實(shí)驗(yàn)動(dòng)物微衛(wèi)星DNA、斑馬魚SNP遺傳標(biāo)記的檢測(cè)方法、MHC單倍型實(shí)驗(yàn)雞和實(shí)驗(yàn)鴨直接測(cè)序檢測(cè)方法

（規(guī)范性）

實(shí)驗(yàn)動(dòng)物微衛(wèi)星DNA標(biāo)記遺傳檢測(cè)方法基因組DNA的提取基因組DNA提取方法按照NY/T1673的規(guī)定執(zhí)行。微衛(wèi)星位點(diǎn)用于檢測(cè)封閉群和近交系實(shí)驗(yàn)小型豬遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)分別為25個(gè)和10個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、染色體位置、引物序列、等位基因數(shù)、等位基因范圍和退火溫度按照表A.1的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)小型豬微衛(wèi)星位點(diǎn)的引物序列、退火溫度、等位基因數(shù)及等位基因分布范圍位點(diǎn)引物序列(5′～3′)所在染色體Mg2+濃度（mM）退火溫度(℃)等位基因數(shù)等位基因范圍適用群體SW974GGTGAAGTTTTTGCTTTGAACCGAAAGAAATCCAAATCCAAACC12.05817129～175封閉群S0091TCTACTCCAGGAGATAAGCCAGATCAGTGACTCCATGCACAGTTATGA21.5551496～174封閉群SW240AGAAATTAGTGCCTCAAATTGGAAACCATTAAGTCCCTAGCAAA21.5581192～114封閉群SW1066GCAGGATGAACCACCCTGCTCTTGAGGCAACCTGCTG32.06019166～214封閉群SW1089TTTTCCCCTTCACTCACCCGATCAAAGTCCCTTACTCCGG41.55810142～190封閉群S0005TCCTTCCCTCCTGGTAACTAGCACTTCCTGATTCTGGGTA52.05411204～244封閉群SW1057TCCCCTGTTGTACAGATTGATGTCCAATTCCAAGTTCCACTAGC62.05814142～191封閉群SW632TGGGTTGAAAGATTTCCCAAGGAGTCAGTACTTTGGCA72.0549148～173封閉群OPNCCAATCCTATTCACGAAAAAGCCAACCCACTTGCTCCCAC82.05912138～170封閉群SW29AGGGTGGCTAAAAAAGAAAAGGATCAAATCCTTACCTCTGCAGC82.06112133～187封閉群SW911CTCAGTTCTTTGGGACTGAACCCATCTGTGGAAAAAAAAAGCC92.06014151～178封閉群SW511AAGCAGGAATCCCTGCATCCCCAGCCACCAGTCTGAC91.56212161～196封閉群SWr158TCCAATTCAACTCCTGGCTCGAATGTGCACATACCACATGC102.06018158～200封閉群SW951TTTCACAACTCTGGCACCAGGATCGTGCCCAAATGGAC101.55814108～142封閉群SW271TTCCAGTGGCTTTCTGTGCCATTCATTCCCAGTGAAACTTG111.55813111～144封閉群S0386TCCTGGGTCTTATTTTCTATTTTTATCTCCAACAGTAT112.04812155～178封閉群S0068CCTTCAACCTTTGAGCAAGAACAGTGGTCTCTCTCCCTCTTGCT132.06210210～256封閉群SWr1008ACAGCCACCAACAGTGTTTGGAACTTCCATATGCTGCAAGTG132.0621698～256封閉群S0007TTACTTCTTGGATCATGTCGTCCCTCCTCATAATTTCTG142.05415142～192封閉群SW857TGAGAGGTCAGTTACAGAAGACCGATCCTCCTCCAAATCCCAT142.05816129～173封閉群SWr312ATCCGTGCGTGTGTGCATCTGGTGGCTACAGTTCCGAT151.56411116～136封閉群SW81gatctggtcctgcacagggGGGGCTCTCAGGAAGGAG161.5608128～144封閉群SWr1120CAAATGGAACCCATTACAGTCCACTCCTAGCCCAGGAGCTTC171.56011147～178封閉群S0062AAGATCATTTAGTCAAGGTCACAGTCTGATAGGGAACATAGGATAAAT182.05612144～204封閉群S0218GTGTAGGCTGGCGGTTGTCCCTGAAACCTAAAGCAAAGX1.55411158～196封閉群CGAATAGACATTATGTAAGTTGCTGATGAACTTTCACATCCCTAAGGTCGT1q2.55512250～320近交系SW240AGAAATTAGTGCCTCAAATTGGAAACCATTAAGTCCCTAGCAAA2P1.555896～115近交系SW72ATCAGAACAGTGCGCCGTGTTTGAAAATGGGGTGTTTCC3P1.5558100～116近交系S0005TCCTTCCCTCCTGGTAACTAGCACTTCCTGATTCTGGGTA5q3.05510205～248近交系S0090CCAAGACTGCCTTGTAGGTGAATAGCTATCAAGTATTGTACCATTAGG12q1.5554244～251近交系SW769GGTATGACCAAAAGTCCTGGGTCTGCTATGTGGGAAGAATGC133.0557106～140近交系SW857TGAGAGGTCAGTTACAGAAGACCGATCCTCCTCCAAATCCCAT141.5556144～160近交系S0355TCTGGCTCCTACACTCCTTCTTGATGGTTTGGGTGGGTGCTGAAAAATAGGA153.05514243～277近交系SW24CTTTGGGTGGAGTGTGTGCATCCAAATGCTGCAAGCG171.555896～121近交系S0218GTGTAGGCTGGCGGTTGTCCCTGAACCCTAAAGCAAAGX1.5558164～184近交系用于檢測(cè)實(shí)驗(yàn)狨猴遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為20個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、引物序列、等位基因數(shù)、等位基因范圍和退火溫度按照表A.2的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)狨猴微衛(wèi)星位點(diǎn)的引物序列、退火溫度、等位基因數(shù)及等位基因分布范圍位點(diǎn)引物序列（5′～3′）退火溫度（℃）最大等位基因數(shù)等位基因分布范圍CAJA1GAAGACGGGGGCGTAAATATGTGGTGGCTCATACCTGAA609386～402CAJA6GAGCACCAAGATTGGCATTTCCAATACACATCGGCTTTGA606235～243CAJA10ACCCTACATTGCCAAATTGCGCCTCTTCTGAGGGAAGTGA606198～208CAJA11CGAAAGTGTGCTCAACAGGAAAGGTGGGATTCTGAAAGCA605254～262CAJA13AGCACATGAACACCCAGGTTAGTGAAAACAGGCTGGGAGA606378～390CAJA14AGCACATGAACACCCAGGTTAGTGAAAACAGGCTGGGAGA606216～232CAJA17GGGCACTCCAAGGTCAGTAATTGCCCCCTGCTTATTGTAG6010382～400CAJA18ACTTGCAGGCCAGTGTTCTTTGGACAGCTGAGGTTTCCTT638315～329D10qham51CGGGAATTCAAAGGCGTTCTAGGAGGATTTCGCATTTGGG606103～117Ham157CAGCCAACATGCTTCTCAGTGGTGGAATAAATCAGGCTACCAG606193～205Ham60TGCTCTAGAGGTTCCACTCTGGGCATGTTACCTAACCTCTCTG588139～165Ham65TGAGAACGACTGCTCTAGGTTGGAAGTGGCTTCATTCCTG5810177～201Ham181CAATGAGATGTGTCCAAGTGAGCCAAACACCCAATATGCAGT587213～239Ham184GGCGCAGCTCATCTCTTCACCCTCCCCAGCATCTTCAAGAC637150～172Ham125GTGGGTAAATGCTGCCATCTGTTTCAACTCCTGCGTCTAGTC598187～201Ham101AGACCAAGCATCTTCTTGGACCACCTTTAAACTGCTGTGGTTG596281～297Ham61CAAAGATGCTTGGGGATGGAAAGATCTTGCAGGGCGTAAG6110263～287Ham32GCCCAAATCCTGTTTGACACCCACCTAGATCATCGAGAGTAG587183～199Ham100GACCAACTCCAAAGCTAGCAGGTAACATGCTCTCGACCTT588244～262Ham26GCAAATTCGTGAAGCATTCCAACAGTTGGATGAGTTCCAG598182～206用于檢測(cè)實(shí)驗(yàn)長(zhǎng)爪沙鼠遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為28個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、引物序列、等位基因數(shù)、等位基因范圍和退火溫度按照表A.3的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)長(zhǎng)爪沙鼠微衛(wèi)星位點(diǎn)的引物序列、退火溫度、等位基因數(shù)及等位基因分布范圍位點(diǎn)引物序列（5′～3′）退火溫度（℃）最大等位基因數(shù)等位基因分布范圍AF200942CAGGCACCCCCAGTTTGTCTACACAGGCTGAGGATGT5415180～215AF200943GGCTCCTGATTCTACATTTCTCAACCATTGGCAACTCTC5717154～181AF200944GCTGGGCTTTAATGTTTATTTGGTGGCTCACACTTTCTGT5419113～134AF200946TTTCTGGGGTCTCTTTCTCTCCCATTCTGCAAGACTCCTCT5728195～242AF200945AGTCCCTATTACATCCACAAGTTATCCTGCAAAGCCTAAG5712166～186AF200941TGGGTCCTTTGGAAGATGGCTTAAAATGAATCACTTA5524115～153AF200947GACAGAGTGGGAGGGGTATGTTGGCAAGTTTGGTTTGTTTGA5517188～212D16Mit7CTGCCACCCCTGAACCATTACTACAAGATGTGGGGCATGA52.615480～529D16Mit26CAGGAATAAAGTATAATGGGGTGCCCCATGATCAGTTGGGTTTT49.19207～266D1Mit362TGTGTGACTGCTTGGAAGATGCTGAGTCCCTAAAGTTGTCCTTG50.016476～504D8Mit184GTTTTTCTCAGAAGAATGCAATATACCTGAGAAGAATGAGGAATTTGTCC48.111196～229D7Mit33TCTGAAGTTTGAATGGTTGTGGTTTCAAAATCGTGTCATTTTGC47.315376～394D6Mit37AAAGAATTGCACATCCACTGGTGCCCAGGATGTTTAAGAGG47.014246～265D5Mit31TCAGGGCTCTCTAAGGGACAACTATGCAGCCACCAAATCC53.19318～350D12Mit201CCACTGGATGGCAACAGACTATGTGTTTCAAAACCACACTCG53.118245～283D2Mit22GCTCCCTTTCCTCTTGAACCGGGCCCTTATTCTATCTCCC49.19173～192D15Mit124AGGAGAGAACCAACTGCTGCGGCCAGTGATGACTTTATAATGC59.817232～258D11Mit36CCAGAACTTTTGCTGCTTCCGTGAGCCCTAGGTCCAGTGA58.715234～256D7Mit71CCACCTGGAATACATGTAACCCTAAGATCCAAGAGATGGGTTAAGC49.111165～200D2Mit76CTCAAGTCTCACTTCTCTGCACAACACCCAAGGTTGACCTCTG47.319281～328D3Mit130AACACATGAAACGTGTGCGTTGATAGGCATGCTTAAGCCC50.611213～251D19Mit1AATCCTTGTTCACTCTATCAAGGCCATGAAGAGTCCAGTAGAAACCTC49.115133～165D11Mit35AGTAACATGGAACATCGACGGTGCTCAGCTCTGGAGTGCTA48.113287～307D17Mit38CCTCTGAGGAGTAACCAAGCCCACAGAGTTCTACCTCCAACCC52.614195～251DXMit17CCTGTTTGGGCACCTAGATTTAATAACCCATGTTTTCTGTGGG48.19234～251D8Mit56ACACTCAGAGACCATGAGTACACCGAGTTCACTACCCACAAGTCTCC50.69100～126D10Mit66TCTCCTTGGAATTCACAGCCGACATTCCTTAAGAGAGACAGTCC54.714272～298D13Mit1TCATTCAACATTCTGTCAATCGCACAACAAGGTTAACCTCTAGACA49.014104～132用于檢測(cè)封閉群實(shí)驗(yàn)雪貂遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為21個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、引物序列、重復(fù)等位基因數(shù)按照表A.4的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)雪貂微衛(wèi)星位點(diǎn)的引物序列、等位基因數(shù)及等位基因分布范圍位點(diǎn)引物序列（5′～3′）等位基因分布范圍重復(fù)等位基因數(shù)MpuA4w1CACTTCCTCCCATGGACACTCAAAGTCTCCCACCCTATGC152～174(AC)23MpuA10w4TGGCCTATATGTGCAGATGACTGTTTGTCTTGTACCCTCTGACC154～158(AC)13(AC)7MpuA121w7ACTGCCATCAGGTCATCTAGGGGGTAGACACCTGGCTCAAG105～129(CA)14MpuA129w7GGCCTCTGAACACATAGTTGAAGTACAGAATGGAAGGATCTG197～205(CA)13MpuA212w1CCCTATGAGGGCATGTTTGTCTGCCATGTTTCCACTGGT137～153(TG)13MpuA223w3GAAGACAGCACCCCAGAGTCTGGTTGCCAAGAACTAGCAG213～239(GT)19MpuA229w4GGGTAGGACGTGCTTAAAGATGAGCCCTCAAAGCCTCTTCTC107～139(GT)11(TG)7MpuA231w6CCTCTGGTAACCATCTGTTTGTCTTCAAGATGTTCAGTGTGGA182～224(GT)15MpuB1w4TCCACTACCTGGCCTCATTCACCTCAGGCTCCACTCTCAG178～190(CT)15(CA)8(AC)5(AC)11MpuB6w2TGGGTGTAGAGCATGTTTGGTGCCTATTCCAGGTACCTCAT156～164(TC)18MpuB9w7CGTTACCAACTGTGGCTGTGTGCCTGGGCCTGTGATTA180～192(GA)18MpuB12w3AGTCGACAGATGAGTCCACGAAGTGTCACACATGGCAGGATCT175～179(AG)11(AC)8(AC)7MpuB112w5CCATTACAAGTGCTTGGAGACATGGAACATGCTGGAAATTGT161～165(AG)14MpuB202w3TCTCCTCCTCCTCCTCCTTCATGAGATTGACCGTGCATCA164～168(CTC)5(GA)14MpuB209w2TGCTTCTCCCTCTGACTGCTCCGCCCAAGTATCCCTAAAT119～125(CT)16MpuB217w3TTCCCTGCTTGTGCTCTCTTTGGGGTAAGGGTAGGTATGC126～144(TC)5(TC)17MpuC4w7CTGGCCCTATCACATACATATTCAGGAAGTATACTCATGCCTGCAA147～163(TCCA)9MpuC102w3GGGTGGATGGGTGAGTAGGTACCTTCCCACATTCCATCCTT119～135(TGGA)7MpuD207w5CAGGTGAAGAAGTCCCTCTGTCTTGGTTCTGACCATTTGGA188～214(CT)10(ATAG)7MpuD209w4GAACAGCAAGTAGTCCAACTCTCAGTTGGATCCTTTCCATCACC165～185(TATC)7MpuD231w2TTTGGGTTCCACAGTAGGTGATGCTCTCAATCCATGCTCA132～160(GATA)9用于檢測(cè)實(shí)驗(yàn)貓遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為37個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、染色體位置、引物序列、退火溫度按照表A.5的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)貓微衛(wèi)星位點(diǎn)的擴(kuò)增條件和染色體分布位點(diǎn)引物序列(5′～3′)染色體Mg2+濃度（mM）退火溫度(℃)FCA123CTTCACACTGCGAGAGGACTTCTGACAGGCTCCAGGTTACTA11.557FCA1062CTTCACACTGCGAGAGGACTTCTGACAGGCTCCAGGTTACTA11.558FCA522GTTTGAAATTATGGCTTCCCAACTTCTGGAGAACAAGAGGGAAAAGTB11.554FCA275TCACTCCTGGACTTAACCATCAGTGCTATTGACGAAGGGGCAGB21.557FCA848CTCCTTCACCAAAGGCTGGATGGACATTCTGGAAATGCGGAGB31.557FCA664AGAAAAATGACTACCGACATGGTTGAGTGCGGCTACTATCTGGGC11.556FCA346AATGCCTAGGTAGCACTGTCCCCCAAGTCACCCTCCTGTTGC21.558FCA920CTAGTTGAAGGGGCCAGCACTCTGTCCAGCCCATAGGTGTD11.559FCA221TGGCCCATTAAGCAAGAAGGTTGGCTATGCCAGCAGTTGAAD31.557FCA1014CTGGCAAGAAGTCCACTGGGCATGGCTCCTGAGGTCATGTE31.558FCA1015CTCCAGTGCCCATACGTTGTTGGCCACAAAGATGGTTGTTCE31.557FCA1016GTCACTAAGTGGTGACAGAGCAAACGTTTGAAAGGTGTGCCTF11.556FCA1030CGCCCGCAAAAAGACTCAAGGGACGCCCACTAGCCAAATAF11.558FCA1315CCTGCATCAGTTGATTCCTTGTGGACCATCAGAATGCAGCTCF21.558FCA823AGGGTGTGCTAGAACTAGCTGG

CATTTAGAGGTTCAGGACTGGGB11.558FCA770TCAAGAGTCTTTGCTCAAGGG

TTTACTTAGGACTGACAGGGCAA11.556FCA559GCCAAAATGTTCAAGAGTGG

TTTTGGCTTGATGAGCATCAB11.555FCA976TCCATTTACCTGGGAAATTCC

ACCCTCATGTCTTGGCAATCD41.555FCA1240TCCTGATGTGGCAGTTAAACC

GCATGCCTTGAACCTTTCATD21.558FCA176GGAAACTTGGAAAGCAAAACC

TCCACAGTTGGAGTTCTTAAGGA11.558FCA045TGAAGAAAAGAATCAGGCTGTG

GTATGAGCATCTCTGTGTTCGTGD41.558FCA723TGAAGGCTAAGGCACGATAGA

CGGAAAGATACAGGAAGGGTAA11.558FCA085GGTCCTCACGTTTTCCT

ATGTCTGTATGAGATGCGGTE21.558FCA084TAGGTGAATGTTGGGATTTATGG

AACTGAAGACCAAATTGATGAGA11.555FCA210TGAGCCACCTAGGCACTCTT

AGAAGCATCCAGTGACAATGGB41.559FCA453AATTCTGAGAACAAGCTGAGGG

ATCCTCTATGGCAGGACTTTGA11.560FCA672AAGTTGCTTGCACACACTGC

TCCAAGAGCCTTTTCAGTTAGGF21.560FCA1056GGTGTGAGGGCCTATTCTGA

GGATGTCTCCCTTGACTGGTB41.558FCA1239AAAAGCCCTGACACCCAAG

CTTGACCTTAATTGCTCATTGGD21.558FCA700CCCTTAAAATCGCAGCTCTG

AATCCAAGGAAAACAGGCCTB11.558FCA742TCAATGTCTTGACAACGCATAA

AGGATTGCATGACCAGGAACD41.556FCA678TCCCTCAGCAATCTCCAGAA

GAGGGAGCTAGCTGAAATTGTTA11.556FCA096CACGCCAAACTCTATGCTGA

CAATGTGCCGTCCAAGAACE21.558FCA075ATGCTAATCAGTGGCATTTGG

GAACAAAAATTCCAGACGTGCE21.558FCA149CCTATCAAAGTTCTCACCAAATCA

GTCTCACCATGTGTGGGATGB11.558FCA220CGATGGAAATTGTATCCATGG

GAATGAAGGCAGTCACAAACTGF21.558FCA229CAAACTGACAAGCTTAGAGGGC

GCAGAAGTCCAATCTCAAAGTCA11.558用于檢測(cè)實(shí)驗(yàn)雞遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為29個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、引物序列、等位基因數(shù)和等位基因范圍按照表A.6的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)雞微衛(wèi)星位點(diǎn)的引物序列、退火溫度、等位基因數(shù)及等位基因分布范圍位點(diǎn)引物序列（5′～3′）退火溫度（℃）最大等位基因數(shù)等位基因分布范圍MCW0029GTGGACACCCATTTGTACCCTATGCATGCAATTCAGGACCGTGCA63.88139～188ADL0293GTAATCTAGAAACCCCATCTACATACCGCAGTCTTTGTTC53.96106～120ADL0317AGTTGGTTTCAGCCATCCATCCCAGAGCACACTGTCACTG58.58177～219GCT0016TCCAAGGTTCTCCAGTTCGGCATAAGGATAGCAACAG52.26111～148ADL0304GGGGAGGAACTCTGGAAATGCCTCATGCTTCGTGCTTTTT53.97138～161LEI0074GACCTGGTCCTGACATGGGTGGTTTGCTGATTAGCCATCGCG58.56221～243ADL328CACCCATAGCTGTGACTTTGAAAACCGGAATGTGTAACTG53.95107～120GGANTEClGCGGGGCCGTTATCAGAGCAAGTGCAGGGCGCTCCTGGT65.07139～194LEI0094*CAGGATGGCTGTTATGCTTCCACACAGTGCAGAGTGGTGCGA56.07176～211MCW0330TGGACCTCATCAGTCTGACAGAATGTTCTCATAGAGTTCCTGC58.56217～287LEI0141CGCATTTGATGCATAACACATGAAGGCAAACTCAGCTGGAACG52.25221～245MCW0087ATTTCTGCAGCCAACTTGGAGCTCAGGCAGTTCTCAAGAACA58.59268～289MCW0347GCTTCCAGATGAGCTCCATGGCACAGCGCTGCAGCAACTG52.03121～149ADL176TTGTGGATTCTGGTGGTAGCTTCTCCCGTAACACTCGTCA58.59183～200ADL0201GCTGAGGATTCAGATAAGACAATGGCYGACGTTTCACAGC58.57111～151GGNCAMZOGTCACTAGGTTAGCAGCATGGCTGGATACAGACCTCGATT56.01234GGAVIRAGAGATGGTGCACGCAACCTCGAGCACTTTCTGGCAGAGA60.7386～89MCW0063GGCTCCAAAAGCTTGTTCTTAGCTGAAAACCAGTAAAGCTTCTTAC53.98116～149ADL185CATGGCAGCTGACTCCAGATAGCGTTACCTGTTCGTTTGC58.59116～142GGMYCCGAGGCGCTCTGCGAGTTTATGGGGACCTCTGGCTCTGAC62.45139～151LEI0094GATCTCACCAGTATGAGCTGCTCTCACACTGTAACACAGTGC53.96250～283GGVITCAGCCATCATTCAGGGCATCTGATGTCCTGAGTGATGCTCA58.5286～90ADL0292CCAAATCAGGCAAAACTTCTAAATGGCCTAAGGATGAGGA58.56110～136GGVITIIG*GGCAGGTTTCTAATGCCTGACCCATCGTTTCAACTGTATG56.02186～189ADL166TGCCAGCCCGTAATCATAGGAAGCACCACGACCCAATCTA58.56131～154MCW0014AAAATATTGGCTCTAGGAACTGTCACCGGAAATGAAGGTAAGACTAGC58.59172～195GGCYMA*AGCGAGGCGCTCTGCGAGTTGGGCACCTCTGGCTCTGACC64.65140～153MCW0402ACTGTGCCTAGGACTAGCTGCCTAAGTCTGGGCTCTTCTG56.015141～229STMSGGHU2-1ACTTAATATGTGTGAGGTGGCGTTCTCACAATTGCATTAGC53.92235～238用于檢測(cè)實(shí)驗(yàn)鴨遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為29個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、引物序列、等位基因數(shù)和等位基因范圍按照表A.7的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)鴨微衛(wèi)星位點(diǎn)的引物序列、退火溫度、等位基因數(shù)及等位基因分布范圍位點(diǎn)引物序列（5′～3′）退火溫度（℃）最大等位基因數(shù)等位基因分布范圍APL2GATTCAACCTTAGCTATCAGTCTCCCGCTCTTGGCAAATGTCC58.54115～125APL579ATTAGAGCAGGAGTTAGGAGACGCAAGAAGTGGCTTTTTTC557118～227APH09GGATGTTGCCCCACATATTTTTGCCTTGTTTATGAGCCATTA58893～188APH11GGACCTCAGGAAAATCAGTGTAGCAGGCAGAGCAGGAAATA58.52183～185APH18TTCTGGCCTGATAGGTATGAGGAATTGGGTGGTTCATACTGT583179～324AY258ATGTCTGAGTCCTCGGAGCACAATAGATTCCAGATGCTGAA58.1990～161AY264GCAGACTTTTACTTATGACTCCTTAGCCCAGTGAAGCATG58.111112～328AY314CTCATTCCAATTCCTCTGTACAGCATTATTATTTCAGAAGG50.33135～250CAUD001ACAGCTTCAGCAGACTTAGAGCAGAAAGTGTATTAAGGAAG55.52234～390CAUD002CTTCGGTGCCTGTCTTAGCAGCTGCCTGGAGAAGGTCT60.84175～231CAUD004TCCACTTGGTAGACCTTGAGTGGGATTCAGTGAGAAGCCT60.83162～290CAUD005CTGGGTTTGGTGGAGCATAATACTGGCTGCTTCATTGCTG60.83180～300CAUD006ATGGTTCTCTGTAGGCAATCTTCTGCTTGGGCTCTTGGA63.58183～248CAUD007ACTTCTCTTGTAGGCATGTCACACCTGTTGCTCCTGCTGT60.86100～208CAUD010GGATGTGTTTTTCATTATTGATAGAGGCATAAATACTCAGTG50.39180～300CAUD011TGCTATCCACCCAATAAGTGCAAAGTTAGCTGGTATCTGC50.36137～222CAUD012ATTGCCTTTCAGTGGAGTTTCCGGCTCTAAACACATGAATG63.59182～286CAUD014CACAACTGACGGCACAAAGTCTGAGTTTTTCCCGCCTCTA58.13136～200CAUD026ACGTCACATCACCCCACAGCTTTGCCTCTGGTGAGGTTC60.89134～196CAUD027AGAAGGCAGGCAAATCAGAGTCCACTCATAAAAACACCCACA665100～180CAUD028TACACCCAAGTTTATTCTGAGACTCTCCAGGGCACTAGG55.58153～220CAUD031AGCATCTGGACTTTTTCTGGACACCCCAGGCTCTGAGATAA51.410140～187CAUD032GAAACCAACTGAAAACGGGCCCTCCTGCGTCCCAATAAG58.1996～206CAUD034TACTGCATATCACTAGAGGATAGGCATACTCGGGTTTAG55.59160～296CAUD035GTGCCTAACCCTGATGGATGCTTATCAGATGGGGCTCGGA63.57174～282CMO211GGATGTTGCCCCACATATTTTTGCCTTGTTTATGAGCCATT557112～205CMO212CTCCACTAGAACACAGACATTCATCTTTGGCATTTTGAAG583186～272用于檢測(cè)實(shí)驗(yàn)鵝遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為14個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、引物序列、等位基因數(shù)和等位基因范圍按照表A.8的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)鵝微衛(wèi)星位點(diǎn)的引物序列、退火溫度、等位基因數(shù)及等位基因分布范圍位點(diǎn)引物序列（5′～3′）退火溫度（℃）最大等位基因數(shù)等位基因分布范圍Ans02TTCTGTGCAGGGGCGAGTTAGGGAACCGATCACGACATG587202～230Ans07GACTGAGGAACTACAATTGACTACAAAGACTACTACTGCCAAG586236～246Ans02TTCTGTGCAGGGGCGAGTTAGGGAACCGATCACGACATG587202～230Ans07GACTGAGGAACTACAATTGACTACAAAGACTACTACTGCCAAG586236～246Ans17ACAAATAACTGGTTCTAAGCACAGAGGACTTCTATTCATAAATA544111～123Ans18GTGTTCTCTGTTTATGATATTACAACAGAATTTGCTTGAAACTGC583229～237CKW47AACTTCTGCACCTAAAAACTGTCATGCTGAGGTAACAGGAATTAAAA626211～221APH13CAACGAGTGACAATGATAAAACAATGATCTCACTCCCAATAG554163～178APH20ACCAGCCTAGCAAGCACTGTGAGGCTTTAGGAGAGATTGAAAAA6013135～155Bcaμ5AGTGTTTCTTTCATCTCCACAAGCAGACCACAATCGGACCACATATTC624197～201Bcaμ8CCCAAGACTCACAAAACCAGAAATATGAAAGAAGAGTTAAACGTGTGCAA587155～164TTUCG1CCCTGCTGGTATACCTGAGTGTCTACACAACAGC583113～115G-Ans25CACTTATTAATGGCACTTGAAAGTTCTCTTGTCACAACTGGA624224～270G-Hhiμ1b?ATCAAAGGCACAATGTGAAATAGTAAGGGGGCTTCCACC606163～221G-Bcaμ7TAGTTTCTATTTGCACCCAATGGAGTAGTTTCTATTTGCACCCAATGGAG606164～174G-CAUD006ATGGTTCTCTGTAGGCAATCTTCTGCTTGGGCTCTTGG5613152～210用于檢測(cè)實(shí)驗(yàn)鴿遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為16個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、引物序列、等位基因數(shù)和等位基因范圍按照表A.9的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)鴿微衛(wèi)星位點(diǎn)的引物序列、退火溫度、等位基因數(shù)及等位基因分布范圍位點(diǎn)名稱引物序列（5′～3′）退火溫度（℃）最大等位基因數(shù)等位基因分布范圍UU-Cli02TGGGCAAGGTACACTTTTAGGTCTTTATGCTCCCCCTTGAGAT614158～170UU-Cli06TTTGAAAAACATGGATTGTGCAATTTGCAGAGGGTGAGTGG564140～145PG5GTTCTTGGTGTTGCATGGATGCAGTTACGAAATGATTGCCAGAAG592262～266C26L9(1265223)CAAAGCTGCTGACGTGAATCAAAGAGACGCTCCATGCAAAAG594467～472UU-Cli14CAGAACGTTTTGTTCTGTTTGGTCTTGCTGCAGTCTTCATCC585265～292C12L1(532572)GTTGTTTGGCTGAGTGGACGTCAACCAGGGGAATTGGCAG623126～136C12L4(906353)GCTGCTGTCTTCTTCATTGGGTTAAAACCTCCCGTCTCCCTG605210～250CliμD11CCAATCCCAAAGAGGATTATACTGTCCTATGGCTGAAGTG58478～98C26L10(1404758)GCTGTCAGGTATCAGCCACAATCAGACCCACGAAAGCTGTAA597211～226C26L4(568923)CAACCCCATGTGGGTGAGACCACCACCACGTGGGACATC636357～432PG4CCCATCTCCTGCCTGATGCCACAGCAGGATGCTGCCTGC644136～170UU-Cli12CGCCAGACTGTATTGTGAGCAGCATGGCTGTTCTTTGAGG619231～265CliμT47ATGTGTGTTTGTGCATGAAGATGAAAGCCTGTTAGTGGAA565183～214CliμD32GAGCCATTTCAGTGAGTGACAGTTTGCAGGAGCGTGTAGAGAAGT606136～158UU-Cli07GCTGCCTGTTACTACCTGAGCCTGGCCATGAAATGAACTCC614277～310C26L1（20390）AGGAGCCTACACTGGGTTTTCTGTAGCTCTGCAATCAGCCT604250～268用于檢測(cè)實(shí)驗(yàn)斑馬魚和實(shí)驗(yàn)劍尾魚遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為5個(gè)以上，常用實(shí)驗(yàn)斑馬魚品系微衛(wèi)星分子標(biāo)記的遺傳特征按照表A.10的規(guī)定執(zhí)行。常用實(shí)驗(yàn)斑馬魚微衛(wèi)星分子標(biāo)記的遺傳特征引物名稱位點(diǎn)引物序列（5’～3’）品系片段長(zhǎng)度（bp）ABTULFWIK本地短尾Z24LG15CACCTTCACGGTGAGTAGCAGTGGAATGGTGTGACTAATGTCA150150150Z928LG18CAGTCCAGGCTGAACATTCAACACCTTCGGCAGTTTTCAC134，94134，126Z1059LG7AACAGGTGACAGAGCACACGGGGAGAGGGCAGGACAATAT150/122150/122Z1265LG6ATATGTGCTGCTCATGATGAGTAACAGACGAAGGGTGAAGGA90~110bp90~110bpZ1637LG8GGCTTTTGGATGAAGGTTGAGCGGAATCACAATGGCAGCAGA143，105133，103Z3725LG3ACTAAATCGCACTTCAGCAGCGGGTGTCCTCACATCAGCTGCA262，256，248248Z3782LG19AATTCTGGGGGGTAATTCTGGCAAGGGGGCTAAACCTTCAACTG200，9017012090Z4299LG5AGGAATGCGCTATGGGACGACACATCTGCCACTGAACCGG370，260，230260，230280，260300，260，190Z5223LG15AACAGAGCCGATCTGCCACCAGCACAGCGGAGGAAATAAAGC178，150178，150Z9384LG19CCGACTGGAGAAGACCTGAGAGCATAATCAGACAACCGGG134，177，190，134，177，190134，177，190134，177，190134，177，190，134，177，190用于檢測(cè)封閉群實(shí)驗(yàn)樹鼩遺傳質(zhì)量的微衛(wèi)星位點(diǎn)為10個(gè)，各微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、引物序列、PCR反應(yīng)的退火溫度、鎂離子濃度按照表A.11的規(guī)定執(zhí)行。實(shí)驗(yàn)樹鼩微衛(wèi)星位點(diǎn)的名稱、引物序列、PCR反應(yīng)的退火溫度、鎂離子濃度位點(diǎn)引物序列(5′～3′)等位基因分布范圍（bp）等位基因數(shù)退火溫度(℃)Mg2+濃度（mM）TBC16CCATCCTGACTACTGCTTAC

AGGGCTACTTTATAGGTTTC135-167751℃1.5TBC19AGGGAACCAAATGAACAAGTCACCGAAGTCACAACC196-208658℃1.5TBC23GCTTTGTCACTTTCCTTCCCTA

TGCGCTCGTGGCTATTTT166-2621655℃2.0TBC25TGTCTCCCTGGTCATATT

GTGCTCTTCTCAGCGTTT386-426859℃2.0TBC26CATCCCTGAATCCAAGCC

CACCAGCAAGGTAACTCC206-236655℃1.5TBC27GTTAAGGCACTGGACATTGTGAACCCACAAATAATCTA220-246357℃1.5TB6AGACAGAATGCAAGAAATCAC

ATGTGCAATGTAATAGTTCCAG418-432456℃1.5TG4TGAAAACTGGCAATTCATATGC

CAATCCTTTTTCGTTAGTTTTGTG134-152457℃1.5JS22CAATGTCCTGGTGGTTATGG

GAAGTGGTCACTCTGCAATCC149-168758℃1.5JS188ACACACACAAAACTCATTTTATCC

TCTACACGAATGTGCCAACC182-190558℃1.5PCR擴(kuò)增PCR擴(kuò)增的體系PCR總反應(yīng)體積為15μL,其中含10×PCRbuffer:1.5μL，上下游引物(100pmol/μL)各1μL，4×dNTP100μmol/L:1μL,Taq酶1U:1μL,50ng～100ng基因組DNA:1μL，純水(ddH2O):8.5μL。PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性，4min；94℃變性，30s；退火溫度（各位點(diǎn)序列、PCR反應(yīng)條件見(jiàn)表A.1～A.10），30s；72℃延伸，30s；35個(gè)循環(huán)；72℃繼續(xù)延伸7min；擴(kuò)增產(chǎn)物4℃保存。PCR產(chǎn)物的凝膠檢測(cè)PCR產(chǎn)物經(jīng)1.5%的瓊脂糖凝膠電泳以及凝膠成像系統(tǒng)拍照。擴(kuò)增產(chǎn)物的STR掃描擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)過(guò)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)確保擴(kuò)增出目的片斷后，選擇分別以FAM、HEX、TAMRA標(biāo)記的三個(gè)位點(diǎn)的擴(kuò)增產(chǎn)物，以1：3：5體積比混合，取1μL上樣進(jìn)行STR掃描。STR掃描結(jié)果的判讀與統(tǒng)計(jì)分析掃描結(jié)果可出現(xiàn)兩種波形：一種為純合基因型，只有一個(gè)主波；另一種為雜合基因型，有兩個(gè)主波。由群體遺傳分析軟件讀出每個(gè)樣本在每個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的擴(kuò)增片斷大小。每個(gè)位點(diǎn)的等位基因根據(jù)擴(kuò)增片斷從小到大順序排列記錄為a,b,c,d等。數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析將所有樣本的每個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的基因型以ab,bb等形式運(yùn)用軟件的數(shù)據(jù)文件，計(jì)算樣品在各微衛(wèi)星位點(diǎn)上的基因頻率、平均觀察等位基因數(shù)、平均有效等位基因數(shù)（Ne）、香隆指數(shù)、平均雜合度（H）等。實(shí)驗(yàn)結(jié)果實(shí)驗(yàn)種群實(shí)驗(yàn)貓和實(shí)驗(yàn)狨猴實(shí)驗(yàn)狨猴和實(shí)驗(yàn)貓采用群體平衡狀態(tài)方法進(jìn)行評(píng)價(jià)。按照哈代-溫伯格（Hardy-Weiberg）定律，根據(jù)各位點(diǎn)的等位基因數(shù)計(jì)算封閉群的基因頻率，進(jìn)行卡方（chi-squaretest）檢驗(yàn)。當(dāng)群體達(dá)到平衡狀態(tài)，該群體判為合格，否則判為不合格。實(shí)驗(yàn)雪貂實(shí)驗(yàn)雪貂采用群體平均雜合度進(jìn)行評(píng)價(jià)，當(dāng)群體平均雜合度在0.5～0.7時(shí)，該群體判為合格，否則判為不合格。封閉群封閉群實(shí)驗(yàn)長(zhǎng)爪沙鼠、實(shí)驗(yàn)雞、實(shí)驗(yàn)鴨、實(shí)驗(yàn)鵝、實(shí)驗(yàn)鵝、實(shí)驗(yàn)小型豬、實(shí)驗(yàn)魚（斑馬魚和劍尾魚）和實(shí)驗(yàn)樹鼩采用平均雜合度進(jìn)行評(píng)價(jià)，當(dāng)群體平均雜合度在0.5～0.7時(shí)，該群體判為合格，否則判為不合格。近交系實(shí)驗(yàn)小型豬所有樣品檢測(cè)位點(diǎn)的等位基因都符合品系的特征,按照表A.11～A.13的規(guī)定執(zhí)行，沒(méi)有新的等位基因出現(xiàn)為合格實(shí)驗(yàn)小型豬近交系,否則判為不合格。近交系五指山小型豬近交系培育過(guò)程中遺傳質(zhì)量控制的微衛(wèi)星座位及優(yōu)勢(shì)等位基因位點(diǎn)等位基因及頻率頻率合計(jì)CGA片段189199203293頻率0.0230.8720.0230.0811.000SW769片段105129頻率0.0930.9070.97SW857片段150158頻率0.1630.8371S0355片段0.750.138頻率1061140.888SW72片段106114頻率0.5880.2380.825S0090片段241247頻率0.7560.0120.756S0218片段173179181頻率0.0120.5470.4190.547SW24片段104頻率0.6310.631近交系廣西巴馬小型豬和培育過(guò)程中遺傳質(zhì)量控制的微衛(wèi)星座位及優(yōu)勢(shì)等位基因位點(diǎn)等位基因及頻率頻率合計(jì)CGA片段271277297頻率0.490.2810.2291SW769片段123127頻率0.1940.8061SW857片段146154頻率0.1460.5730.719S0005片段216226頻率0.2230.660.883SW240片段9498104頻率0.5310.3330.1150.979S0355片段258260262頻率0.0830.4270.4270.854SW72片段110120頻率0.6980.0830.781S0090片段241243247249頻率0.0320.1170.4890.1170.606S0218片段167173179187頻率0.1150.740.1250.0210.854SW24片段102104頻率0.750.0210.75近交系貴州小型豬培育過(guò)程中遺傳質(zhì)量控制的微衛(wèi)星座位及優(yōu)勢(shì)等位基因位點(diǎn)等位基因及頻率頻率合計(jì)CGA片段271283285305頻率0.0110.1360.3640.2950.795SW769片段105121129133139145頻率0.2910.2670.0930.1510.0810.1160.907SW857片段156160166頻率0.1670.4520.2020.821S0005片段202204214頻率0.5580.2440.1860.988SW240片段96102頻率0.2270.1820.409S0355片段252254272274頻率0.1830.0980.110.3410.732SW72片段102112118頻率0.170.6250.0450.841S0090片段247249253頻率0.0450.580.3750.955S0218片段181187195197頻率0.1510.1860.0230.50.709SW24片段100104108112頻率0.1140.1140.2160.1360.466實(shí)驗(yàn)魚近交系實(shí)驗(yàn)魚（斑馬魚和劍尾魚）檢測(cè)結(jié)果判定按照表A.14的規(guī)定執(zhí)行。近交系實(shí)驗(yàn)魚檢測(cè)結(jié)果判定檢測(cè)結(jié)果判斷處理與標(biāo)準(zhǔn)參考位點(diǎn)完全一致未發(fā)現(xiàn)遺傳變異，遺傳質(zhì)量合格有一個(gè)位點(diǎn)的分子與標(biāo)準(zhǔn)參考位點(diǎn)不一致可疑增加檢測(cè)位點(diǎn)數(shù)目和增加檢測(cè)方法后重檢，確實(shí)只有一個(gè)標(biāo)記基因改變可命名為同源突變系兩個(gè)或兩個(gè)以上位點(diǎn)的標(biāo)記基因與標(biāo)準(zhǔn)參考位點(diǎn)不一致不合格淘汰，重新引種結(jié)果報(bào)告根據(jù)判定結(jié)果對(duì)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物群體出具遺傳質(zhì)量檢測(cè)報(bào)告。

（規(guī)范性）

實(shí)驗(yàn)斑馬魚SNP遺傳標(biāo)記的檢測(cè)方法基因組DNA的提取基因組DNA提取方法按照NY/T1673的規(guī)定執(zhí)行。PCR擴(kuò)增按照附錄A中A.3.1的方法進(jìn)行。SNP標(biāo)記的檢測(cè)取10μLPCR產(chǎn)物用25μL的水稀釋，并用槍頭吹打混勻。然后取1μL為模板，用表B.1中的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增和產(chǎn)物測(cè)序，最后使用PolyPhred程序軟件分析SNP標(biāo)記的測(cè)定結(jié)果。SNP分子標(biāo)記的選擇及特征選擇位于近交系斑馬魚25對(duì)染色體、劍尾魚24對(duì)染色體上的10個(gè)以上位點(diǎn)，作為遺傳檢測(cè)的SNP標(biāo)記。SNP分子標(biāo)記的名稱及常用近交系斑馬魚的SNP分子標(biāo)記的特征符合表B.1的要求。表B.1常用實(shí)驗(yàn)斑馬魚品系SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)染色體：位點(diǎn)SNPIDABTU引物（5′～3′）dbSNPID01:018595529DS043503-5TCGGCGATTCCTACAATTCTTCGAAAGTCCTGTGTTGAAGGTGss4983890601:049159399DS036502-3GCGGCACATCGTCATATAATGCACAATACTGGAATGACACTGGss4983864002:025012321DS042554AGGAAGTCCATGTTGGCATCTACAGTGTTGAGAAACGGTCAGGss4982492802:027720831DS040180-3TGAACACTGGCACGTACACAAGGGGAATCGTGAACTCGTAACss4983878803:048073042DS032197-8ATTCATTGTAATAGCAGTAATGACGTGCAATGTTTGTTTCAGACCss4983845403:048073049DS032197-7GATCATTGTAATAGCAGTAATGACGTGCAATGTTTGTTTCAGACCss4983845304:003254191DS036864-20TGCTGCTGTTACTGGGTCAGTGACTGCATGATAATGCCAAACss4983868304:003254203DS036864-19GACTGCTGTTACTGGGTCAGTGACTGCATGATAATGCCAAACss4983868205:015736030DS002778-2TCAAACGTGGCAGAAATGAAACCCCATTTGTAGAAGAATCCAGss4983773805:025044903DS009184-1TCTTGCATTAGAGCCTTATCCTGTGTTCTTATGCTCTGTGACTGss4983783906:001111132DS014169-1TGGAGCAGCGATACTCACACAGTTCACTAGGTAAGACTCTTGAAGCss4983792906:024875905DS032220-5CTTCTCTTTAATGTTGGACTGCTGCCTTTAATCCATAGCCTTAGCss4983847007:018909158DS033959CTGACACATACCTGGCACTCGTCTCCTGAGAAGGATTCCACss4981668407:019711091DS023709CTCAGTTGAGAAGGGAGAAACGGCTGTTGGGTTGACTTGCss4980684708:010818674DS023589-1GAAGGAAAGACACCATCACTGAGCTTTAGGCGCAATAACAAGGss4983812608:026974745DS030842-1ATTATCTCGGTTAACGGGAGTGGCAGGGATATTTGACTTGAATGss4983838909:050927124DS048415-2GATTCCCAAATACTGAATCTGCGGATCTGTTCATCGAGGTTCss4983896410:012029287DS027483-3TGCATTTAATAAAGGAATCACTACTCTTAGTCAGTTTACTAACCTTGCTTTss4983827710:012029405DS027483-4TCCATTTAATAAAGGAATCACTACTCTTAGTCAGTTTACTAACCTTGCTTTss4983827811:019554122DS025015-3AGAAAGAGCGTCAAGATGTGTGGCCTAACAGTACCATTCTTGGss4983817311:026314774DS033040CTATCTCGACAACTCTGCTTCCAGTCCAGCAGAAATTGCACss4981581020:031443053DS053166-2GATTAGGACACTCCACCATGAGTGCATGAAGACAGAGCAGAGss4983906721:013840265DS028819-10GAGTCCTTCCTGAAGCACTGAGTGTGAAAGGTTTTACTGTATTTCss4983832921:017891301DS023849-2CATCTGACACAGGAAATAGTATGGCGAATCATATGGGAGTCGTTss4983813822:002853759DS036535-2GTAACTATGAGGCAGTCCGTTCAACTGATCCGTGAGTTGTCCss4983864722:022530591DS020970-1ATAAGCTGCTCATGTCACTCGGGGACAGGGTACAGGTAAGGss4983804423:009386243DS022349-1TCGATGAGGACATGAGCTTGGTGACCAAACACCCTTAAATGss4983809923:009386361DS022349-7ATGATGAGGACATGAGCTTGGTGACCAAACACCCTTAAATGss4983810524:017922488DS055282-4AGGAGACGGGCACTGAACACGGATGTTTGTCACCCAAAGss4983913124:017922536DS055282-5AGGAGACGGGCACTGAACACGGATGTTTGTCACCCAAAGss4983913225:033544463DS024735-2AGTCTTGACATCGGTGGTGAGTTGTATTGGTGCTGTGACCss49838169實(shí)驗(yàn)結(jié)果實(shí)驗(yàn)魚檢測(cè)結(jié)果判定按照表A.14的規(guī)定執(zhí)行。結(jié)果報(bào)告根據(jù)判定結(jié)果對(duì)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物群體出具遺傳質(zhì)量檢測(cè)報(bào)告。

（規(guī)范性）

MHC單倍型實(shí)驗(yàn)雞和實(shí)驗(yàn)鴨直接測(cè)序檢測(cè)方法基因組DNA的提取基因組DNA提取方法按照NY/T1673的規(guī)定執(zhí)行。PCR擴(kuò)增引物PCR擴(kuò)增引物序列、片段長(zhǎng)度及退火溫度按表C.1和表C.2的規(guī)定執(zhí)行。表C.1單倍型實(shí)驗(yàn)雞PCR遺傳檢測(cè)引物序列表擴(kuò)增片段引物引物序列擴(kuò)增片段退火溫度(℃)片段（1）1F5′-CCGTGGGATCCTCAGACC-3′384bp56.41R5′-CGGCACTGCGCCATGGAG-3′片段（2）2F5′-CTGTGTTTCAGGGTCTCACAC-3′442bp56.42R5′-GCAGGACAAGGTCAGGATC-3′表C.2單倍型實(shí)驗(yàn)鴨PCR遺傳檢測(cè)引物序列表擴(kuò)增片段引物引物序列擴(kuò)增片段退火溫度(℃)片段1F5′-ATGGAGTTGCTGCCCACCTTGCGCCTG-3′984bp601R5′-TGAAACCCATCAGGCACCATCCCAGGT-3′PCR擴(kuò)增PCR擴(kuò)增體系PCR總反應(yīng)體積為15μL,其中含10×PCRbuffer:1.5μL，上下游引物(100pmol/μL)各1μL,4×dNTP100μmol/L:1μL,Taq酶1U:1μL,50ng～100ng基因組DNA:1μL，純水(ddH2O):8.5μL。PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性，4min；94℃變性，30s；退火溫度（各位點(diǎn)序列、PCR反應(yīng)條件參見(jiàn)表C.1），30s；72℃延伸，30s；35個(gè)循環(huán)；72℃繼續(xù)延伸7min；擴(kuò)增產(chǎn)物4℃保存。PCR產(chǎn)物的檢測(cè)PCR反應(yīng)結(jié)束后，經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，檢測(cè)合格的PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。測(cè)序結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)序列進(jìn)行比對(duì)分析，計(jì)算一致率。單倍型MHC實(shí)驗(yàn)動(dòng)物標(biāo)準(zhǔn)結(jié)果判定所有樣本序列與參考標(biāo)準(zhǔn)序列比對(duì)，一致率達(dá)100%，判為合格。單倍型MHC實(shí)驗(yàn)雞標(biāo)準(zhǔn)序列B2單倍型實(shí)驗(yàn)雞標(biāo)準(zhǔn)序列片段（1）CGTGGGATCCTCAGACCCACACCCGCGGCTCACGGCCCCGCTGCGCTCCGTCCCCGCAGAGCTCCATACCCTGCGGTACATCTCTACGGCGATGACGGATCCCGGCCCCGGGCAGCCGTGGTACGTGGACGTGGGGTACGTGGACGGGGAACTCTTCACGCACTACAACAGCACCGCTCGGAGGGCTGTGCCCCGCACCGAGTGGATAGCGGCCAACACGGACCAGCAGTACTGGGACAGAGAGACGCAGATCGCACAGGGCAATGAGCAGATTGACCGCGAGAACCTGGACATACGGCAGCAGCGCCACAACCAGACCGGCGGTGAGCACGGCCGGGGCCGCGGCTCCGTGGGTGTGGGATGGACTCCATGGCGCAGTGCCG片段（2）CTGTGTTTCAGGGTCTCACACGGCGCAGTGGATGTACGGCTGTGACATCCTCGAGGACGGCACCATCCGGGGGTATCATCAGATGGCCTGCGATGGGAGAGACTTCATTGCCCTCGCTGAAGACATGAAGACGTTCACTGCAGCAGTTCCAGAGGCAGTTCCCACCAAGAGGAAATGGGAGGAAGGAGGTTATGCTGAGAGGAAGAAGCAGTACC-TGGAGGAAACCTGCGTGGAGGGGCTGCGGAGATACGTGGAATACGGGAAGGCTGAGCTGGGCAGGAGAGGTGAGCAGGGT--------GGGGGGGGGGC------CGCAGTGTGGGGCTGGACGTGGGCCGGGGGCTCAGTGTGGGGAGCTCAGCCCGGCCCTCATTGCCACCCGCCT-GCAGAGCGGCCTGAGGTGCGAGTGTGGGGGAAGGAGGCCGACGGGATCCTGACCTTGTCCTGCB5單倍型實(shí)驗(yàn)雞標(biāo)準(zhǔn)序列片段（1）CCGTGGGATCCTCAGACCCCCACCCGCGGCTCACGGCCCCGCTGCGCTCCGCCCCCGCAGAGCTCCATACCCTGCGGTACATCCATACGGCGATGACGGATCCCGGCCCCGGGCAGCCGTGGTACGTGGACGTGGGGTATGTGGACGGGGAACTCTTCGTGCACTACAACAGCACCGCGCGGAGGTACGTGCCCCGCACCGAGTGGATGGCGGCCAAGGCGGACCAGCAGTACTGGGATGAACAGACGCAGATCGCACAGGGCAATGAGCGGAGTGTGAAAGTGAGCCTGGACACACTGCAGGAACGATACAACCAGACCGGCGGTGAGCACGGCCGGGGCCGCGGCTCCGTGGGTGTGGGATGGGCTCCATGGCGCAGTGCCG片段（2）CTGTGTTTCAGGGTCTCACACGGCGCAGTGGATGTACGGCTGTGACATCCTCGAGGACGGCACCATCCGGGGGTATCATCAGGAGGCCTACGATGGGAGAGACTTCATTGCCTTCGACAAAGGCACGATGACGTTCACTGCGGCAGTTCCAGAGGCAGTTCCCACCAAGAGGAAATGGGAGGAAGGAGGTGTTGCTGAGGGGCGGAAGCAGTACCTGGAGGAAACCTGTGTGGAGTGGCTGCGGAGATACGTGGAATATGGGAAGGCTGAGCTGGGCAGGAGAGGTGAGTGGGGTGGAGGGGGGGCCACGGTGTGGGGCTGGACATGGGGCGGGGGCTCAGCGTGGGGATCTCAGCCCGGCCCTCACTGCCACCCGCCCGCAGAGCGGCCCGAGGTGCGAGTGTGGGGGAAGGAGGCCGACGGGATCCTGACCTTGTCCTGCB13單倍型實(shí)驗(yàn)雞標(biāo)準(zhǔn)序列片段（1）CCGTGGGATCCTCAGACCCCCACCCGCGGCTCACGGCCCCGCTGCGCTCCGCCCCCGCAGAGCTCCATACCCTGCGGTACATCCATACGGCGATGACGGATCCCGGCCCCGGGCAGCCGTGGTACGTGGACGTGGGGTATGTGGACGGGGAACTCTTCGTGCACTACAACAGCACCGCGCGGAGGTACGTGCCCCGCACCGAGTGGATGGCGGCCAAGGCGGACCAGCAGTACTGGGATGGACAGACGCAGATCGGACAGCGCAATGAGCGGAGTGTGAAAGTGAGCCTGGACACACTGCAGGAACGATACAACCAGACCGGCGGTGAGCACGGCCGGGGCCGCGGCTCCGTGGGTGTGGGATGGGCTCCATGGCGCAGTGCCG片段（2）CTGTGTTTCAGGGTCTCACACGGTGCAGTGGATGTTCGGCTGTGACATCCTCGAGGATGGCACCATCCGGGGGTATCGTCAGGTGGCCTACGATGGGAAAGACTTCATTGCCTTCGACAAAGACATGAAGACGTTCACTGCGGCAGTTCCAGAGGCAGTTCCCACCAAGAGGAAATGGGAGGAAGGAGGTGTTGCTGAGGGGTGGAAGAGTTACCTGGAGGAAACCTGCGTGGAGTGGCTGCGGAGATACGTGGAATACGGGAAGGCTGAGCTGGGCAGGAGAGGTGAGTGGGGTGGGGGGGGGGCCGCGGTGTGGGGCTGGACGTGGGGCGGGGGCTCAGCGTGGGGAGCTCAGCCCGGCCCTCATTGCCACCTGCCTGCAGAGCGGCCTGAGGTGCGAGTGTGGGGGAAGGAGGCCGACGGGATCCTGACCTTGTCCTGCB15單倍型實(shí)驗(yàn)雞標(biāo)準(zhǔn)序列片段（1）CGTGGGATCCTCAGACCCCCACCCGCGGCTCACGGCCCCGCTGCGCTCCGCCCCCGCAGAGCTCCATACCCTGCGGTACATCCATACGGCGATGACGGATCCCGGCCCCGGGCAGCCGTGGTACGTGGACGTGGGGTATGTGGACGGGGAACTCTTCGTGCACTACAACAGCACCGCGCGGAGGTACGTGCCCCGCACCGAGTGGATGGCGGCCAAGGCGGACCAGCAGTACTGGGATGGACAGACGCAGATCGGACAGCGCAATGAGCGGAGTGTGAAAGTGAGCCTGGACACACTGCAGGAACGATACAACCAGACCGGCGGTGAGCACGGCCGGGGCCGCGGCTCCGTGGGTGTGGGATGGGCTCCATGGCGCAGTGCCG片段（2）CTGTGTTTCAGGGTCTCACACGGTGCAGTGGATGTTCGGCTGTGACATCCTCGAGGATGGCACCATCCGGGGGTATCGTCAGGTGGCCTACGATGGGAAAGACTTCATTGCCTTCGACAAAGACATGAAGACGTTCACTGCGGCAGTTCCAGAGGCAGTTCCCACCAAGAGGAAATGGGAGGAAGGAGGTGTTGCTGAGGGGTGGAAGAGTTACC-TGGAGGAAACCTGCGTGGAGTGGCTGCGGAGATACGTGGAATACGGGAAGGCTGAGCTGGGCAGGAGAGGTGAGTGGGGT--------GGGGGGGGGGC------CGCGGTGTGGGGCTGGACGTGGGGCGGGGGCTCAGCGTGGGGAGCTCAGCCCGGCCCTCATTGCCACCTGCCT-GCAGAGCGGCCCGAGGTGCGAGTGTGGGGGAAGGAGGCCGACGGGATCCTGACCTTGTCCTGCB19單倍型實(shí)驗(yàn)雞標(biāo)準(zhǔn)序列片段（1）CCGTGGGATCCTCAGACCCCCACCCGCGGCTCACGGCCCCGCTGCGCTCCGCCCCCGCAGAGCTCCATTCCCTGCGGTACGTCCATACGGCGATGACGGATCCCGGCCCCGGGCTGCCGTGGTTCGTGGACGTGGGGTACGTGGACGGGGAACTCTTCGTGCACTACAACAGCACCGCGCGGAGGTACGTGCCCCGCACCGAGTGGATGGCGGCCAACACGGACCAGCAGTACTGGGATGGACAGACGCAGATCGGACAGGGCAATGAGCGGAGTGTGAAAGTGAGCTTGAACACACTGCAGGAACGATACAACCAGACCGGCGGTGAGCACGGCCGGGGCCGCGGCTCCGTGGGTGTGGGATGGGCTCCATGGCGCAGTGCCG片段（2）CTGTGTTTCAGGGTCTCACACGGTGCAGCTGATGTACGGCTGTGACATCCTCGAGGATGGCACCATCCGGGGGTATCATCAGACAGCCTACGATGGGAGAGACTTCATTGCCTTCGACAAAGGCACGATGACGTTCACTGCGGCAGTTCCAGAGGCAGTTCCCACCAAGAGGAAATGGGAGGAAGGAGGTGTTGCTGAGAGGTGGAAGAGTTACC-TGGAGGAAACCTGCGTGGAGGGGCTGCGGAGATATGTGGAATACGGGAAGGCTGAGCTGGGCAGGAGAGGTGAGCGGGGTCGGGGTGGGGGGGGGGGGG--CGGACGCAGTGTGGGGCTGGACGTGGGGCGGGGGCTCATCGTGGGGAGCTCAGCCCGGCCCTCACTGCCGCCCACCC-ACAGAGCGGCCTGAGGTGCGAGTGTGGGGGAAGGAGGCTGACGGGATCCTGACCTTGTCCTGCB21單倍型實(shí)驗(yàn)雞標(biāo)準(zhǔn)序列片段（1）CCGTGGG