基因通路富集分析方法大總結(jié)

基因通路富集分析方法大總結(jié)基因通路富集分析

(geneset

pathway

enrichmentanalysis)

是在一組基因或蛋白中找到一類過表達的基因或蛋白。一般是高通量實驗，如基因芯片，RNA-Seq，蛋白質(zhì)組學(xué)（質(zhì)譜結(jié)果）的后續(xù)步驟。常見的就是GO功能注釋和KEGG通路富集分析。通過基因通路富集分析，我們可以初步分析基因可能參與的生物學(xué)過程或者信號通路。下面將手把手為大家介紹6種常用的基因富集通路分析方法，總有一款適合你！1.DavidDAVID是最早也是目前最經(jīng)典的做富集分析的數(shù)據(jù)庫，它整合了大量生物學(xué)數(shù)據(jù)和分析工具，為大規(guī)模的基因或蛋白列表提供系統(tǒng)綜合的生物功能注釋信息?；蛲犯患治霾襟E圖解：第一步：打開網(wǎng)址，點擊FunctionalAnnotation。第二步：輸入基因集，選擇輸入類型第三步：選擇物種，查看結(jié)果（包括GO和KEGG通路結(jié)果）2.StringString數(shù)據(jù)庫是瑞士蘇黎世大學(xué)構(gòu)建的一個搜尋蛋白質(zhì)之間相互作用的數(shù)據(jù)庫。既包括蛋白質(zhì)之間的直接物理相互作用，也包括蛋白質(zhì)之間的間接功能相關(guān)性。它除了包含有實驗數(shù)據(jù)、從PubMed摘要中挖掘的結(jié)果和綜合其他數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)外，還有利用生物信息學(xué)的方法預(yù)測的結(jié)果?；蛲犯患治霾襟E圖解：第一步：打開網(wǎng)站，輸入基因列表和選擇物種；第二步：選擇數(shù)據(jù)庫內(nèi)對應(yīng)基因名稱；第三步：結(jié)果下載－包括Go和KEGG通路。（如有需要還可以下載蛋白連接的結(jié)果）4.Kobas

Kobas是北京大學(xué)開發(fā)的用于注釋和鑒定富集途徑和疾病的數(shù)據(jù)庫基因通路富集分析步驟圖解：第一步：打開網(wǎng)站，選擇Gene－listEnrichment第二步：選擇輸入類型，物種，輸入基因列表，選擇數(shù)據(jù)庫，后可分析下載數(shù)據(jù)。5.MetascapeMetascape是近年來新興的富集分析數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)不僅更新快，其覆蓋面也相當(dāng)廣泛。從數(shù)據(jù)庫種類來說，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個權(quán)威的數(shù)據(jù)資源，使其不僅能完成通路富集和生物過程注釋，還能做基因相關(guān)的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)分析和涉及到的藥物分析，致力于為科研工作者提供每個基因全面而詳細的信息?；蛲犯患治霾襟E圖解：第一步：打開網(wǎng)站，輸入基因，選擇物種，開始分析。第二步：結(jié)果下載－包括GO，KEGG分析結(jié)果；蛋白互作連接結(jié)果，并且都已經(jīng)做好了圖，非常美觀。5.CytosacpeCytoscape是一款圖形化顯示網(wǎng)絡(luò)并進行分析和編輯的軟件，Cytoscape還能夠為網(wǎng)絡(luò)添加豐富的注釋信息，并且可以利用自身以及第三方開發(fā)的大量功能插件，針對網(wǎng)絡(luò)問題進行深入分析?；蛲犯患治霾襟E圖解：第一步：打開軟件，選擇Apps，點擊AppManager第二步：安裝Apps。在搜索框輸入clueGo第三步：點擊Apps的clueGo第四步：輸入基因，選擇數(shù)據(jù)庫開始分析。第五步：將網(wǎng)絡(luò)圖結(jié)果和Excel結(jié)果導(dǎo)出。6.RR是用于統(tǒng)計分析、繪圖的語言和操作環(huán)境。R是屬于GNU系統(tǒng)的一個自由、免費、源代碼開放的軟件，它