂溶性相進行分析Wuhanuniversity16整理ppt研究方法
樣品分析與鑒定:近年來,各種分離分析手段如色譜、質譜、核磁共振(NMR)、毛細管電泳、紅外光譜等及其聯(lián)用技術都應用于代謝組學的研究中,其中最常用的分析技術是NMR技術和GC-MS、LC-MS等各種聯(lián)用技術。NMR方法具有無損傷性,無偏向性等特點,但其靈敏度較低;GC-MS方法具有較高的分辨率和檢測靈敏度,并且有標準譜圖庫可以對照,但對于揮發(fā)性較低的代謝產物需要進行衍生化處理,且預處理過程相對繁瑣;LC-MS方法具有良好的客觀性、選擇性和分辨率,避免了GC-MS中衍生化等繁瑣的預處理過程Wuhanuniversity17整理ppt研究方法
數(shù)據(jù)處理與分析:代謝組學是通過數(shù)據(jù)引導的一門學科,數(shù)據(jù)處理與分析技術在代謝組學研究中具有至關重要的作用。這就要求充分運用化學計量學理論和多元統(tǒng)計分析新方法對采集的多維海量原始數(shù)據(jù)進行壓縮降維和歸類以實現(xiàn)從大量的原始數(shù)據(jù)中挖掘出隱含其中的有效信息,最終實現(xiàn)代謝模式的正確識別Wuhanuniversity18整理ppt研究方法
數(shù)據(jù)處理與分析模式識別技術主要分為2大類:非監(jiān)督(un-supervised)學習方法和有監(jiān)督(supervised)學習方法。非監(jiān)督學習方法主要適用于在不具備任何相關背景知識的情況下,進行生物樣本的類別判斷和生物標志物識別。常用的方法有主成分分析法(PCA)、非線性映射(NLM)、簇類分析(HCA)等。其中以PCA方法最為常用,PCA的原理是將高維數(shù)據(jù)降維,并將數(shù)據(jù)投影變換到變異最大的主軸上,從而提取出數(shù)據(jù)集的特征,它對所用的數(shù)據(jù)進行無歧視的分析,無論是內源性物質,還是外源性物質的代謝產物峰都能進行分析,是目前代謝組學數(shù)據(jù)處理的主要方法Wuhanuniversity19整理ppt研究方法
數(shù)據(jù)處理與分析有監(jiān)督學習方法用于建立類別間的數(shù)學模型,使各類樣品間達到最大的分離,并利用建立的多參數(shù)模型對未知的樣本進行預測。常用的方法有偏最小二乘法(PLS)、軟獨立建模分類法(SIMCA)、偏最小二乘法顯著性分析(PLS-DA)和人工神經網絡(ANN)技術等其中最常用的也是最基礎的分析方法是PLSWuhanuniversity20整理ppt代謝組學各分析流程技術Wuhanuniversity21整理ppt代組學相關數(shù)據(jù)庫
Wuhanuniversity22整理ppt在中醫(yī)藥研究中的應用評價藥物的毒性藥物的安全性研究中藥藥效物質基礎和作用機制研究中醫(yī)證候模型的研究中藥質量控制研究中藥活性成分代謝產物研究中藥及其復方的多靶點藥效作用機制研究等
Wuhanuniversity23整理ppt基于代謝組學的中藥整體藥效研究代謝組是生物體整體功能狀態(tài)的“生化表型”,因而對于表征中藥“多組份、多靶點弱效應協(xié)同、有機整合整體效應”具有突出優(yōu)勢多成分多靶點效應血管保護擴張冠脈降低耗氧量強心作用………綜合作用評價特異藥效作用弱臨床療效確切?代謝組變化Wuhanuniversity24整理ppt不足之處分析手段有限,尚無任何一個分析技術能夠同時對所有代謝物進行分析。尚無有效數(shù)據(jù)分析手段將所得到的全部信息進行分析和解釋數(shù)據(jù)庫很不完善缺乏代謝產物數(shù)據(jù)的標準值另外樣品之間的差異、儀器動力學范圍的局限和分析誤差的存在也給代謝組學分析帶來巨大的挑戰(zhàn)。因此在取樣方法,新型分析儀器和分析技術等方面,都需要有很多進一步深入的工作Wuhanuniversity25整理ppt雄黃、朱砂國家標準中收載含朱砂、雄黃的中成藥占收載的全部的中成方制劑的6.34%應用廣泛,歷史悠久有效和有毒的雙重性安全性倍受關注Wuhanuniversity26整理pptWei等采用代謝組學的方法對雄黃、朱砂的毒性進行了研究:雄性Wistar大鼠灌胃給藥;采集尿液;1HNMR對代謝物進行分析;生物標志物的分析;LaiWei,PeiqiuLiao,etalToxicologyandAppliedPharmacology234(2009)314–32527整理ppt結果表明:尿液中,三羧酸循環(huán)中間產物檸檬酸鹽(citrate)、琥珀酸鹽(succinate)、2.酮戊二酸鹽(2-ketoglutarate)顯著增加;乙酸乙酯、?;撬?taurine)、丙酮顯著增加,并伴隨著二甲基甘氨酸(dimethylglycine)、丙酮酸(pylllvate)和腸道菌產物苯乙尿酸(phenylacetylglycine)、馬尿酸鹽(hippurate)等內源性代謝產物的減少,且這些內源性代謝產物的變化呈現(xiàn)時間和劑量依賴性。二甲基甘氨酸為腎乳頭的毒性標志物,丙酮為腎臟皮層S3段的毒性標志物。?;撬釣楦闻K受損的指標.上述代謝產物分析表明,對肝腎具有一定的毒性.28整理pptSchematicrepresentationoftheenergymetabolicnetwork29整理ppt.Schematicrepresentationofthedegradationpathwayof
choline30整理ppt
朱砂主要成分為HgS,雄黃主要成分為As2S2朱砂、雄黃在人體內的毒性程度與以下因素相關:(1)在體內產生的可溶性砷、汞量(2)上述可溶性的砷、汞在體內的存在價態(tài)
Wuhanuniversity31整理ppt砷的不同價態(tài)及其毒性:砷化氫(AsH3)>亞砷酸(AsⅢ)和砷酸(AsⅤ)>甲基砷酸(MMA)和二甲基砷酸(DMA)胂甜菜堿(AsB)和胂膽堿(AsC)基本無毒汞的不同價態(tài)及其毒性:甲基汞>乙基汞>Hg2+>Hg+
Wuhanuniversity32整理ppt有研究表明,含朱砂、雄黃的中藥制劑經口服后,其所含的砷或汞基本不被人體吸收。實驗表明:在糞便中所檢測到的總砷、總汞,分別占給藥量的99%和98.5%因此僅以砷、汞元素的總量作為判斷其是否安全是不科學的研究雄黃中砷、朱砂中汞在體內可溶性部分的含量及其可溶性的砷、汞在體內的存在價態(tài),合理評價該類藥物,保證含朱砂、雄黃中成藥的安全性和有效性Wuhanuniversity33整理ppt復方黃黛片的主要成分四硫化四砷—雄黃靛玉紅———青黛丹參酮II-A--丹參四硫化四砷Tetraarsenictetrasulfide靛玉紅Indirubin丹參酮II-A治療急性早幼粒細胞白血病(APL)的現(xiàn)代中藥配方制劑34整理ppt本課題組關于代謝組學的實驗研究基于代謝組學的天麻川芎藥對配伍研究Wuhanuniversity35整理ppt研究背景天麻川芎Wuhanuniversity成分:酚類,甾醇類、有機酸、氨基酸類藥理作用:鎮(zhèn)靜、鎮(zhèn)痛、抗驚厥成分:揮發(fā)油、生物堿、酚性物質、苯酞內酯藥理作用:鎮(zhèn)靜、鎮(zhèn)痛、抗凝血天麻川芎36整理ppt研究背景天麻川芎藥對
配伍依據(jù):疾病特點藥性及藥效作用:減少藥物毒性增強藥效藥對偏頭痛多屬于內傷類頭痛,常和“風”有關天麻川芎藥對恰合偏頭痛的病機天麻能祛風濕以止痛、平肝熄風以止痙川芎具有活血、行氣、祛風、止痛的功效Wuhanuniversity37整理ppt研究背景天麻川芎藥對藥對是古代醫(yī)家應用在中藥復方中的一種特殊形式,是中藥復方的最小單位,其配伍的規(guī)律及作用機制是現(xiàn)代中藥研究的熱點之一。天麻和川芎常作為藥對使用,是歷代醫(yī)家用于治療偏頭痛、眩暈的經典藥對組合,不過不同時期各大醫(yī)家對其配伍比例卻不盡相同,用法也各異在《本草綱目》等古代本草書籍中,記載的天麻川芎用量之比最常見的比例為1:4和4:1
,其中天麻川芎用量之比1:4最為常見Wuhanuniversity38整理ppt研究內容Wuhanuniversity藥材分組:天麻組川芎組天麻川芎A組(天麻:川芎=1:4)天麻川芎B組(天麻:川芎=4:1)提取方法:10倍量70%乙醇提取時間1h提取3次一、天麻川芎不同配伍比例對有效成分提取的影響39整理ppt天麻川芎不同配伍比例對有效成分提取的影響
Wuhanuniversity流動相:甲醇-水(50:50)檢測波長:280nm;柱溫:25℃;流速:0.8mL.min-1川芎嗪的含量測定40整理ppt天麻川芎不同配伍比例對有效成分提取的影響
組別每克川芎含川芎嗪(mg)平均值(mg)川芎嗪提取增加率(%)川芎組0.0730.0760.0740.074天麻川芎A組0.0970.0950.09528.27%0.092天麻川芎B組0.0830.0820.08210.81%0.083Wuhanuniversity
川芎嗪含量測定結果41天麻川芎不同配伍比例對有效成分提取的影響
Wuhanuniversity流動相:水:甲醇:冰乙酸(95:5:1)流速:0.8mL·min-1檢測波長:270nm柱溫:25℃天麻素含量測定
42整理ppt天麻川芎不同配伍比例對有效成分提取的影響
組別每克天麻含天麻素(mg)平均值(mg)天麻素提取增加率(%)天麻組8.288.308.288.25天麻川芎A組8.818.858.856.88%8.88天麻川芎B組8.768.728.745.56%8.73Wuhanuniversity天麻素含量測定結果43結論天麻川芎配伍后有利于其有效成分的溶出其中川芎嗪含量的提高比天麻素明顯1藥對配伍比例會影響到有效成分的溶出率其中天麻川芎用量之比1:4時其有效成分的溶出率相對較高2Wuhanuniversity44整理ppt二、天麻川芎藥對對大鼠尿液內源性代謝時間軌跡分析
Wuhanuniversity
正常對照組川芎組天麻組天麻川芎A組天麻川芎B組
正常對照組:給予生理鹽水其余各組:給予藥材提取液代謝籠采集大鼠尿液甲醇去蛋白,離心1.動物分組2.灌胃給藥3.尿樣采集45整理pptWuhanuniversity流動相:乙腈(A)、0.1%甲酸(B),流速:0.4mL·min-1,進樣量:3μL,柱溫:35℃,梯度洗脫條件如下表:T(min)A(%)B(%)0010087030129010140100190100毛細管電壓為4000V;霧化器壓力為40psi;干燥氣流速:10L·min-1,干燥氣溫度:350℃4.LC-MS數(shù)據(jù)采集46整理pptWuhanuniversity將LC-MS原始數(shù)據(jù)進行轉化后導入SIMCA-P軟件、MATLAB軟件進行主成分分析5.數(shù)據(jù)分析主成分分析法:將許多相關的變量轉為少數(shù)幾個彼此獨立的綜合指標的統(tǒng)計方法它讓多個變量的復雜關系變得簡單,有利于獲取其中最有效的數(shù)據(jù)在進行主成分分析后,可在80%以上的精度下,用2-3個新變量取代原來的n個變量47整理ppt單擊此處添加標題由原始變量的觀測數(shù)據(jù)計算前k個主成分的得分,將其作為主成分F1,F(xiàn)2,…,F(xiàn)k的觀測值,來建立Y與主成分回歸方程生成得分圖生成載荷圖分類信息尋找生物標志物Wuhanuniversity48整理ppt單擊此處添加標題X1X2X3X4…….XnVar-1Var-2Var-3Var-4…….Var-nY1樣本1峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n樣本2峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n樣本3峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積nY2樣本4峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n樣本5峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n樣本6峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積nY3樣本7峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n樣本8峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n樣本9峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n49整理ppt通過得分矩陣可得到得分圖(ScoresPlot)在得分圖上,樣本得分點之間的距離越大表明樣本之間的差異越大,大鼠尿液的代謝物狀態(tài)差異越大C0,C1,C2,C3,C4分別表示正常對照組大鼠在第1,8,15,
22,
29天收集的尿液樣本;A0,A1,A2,A3,A4分別表示給藥組大鼠在第1,8,15,
22,
29天收集的尿液樣本
Wuhanuniversity50整理ppt實驗結果Wuhanuniversity天麻組SIMCA-P平面得分圖
天麻組MATLAB平面得分圖
川芎組SIMCA-P平面得分圖
川芎組MATLAB平面得分圖
51整理pptWuhanuniversity天麻川芎A組SIMCA-P平面得分圖
天麻川芎A組MATLAB平面得分圖
天麻川芎B組MATLAB平面得分圖
天麻川芎B組SIMCA-P平面得分圖
52整理ppt小結給藥時間為29天時,各給藥組大鼠內源性代謝整體變化最大兩種軟件主成分分析得到的結果是一致的SIMCA-P軟件比MATLAB軟件更適合在醫(yī)藥學研究中使用
Wuhanuniversity53整理ppt三、天麻川芎藥對對偏頭痛模型大鼠內源性物質代謝影響
Wuhanuniversity正常對照組、模型組、天麻組、川芎組天麻川芎A組、天麻川芎B組陽性對照組正常對照組、模型組給予生理鹽水陽性對組給予陽性藥物其余各組分別給予相應的藥材提取液除了正常對照組,各組大鼠均在給藥后于右肩部注射硝酸甘油注射劑(10mg.kg-1)尿液收集及數(shù)據(jù)采集方法同前動物分組動物給藥動物造模尿液、數(shù)據(jù)采集54整理ppt天麻川芎藥對對偏頭痛模型大鼠內源性物質代謝影響偏最小二乘法-判別分析(PLS-DA)與PCA分析相似,都是為了提取出主成分,簡化數(shù)據(jù)與主成分的不同點是加入啞變量(分組信息)來引導分類X1X2X3X4…….XnVar-1Var-2Var-3Var-4…….Var-nY1第一組1樣本1峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n1樣本2峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n1樣本3峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積nY2第二組2樣本4峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n2樣本5峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n2樣本6峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積nY3第三組3樣本7峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n3樣本8峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n3樣本9峰面積1峰面積2峰面積3峰面積4…….峰面積n55整理ppt天麻川芎藥對對偏頭痛模型大鼠內源性物質代謝的影響
Wuhanuniversity基于代謝組學的硝酸甘油致偏頭痛大鼠模型驗證分析
正常對照組與偏頭痛模型的PLS-DA平面得分圖與三維得分圖
正常對照組與偏頭痛模型的PCA平面得分圖與三維得分圖56整理ppt天麻川芎藥對對偏頭痛模型大鼠內源性物質代謝的影響
Wuhanuniversity不同配伍比例的天麻川芎藥對對偏頭痛大鼠尿液內源性物質的影響
1:正常對照組;2:陽性對照組;3:天麻川芎A組;4:天麻川芎B組;5:川芎組;:6:天麻組;:7:模型組
57整理ppt天麻川芎藥對對偏頭痛模型大鼠內源性物質代謝的影響
Wuhanuniversity1:正常對照組;2:陽性對照組;3:天麻川芎A組;4:天麻川芎B組;5:川芎組;:6:天麻組;:7:模型組58整理ppt天麻川芎藥對對偏頭痛模型大鼠內源性物質代謝的影響
Wuhanuniversity天麻川芎A組對偏頭痛大鼠尿液內源性物質代謝途徑的影響
正常對照組(藍),陽性對照組(綠),天麻川芎A組(橙)與模型組(紅)PCA平面得分圖與三維得分圖
59整理ppt天麻川芎藥對對偏頭痛模型大鼠內源性物質代謝的影響Wuhanuniversity
正常對照組,陽性對照組,天麻川芎A組與模型組PCA載荷圖
5.生物標志物的尋找與鑒定載荷圖中距離原點越遠的點,表示其代表的變量對分類的貢獻越大,越有可能成為潛在的生物標志物60整理ppt天麻川芎藥對對偏頭痛模型大鼠內源性物質代謝的影響Wuhanuniversity正常對照組,陽性對照組,天麻川芎A組與模型組PLS-DA載荷圖
61整理ppt天麻川芎藥對對偏頭痛模型大鼠內源性物質代謝的影響Wuhanuniversity正常對照組,陽性對照組,天麻川芎A組與模型組PLS-DA的VIP柱狀圖
VIP值表
VIP值可評價PLS-DA模型中變量的重要程度,
VIP值越大,顯示變量對模型越是重要選取VIP值大于1的變量作為候選生物標志物隨后根據(jù)質譜信
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