生物信息學序列比對方法

生物信息學

Bioinformatics

1問題一：這是什么基因？問題二：編碼的蛋白質(zhì)序列是怎樣的？問題三：有沒有保守的功能結構域？問題四：它的功能是怎樣的？問題五：它在真核生物中保守嗎？問題六：有沒有三級結構信息？問題七：和哪些蛋白有相互作用？問題八：不同組織中基因表達特異性是怎樣的？問題九：該基因啟動子序列是什么？是否受到某些轉(zhuǎn)錄因子的特異性調(diào)節(jié)？問題十：是否受到某些小RNA的調(diào)節(jié)？2問題一：這是什么基因？/Blast.cgi3提交序列Blast結果Edem2Gene

info:

2號染色體相關文獻功能注釋：Gene

Ontology結論一：核酸序列2.染色體定位：2號染色體，位置155701673..155729475；含有個11外顯子。mRNA序列號NM_145537。

3.初步的功能分析：分子功能

生物過程1.該基因為鼠的Edem2基因，也被稱為AI327354;9530090G24Rik。問題二：

編碼的蛋白質(zhì)序列是怎樣的？/gene/16NP_663512:577aa獲取FASTA序列結論二：氨基酸序列小鼠的Edem2基因編碼蛋白名字為ERdegradation

enhancer,mannosidasealpha-like2precursor這個蛋白質(zhì)包含577個氨基酸，序列號NP_663512。

>gi|254540029|ref|NP_663512.2|ERdegradationenhancer,mannosidasealpha-like2precursor[Musmusculus]MPFRLLIPLGLVCVLLPLHHGAPGPDGTAPDPAHYRERVKAMFYHAYDSYLENAFPYDELRPLTCDGHDTWGSFSLTLIDALDTLLILGNTSEFQRVVEVLQDNVDFDIDVNASVFETNIRVVGGLLSAHLLSKKAGVEVEAGWPCSGPLLRMAEEAARKLLPAFQTPTGMPYGTVNLLHGVNPGETPVTCTAGIGTFIVEFATLSSLTGDPVFEDVARVALMRLWESRSDIGLVGNHIDVLTGKWVAQDAGIGAGVDSYFEYLVKGAILLQDKKLMAMFLEYNKAIRNYTHFDDWYLWVQMYKGTVSMPVFQSLEAYWPGLQSLIGDIDNAMRTFLNYYTVWKQFGGLPEFYNIPQGYTVEKREGYPLRPELIESAMYLYRATGDPTLLELGRDAVESIEKISKVECGFATIKDLRDHKLDNRMESFFLAETVKYLYLLFHPNNFIHNNGSTFDSVMTPHGECILGAGGYIFNTEAHPIDPAALHCCRRLKEEQWEVEDLIKEFYSLKQSRPKRAQRKTVRSGPWEPQSGPATLSSPANQPREKQPAQQRTPLLSCPSQPFTSKLALLGQVFLDSSFASTA格式序列如下：問題三：

有沒有保守的功能結構域？

http:///Structure/cdd/wrpsb.cgihttp:///Structure/lexington/lexington.cgi?cmd=rps23查詢保守結構域查詢保守結構域保守結構域結構檢索工具（CDART）結論三1.這個蛋白質(zhì)具有保守結構域Glyco結構域。2.很多生物有該結構域。保守結構域問題四：它的功能是怎樣的？//gene/31UniProt:

蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫在哺乳類數(shù)據(jù)庫中做BLAST搜索Q8BJT9蛋白質(zhì)信息功能注釋結論四：功能分析1.功能分析：鈣離子結合分子功能。2.亞細胞定位：無。3.配體結合：無。問題五：它在真核生物中保守嗎？

/blast/http:///homologene/http://cegg.unige.ch/orthodb643/blast/71ChordataMammalia-mammals(15transcripts,13species)Actinopterygii-bonyfishes(10transcripts,10species)Amphibia-amphibians(3transcripts,2species)Amniota-vertebrates(2transcripts,1species)Ascidiacea-tunicates(2transcripts,2species)Aves-birds(2transcripts,2species)Hyperoartia-vertebrates(1transcript,1species)ArthropodaInsecta-insects(12transcripts,11species)Arachnida-arachnids(2transcripts,2species)Branchiopoda-crustaceans(1transcript,1species)Malacostraca-crustaceans(1transcript,1species)Maxillopoda-crustaceans(1transcript,1species)PlatyhelminthesTrematoda-flatworms(4transcripts,2species)Turbellaria-flatworms(2transcripts,1species)CnidariaHydrozoa-hydrozoans(3transcripts,2species)MolluscaGastropoda-gastropods(2transcripts,2species)NematodaChromadorea-nematodes(2transcripts,2species)AnnelidaPolychaeta-segmentedworms(1transcript,1species)Hirudinida-segmentedworms(1transcript,1species)ChlorophytaChlorophyceae-greenalgae(1transcript,1species)DictyosteliidaDictyostelium-cellularslimemolds(1transcript,1species)CodonosigidaeMonosiga-choanoflagellates(1transcript,1species)脊索動物哺乳-哺乳動物（15轉(zhuǎn)錄物13種）輻-硬骨魚類（10轉(zhuǎn)錄物，10種）兩棲綱-兩棲類（3轉(zhuǎn)錄物，2種）羊膜-脊椎動物（2轉(zhuǎn)錄物，1種）海鞘綱-被囊動物（2轉(zhuǎn)錄物，2種）鳥綱-鳥（2轉(zhuǎn)錄物，2種）七鰓鰻綱-脊椎動物（1轉(zhuǎn)錄物，1種）節(jié)肢動物昆蟲-昆蟲（12轉(zhuǎn)錄物，11種）蛛形綱-蛛形綱動物（2轉(zhuǎn)錄物，2種）鰓-甲殼類動物（1轉(zhuǎn)錄物，1種）軟甲綱-甲殼類動物（1轉(zhuǎn)錄物，1種）顎足綱-甲殼類動物（1轉(zhuǎn)錄物，1種）扁形動物吸蟲-扁形蟲（4轉(zhuǎn)錄物，2種）渦蟲綱-扁形蟲（2轉(zhuǎn)錄物，1種）刺胞動物門水螅–水螅

（3轉(zhuǎn)錄物，2種）貝類腹-腹（2轉(zhuǎn)錄物，2種）線蟲色矛綱-線蟲（2轉(zhuǎn)錄物，2種）環(huán)節(jié)動物門-分段多毛類蠕蟲（1轉(zhuǎn)錄物，1種）蛭綱-分段蠕蟲（1轉(zhuǎn)錄物，1種）綠藻綠藻-綠藻（1轉(zhuǎn)錄物，1種）網(wǎng)星目粘菌-細胞粘菌（1轉(zhuǎn)錄物1種）CodonosigidaeMonosiga-領鞭毛蟲（1轉(zhuǎn)錄物，1種）76結論五：分子進化1.該EDEM2基因是人類，黑猩猩，獼猴，狗，牛，大鼠，雞，斑馬魚，線蟲，果蠅，蚊子，擬南芥，水稻保守，和青蛙。2.在大鼠Q6AYI8中同源性很高3.在大腸桿菌和酵母中同源性很低問題六：有沒有三級結構信息？/pdb/home/home.do81沒有此圖結論六沒有3D結構問題七：和哪些蛋白有相互作用？/proteomicshttp://string.embl.de/89結論七：蛋白質(zhì)相互作用1.AI327354在小鼠中無相互作用蛋白。2.AI327354在果蠅中同源物與YOS9，

DER1，HRD3，DFM1，SEL1L，OS9相互作用蛋白。問題八：不同組織中基因表達特異性是怎樣的？/unigene/geoprofiles//http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/cgi-bin/source/sourceResult99結論八：基因表達1.小鼠Edem2基因的表達：身體部位：膀胱，血液，骨髓，大腦，結締組織，眼，心，內(nèi)耳，小腸，腎臟，肝臟，肺，淋巴結，肌肉，鼻咽乳腺，卵巢，輸卵管，胰腺，唾腺，皮膚，脊髓，脾，胃，睪丸，子宮，胸腺，卵母細胞，未孕卵，新生兒少年，成人；發(fā)育過程中：胚胎組織，胚外組織，胚泡，原腸胚，器官發(fā)生，胎兒2.無表達：身體部位：脂肪組織，骨，腎上腺，背根神經(jīng)節(jié)，受精卵，附睪，臼齒，嗅覺粘膜，松果體，腦下垂體，前列腺癌，交感神經(jīng)節(jié)，甲狀腺，舌頭，陰道，泡狀腺。發(fā)育過程中：卵裂期，受精卵，桑椹胚，卵筒。問題九：該基因啟動子序列是什么？是否受到某些轉(zhuǎn)錄因子的特異性調(diào)節(jié)？//tools/FirstEF/http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html/pub/programs.html#matchhttp://www.genomatix.de/cgi-bin//sessions/login.pl?s=6ab17a99c7e9bc3ccb95bcefe1bbf27d131UCSC下載啟動子序列/132結論九：基因上游調(diào)控區(qū)分析>mm10_ensGene_ENSMUST00000040833range=chr2:155729476-1557314755'pad=03'pad=0strand=-repeatMasking=noneAAATTTCTCTTGCTTTAAGCTTCCATGTTGGTGATAATTTGTTCTAGTAGCTTGGGAAACCTATACAGTCTCCCTGTGTTATTATCCAGGTCTTAGTTTCTTTTGGTTTCCCTTCTATCTGGCCCCTCTAAGAAGTATTTAAAAAATATTCTCCTAGTGACTCAGTATTTGCTATGCCATTATTATAGGCATTTTATATGGTTCACTGAATCCTCTAACCCTATTAAGCAGGTATTAATATTCTTCATAATTTATAAATGAGAAAAAAAGGTGAGGCCACACTCCTAATAATACTGCCCCAATTTAACACTGACACATTGACCCTTGACCCATCTATACTAAAACCTTTTTATTGAATTTAGGACCCACTTTGGGTTAGATATGGAGTTTAATTTGTTTATCAACTGATGGCACTTTGGGACACTTAATGAGGGATATTTTCAAGAATGCTGGATTGGGATTGGAGAGATGGATCAATGGTTAAGAGTACTAACTACTCTTCTAGAGCACCTGGGTTGAGTCTTAGCACCACATGGAAGCTCACAATACCTATAATTCTAGACCCAGAGGACTCTACACCCTTTTCTGGCCTCAGAGGTGACCTGGCATGCACAAAATTATGTACAAAATCCTCATGTACATAAATAAATAATATTATTGTGTGCTCCAAACTTGCTTATAACTCTTCACCTATGCTTATGTAAGCAGCCCTAATTAAACCTAATCTACCCCAATCACAACCACAAAAAATGACAGTAGGAGGGGTTTGGGAGGAAAAAGGAGGAGAGAAGAATGGTGAAGGTAATGGGGGAGGGGCGGTGACCAGAACATATTCATACATATATGAAATTGTCAAAGAACAAGAATTAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAACTGGGCCAAAGAAGGCAGAGTCTGCCTGCACTTTGCTCAATAAATGGAGCAGCCATTTCCCTCTGAATTTTTCAGCAAAGAAGAGTTGGGCAATGCTAGAATTAAAGAAAAGTTCAAATTAAAAGGATCTCAAATATCAGTTTAGACAAACCCTTTCATAAATGTGGGTGCTGTGCCTGGAGGATGAGAGGGACTCCTTTAAGGTTATATAGGTTATGTGTGAATGGTAGAGTCGTAATGAACCCCAATCGAACTTCAAATCTAGGGTTGTCTACAGCTCATTCCACTGACCAAAGAGAAGGGGGTTGCTGTAGATAGCGCACTAACAGAGTCTAGGACCTAGCAAGAGAGTGGGGAAACTGGCCCAGATGTTCTTTTTATTTTGTTTTATTTTGTTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTGACTTTGTAGACCAGGCTGACCTCGAACTCAGAAATGTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACCGCCCGGCCGGCCCAGATGTTCTTAAAGGAAGAATGCTGGGTCTTCATTCTCACCAGGGATGGCAGCCACTGAGATGGTCCAGGTAAAGTCCTGGGTTGATTTAGAGACTGAAGGGACCGTGATTTCATGGCACCCTAAAGTGAAAGACCGTCATAAATGTATGAATTCCTAGAACAAAAGGGATTTCTGGAAACCTTAAGGCTTTGGGAAAATAATTCTAGAGTTTACTTACACAATGGTTTGTCAAACCCTGTGTCTATTATAGTCAAAGCCGAACATTTTTCATCCATATTTACATAGGCATCTGCTCAAATCTTGAGTACCTGCTAGCCCCTCCTTTAAAAGGTATTTGGAAAAAAAACAAAAATTAACTAGATGGCGCCTGTAAAGTGCTCCTAACACTTTAATTCACCGAAGGTGCTCAACAAACAGAAACTGGGATTGTGAAAACATTATTAACAGCAGCCACAGCAACCACTGTCTTTAAGACACGTTGAACTCCTCTCTGTAGACCAGAAATCCCGAGATGCTCTTTTGCCAGGGCTCCACCGCCCATTGCATCCTGGGCTTTGT小鼠Edem2基因啟動子序列問題十：

是否受到某些小RNA的調(diào)節(jié)？/miRecords/prediction_query.php/microrna/home.do153miRNAExpressionmmu-miR-2123mmu-miR-590-5p23mmu-miR-199a-5p1mmu-miR-290-5p15mmu-miR-292-5p15沒有視圖表達概要結論十：miRNA的調(diào)節(jié)1.多個軟件預測小鼠Edem2基因可能受到幾個miRNA的調(diào)節(jié)。2.miR-590-5p定位3號染色體。這個基因編碼絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶家族成員和TGFB受體亞科。編碼的蛋白質(zhì)是一種跨膜蛋白,蛋白激酶域,形成heterodimeric復雜的與另一個受體蛋白質(zhì),綁定及護。這種受體磷酸化蛋白質(zhì)/配體復雜,然后進入核和規(guī)范的一個子集,基因的轉(zhuǎn)錄與細胞增殖有關。這個基因的突變與馬凡綜合征,Loeys-Deitz主動脈瘤綜合癥,和各種類型的腫瘤的發(fā)展?；蛘咂唇映煽儐巫凅w編碼不同亞型特點。(由RefSeq提供,2008年7月)

總

結1.核酸：該基因為鼠的Edem2基因，也被稱為AI327354;9530090G24Rik，染色體定位在2號染色體，位置155701673..155729475；mRNA序列號NM_145537；含有個11外顯子。

3.功能分析：分子功能

生物過程2.蛋白：小鼠dem2基因編碼蛋白名字為ERdegradation

enhancer,mannosidasealpha-lik