生物信息學(xué)現(xiàn)狀和重要研究方向68172

生物信息學(xué)現(xiàn)狀和重要研究方向68172

近年來GenBank中的DNA堿基數(shù)目呈指數(shù)增加，大約每14個月增加一倍。到1999年12月其數(shù)目已達(dá)30億，它們來自47000種生物。2000年4月DNA堿基數(shù)目是60億?，F(xiàn)在，2001年初這一數(shù)目已達(dá)110億。各種生物的EST序列已達(dá)600多萬條，其中人類的EST序列已超過300萬條，估計(jì)覆蓋人類基因90％以上；UniGene的數(shù)目約達(dá)7萬個；自1999年初單核苷酸多態(tài)性(SNPs,SingleNucleotidePolymorphisms)數(shù)據(jù)庫出現(xiàn)以來，到2000年3月20日SNP的總數(shù)是26569，現(xiàn)在已超過350萬；自全長1.8Mb的嗜血流感桿菌（HaemophilusinfluenzaeRd）基因組序列于1995年發(fā)表（Fleischmannetal.，1995）以來，已有54個模式生物的完整基因組被測序完成，它們中有9個古細(xì)菌、31個原核真細(xì)菌、14個真核生物的完整基因組或它們的完整染色體，其中包括釀酒酵母和線蟲。還有另外的70余個微生物基因組正在測試當(dāng)中；

果蠅基因組包括1.2億堿基對的編碼區(qū)已于2000年2月測序并組裝完成；人類基因組研究的標(biāo)志性工作，包含三千三百萬堿基對的人第22號染色體已于1999年11月完成測序，其結(jié)果發(fā)表在1999年12月2日的Nature雜志上。從第22號染色體已鑒定出679個基因，其中55％的基因是未知的。有35種疾病與該染色體突變相關(guān)，象免疫系統(tǒng)疾病、先天性心臟病和精神分裂癥。作為人類基因組研究的里程碑性的工作，覆蓋率為90％的人完整基因組的“工作草圖”已經(jīng)在2000年4月底完成，到2003年將獲得覆蓋率為99％的人類基因組全部序列。對人的大約3萬個基因，到目前為止已定位在染色體上的基因數(shù)目有14015個(見/LocusLink/statistics.html);

分子生物學(xué)和遺傳學(xué)的文獻(xiàn)積累從60年代中期的接近10萬篇迅速增長至60年代末期的20多萬篇，即在3-4年間，翻了一番。此后，至80年代中期，上升至約30萬篇，即平均每年增長6-7千篇。至90年代中，文獻(xiàn)數(shù)已上升至40多萬篇；即在10年中，平均每年增長1萬篇。到2000年，則增長至約50萬篇，即在約5年間，又增長了10萬篇（根據(jù)有關(guān)PubMed數(shù)據(jù)整理）。

美國的核酸數(shù)據(jù)庫GenBank〖Banson,D.A.etal.(1998)NucleicAcidsRes.26,1-7〗從1979年開始建設(shè)，1982年正式運(yùn)行；歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的EMBL數(shù)據(jù)庫也于1982年開始服務(wù)；日本于1984年開始建立國家級的核酸數(shù)據(jù)庫DDBJ，并于1987年正式服務(wù)。從那個時候以來，DNA序列的數(shù)據(jù)已經(jīng)從80年代初期的百把條序列，幾十萬堿基上升至現(xiàn)在的110億堿基！這就是說，在短短的約18年間，數(shù)據(jù)量增長了近十萬倍。Howmanycharactersareinthe“HeavenBook”?

3*10910,000books

1book100pages1page3,000charactersCCGGTCTCCCCGCCCGCGCGCGAAGTAAAGGCCCAGCGCAGCCCGCGCTCCTGCCCTGGGGCCTCGTCTTTCTCCAGGAAAACGTGGACCGCTCTCCGCCGACAGTCTCTTCCACAGACCCCTGTCGCCTTCGCCCCCCGGTCTCTTCCGGTTCTGTCTTTTCGCTGGCTCGATACGAACAAGGAAGTCGCCCCCAGCGAGCCCCGGCTCCCCCAGGCAGAGGCGGCCCCGGGGGCGGAGTCAACGGCGGAGGCACGCCCTCTGTGAAAGGGCGGGGCATGCAAATTCGAAATGAAAGCCCGGGAACGCCGAAGAAGCACGGGTGTAAGATTTCCCTTTTCAAAGGCGGGAGAATAAGAAATCAGCCCGAGAGTGTAAGGGCGTCAATAGCGCTGTGGACGAGACAGAGGGAATGGGGCAAGGAGCGAGGCTGGGGCTCTCACCGCGACTTGAATGTGGATGAGAGTGGGACGGTGACGGCGGGCGCGAAGGCGAGCGCATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATTGATCAATCCGCTTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGACGGTGCCATCACGCCCAGCTCATTGTTGATTCCCGCCCCCTTGGTAGAGACGGGATTCCGCTATATTGCCTGGGCTGGTGTCGAACTCATAGAACAAAGGATCCTCCCTCCTGGGCCTGGGCGTGGGCTCGCAAAACGCTGGGATTCCCGGATTACAGGCGGGCGCACCACACCAGGAGCAAACACTTCCGGTTTTAAAAATTCAGTTTGTGATTGGCTGTCATTCAGTATTATGCTAATTAAGCATGCCCGGTTTTAAACCTCTTAAAACAACTTTTAAAATTACCTTTCCACCTAAAACGTTAAAATTTGTCAAGTGATAATATTCGACAAGCTGTTATTGCCAAACTATTTTCCTATTTGTTTCCTAATGGCATCGGAACTAGCGAAAGTTTCTCGCCATCAGTTAAAAGTTTGCGGCAGATGTAGACCTAGCAGAGGTGTGCGAGGAGGCCGTTAAGACTATACTTTCAGGGATCATTTCTATAGTGTGTTACTAGAGAAGTTTCTCTGAACGTGTAGAGCACCGAAAACCACGAGGAAGAGAGGTAGCGTTTTCATCGGGTTACCTAAGTGCAGTGTCCCCCCTGGCGCGCAATTGGGAACCCCACACGCGGTGTAGAAATATATTTTAAGGGCGCG

(1250characters)

關(guān)鍵是先要從一個個序列片段中得到這本天書FROMSEQUENCEDATAOFDNATO3D-STRUCTUREOFPROTEINgene(codingregions,exons)primarysequenceofprotein3D-structureofproteinbiologicalfunction“JunkDNA”(uncodingregions,95%ofhumangenome)

Oneofthelargestchallengesisidentifyingtheunknownfunctionsthatalmostcertainlyexistinmuchofthe“junk”DNA.

?

生物信息學(xué)是把基因組DNA序列信息分析作為源頭，破譯隱藏在DNA序列中的遺傳語言，特別是非編碼區(qū)的實(shí)質(zhì)；同時在發(fā)現(xiàn)了新基因信息之后進(jìn)行蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)模擬和預(yù)測。

生物信息學(xué)的研究目標(biāo)是揭示“基因組信息結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性及遺傳語言的根本規(guī)律”。它是當(dāng)今乃至下一世紀(jì)自然科學(xué)和技術(shù)科學(xué)領(lǐng)域中“基因組、“信息結(jié)構(gòu)”和“復(fù)雜性”這三個重大科學(xué)問題的有機(jī)結(jié)合。

二、若干重要科學(xué)研究內(nèi)容

(一)、大規(guī)?；蚪M測序中的信息分析

大規(guī)模測序是基因組研究的最基本任務(wù)，它的每一個環(huán)節(jié)都與信息分析緊密相關(guān)。從測序儀的光密度采樣與分析、堿基讀出、載體標(biāo)識與去除、拼接與組裝、填補(bǔ)序列間隙、到重復(fù)序列標(biāo)識、讀框預(yù)測和基因標(biāo)注的每一步都是緊密依賴基因組信息學(xué)的軟件和數(shù)據(jù)庫的。

大部分新基因是靠理論方法預(yù)測出來的。比如啤酒酵母完整基因組(約1300萬bp)所包含的6千多個基因，大約60％是通過信息分析得到的。a)、利用EST數(shù)據(jù)庫(dbEST)發(fā)現(xiàn)新基因和新SNPs

國際上現(xiàn)已出現(xiàn)了幾個基于EST的基因索引如UniGene(/pub/schuler/unigene),Merck-Geneindex(/est/esthmpg.html),GenExpress-index()，這些基因索引數(shù)據(jù)庫(即二次數(shù)據(jù)庫)構(gòu)建了基因框架，極大地方便了相關(guān)研究者。

超大規(guī)模計(jì)算b)、從基因組DNA序列中預(yù)測新ORF

(二)、新基因和新SNPs的發(fā)現(xiàn)與鑒定(三)、比較基因組學(xué)研究

研究生命是從哪里起源的？生命是如何進(jìn)化的？遺傳密碼是如何起源的？估計(jì)最小獨(dú)立生活的生物至少需要多少基因，這些基因是如何使它們活起來的？比如，鼠和人的基因組大小相似，都含有約三十億堿基對，基因的數(shù)目也類似?？墒鞘蠛腿瞬町惔_如此之大，這是為什么？同樣，有的科學(xué)家估計(jì)不同人種間基因組的差別僅為0.1%；人猿間差別約為1%。但他們表型間的差異十分顯著。這又為什么？

完整基因組序列的比較研究是解決這些問題的重要途徑。Thedistributionofmousehomologygenesinthehumanchromosome

(DatafromGenBank，CoordinatebyR.S.Chen)

*************************************************************************

genesinthisNo.chromosomeofdistributionofmousehomologygenesmouseinhumanchromosome11、2、5、6、8、13、1822、7、9、10、11、15、2031、3、4、841、6、8、951、4、7、12、13、18、2262、3、7、10、1276、10、11、15、16、1981、4、8、13、16、1993、6、11、15、19106、10、12、19、21、22112、5、7、16、17、22122、7、14131、5、6、7、9、15、17143、8、10、13、14、X155、8、12、22163、8、16、21、22176、16、19、21185、10、18199、10、11、XXX***********************************************************************

Studyonconservationofgeneorderin

completegenomes.Weanalyzedthegeneorderof70ribosomalproteinsin16completegenomes.Thesegeneswouldform9-14operonsineachgenome.Theresultsshowthat:

(1)therearemorethat20ribosomalproteinscontainedinrpL3andrpL4operons,thegeneorderofthesegenesareveryconservedinbothEu-bacteriaandArchae-bacteria;

(2)someoperons’structurearespecialtoEu-bacteriaandArchae-bacteriarespectively;

(3)ineachkingdom,somedifferenceofgeneorderindifferencespeciescouldbeusedtoinfertheevolutionaryrelationshipofthesespecies.

Thismethodprovidesanewwaytostudytheevolutionaryrelationshipofthoseoldspecies.

*

chromosome13arerelativelystable,forinstance,whereaschromosome12inmenandchromosome16inwomenareenormouslyfickle.

*whyvertebrateshavefourtimesasmanyHOXgenes,agroupofkeydevelopmentalgenes,asdofruitflies.

(四)、基于完整基因組數(shù)據(jù)的生物進(jìn)化研究自1859年Darwin的物種起源(OriginofSpecies)發(fā)表以來，進(jìn)化論成為對人類自然科學(xué)和自然哲學(xué)發(fā)展的最重大貢獻(xiàn)之一。進(jìn)化論研究的核心是描述生物進(jìn)化的歷史(系統(tǒng)進(jìn)化樹)和探索進(jìn)化過程的機(jī)制。自本世紀(jì)中葉以來，隨著分子生物學(xué)的不斷發(fā)展，進(jìn)化論的研究也進(jìn)入了分子水平。當(dāng)前分子進(jìn)化的研究已是進(jìn)化論研究的重要手段，并建立了一套依賴于核酸、蛋白質(zhì)序列信息的理論方法。完整的理論分析過程必須包含以下步驟：

序列相似性比較。就是將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫進(jìn)行比較，用于確定該序列的生物屬性，也就是找出與此序列相似的已知序列是什么。完成這一工作只需要使用兩兩序列比較算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；l

序列同源性分析。是將待研究序列加入到一組與之同源，但來自不同物種的序列中進(jìn)行多序列同時比較，以確定該序列與其它序列間的同源性大小。這是理論分析方法中最關(guān)鍵的一步。完成這一工作必須使用多序列比較算法。常用的程序包有CLUSTAL等；l

構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。根據(jù)序列同源性分析的結(jié)果，重建反映物種間進(jìn)化關(guān)系的進(jìn)化樹。為完成這一工作已發(fā)展了多種軟件包，象PYLIP、MEGA等；l

穩(wěn)定性檢驗(yàn)。為了檢驗(yàn)構(gòu)建好的進(jìn)化樹的可靠性，需要進(jìn)行統(tǒng)計(jì)可靠性檢驗(yàn)，通常構(gòu)建過程要隨機(jī)地進(jìn)行成百上千次，只有以大概率（70％以上）出現(xiàn)的分支點(diǎn)才是可靠的。通用的方法使用Bootstrap算法，相應(yīng)的軟件已包括在構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹所用的軟件包當(dāng)中。為便于使用者查找表三給出了進(jìn)化分析相關(guān)軟件的因特網(wǎng)地址。進(jìn)化分析相關(guān)軟件的因特網(wǎng)地址********************************************************序列分析和多序列比較#BLASTWebsite/BLAST/#FASTAatEBIhttp://www2.ebi.ac.uk/fasta3/#CLUSTALWsoftwareftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW

#HMMERsoftware/#SAMprofilesoftware/research/compbio/sam.html#BCMSearchLauncher

:8088/searchlauncher/launcher.html系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建和穩(wěn)定性分析#PHYLIP/phylip.html#Hennig86/~mes/hennig/software.html#MEGA/METREE/faculty/nei/imeg#GAMBIT/mcdbio/Faculty/Lake/Research/Programs/#MacClade/macclade/macclade.html#PAUP/PAUP/#GCGsoftwarepackage/*******************************************************

humangenomeshares223geneswithbacteria--genesthatdonotexistintheworm,fly,oryeast.

Areticulatedtree,ornet,whichmightmoreappropriatelyrepresentlife'shistory.

MoreandmoreLGT(LateralGeneTransfer)werediscoveredandreported.Somepeopleguess1.5%~14.5%ofgenesinagenomearerelatedwithLGT,evenrRNAmoleculesareinvolvedinLGT;

Garcia-VallvéS,RomeuA,PalauJ.，GenomeRes,2000,11,1719~1725

YapWH,ZhangZ,WangY.，J.Bacteriol.1999,181:5201~5209

Somepeopleargueitisimpossibletoreconstructauniversallifetree;

PennisiE.，Science,1999,284:1305~1307DoolittleRF.，Nature,1998,392:339~342Asmoreandmorewholegenomesequenceandtherelateddatabecomeavailable,itispossibletore-considerthephylogenyandclusteringpropertiesofspeciesinmorebroadmeasurements,eveninlevelofwholegenome.

PhylogenyBasedonWholeGenomeasinferredfromCompleteInformationSetAnalysis(CISA)

wepresentanewmethodbasedoninformationtheorytocalculatethephylogenicdistancebetweenbiologicalsequences,including16sRibosomalRNA,whichisusedformethodproof-test,24completelysequencedgenomes,aswellasallpredictedORFproductsofthem,creatingPhylogenyofgenomeandproteomeusingneighboring-joiningalgorithm.Scientistshavealreadybeenconsciousofthatnootherbiologicalsequencecanbringmorephylogeneticinformationthanthegenome.However,previousalgorithmsdon’thavetheabilitytohandlesuchmegabaselevelnucleicacidoraminoacidsequences,whoselengthsizesareinmostcasesunequal.Phylogenyof23completelysequencedBacteriaandArchaeaspeciesonthebasisof16srRNA.

A)Phylogenetictreebuiltbyournewmethod.B)PhylogenetictreebuiltbyClustalwprogram.

Phylogenyof24completelysequencedBacteria,ArchaeaandEukaryaspecies.

A)genomictree.

PhylogenyofT.tengcongensisbasedonWholeGenome(五)、大規(guī)模基因功能表達(dá)譜的分析

隨著人類基因組測序逐漸接近完成，人們自然會提出如下的問題：即使我們已經(jīng)獲得了人的完整基因圖譜，那我們對人的生命活動能說明到什么程度呢？人們進(jìn)一步提出了一系列由上述數(shù)據(jù)所不能說明的問題，例如：基因表達(dá)的產(chǎn)物是否出現(xiàn)與何時出現(xiàn)；基因表達(dá)產(chǎn)物的定量程度是多少；是否存在翻譯后的修飾過程，若存在是如何修飾的；基因敲除（knock-out）或基因過度表達(dá)的影響是什么；多基因差異表達(dá)與表現(xiàn)型關(guān)系如何等等。概括這些問題，其實(shí)質(zhì)應(yīng)該是：知道了核酸序列和基因，我們依然不知道它們是如何發(fā)揮功能的，或者說它們是如何按照特定的時間、空間進(jìn)行基因表達(dá)的，表達(dá)量有多少。

很多實(shí)驗(yàn)表明，在不同的組織中表達(dá)基因的數(shù)目差別是很大的，腦中基因表達(dá)的數(shù)目最多，約有3－4萬個轉(zhuǎn)錄子。有的組織中只有幾十或幾百個基因表達(dá)。不確切知道每種組織中表達(dá)基因的數(shù)目，以及每個基因的表達(dá)量，就無法從分子水平上了解這一組織在生命活動中的功能。研究工作也表明，同一組織在不同的個體生長發(fā)育階段表達(dá)基因的種類、數(shù)量也是不同的，有些基因是在幼年時期表達(dá)的，有些是中年階段表達(dá)的，有些要到老年時期才表達(dá)；不考慮伴隨著生物的生長發(fā)育，基因表達(dá)狀況的變更，也無法確切地說明生命的過程。因此不少科學(xué)家認(rèn)為基因組研究應(yīng)當(dāng)進(jìn)入一個內(nèi)函更豐富、更深刻的階段。這一階段的核心是獲得基因的功能表達(dá)譜。按物理學(xué)家的觀點(diǎn)是應(yīng)將存在于人類基因組上的靜的基因圖譜，向時間、空間維上展開。為了得到基因表達(dá)的功能譜，國際上在核酸和蛋白質(zhì)兩個層次上都發(fā)展了新技術(shù)。這就是在核酸層次上的DNA芯片技術(shù)和在蛋白質(zhì)層次上的大規(guī)模蛋白質(zhì)分離和序列鑒定技術(shù)，也稱蛋白質(zhì)譜技術(shù)和蛋白質(zhì)組研究。

(六)、非編碼區(qū)功能研究Whatisthetotalnumberofhumangenes?

28,000±4,000Only1.1%ofthegenomeisspannedbyexons,whereas24%isinintrons,with75%ofthegenomebeingintergenicDNA.

Oneofthelargestchallengesisidentifyingtheunknownfunctionsthatalmostcertainlyexistinmuchofthe“junk”DNA.OrganismYearMillionsTotalPredictedNumberofgenesofbasescoveragenumberpermillionbasessequenced(%)ofgenessequenced

Humangenomeroughdraft20012,6938431,78012(publicsequence)Humangenomeroughdraft20012,6548339,11415(Celerasequence)Humanchromosome21200034752257

Humanchromosome221999347054516

Arabidopsisthaliana

20001159225,498221

Drosophilametanogaster20001166413,601117

Caenorhabditiselegans

1998979919,099197

Saccharomycescerevisiae

199612935,800483

NoncodingDNA:

intron24%

intergenicDNA75%

promoter

telomeres

repetitive45%

LINE21％850,000（拷貝數(shù)）

SINE13％1,500,000

LTR8％450,000

Transposons3%300,000

LINEplayacrucialroleinXinactivation,theprocessbywhichoneofthetwoXchromosomesinafemaleisturnedoffearlyindevelopment.

重復(fù)序列在基因組中的比例

Human45%

Arabidopsis11%

C.elegans7%

D.melanogaster3%

Isthe'triplet'uniqueinDNAsequences?

Asweregardthecodelengthofproteinencodingregionsas'3',whichalwaysiscalledtripletcode,thencouldweregardthatofstructuralRNAencodingregionsas'1'?Furthermore,isthereanykindofcodonwithcodelengthotherthan'3'and'1'in“junk”DNA?Thisisaveryinterestquestion.Dvalue(unevenPositionalBaseFrequencesMethod)(periodicityindexofasequences)PeriodicityIndexWordLengthPFig1.PeriodicityindexplotofintronFig2.PeriodicityindexplotofexonPeriodicityIndexWordLengthPStudyonpossibleperiodicityinintronsStudyonpossibleperiodicityinAluelementAluelementsareverycommoninprimategenomes.Totallythereareabout500,000to1,000,000copynumbersofAluinahumangenome.WestudieditspossibleperiodicitieswithVoss’smappingmethodandpowerandcross-powerspectradensitymethod.Itshowsthatthereexistsaperiodicity8withsignificantstatisticsinAlus.Besides,initsrightmonomer,therealsoexistperiodicity6.ThisresultstronglysupportsthatAluelementmightberelatedwithgeneregulation.PossiblePeriodicityonAluSequencesPeriodicityof32AluSequences

表一、基因組信息學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫、服務(wù)器和中心*******************************************************************************Databases#GenBank#EMBLhttp://www.ebi.ac.uk#GDB#PDB#PIR/Dan/proteins/pir.html#ExPASyMolecularBiologyhttp://expasy.hcuge.ch#GenomeSequenceDatabase(GSDB):80/gsdb#NucleicAcidDatabase(NDB)#DNADataBankofJapan(DDBJ)http://www.nig.ac.jp#StructuralClassificationofProteins(SCoP)/scop*******************************************************************************HumanGenomeCenter#BaylorCollegeofMedicineHumanGenomeCenter:8088/home.html#CooperativeHumanLinkageCenter(CHLC)#LawrenceBerkeleyLaboratoryHumanGenomeCenter(LBL)/GenomeHome.html#LawrenceLivermoreNationalLaboratoryBiologyandBiotechnologyRese-archProgram(LLNL)/bbrp/genome/genome.html#LosAlamosNationalLaboratoryBiosciences(LANL)/LSwelcome.html#ResourceforMolecularCytogenetics(UCSF/LBL)#StanfordHumanGenomeCenter#TheInstituteforGenomicResearch(TIGR)#UnversityofMichiganHumanGenomeCenter/Home.html#UniversityofTexasHealthScienceCenteratSanAntonioGenomeCenter

#WashingtonUniversityCenterforGeneticsinMedicine:70/1/CGM#WhiteheadInstituteCenterforGenomeResearch(atMIT)

#YaleUniversity,AlbertEinsteinCenter#SangerCentre(UK)http://www.sanger.ac.uk#Genethon(Frace)http://www.genethon.fr/genethon_en.html#HGMPResourceCentre(UK)http://www.hgmp.mrc.ac.uk#GenomeNet(Japan)http://www.genome.ad.jp*******************************************************************************HumanChromosome-SpecificWWWServers#Chromosome3(UniversityofTexas,SanAntonio)/DB#Chromosome8(Baylor):8088/chr8/home.html#Chromosome9(London)http://diamond.gene.ucl.ac.uk/chr9home.html#Chromosome12(Yale)/chr12/Home.html#Chromosome16(LANL)/data/map16.txt#Chromosome19(LLNL)/bbrp/genome.html#Chromosome21(USDA):8300/cgi-bin/dbrun/hch21?c#Chromosome22(UniversityofPenn.)/~cbil/chr22db#ChromosomeX(USDA):8300/cgi-bin/nph-3.sh/hchx/hchx?c#MitochondrialChromosome(Emory)/mitomap.html*******************************************************************************SomeModelOrganismServers#C.elegansGenomeDatabase(ACeDB)http://moulon.inra.fr/acedb/acedb.html#DrosophilaFlyBase(Harvard)#MouseGenomeDatabase(MGD)/mgd.html#DogGenomeProject(Berkeley)/dog.html#SheepGenomeMappingProject(USDA)/genome/sheep/sheep.html#CattleCytogeneticMap(Japan)http://ws4.niai.affrc.go.jp/dbsearch2/cmap/cmap.html#PigMap(RoslinInstitute,UK)http://rio3.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/pigmap.html#ChickenMap(RoslinInstitute,UK)http://rio3.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/ChickMapHomePage.html#ZebrafishSite(UniversityofOregon)#SaccharomycesGenomicInformationResource#ArabidopsisGenomeDatabase(AAtDB)#MaizeGen