微生物第5章分類與鑒定

關(guān)于微生物第5章分類與鑒定一、生物的系統(tǒng)發(fā)育和進(jìn)化1、對(duì)生物分類的兩種原則：傳統(tǒng)：根據(jù)表形特征的相似程度分類。重在應(yīng)用，不以反應(yīng)生物之間的進(jìn)化關(guān)系為目的現(xiàn)代：通過(guò)比較不同物種間基因序列的相關(guān)性來(lái)類，目的是探尋各物種間的進(jìn)化關(guān)系，建立反映生物發(fā)育相關(guān)性的分類系統(tǒng)。第2頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天2、傳統(tǒng)的分類體系1753年：瑞典人林奈（CarrolusLinneaus）兩界分類系統(tǒng)：生物動(dòng)物植物1969年：惠特克（R.H.Whittaker）：

原核生物界：細(xì)菌、藍(lán)細(xì)菌原生生物界：原生動(dòng)物、單細(xì)胞藻類五界系統(tǒng)真菌界：真菌、酵母菌植物界動(dòng)物界第3頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天3、反映生物系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)性的進(jìn)化計(jì)時(shí)器生物AA、B間的生物B進(jìn)化關(guān)系理想的生物進(jìn)化計(jì)時(shí)器應(yīng)具備的條件：見(jiàn)書原核生物核糖體（70S）：大亞基（50S）：蛋白質(zhì)+23SrRNA+5SrRNA

小亞基（30S）：蛋白質(zhì)+16SrRNA真核生物核糖體（80S）：大亞基（60S）：蛋白質(zhì)+28SrRNA+5~5.8SrRNA

小亞基（40S）：蛋白質(zhì)+18SrRNA

比較兩者核苷酸or氨基酸序列差異（進(jìn)化計(jì)時(shí)器）第4頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天

20世紀(jì)70年代，沃斯（CarlWoese）根據(jù)生物核糖體中18SrRNA和16SrRNA的堿基序列將生物劃分為3個(gè)“域（domain)“或稱“原界”：古細(xì)菌原界（Archaea）：甲烷菌，嗜鹽菌，嗜熱菌等真細(xì)菌原界（Bacteria）：除古細(xì)菌外的其它原核生物真核生物原界(Eukarya)：原生生物、真菌、動(dòng)物、植物4、三域分類學(xué)說(shuō)第5頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天生物的三原界系統(tǒng)發(fā)育樹第6頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天二、微生物的分類單元和命名：

1、種以上的微生物分類單元：界（Kingdom）、門（Phylum）、綱（Class）、目（Order）、科（Family）、屬（Genus）、種（Species）2、對(duì)于微生物來(lái)說(shuō)，種的概念：表型特征和包括16SrRNA在內(nèi)的基因序列特征高度相似的菌株群，而且這個(gè)菌株群和其它類群有明顯差異。

3、種以下的分類概念：菌株（strain）、模式菌株（typestrain）亞種（subspecies）型（form）：生物型、血清型、噬菌體型……

第7頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天

4．菌種學(xué)名

（1）按《國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)》命名的，國(guó)際公認(rèn)，通用的正式菌種名字。采用林奈的雙名法：學(xué)名：屬名+種名加詞（字母均為斜體）屬名：拉丁文或希臘文，名詞，單數(shù)，第一個(gè)字母大寫，描述微生物的一般的、主要的特性。

種名加詞：拉丁文或希臘文，形容詞，字母小寫，描述該菌種具體、次要特征。例：金黃色葡萄球菌：Staphylococcus

aurous結(jié)核分枝桿菌：Mycobacterium

tuberculosis第8頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天

如果泛指某一屬的微生物，或某菌種，知其屬但種名未定，可用“sp”“spp”作加詞：

Bacillus

sp:一個(gè)尚未定名的芽孢桿菌

Bacillus

spp:泛指芽孢桿菌屬的菌種（2）種以下分類：亞種（subspecies,subsp）指某一明顯而穩(wěn)定的特征與模式種不同的種，例：蠟狀芽孢桿菌的蕈狀亞種：

Bacillus

cereussubsp.

Mycoides變種（Variety,Var）:現(xiàn)不正式使用，枯草芽孢桿菌黑色變種：

Bacillus

subtilis

var.

niger第9頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天

菌株（strain）:由一個(gè)獨(dú)立的單細(xì)胞繁殖形成的微生物純種群體，使用較廣泛。某菌種的菌株名稱加在菌種學(xué)名之后，可任意取名，例：華癸中生根瘤菌7653R菌株：

Mesorhizobiumhuakuii7653R費(fèi)氏中華根瘤菌USDA205株：

SinorhizobiumfrediiUSDA205同一菌種學(xué)名在一篇文章中首次出現(xiàn)時(shí)應(yīng)寫全稱，第二次出現(xiàn)，屬名可只寫第一個(gè)字母,字母右下加圓點(diǎn)，以示縮寫：

EscherichiacoliE.coli第10頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天三、原核生物的鑒定和分類方法傳統(tǒng)分類依據(jù)：表型特征現(xiàn)代分類依據(jù)：以遺傳型特征為依據(jù)的分子分類（一）傳統(tǒng)分類方法高等動(dòng)物：外部形態(tài)、內(nèi)部解剖結(jié)構(gòu)種子植物：生殖器官特征：花、果實(shí)微生物：微生物形體小，類型多，變異大，微生物分類、鑒定的依據(jù)遠(yuǎn)較其他生物復(fù)雜：第11頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天個(gè)體形態(tài)：細(xì)胞形狀、大小、特殊結(jié)構(gòu)（如芽孢、鞭毛、莢膜）、革蘭氏染色反應(yīng)等…群體形態(tài)：在固體瓊脂上的菌落形態(tài)、斜面菌苔特征、液體培養(yǎng)特征生理生化反應(yīng)：產(chǎn)能方式、與氧氣關(guān)系、碳源氮源利用、糖發(fā)酵、乙酰甲基甲醇試驗(yàn)（V.P）、吲哚試驗(yàn)、明膠液化、淀粉水解、產(chǎn)氨試驗(yàn)等……血清學(xué)試驗(yàn)噬菌體分型第12頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天DifferentShapes1、細(xì)菌的個(gè)體與群體形態(tài)

（1）細(xì)菌的個(gè)體形態(tài)第13頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天

（2）

細(xì)菌的排列方式：母細(xì)胞子細(xì)胞立即分開分散個(gè)體不立即分開形成各種排列方式

不同排列方式多見(jiàn)于球菌，是球菌的分類依據(jù)之一：?jiǎn)吻蚓㈦p球菌、鏈球菌、四聯(lián)球菌、八疊球菌、葡萄球菌桿菌多為單生（E.coli）或排成鏈狀(B.t)，對(duì)分類意義不大第14頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天第15頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天第16頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天（3）

細(xì)菌的群體形態(tài)細(xì)菌在自然環(huán)境或培養(yǎng)基上大量繁殖后，形成肉眼可見(jiàn)的群體。在固體培養(yǎng)基上由單個(gè)細(xì)胞生長(zhǎng)繁殖形成的群體稱為菌落（colony）；

第17頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天

細(xì)菌在固體瓊脂平板上形成的菌落特征可作為分類鑒定的依據(jù)，如：菌落大小、形狀顏色、光澤、隆起狀況等。細(xì)菌在斜面、半固體、液體等培養(yǎng)條件下也有不同生長(zhǎng)特征，可作為分類鑒定的依據(jù)。第18頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天第19頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天2、常用分類方法二分法數(shù)值分類法（Numericaltaxonomy）見(jiàn)書3、

分子分類法：G+C

百分比的測(cè)定核酸雜交16SrRNA堿基測(cè)序4、細(xì)菌鑒定的自動(dòng)分析技術(shù)API系統(tǒng)Biolog系統(tǒng)第20頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天API細(xì)菌鑒定系統(tǒng)第21頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天適用于腸道厭氧細(xì)菌的Enterotube鑒定系統(tǒng)第22頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天四、原核生物的分類系統(tǒng)美國(guó)微生物學(xué)會(huì)組織編寫的鑒定細(xì)菌的兩部工具書1．《伯杰氏鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》

（Bergey’sManualofDeterminativeBacteriology）該書根據(jù)細(xì)菌形態(tài)和生理特征進(jìn)行分類，其分類體系被世界各國(guó)普遍接受

1923年第1版

1994年第9版：以細(xì)菌形態(tài)和生理類型為依據(jù)，結(jié)合系統(tǒng)發(fā)育知識(shí)，將細(xì)菌分為35個(gè)群，4個(gè)大類：

1.具Cellwall的G-真細(xì)菌

2.具Cellwall的G+真細(xì)菌

3.無(wú)Cellwall真細(xì)菌

4.古細(xì)菌第23頁(yè),共25頁(yè)，2024年2月25日，星期天2．《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》

（Bergey’sManualofSystematicBacteriology）該書在《伯杰氏鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》基礎(chǔ)上，建立了以核酸雜交、