利用metaphlan2結(jié)果計(jì)算alpha多樣性

metaphlan2alpha多樣性alpha多樣性前期回顧結(jié)果展示α多樣性指數(shù)Shannon指數(shù)如何計(jì)算前期回顧精度的組成，包括細(xì)菌、古菌、真核生物和病毒。如果有株水平基因組的物種，也可以追蹤和研究。特異的標(biāo)記基因，可以實(shí)現(xiàn)：精確的分類群分配準(zhǔn)確估計(jì)物種的相對(duì)豐度種水平精度株鑒定與追蹤超快的分析速度結(jié)果展示輸出結(jié)果為各層級(jí)物種相對(duì)豐度值，但是這樣的表格并不合適進(jìn)行α多樣性的分析SampleIDMetaphlan2_Analysis_1Metaphlan2_Analysis_2Metaphlan2_Analysis_3kArchaea|pEuryarchaeota|cMethanobacteria0.3169200.14969kArchaea|pEuryarchaeota|cMethanococci00.002080.00174STAMP的格式格式轉(zhuǎn)化metaphlan_to_stamp.pl./taxonomy.tsv>./taxonomy.spf 11上下載到STAMP結(jié)果是KingdomPhylumClassMetaphlan2_Analysis_1Metaphlan2_Analysis_2Metaphlan2_Analysis_3kArchaeapEuryarchaeotacMethanobacteria0.3169200.14969kArchaeapEuryarchaeotacMethanococci00.002080.00174α多樣性α-多樣性（α-diversity）指局部區(qū)域的物種數(shù)量。什么是Shannon指數(shù)Shannonα1963年由Shannon和Wiener首先提出來。Shannon指數(shù)不只關(guān)心物種豐富度，而且同時(shí)關(guān)心物種的均勻度（Evenness），所以是對(duì)群落結(jié)構(gòu)的更綜合性的反應(yīng)。它的具體算法是：H＝－∑（Pi）（log2Pi）NiniPi＝ni/N。Shannon指數(shù)的總體理念是為了性更大。X4M組成，YE、F、G、H物種組成，那么在連續(xù)采樣的時(shí)候，X群落中，第一個(gè)XYE之后，第二個(gè)有同樣的可能性采到X來說，Y的不確定性更大，多樣性則更高。指數(shù)的計(jì)算方法來說，我們舉個(gè)例子進(jìn)一步說明，如果：22，則各物種比例為甲（0.33），乙（0.33），丙（0.33）11，則各物種比例為甲（0.67），乙（0.17），丙（0.17）〕＝1.58B的1.26BαAB的物種均勻度更低所引起的。Shannon指數(shù)如何計(jì)算class1，轉(zhuǎn)化后的表格如下KingdomPhylumClassMetaphlan2_Analysis_1Metaphlan2_AkArchaeapEuryarchaeotacMethanobacteria10kArchaeapEuryarchaeotacMethanococci01(excel的公式書寫方法)：Shannon指數(shù)：-（1/1）*log((1/1),2)=0Shannon指數(shù)：-（1/1）*log((1/1),2)=0指數(shù)：-[（1/2）*log((1