甘藍型油菜種質資源遺傳多樣性SSR分析及蕓薹屬核心SSR引物篩選的開題報告

甘藍型油菜種質資源遺傳多樣性SSR分析及蕓薹屬核心SSR引物篩選的開題報告開題報告一、研究背景與意義甘藍型油菜（BrassicanapusL.var.oleifera)是十字花科油菜屬（Brassica）的一種，其種子中所含的油脂含量高達40-50%，是世界上主要的糧油作物之一。在全球范圍內，油菜籽產量已超過其他油料作物，成為最重要的植物油來源。目前，中國已成為全球油菜籽最大的生產國之一，油菜種植面積和產量占全球總量的1/3左右。但是，與此同時，由于過度開發(fā)、土地污染和氣候變化等因素的影響，油菜籽產量的穩(wěn)定性和可持續(xù)性也面臨較大的挑戰(zhàn)。因此，為提高油菜品種的適應性和生產力，必須對其種質資源進行深入研究。種質資源是指在種群中所囊括的全部遺傳變異，包括物種內和物種間的遺傳多樣性。油菜種質資源的遺傳多樣性對于選擇新品種和改良現有品種具有至關重要的作用?；诤怂嵝蛄泻偷鞍踪|性狀的分析方法是確定油菜種質資源遺傳多樣性的理想選擇。但是，由于油菜的基因組結構復雜，其基因組大小與人類的基因組大小相似，導致直接利用全基因組測序研究油菜種質資源的遺傳多樣性的成本和模式極其困難。因此，引物擴增長度多態(tài)性分析（SSR）是一種有效的工具，可以用來研究油菜種質資源的遺傳多樣性。與此同時，采用SSR的分子標記技術還可以篩選出蕓薹屬（Brassica）核心SSR引物，這些引物是多種油菜物種之間的通用性基因組標記，可用于油菜種間的遺傳關系和多樣性分析、遺傳圖譜構建、基因組草圖構建和基因組位置顯示等方面。為了更好地進行油菜種質資源的遺傳多樣性研究和蕓薹屬核心SSR引物篩選，本研究選擇甘藍型油菜作為研究對象，開展相關研究。二、研究內容及方法2.1.研究內容（1）利用SSR標記分析甘藍型油菜種質資源的遺傳結構和多樣性；（2）篩選出蕓薹屬核心SSR引物，用于后續(xù)的油菜物種遺傳關系和進化關系分析。2.2.研究方法（1）提取甘藍型油菜種質資源的DNA，并進行PCR擴增；（2）利用已有的SSR引物，對甘藍型油菜種質資源進行遺傳結構和多樣性分析；（3）篩選出蕓薹屬核心SSR引物，包括測序和基因組分析；（4）利用所篩選的核心SSR引物，對甘藍型油菜種質資源進行遺傳關系和多樣性分析。三、預期研究結果及意義3.1.預期研究結果（1）對油菜種質資源的遺傳多樣性進行系統(tǒng)研究，得到其基因型和表型的多樣性結構信息；（2）篩選出蕓薹屬核心SSR引物，為油菜物種的遺傳關系和進化關系分析提供便利；（3）研究結果可為甘藍型油菜的育種、種質資源保護和利用等方面提供理論基礎和實驗支持。3.2.預期研究意義（1）深入了解甘藍型油菜種質資源的遺傳多樣性，為育種和基因資源的保護提供科學依據；（2）篩選出蕓薹屬核心SSR引物，有助于油菜物種的遺傳關系和進化關系分析，同時也可以為油菜的基因組研究提供便利。四、進度安排時間（月）進度安排任務1-2文獻查閱、選題方案調整詳細了解研究領域知識，調整研究方案與方法3-4甘藍型油菜樣品采集和DNA提取甘藍型油菜樣品的采集和DNA提取5-6參考現有SSR引物設計新引物參考現有SSR引物設計新引物7-9SSR擴增、分離和篩選利用SSR技術對甘藍型油菜種質資源進行擴增、分離和篩選10-12蕓薹屬核心SSR引物篩選篩選出蕓薹屬核心SSR引物13-15框架圖構建和多樣性分析在參考基因組上構建框架圖并進行多樣性分析16-18結論撰寫和論文發(fā)表撰寫研究結論并發(fā)表論文。五、參考文獻1.SuwabeK,TsukazakiH,IketaniH,etal.Simplesequencerepeat-basedcomparativegenomicsbetweenBrassicarapaandArabidopsisthaliana:thegeneticoriginofclubrootresistance.Genetics,2006,173(1):309-319.2.BayerPE,EdwardsD,BatleyJ.Biasinresistancegenepredictionduetorepeatmasking[J].NatureCommunications,2019,10(1):1-7.3.MandákováT,LysakMA.Basicchromosomenumberandpolyploidy-dependenttranscriptomedivergenceinthegenusBrachypodium.BMCGenomics.2019,20(1):102.4.ChengF,XiaoX,ChenW,etal.DecipheringthediploidancestralgenomeoftheMesohexaploidBrassicarapa[J].NatureCommunications,2013,4(1):1-10.5.GeXH,YuQY,BhattaraiK,etal.Constructionofahigh-densityDArTseqSNP-basedg