質(zhì)譜項目常見FAQ

質(zhì)譜項目FAQ1.蛋白鑒定可以鑒定磷酸化、乙?；刃揎椔?？結(jié)果中能看到哪一個氨基酸發(fā)生了修飾嘛？1）3種常規(guī)修飾：氧化，烷基化，乙酰化。2）一般磷酸化、泛素化前期需要做富集，自然狀態(tài)下的磷酸化、乙酰化的量非常少，串聯(lián)質(zhì)譜根據(jù)母離子的豐度選取topN進(jìn)行二級碎裂來檢測，若前期不進(jìn)行富集，最終鑒定到的磷酸化、乙酰化肽段可能不多。若客戶不做富集，只在搜庫時加搜修飾，則最多接受6種修飾，且涉及收費，500元/例。磷酸化富集方法有TiO2富集、PTMscan等，目前華盈可接磷酸化蛋白組的相對定量蛋白組質(zhì)譜分析。3）多肽信息表中（peptide）包含具體哪一個氨基酸位點發(fā)生了修飾。2.CoIP/IP/Pulldown產(chǎn)物跑膠的時候用銀染還是考染？兩種都可以。一般產(chǎn)物比較少，銀染靈敏度較高，推薦銀染。考染靈敏度低，未出現(xiàn)條帶處也可能鑒定到蛋白。3.我們說的LC-MS中LC指的是什么？有什么作用？HPLC的目的時為了保證樣本按一定的時間來上質(zhì)譜儀檢測而設(shè)置的，實現(xiàn)樣本梯度上質(zhì)譜儀。在實際的運行中，HPLC通常為C18柱，即先注入樣本，過程大約0.5h，接著按一定的梯度進(jìn)行洗脫，洗脫樣本則按照在流動相中的特性先后進(jìn)入質(zhì)譜儀進(jìn)行檢測。4.怎么實現(xiàn)對肽段的鑒定？怎么確定到的肽段屬于哪個蛋白呢？質(zhì)譜通過對肽段及離子的質(zhì)荷比的檢測，通過公共數(shù)據(jù)庫：比如uniprot,NCBI等，得到實驗樣本對應(yīng)的蛋白數(shù)據(jù)庫，然后設(shè)置理論酶切，得到的理論肽段與實驗的原始譜圖采用搜酷軟件比如PD，maxquant等進(jìn)行比對，設(shè)置一定的參數(shù)閾值，最后實現(xiàn)蛋白的準(zhǔn)確定性。5.蛋白質(zhì)譜和蛋白芯片的區(qū)別是什么？怎么選擇？蛋白質(zhì)譜是基于物理學(xué)的原理通過質(zhì)荷比、保留時間等確定分子量，然后借助數(shù)據(jù)庫的比對實現(xiàn)肽段和蛋白的鑒定和定量；蛋白芯片是基于抗原抗體的特異性免疫反應(yīng)，對一系列特定的指標(biāo)進(jìn)行檢測，一般通過信號值來判斷具體指標(biāo)的信號；技術(shù)的選擇上，一般如果只關(guān)注一些比較特定的常見指標(biāo)，優(yōu)先考慮蛋白芯片，或者關(guān)注的指標(biāo)屬于低峰度蛋白不一定能夠檢出，蛋白質(zhì)譜適用于研究全譜蛋白或者是想研究一些不確定蛋白的項目。6.什么樣本能做蛋白組學(xué)檢測？大概可以測到多少的蛋白種類？原則上只要能提取到蛋白，就可以做蛋白組檢測。樣本測到的蛋白種類跟數(shù)據(jù)庫和樣本本身蛋白濃度有關(guān)，一般數(shù)據(jù)庫越大，可以鑒定到的蛋白質(zhì)數(shù)量越多。也與樣本的類型有關(guān)，通常，組織細(xì)胞相比于體液樣本，能夠鑒定到更多的蛋白。7.哪些樣本需要去除高豐度蛋白？血清、血漿、腦脊液等體液樣本，高豐度蛋白比例達(dá)到97%~99%，包括白蛋白、免疫球蛋白、IgG、IgA、抗胰蛋白酶、纖維蛋白原、轉(zhuǎn)鐵蛋白等。高豐度蛋白的存在會影響低豐度蛋白的檢測，而低豐度蛋白往往是比較關(guān)注的生物標(biāo)記物或者藥物靶點，常規(guī)是建議去除高豐度蛋白再檢測。8.膠條鑒定可以做定量嗎？可以的。第一種是膠條鑒定時定性分析用PSM做粗略的定量。第二種膠條鑒定實驗時我們是沒法做蛋白定量的，所以需要客戶做Co-IP或P