化學(xué)常用軟件應(yīng)用簡(jiǎn)介(ChemOffice)

章

化學(xué)辦公軟件ChemOffice

2021/6/27

分子式和結(jié)構(gòu)式是化學(xué)家的語(yǔ)言，這類特殊的數(shù)據(jù)需要專門軟件來(lái)處理。目前已經(jīng)有了許多化學(xué)結(jié)構(gòu)式編輯的軟件，其功能主要是繪制化合物的結(jié)構(gòu)式化學(xué)反應(yīng)方程式，化工流程圖、簡(jiǎn)單的實(shí)驗(yàn)裝置圖等化學(xué)常用的平面圖形。使用比較廣泛的主要有：2021/6/272ChemSketch該軟件事ACD公司開發(fā)的功能強(qiáng)大、安裝簡(jiǎn)便、小巧靈活的化學(xué)繪圖軟件，其免費(fèi)版本可在該公司網(wǎng)站：下載（部分功能應(yīng)用受限）2021/6/273繪制平面（2D）和立體（3D）化學(xué)結(jié)構(gòu)式、反應(yīng)式和化學(xué)圖形；繪圖功能十分強(qiáng)大，具有豐富的化學(xué)圖形繪制工具和各中化學(xué)符號(hào)；內(nèi)置各種模板工具欄；可把平面結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換為立體圖形；預(yù)測(cè)分子結(jié)構(gòu)的一些基本參數(shù)、自動(dòng)命名、提供同分異構(gòu)體等。功能和特點(diǎn)：2021/6/274ISIS/Draw由MDLInformationSystemsInc.公司開發(fā)，以其強(qiáng)大的功能及與Office套件極佳的兼容性而在國(guó)內(nèi)化學(xué)界廣泛流行。該軟件為自由軟件，無(wú)需注冊(cè)，無(wú)使用期限。

2021/6/275

繪制各種化學(xué)分子結(jié)構(gòu)式、化學(xué)反應(yīng)方程式以及工藝流程圖等化學(xué)專業(yè)圖形以用戶為主導(dǎo)，具有友好的操作界面豐富完備的模板及畫圖工具功能和特點(diǎn)：2021/6/276ChemWindow繪制化學(xué)圖形、化學(xué)實(shí)驗(yàn)裝置、化工工藝流程圖等化學(xué)工作者在教學(xué)和科研中的有力助手2021/6/277編輯化學(xué)方程式、制作反應(yīng)過(guò)程關(guān)系圖、繪制化學(xué)實(shí)驗(yàn)裝置圖、繪制化工工藝流程圖提供各類化工設(shè)備的圖形模板庫(kù)與光譜很好的結(jié)合，譜圖庫(kù)龐大，可根據(jù)化合物的結(jié)構(gòu)式預(yù)測(cè)13C-NMR化學(xué)位移、紅外圖譜、質(zhì)譜等，可讀入標(biāo)準(zhǔn)格式的NMR、IR、Roman、UV及色譜圖。功能和特點(diǎn)：2021/6/278ChemOfficeChemOffice是世界上最優(yōu)秀的化學(xué)軟件，集強(qiáng)大的應(yīng)用功能于一身，其結(jié)構(gòu)繪圖是國(guó)內(nèi)外重要論文期刊制定的格式。化學(xué)工作者可以用ChemOffice去完成自己的想法，與同行交流化學(xué)結(jié)構(gòu)、模型和相關(guān)信息。是化學(xué)工作者的必備軟件。2021/6/279ChemOffice的安裝運(yùn)行Install.exe文件根據(jù)提示輸入下列信息：

Name:FCNiSOemail:FCN@FCN.COMSerial:011-256104-7199

選擇“ActivateLater”（稍后激活），開始安裝。安裝時(shí)，僅選擇ChemOffice2008安裝。安裝結(jié)束后，從crack文件夾中運(yùn)行crack.reg文件。2021/6/2710

從Crack文件夾中復(fù)制文件RegCodeCom11.dll至安裝文件夾中，其路徑為：

C:\ProgramFiles\CambridgeSoft\ChemOffice2008\Common\DLLs

安裝結(jié)束，可以運(yùn)行文件。注意：安裝結(jié)束后有提示是否需要重啟計(jì)算機(jī)，選擇NO。2021/6/2711ChemOffice構(gòu)成版本為ChemOfficeUltra2008版。主要包含如下軟件和組成：ChemDrawUltra11.0：化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖。Chem3DUltra11.0：分子模型及仿真。ChemFinderUltra11.0：化學(xué)信息搜尋整合系統(tǒng)E-Notebook11.0：整理化學(xué)信息、文件和數(shù)據(jù)，并從中取得所要的結(jié)果。2021/6/27123.1ChemBioDrawChemDraw是ChemOffice中使用最為頻繁的組件，是國(guó)際上絕大多數(shù)雜志指定的論文排版軟件，為不同的雜志備有不同的模板，應(yīng)用最為廣泛。其理念是“化學(xué)家能懂的，ChemDraw也應(yīng)該懂”。2021/6/2713豐富的繪圖元件、能夠繪制和編輯高質(zhì)量的化學(xué)結(jié)構(gòu)圖，識(shí)別和顯示立體結(jié)構(gòu)，具有化學(xué)結(jié)構(gòu)式與化學(xué)名稱相互轉(zhuǎn)換的功能；內(nèi)建NMR數(shù)據(jù)庫(kù)，能夠與Excel數(shù)據(jù)兼容；能夠進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索；預(yù)測(cè)分子的常見物理、化學(xué)性質(zhì)；對(duì)結(jié)構(gòu)按IUPAC原則命名；預(yù)測(cè)質(zhì)子及13C化學(xué)位移等。功能和特點(diǎn)：2021/6/2714

加入了更多的生物繪圖元素，變?yōu)镃hemBioDraw2021/6/2715新特性：可定制的工具欄可根據(jù)自己的工作方式修改工具欄。

化學(xué)繪圖功能得到了增強(qiáng)（1）增強(qiáng)的箭頭種類（2）曲線工具：分為繪制曲線（DrawCurve）和編輯曲線（EditCurve）兩個(gè)工具。允許徒手畫曲線，然后編輯曲線。可與填充和褪色功能（FilledandFaded）組合使用，更能與箭頭工具實(shí)現(xiàn)互換，在繪圖中創(chuàng)建豐富多彩的圖形。2021/6/2716

增加了對(duì)結(jié)構(gòu)與性質(zhì)關(guān)系的支持

（1）Struct=Name（結(jié)構(gòu)=命名）。系統(tǒng)對(duì)有確切化學(xué)意義的結(jié)構(gòu)，用IUPAC規(guī)則為結(jié)構(gòu)命名；給出一個(gè)化合物名稱，系統(tǒng)那個(gè)可將其展開為化學(xué)結(jié)構(gòu)，是繪制結(jié)構(gòu)圖更輕松。（2）ChemNMR是ChemBioDraw中又一非常實(shí)用的功能，可用于估算或顯示分子中的1H、13C的化學(xué)位移。（3）可從分析（Analysis）窗口或化學(xué)性質(zhì)（ChemicalProperties）窗口粘貼結(jié)構(gòu)性質(zhì)數(shù)據(jù)。2021/6/2717

增加了對(duì)新的生物繪圖工具的支持（1）在BioDraw工具欄中新增tRNA工具和核糖核酸工具。（2）新增了質(zhì)粒圖工具。（3）序列工具?？煽焖倮脛e名繪制氨基酸和核酸鏈，并對(duì)殘基進(jìn)行分別處理，如收縮、展開，改變其外觀等。2021/6/2718增加了對(duì)文件系統(tǒng)的支持（1）對(duì)SD文件支持。SD文件是一種許多化學(xué)軟件都通用的格式文件，可在一個(gè)文件中包括許多結(jié)構(gòu)。（2）對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)連接的支持?？杉皶r(shí)與Internet連接并不斷更新化學(xué)數(shù)據(jù)。（3）對(duì)Office2007的支持?？蓪⒔Y(jié)構(gòu)圖插入到Word文檔、Excel表單、PPT演示文稿及FrontPage網(wǎng)頁(yè)中。2021/6/2719工具欄

除包括【File】、【Edit】、【View】、【W(wǎng)indow】外，還有【object】（對(duì)象）、【Structure】（結(jié)構(gòu)）、【Text】（文本）、【Curves】（曲線）、【Color】（顏色）等特有的菜單命令。同時(shí)還有主工具欄、常用工具欄、對(duì)象工具欄、格式工具欄、生物工具欄等各類工具欄及其快捷按鈕。2021/6/2720

3.1.1主界面2021/6/2721選擇單鍵多重鍵結(jié)構(gòu)透視虛線鍵楔形鍵工具波浪鍵序列工具脂肪鏈環(huán)工具碎片工具擦除文本曲線箭頭軌道基本繪圖工具括號(hào)化學(xué)符號(hào)查詢工具制表工具模板工具2021/6/2722選擇工具：用于選擇對(duì)象。單鍵工具：用于畫出一個(gè)化學(xué)單鍵并設(shè)置鍵屬性。多重鍵工具：畫多重鍵、配位鍵并設(shè)置鍵屬性。曲線工具：徒手畫預(yù)定義的箭頭、軌道等形狀2021/6/2723基本繪圖工具：一些無(wú)化學(xué)意義的注解、方框或線。軌道工具：畫原子軌道，包含不同類型的原子軌道。2021/6/2724查詢工具：用于畫立體標(biāo)記、進(jìn)行原子反應(yīng)映射、在查詢結(jié)構(gòu)中指明自由位點(diǎn)、指定原子間相互關(guān)系等。化學(xué)符號(hào)工具：畫具有化學(xué)意義的符號(hào)，如電荷、自由基及電子對(duì)等。2021/6/2725括號(hào)工具：用于畫各種括號(hào)。箭頭工具：包含不同類型的箭頭。2021/6/2726模板工具：用于從模板中選擇模型繪制結(jié)構(gòu)提供了數(shù)十種模板。序列工具：含四類工具，用以創(chuàng)建蛋白質(zhì)、DNA、RNA序列。碎片工具：包含三種工具：

碎片工具：破壞指定化學(xué)鍵，使分子成為兩部分。離解工具：破壞化學(xué)鍵畫出一個(gè)離解反應(yīng)。

合成工具：破壞化學(xué)鍵畫出一個(gè)逆向合成反應(yīng)。2021/6/2727環(huán)工具：畫環(huán)狀結(jié)構(gòu)。楔形鍵工具：畫楔形鍵。制表工具：用于多重網(wǎng)格制表。其中薄層色譜板（TLC）可以畫出多條道的TLC圖，可以方便地調(diào)整溶劑的前沿、斑點(diǎn)的位置和顏色。結(jié)構(gòu)透視工具：轉(zhuǎn)動(dòng)觀察結(jié)構(gòu)。2021/6/2728文本工具：創(chuàng)建原子標(biāo)注或標(biāo)題說(shuō)明。擦除工具：刪除對(duì)象。脂肪鏈工具：畫任何長(zhǎng)度的碳鏈。生物繪圖工具：【View】/【ShowBioDrawToolBar】,

可以顯示生物繪圖工具欄，增加了生物和生物化學(xué)的基本元素。2021/6/2729對(duì)象工具：【View】/【ShowObjectToolBar】,

：將對(duì)象結(jié)合成組合對(duì)象：將組合對(duì)象拆散為單個(gè)對(duì)象：將對(duì)象按左對(duì)齊：將選定對(duì)象置于其他對(duì)象上層：將對(duì)象按上對(duì)齊：將選定對(duì)象置于其他對(duì)象下層：將對(duì)象按左右居中對(duì)齊：將對(duì)象按下對(duì)齊：將對(duì)象按右對(duì)齊：將對(duì)象按上下居中對(duì)齊2021/6/2730ChemDraw主界面自上而下分為菜單欄、工具欄和繪圖窗口。繪圖窗口左側(cè)是垂直工具欄，其中的工具和模板是化學(xué)專用的。有些模板按鈕下面帶有箭頭，單擊該按鈕不松開，會(huì)在其右側(cè)彈出子工具欄。2021/6/2731

3.1.2模板工具欄

垂直工具欄上的【模板】包含了多種較復(fù)雜的分子種類和玻璃儀器模板。分別如下：氨基酸（AminoAcids）氨基酸（AminoAcidsSideChains）2021/6/2732芳香族（Aromatics）雙環(huán)（Bicyclics）2021/6/2733玻璃儀器（Clipware）2021/6/2734構(gòu)象異構(gòu)體（Conformers）環(huán)戊二烯（CpRings）2021/6/2735環(huán)烷（Cycloalkans）DNA2021/6/2736官能團(tuán)（FunctionalGroups）己醣（Hexoses）2021/6/2737苯環(huán)（PhRings）納米管（Nanotubes）2021/6/2738多面體（Polyhedra）RNA2021/6/2739立體中心（Stereocenters）超分子（Supramolecules）2021/6/2740

ChemBioDraw包括了眾多的模板，我們想畫的東西多數(shù)已經(jīng)包括在其中了，熟悉這些模板，我們可以根據(jù)這些模板迅速組合成希望的分子形狀。2021/6/27413.1.3繪圖實(shí)例

我們主要利用ChemDraw繪制一些結(jié)構(gòu)式，反應(yīng)方程式，搭建化學(xué)反應(yīng)儀器等。以阿司匹林結(jié)構(gòu)式的繪制為例：1.啟動(dòng)ChemDraw；2.選中垂直工具欄最下端的按鈕，鼠標(biāo)變成苯環(huán)的樣子；繪制結(jié)構(gòu)式2021/6/27423.在繪圖區(qū)單擊鼠標(biāo)，出現(xiàn)一個(gè)苯環(huán)；4.單擊（單鍵）按鈕，將鼠標(biāo)移至苯環(huán)的一個(gè)角上，出現(xiàn)深色的正方形連接點(diǎn)，如圖所示。5.自連接點(diǎn)橫向拉出一根實(shí)線單鍵，松開鼠標(biāo)，自單鍵終點(diǎn)向右下方再次拉出一根單鍵，與前一根單鍵夾角約為109°，余類推。6.多重鍵的方法同5。2021/6/27432021/6/27442021/6/27452021/6/27467.選中垂直工具欄中的文本工具，分別將鼠標(biāo)移至應(yīng)該出現(xiàn)羥基或氧原子的位置，待出現(xiàn)連接點(diǎn)后，點(diǎn)擊鍵盤上的O鍵。2021/6/2747

在繪制過(guò)程中，化學(xué)鍵鍵角難以精確掌握，且拖拉化學(xué)鍵或鍵點(diǎn)的過(guò)程中難免會(huì)造成鍵長(zhǎng)的變化和圖形的扭曲，因此需要對(duì)圖形進(jìn)行整理。除了手動(dòng)調(diào)整外，還可以通過(guò)ChemDraw的相關(guān)菜單命令進(jìn)行整理。2021/6/27488.單擊選取框按鈕，選中畫好的阿司匹林結(jié)構(gòu)式。9.執(zhí)行【Structure】/【CleanUpStructure】命令，整理圖形，即可將結(jié)構(gòu)式整理到最佳狀態(tài)。該命令可多執(zhí)行幾次，直到結(jié)構(gòu)式的形狀不再變化。

2021/6/2749使用環(huán)工具使用環(huán)工具創(chuàng)建環(huán)結(jié)構(gòu)，再利用擦除工具得到結(jié)構(gòu)骨架，利用鍵工具改變鍵型和多重鍵的對(duì)齊方式，最后用熱鍵方式添加原子標(biāo)簽。2021/6/2750要?jiǎng)?chuàng)建的結(jié)構(gòu)利用環(huán)工具創(chuàng)建結(jié)構(gòu)骨架2021/6/2751添加雙鍵、雙鍵對(duì)齊與添加原子標(biāo)注2021/6/2752反應(yīng)式的繪制2021/6/2753練習(xí)

以氨基苯酚合成對(duì)氨基水楊酸2021/6/2754畫中間體

畫中間體結(jié)構(gòu)2021/6/2755

用箭頭表示雙鍵電子的流動(dòng)2021/6/2756

使用曲線工具畫箭頭2021/6/2757

使用碎片工具斷開結(jié)構(gòu)中的一個(gè)或多個(gè)鍵，使分子按指定化學(xué)鍵裂成兩部分。它模擬質(zhì)譜儀中的分子碎片，但不會(huì)預(yù)測(cè)任何質(zhì)量，使用時(shí)必須指定要斷開的鍵。使用碎片工具2021/6/2758

碎片工具2021/6/2759

合成工具

選用合成工具，點(diǎn)擊跨鍵拖動(dòng)，將打破化學(xué)鍵并畫出逆向合成反應(yīng)。2021/6/2760

離解工具

選用離解工具，點(diǎn)擊跨鍵拖動(dòng)，將破壞一個(gè)化學(xué)鍵，并畫出其離解反應(yīng)。2021/6/2761畫多點(diǎn)配位結(jié)構(gòu)

多點(diǎn)配位結(jié)構(gòu)主要指具有多中心連接點(diǎn)的結(jié)構(gòu)，如二茂鐵等一些具有離域性質(zhì)的有機(jī)分子，具有不同配位、位置異構(gòu)的多點(diǎn)或可變點(diǎn)的配位結(jié)構(gòu)。二茂鐵2021/6/2762（1）從模板中選擇一個(gè)環(huán)戊二烯的結(jié)構(gòu)，在繪圖區(qū)畫出，如圖a，并選中。（2）執(zhí)行【Structure】/【AddMultiCenterAttachment】，在多中心節(jié)點(diǎn)上顯示一個(gè)星號(hào)，如圖b。

創(chuàng)建一個(gè)多中心連接點(diǎn)2021/6/2763（1）【Object】/【FixedLengths】（取消固定鍵長(zhǎng)），以便從環(huán)內(nèi)延長(zhǎng)鍵至環(huán)外，也可以在拖動(dòng)時(shí)按下【Alt】（取消固定鍵長(zhǎng)）（2）選擇單鍵工具，移動(dòng)指針指向星號(hào)，按下【Alt】鍵，創(chuàng)建一個(gè)新鍵，如圖c。（3）在新鍵的另一端輸入“Fe”，得到圖d。重復(fù)a-c的操作，得e。

從多中心連接點(diǎn)向外畫鍵2021/6/2764

介紹標(biāo)準(zhǔn)樣式表單的使用，并用樣式表單創(chuàng)建葡萄糖的費(fèi)歇爾投影式。

SpecialDocuments是一種樣式表單，本例使用的是ACS模板，為ACS出版的期刊中所要求的化學(xué)繪圖格式。使用該樣式后，所有設(shè)置均按該樣式進(jìn)行設(shè)置，包括頁(yè)面設(shè)置中的單欄編排（One-columnLayout），制圖設(shè)置中鍵長(zhǎng)固定為0.2英寸，文本設(shè)置中原子標(biāo)注為10點(diǎn)大小的Arial或Helbetica字體等。費(fèi)歇爾投影式2021/6/2765

創(chuàng)建ACS樣式文檔執(zhí)行【File】/【OpenSpecial】，選擇“ACSDocument1996”【Saveas】，輸入文件名，保存。

畫結(jié)構(gòu)主干

利用單鍵工具，畫出費(fèi)歇爾投影式的結(jié)構(gòu)主干：a-b-c2021/6/2766

添加原子標(biāo)注（1）選用文本工具，分別點(diǎn)擊最上面與最下面的C原子，輸入“CHO”及“CH2OH”；（2）在其他位置輸入“H”，再用文本工具分別雙擊需要添加H原子的C原子（應(yīng)用文本工具雙擊將重復(fù)最后一次標(biāo)簽），如圖c（3）“OH”的添加與“H”類似。2021/6/2767畫透視圖

采用環(huán)工具、單鍵工具、楔形鍵（契合鍵）工具、熱鍵添加原子標(biāo)簽及【Alt】+拖動(dòng)畫鍵等技巧，介紹葡萄糖結(jié)構(gòu)透視圖的繪制方法。2021/6/2768

畫一個(gè)環(huán)（1）執(zhí)行【File】/【OpenSpecial】，選擇“NewDocument”，【Saveas】，輸入文件名，保存。（2）選用六元環(huán)工具，單擊鼠標(biāo)左鍵，選擇合適的角度，釋放左鍵，得圖a。（3）輸入O原子符號(hào)，得圖b。2021/6/2769

添加豎直鍵2021/6/2770

扭曲結(jié)構(gòu)改變其縱橫比例（1）用選擇工具選擇所有結(jié)構(gòu)，向上拖動(dòng)結(jié)構(gòu)下部中間改變對(duì)象大小的手柄，直到將結(jié)構(gòu)扭曲成原來(lái)大小的50%。（2）注意：即使畫鍵時(shí)已經(jīng)考慮到鍵的長(zhǎng)短問題，但在扭曲之后仍會(huì)遇到兩鍵相連的問題。因此，在畫鍵時(shí)可按住“Alt”鍵取消固定鍵長(zhǎng)。2021/6/2771

添加原子標(biāo)簽OH與CH2OH

注意：（1）如果圖太小放不下原子標(biāo)簽，可執(zhí)行【View】/【Magnify】放大圖形，C5原子上的OH是C5原子向下展開的，而不是從C3原子向上展開的。（2）CH2OH的熱鍵為“6”，即鍵盤工具處于激活狀態(tài)時(shí)，輸入6即顯示CH2OH。2021/6/2772

改變前面鍵的類型（1）選用粗單鍵工具，指向前面中間的鍵時(shí)，即可變?yōu)榇宙I。（2）選用粗楔形鍵（契合鍵）工具，單擊環(huán)上的兩個(gè)與粗鍵相連的鍵，指向稍微靠寬邊的一端單擊。若契合鍵指向了錯(cuò)誤的方向，再次點(diǎn)擊該契合鍵可使其方向反過(guò)來(lái)。2021/6/2773畫紐曼投影式

以乙烷的紐曼投影式為例，練習(xí)復(fù)制、旋轉(zhuǎn)、拖動(dòng)等技巧。

創(chuàng)建第一個(gè)結(jié)構(gòu)利用單鍵工具，創(chuàng)建第一個(gè)結(jié)構(gòu)，如圖a。2021/6/2774

復(fù)制結(jié)構(gòu)

點(diǎn)擊選擇工具，最近畫的結(jié)構(gòu)自動(dòng)被選定，按【Ctrl】鍵的同時(shí)，向右上方拖動(dòng)結(jié)構(gòu)，復(fù)制該結(jié)構(gòu)（圖b），并用單鍵工具將兩個(gè)結(jié)構(gòu)中心的C原子連接（圖c）。此時(shí)固定鍵長(zhǎng)與鍵角的設(shè)定不起作用。2021/6/2775

畫一個(gè)圓

點(diǎn)擊軌道工具，將指針指向下部的中心碳原子并向外拖動(dòng)。2021/6/2776

選定上面碎片中的三個(gè)鍵

點(diǎn)擊方框（或套繩）選擇工具，指針指向結(jié)構(gòu)上方，并環(huán)繞上部的碎片拖動(dòng)選中三個(gè)鍵。連接兩個(gè)碎片之間的鍵不選擇。2021/6/2777

旋轉(zhuǎn)選定的對(duì)象（1）雙擊選擇框上的旋轉(zhuǎn)手柄，打開旋轉(zhuǎn)對(duì)話框，在文本框中輸入180°，選擇CW，并點(diǎn)擊【Rotate】按鈕。此過(guò)程中，選擇框不會(huì)消失。2021/6/2778（2）旋轉(zhuǎn)完成后點(diǎn)擊【Object】/【BringtoFront】，是選定結(jié)構(gòu)置前。（圖e-f-g）2021/6/2779

移動(dòng)選定對(duì)象與另一碎片重合（1）指針指向選擇框內(nèi)，至指針變?yōu)槭中巍＃?）拖動(dòng)選定部分至其中心碳原子處于軌道正中央，釋放鼠標(biāo)，完成繪制。（圖h）注意：兩個(gè)碎片結(jié)構(gòu)重疊時(shí)，會(huì)看到紅色警告，不影響觀察，可執(zhí)行【View】/【ShowChemicalWarnings】關(guān)閉自動(dòng)警告。（圖i）2021/6/2780使用立體化學(xué)標(biāo)記介紹使用立體化學(xué)標(biāo)記（Stereochemistry）和翻轉(zhuǎn)（Flip）命令的使用。

添加原子標(biāo)注

畫骨架結(jié)構(gòu)2021/6/2781

添加立體楔形鍵（契合鍵）

添加一個(gè)立體化學(xué)標(biāo)記2021/6/2782使用模板時(shí)提高繪制效率的最好辦法。先利用相近的模板創(chuàng)建骨架，再進(jìn)行相關(guān)的修改。使用模板菲過(guò)氧化二苯2021/6/2783繪制實(shí)驗(yàn)裝置ChemDraw可以用磨口玻璃儀器接插件迅速搭建化學(xué)反應(yīng)裝置。蒸餾裝置2021/6/27842021/6/2785

畫好的分子結(jié)構(gòu)圖形可以保存為文件，以備將來(lái)使用或修改。ChemDraw文件的擴(kuò)展名為“cdx”。

【File】/【SaveAs】，彈出【另存為】對(duì)話框，即可保存?！颈４骖愋汀坑卸喾N選項(xiàng)，可另存為ChemDraw3.x版的格式（“chm”），或“gif”、“bmp”圖形格式，或另存為ISIS格式。3.1.4圖形存盤2021/6/27862021/6/2787

如果不改變圖形模板的話，在繪圖區(qū)每單擊一次鼠標(biāo)，就會(huì)出現(xiàn)一個(gè)選定模板的圖形。單擊鼠標(biāo)左鍵后不松手，則可以通過(guò)移動(dòng)鼠標(biāo)使圖形旋轉(zhuǎn)，待轉(zhuǎn)動(dòng)到希望的位置時(shí)松手即可。3.1.5圖形的旋轉(zhuǎn)或縮放2021/6/2788撤銷操作，單擊【Undo】。

畫好的圖形也可以旋轉(zhuǎn)和縮放。用選取框或套索選中圖形，此時(shí)圖形被一灰色框籠罩，上方中央一點(diǎn)為旋轉(zhuǎn)控制點(diǎn)，鼠標(biāo)移至此會(huì)變成雙箭頭，單擊鼠標(biāo)可以旋轉(zhuǎn)圖形。右下角為縮放控制點(diǎn)，拖動(dòng)這個(gè)角可以按比例改變圖形大小。2021/6/2789

ChemDraw可以檢查繪制的結(jié)構(gòu)是是否有問題，選中結(jié)構(gòu)式后，進(jìn)行【Structure】/【Checkstructure】菜單命令，ChemDraw就會(huì)將一個(gè)紅色方框罩在有問題的源自或官能團(tuán)上，便于用戶檢查。該功能是自動(dòng)執(zhí)行的，如果結(jié)構(gòu)式中有紅色方框罩住的原子或官能團(tuán)，在繪制時(shí)應(yīng)引起注意。3.1.6檢查結(jié)構(gòu)錯(cuò)誤和整理結(jié)構(gòu)式2021/6/2790

ChemDraw提供了一種功能，可以根據(jù)化合物的名稱自動(dòng)給出結(jié)構(gòu)式?；衔锩Q必須時(shí)英文名，最好時(shí)系統(tǒng)命名的。

【Structure】/【ConvertNametoStructure】，彈出對(duì)話框在輸入框中輸入化合物的英文名，點(diǎn)擊OK即可出現(xiàn)結(jié)構(gòu)式3.1.7根據(jù)化合物名稱得到結(jié)構(gòu)式2021/6/2791【Structure】/【ConvertNametoStructure】，彈出對(duì)話框；在輸入框中輸入化合物的英文名，點(diǎn)擊OK即可出現(xiàn)結(jié)構(gòu)式。2021/6/27922021/6/2793

ChemDraw也能根據(jù)一些化合物的縮寫給出結(jié)構(gòu)式，如EDTA。在輸入框中輸入EDTA，即可出現(xiàn)EDTA的結(jié)構(gòu)式。有時(shí)輸入化合物的商品名或俗名也能得到結(jié)構(gòu)式，如輸入“aspirin”，即可得到阿司匹林的結(jié)構(gòu)式。如輸入“morphine”即可得到嗎啡的結(jié)構(gòu)式。2021/6/27942021/6/2795

并非所有的化合物名稱都能得到結(jié)構(gòu)式，如果無(wú)法由名字產(chǎn)生結(jié)構(gòu)式，ChemDraw會(huì)彈出顯示提示信息。2021/6/2796

繪制化合物結(jié)構(gòu)式選中此結(jié)構(gòu)，【Structure】/【ConvertStructuretoName】，即可在結(jié)構(gòu)式下面出現(xiàn)系統(tǒng)命名。并非所有的結(jié)構(gòu)式都能給出化合物名稱，如果無(wú)法由結(jié)構(gòu)產(chǎn)生系統(tǒng)命名，ChemDraw會(huì)彈出窗口給出提示信息。3.1.8根據(jù)結(jié)構(gòu)得出化合物命名2021/6/2797腎上腺素的系統(tǒng)命名腎上腺素結(jié)構(gòu)式2021/6/27982021/6/2799

ChemDraw可以根據(jù)結(jié)構(gòu)式預(yù)測(cè)分子的1H和13C核磁共振化學(xué)位移。

心安得（propranolol）是一種心血管藥物，能抑制心臟的收縮率，避免過(guò)度興奮和阻止神經(jīng)沖動(dòng)，保證心壁平滑肌的收縮。3.1.9預(yù)測(cè)核磁共振化學(xué)位移2021/6/27100繪制化合物結(jié)構(gòu)式選中此結(jié)構(gòu)，【Structure】/【Predict1H-NMR-Shifts】，出現(xiàn)該化合物的1H核磁共振化學(xué)位移值及圖譜縮小當(dāng)前窗口，返回繪制結(jié)構(gòu)式的窗口

【Structure】/【Predict13C-NMR-Shifts】，出現(xiàn)該化合物的13C核磁共振化學(xué)位移值及圖譜有了這兩張譜圖，在實(shí)測(cè)樣品的核磁共振，就會(huì)心中有數(shù)。2021/6/271012021/6/271022021/6/27103

ChemDraw可以對(duì)化合物結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析計(jì)算。選中化合物結(jié)構(gòu)式，【View】/【ShowAnalysisWindow】，彈出分析窗口，包含該化合物的分子簡(jiǎn)式、摩爾質(zhì)量、同位素分布圖，元素分析組成比例等數(shù)據(jù)?！綱iew】/【ShowChemicalPropertiesWindow】，彈出化學(xué)性質(zhì)窗口，包含該化合物的沸點(diǎn)、熔點(diǎn)、臨界溫度、臨界壓力、臨界體積、Gibbs自由能、LogP、MR、Herry’sLaw、生成熱、ClogP、CMR等。3.1.10分析結(jié)構(gòu)估計(jì)性質(zhì)2021/6/27104以心安得化合物為例：【Analysis】窗口【ChemicalProperties】】窗口2021/6/27105

ChemDraw提供了一張使用起來(lái)十分方便的元素周期表。

【View】/【ShowPeriodicTableWindow】即可打開元素周期表窗口。單擊周期表上的元素符號(hào)，就可以得到該元素的物理性質(zhì)。單擊表中的按鈕，可以打開或關(guān)閉周期表下方的物理性質(zhì)詳細(xì)列表。3.1.11元素周期表2021/6/271062021/6/27107（1）輸入特殊符號(hào)有時(shí)需要在結(jié)構(gòu)式或反應(yīng)方程式中輸入特殊符號(hào)。

【View】/【ShowCharacterMap】菜單命令即可打開符號(hào)窗口。

單擊按鈕，可以選擇各種Windows字體和符號(hào)，包括漢字。3.1.12符號(hào)、字體和顏色2021/6/27108（2）改變字體

【Text】/【Font】菜單命令可以改變字體。

Windows的所有字體都可以在ChemDraw中使用，也包括漢字字體。2021/6/27109（3）改變顏色默認(rèn)狀態(tài)下，ChemDraw的文字和繪制的圖形是黑色的，根據(jù)實(shí)際需要可以變換文字及圖形的顏色。選中畫好的結(jié)構(gòu)式或圖形；單擊【Color】，出現(xiàn)下拉菜單，除了黑色之外，還包含6種可以選擇的顏色；單擊所選中的顏色，完成改變顏色的操作；若不喜歡給出的顏色，單擊【Others】選項(xiàng)，彈出【顏色】調(diào)色板，其中由更多的顏色可供選擇，還可以自定義顏色。2021/6/271102021/6/27111（1）快捷菜單

ChemDraw快捷菜單包含了多種選項(xiàng)，使用快捷菜單能完成常用編輯、屬性設(shè)置、模板選擇等功能。

在選中的結(jié)構(gòu)上單擊鼠標(biāo)右鍵，會(huì)彈出快捷菜單。3.1.13快捷菜單和快捷鍵2021/6/27112（2）快捷鍵常用的與結(jié)構(gòu)有關(guān)的快捷鍵：

Ctrl+Shift+K：整理結(jié)構(gòu)式

Ctrl+Shift+N：將化合物名稱轉(zhuǎn)換為結(jié)構(gòu)式

Alt+Ctrl+Shift+N：將結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)換為化合物名稱2021/6/27113

編輯快捷鍵與其他軟件如word相同，常用的與圖形編輯有關(guān)的快捷鍵：

Ctrl+A：全選，Ctrl+C：復(fù)制，Ctrl+V：粘貼，

Ctrl+X：剪切，F(xiàn)9：下標(biāo)，F(xiàn)10：上標(biāo)，

Ctrl+R：旋轉(zhuǎn)圖形，可以設(shè)定旋轉(zhuǎn)角度，

Ctrl+K：改變圖形大小，可以設(shè)定鍵長(zhǎng)，

Ctrl+Shift+H：水平翻轉(zhuǎn)圖形，

Ctrl+Shift+V：垂直翻轉(zhuǎn)圖形。2021/6/27114基本技巧——選擇對(duì)象1.選擇對(duì)象選擇完整結(jié)構(gòu)：使用選擇工具雙擊某個(gè)分子結(jié)構(gòu)內(nèi)任何鍵或原子；通過(guò)點(diǎn)擊選擇對(duì)象：點(diǎn)擊選擇工具，指向一個(gè)對(duì)象（一般為最后編輯的圖形），并在該對(duì)象上出現(xiàn)一個(gè)反襯框，再次點(diǎn)擊該對(duì)象，則選擇對(duì)象出現(xiàn)在選擇矩形框內(nèi)，指針變?yōu)槭中?；選擇多個(gè)對(duì)象：先按shift鍵，再選擇其他對(duì)象，通過(guò)單擊雙擊或使用選擇工具可添加選擇對(duì)象。

選擇所有對(duì)象：【Edit】/【SelectAll】2021/6/271152.取消選擇對(duì)象在選定對(duì)象外任意空白處單擊。按Esc鍵。選擇不同的工具。按下shift鍵，選擇另一個(gè)對(duì)象。只取消其中一個(gè)對(duì)象，可在按下shift鍵的同時(shí)點(diǎn)擊對(duì)象。2021/6/271163.對(duì)象排列方式

選定對(duì)象對(duì)象頁(yè)面居中：【Obiect】/【CenteronPage】

對(duì)象頁(yè)面對(duì)齊：【Obiect】/【Align】

等距分散對(duì)齊：【Obiect】/【Distribute】（Vertically或Horizontally）選定對(duì)象置前：【Obiect】/【BringtoFront】

選定對(duì)象置后：【Obiect】/【SendtoBack】2021/6/271174.改變對(duì)象的大小通過(guò)拖動(dòng)任意一個(gè)角可改變對(duì)象的大小比例通過(guò)拖動(dòng)任意一條邊可使對(duì)象在X軸或Y軸方向上扭曲。按下shift鍵的同時(shí)拖動(dòng)，可隨意改變大小右鍵點(diǎn)擊選定對(duì)象，選【Scale】，在ScaleObject對(duì)話窗口中輸入百分比。2021/6/271185.移動(dòng)對(duì)象選擇對(duì)象，點(diǎn)擊拖動(dòng)對(duì)象至新的地方。移動(dòng)同時(shí)按下shift鍵可保持水平或垂直不變。移動(dòng)單個(gè)原子：選擇要移動(dòng)的原子，并拖動(dòng)。則與原子相連的鍵也隨之被拉伸。拖動(dòng)一個(gè)原子到相鄰原子可改變環(huán)的類型。（如六元環(huán)變五元環(huán)。）2021/6/271191.化學(xué)鍵的屬性

固定鍵長(zhǎng)（并非化學(xué)意義上的鍵長(zhǎng)）：

【Object】/【FixedLengths】；使用單鍵工具畫一個(gè)結(jié)構(gòu)，其中的鍵長(zhǎng)為標(biāo)準(zhǔn)鍵長(zhǎng)。

固定鍵角：強(qiáng)制鍵角畫鍵，相對(duì)于X軸為15°的倍數(shù)。

【Object】/【FixedAngles】

化學(xué)鍵屬性的設(shè)置：

【File】/【DoucmentSettings】/【Drawing】

在FixedLength（默認(rèn)0.4167in）、FixedAngles框中輸入數(shù)值（默認(rèn)120°）?；炯记伞瘜W(xué)鍵2021/6/271202.畫化學(xué)鍵

雙任意鍵：從多重鍵工具中選擇DoubleEitherBond工具畫鍵；使用波浪鍵畫鍵，鼠標(biāo)指向鍵的中心，點(diǎn)擊變?yōu)殡p鍵，再次點(diǎn)擊變?yōu)殡p任意鍵。

配位鍵和楔形鍵（契合鍵）：點(diǎn)擊配位鍵工具（DativeBond），從配位鍵的正端拖向負(fù)端；點(diǎn)擊楔形鍵工具，從楔形鍵的窄端拖向?qū)挾?；使用上兩鍵工具，點(diǎn)擊鍵的中心位置，可改變鍵的取向。2021/6/271213.修改化學(xué)鍵

改變鍵型：選擇鍵工具，單擊一個(gè)已經(jīng)存在的鍵的中心，或單擊右鍵或按Ctrl+單擊從彈出菜單中選擇新鍵，可改變單鍵類型。使用粗鍵、虛鍵或?qū)嶆I工具電議一個(gè)雙鍵，可改變雙鍵鍵型。改變雙鍵對(duì)齊方式：點(diǎn)擊創(chuàng)建該鍵的鍵工具，點(diǎn)擊已存在的雙鍵；單擊雙鍵中心改變一種，再次單擊，再次改變；使用命令【BondPosition】。2021/6/27122改變鍵的交叉方式：當(dāng)一個(gè)鍵橫跨另一個(gè)鍵時(shí)，白色空白表示該鍵在另一個(gè)鍵背面。點(diǎn)擊任何一個(gè)鍵工具，雙擊一個(gè)在背面的鍵可將其置于前面；使用【Object】中的【BringtoFront】或【Sendtoback】命令也可以改變鍵的前后位置?；瘜W(xué)警告：關(guān)閉自動(dòng)警告選項(xiàng)：【View】/【ShowChemicalWarnings】；對(duì)特定對(duì)象取消警告：右鍵單擊對(duì)象，取消選擇【DisplayWarning】

查看對(duì)警告的描述：【ExplainThisWarning】

改變警告類型：【File】/【Preferences】，淡出對(duì)話框中選擇【ChemicalWarnings】，進(jìn)行勾選。2021/6/271234.環(huán)螺環(huán)（a）和生長(zhǎng)環(huán)（b）：使用苯環(huán)工具在窗口內(nèi)點(diǎn)擊得到一個(gè)苯分子，在苯環(huán)上某個(gè)原子上直接點(diǎn)擊，將產(chǎn)生一個(gè)螺環(huán)。

【File】/【Preferences】，打開【Building/Display】，勾選SproutRingsInsteadofSprioWhenClicking，即可變?yōu)樯L(zhǎng)環(huán)（b）（a）（b）2021/6/27124芳香結(jié)構(gòu)：（1）畫不定域環(huán)點(diǎn)擊環(huán)工具，按下Ctrl鍵的同時(shí)拖動(dòng)攻擊點(diǎn)擊畫環(huán)。

直接使用環(huán)工具畫環(huán)按下Ctrl鍵的同時(shí)畫環(huán)2021/6/27125芳香結(jié)構(gòu)：（2）畫共振結(jié)構(gòu)畫環(huán)戊二烯或苯環(huán)這類具有共振結(jié)構(gòu)的環(huán)時(shí)，可以有豎直和水平兩種環(huán)取向。用環(huán)戊二烯或苯環(huán)工具畫環(huán)時(shí)，沿拖動(dòng)方向首先顯示的是雙鍵，按下Shift鍵可使畫出的環(huán)首先顯示為單鍵。

2021/6/271265.脂肪鏈指定鏈長(zhǎng)：點(diǎn)擊脂肪鏈工具，點(diǎn)擊一個(gè)存在的原子或在文檔的空白處單擊，會(huì)出現(xiàn)一個(gè)增加碳鏈的對(duì)話框，輸入鏈的原子數(shù)，點(diǎn)擊【Add】，按下Alt鍵單擊，可在文檔的另一個(gè)地方添加相同長(zhǎng)度的碳鏈。改變畫鏈方向：

在畫鏈的過(guò)程中，同時(shí)按下Ctrl鍵，可改變鏈的走向，但應(yīng)在釋放Ctrl鍵前松開鼠標(biāo)左鍵。若沒有使用固定鍵長(zhǎng)，可以使用組合鍵Ctrl+Alt。2021/6/271276.展開標(biāo)簽與壓縮標(biāo)簽展開標(biāo)簽：若結(jié)構(gòu)中已包含定義別名的原子標(biāo)簽，可將結(jié)構(gòu)恢復(fù)為展開形式：【Structure】/【ExpandLable】2021/6/27128壓縮標(biāo)簽選擇要壓縮的結(jié)構(gòu)區(qū)；

【Structure】/【ContractLable】，出現(xiàn)壓縮對(duì)話框；輸入壓縮結(jié)構(gòu)的標(biāo)簽名-ok2021/6/271297.說(shuō)明文本與原子標(biāo)注標(biāo)注原子使用文本、鍵或環(huán)工具，以相同的文本標(biāo)注多個(gè)原子：點(diǎn)擊文本工具A，單擊某個(gè)原子，在文本框內(nèi)輸入元素符號(hào)或其他符號(hào)，緊接著雙擊另一個(gè)原子，可使前一次輸入的元素符號(hào)出現(xiàn)在當(dāng)前點(diǎn)擊的原子上面。使用熱鍵：使用別名（Nickname）：展開別名：別名就是輸入的一個(gè)標(biāo)簽，當(dāng)一個(gè)別名展開為結(jié)構(gòu)圖是，別名本身消失

2021/6/27130原子熱鍵原子熱鍵原子熱鍵原子熱鍵原子熱鍵AaClC或lIIOoSsAcA或5COOCH3EKKOTsTs-Bu2BBDDMemPpSiSBRBEtENnPhP或4t-Bu3CcFfNaNQ*qTMStCH2OH6Hhn-BulRrXx常用原子或原子團(tuán)的功能熱鍵2021/6/27131

常用鍵的功能熱鍵功能熱鍵功能熱鍵改為單鍵1改為四重鍵4改為虛線鍵d雙鍵居中c改為雙鍵2改為粗鍵b改為波浪鍵y雙鍵置右r改為叁鍵3改為楔形鍵w雙鍵置左1鍵置前f2021/6/271323.2Chem3D2021/6/27133

ChemBio3D是ChemOffice的重要組件之一，主要用于進(jìn)行分子的模擬分析，可創(chuàng)建各種化學(xué)與生物模型。進(jìn)而對(duì)模型分子進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，并進(jìn)行模擬計(jì)算，預(yù)測(cè)分子的各類性質(zhì)，如靜電勢(shì)、鍵能、各類光譜等。還可滿足生物學(xué)及生物化學(xué)領(lǐng)域的特殊需求。利用直觀的菜單和方面的腳本界面接口，組合為強(qiáng)大的模型構(gòu)建、性質(zhì)分析和結(jié)構(gòu)計(jì)算工具。

ChemBio3D提供了許多量化計(jì)算接口機(jī)獨(dú)立的量化計(jì)算程序如MOPAC、Gaussian等。2021/6/27134新特性：

1.原子屬性：增加了有關(guān)模型的新屬性，即可在模型計(jì)算中使用，也可保存于模型中。2.添加/刪除孤對(duì)電子：除了顯示/隱藏意外還可以添加或刪除3.定域與不定域電荷：除了顯示定域電荷以外，經(jīng)過(guò)MM2力場(chǎng)計(jì)算后，可顯示每個(gè)荷電原子的不定域電荷，還實(shí)現(xiàn)了在凱庫(kù)勒式與不定域結(jié)構(gòu)件的方向模型的轉(zhuǎn)換。2021/6/27135新特性：

4.可調(diào)整鍵的大?。涸黾恿藢?duì)單個(gè)鍵大小的設(shè)定，以幫助創(chuàng)建和調(diào)整模型結(jié)構(gòu)。5.結(jié)構(gòu)瀏覽器窗口：利用該窗口可以快速瀏覽列表中的小分子及其屬性，并在屏幕上觀察模型。還支持在瀏覽器中打開SDF文件。6.改進(jìn)了模型瀏覽器：提供了幾種增強(qiáng)特性，可以利用簡(jiǎn)單的拖動(dòng)將結(jié)構(gòu)或碎片從一個(gè)位置移動(dòng)到另一個(gè)位置。2021/6/27136新特性：

7.提供了多種算法：如MMFF94力場(chǎng)算法，更適合于對(duì)蛋白質(zhì)及其他生物結(jié)構(gòu)的能量計(jì)算。8.構(gòu)建類型：用于定義模型結(jié)構(gòu)。9.ChemDraw同步選型：連接預(yù)覽的新功能。10.存儲(chǔ)計(jì)算輸出：允許復(fù)制輸出窗口的計(jì)算過(guò)程與計(jì)算結(jié)果到注釋窗口，可以保存模型的所有信息。2021/6/27137

3.2.1

主界面

主界面由模型窗口（工作區(qū)）、ChemDraw面板、輸出（注釋）窗口、主菜單、各類工具欄組成，還包括模型瀏覽器、結(jié)構(gòu)瀏覽器、測(cè)量表等可收縮的對(duì)話框及底部的狀態(tài)欄。狀態(tài)欄用于顯示計(jì)算過(guò)程中的有關(guān)信息。2021/6/271381.模型窗口

模型窗口是構(gòu)建模型的工作區(qū)，可使用各類構(gòu)建工具在該區(qū)域創(chuàng)建模型分子。2.創(chuàng)建模型

【File】-【New】；

Ctrl+N；點(diǎn)擊工具欄上的新建圖標(biāo)這三種方式均可在當(dāng)前模型窗口的右邊新建一個(gè)自動(dòng)命名的、（Untitled-n）的空白模型窗口。2021/6/271393.保存模型

單擊模型窗口選項(xiàng)卡上的模型名，在彈出菜單中選擇【SaveAs】保存。在彈出菜單上還有其他命令：如【Save】（保存）、【CloseWindow】（關(guān)閉當(dāng)前窗口）、【Print】（打?。┑?。

2021/6/27140

Chem3D的文件擴(kuò)展名為“.c3d”，模板文件名為“.c3t”。還可以將3D模型存為其他格式的文件，或者存為圖像文件。4.使用ChemDraw面板

（1）在ChemDraw面板中創(chuàng)建和修改結(jié)構(gòu)（2）Draw與3D之間的相互轉(zhuǎn)換：繪制完成后，點(diǎn)擊圖標(biāo)按鈕（Drawto3DAdd）或（Drawto3DReplace），可將剛繪制的結(jié)構(gòu)添加或替換到模型窗口中，也可利用（3DtoDraw）將模型窗口中已有的模型轉(zhuǎn)到ChemDraw面板中進(jìn)行修改。2021/6/27141

4.使用ChemDraw面板

（3）連接窗口

DualLink模式

：ChemDraw面板與模型窗口間的雙向連接，這種模式下，在一個(gè)窗口中修改的結(jié)構(gòu)可自動(dòng)在另一個(gè)窗口中更新。

PreviewLink模式：在模型窗口中選擇了一個(gè)結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)的一部分，這部分也會(huì)出現(xiàn)在ChemDraw面板中。

Unlink模式：ChemDraw面板與模型窗口間沒有連接。在檢查多個(gè)大分子同步模式時(shí)特別有用。2021/6/27142

5.模型信息參數(shù)表

可從View菜單中調(diào)出。

CartesianTable：笛卡爾坐標(biāo)表，用于描述原子的X、Y、Z坐標(biāo)位置。

InternalCoordinatesTable：原子內(nèi)坐標(biāo)表、或Z-矩陣表，內(nèi)坐標(biāo)是對(duì)模型分子進(jìn)行計(jì)算時(shí)經(jīng)常采用的一種坐標(biāo)系。

MeasurementTable：測(cè)量表，用于限制鍵長(zhǎng)、鍵角、二面角等結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。2021/6/27143AtomPropertyTable：原子屬性表，顯示模型中每個(gè)原子的計(jì)算屬性。

ParamenterTables：各類參數(shù)表，包括各類內(nèi)部和外部參數(shù)表。6.輸出窗口（Output）和注釋窗口（Comments）

Output：顯示模型迭代計(jì)算過(guò)程中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)或結(jié)果

Comments：幫助用戶保存關(guān)于模型的任何注釋信息，當(dāng)保存并關(guān)閉文件時(shí)，其內(nèi)容會(huì)一并保存。但輸出窗口的內(nèi)容則不會(huì)保存。2021/6/27144

保存Output內(nèi)容，在輸出窗口內(nèi)單擊右鍵，選擇【SelectAll】，再次單擊右鍵，從彈出菜單中選擇【CopytoComments】。7.

模型瀏覽器和結(jié)構(gòu)瀏覽器模型瀏覽器采用樹形形式分級(jí)顯示模型結(jié)構(gòu)，便于以展開或收縮的方式觀察內(nèi)容。在鏈和碎片的層次上，能準(zhǔn)確控制原子和鍵的顯示模式和顏色，方便讀取和改變?cè)雍玩I的屬性。在任何層次上都可以使用顯示/隱藏/高光等特性，并用顏色加以標(biāo)記，以便隨時(shí)跟蹤模型的修改。2021/6/271453.2.2菜單命令1.文件菜單【File】New：在模型窗口中新開一個(gè)模型窗口SampleFiles：新開一個(gè)模型窗口，導(dǎo)入指定的各類模型Open：代開本地磁盤文件中已有的模型分子文件ImportFiles：導(dǎo)入外部文件（*.SDF等）到當(dāng)前模型窗口Save：保存當(dāng)前模型窗口SaveAs：當(dāng)前模型另存為其他文件格式ReverttoSaved：放棄最后一次保存后的所有操作2021/6/27146PrintSetup：修改打印設(shè)置參數(shù)Print：打印當(dāng)前模型ModelSettings：修改模型設(shè)置參數(shù)Preferences：修改參數(shù)設(shè)置Exit：退出系統(tǒng)2.編輯菜單【Edit】Undo：恢復(fù)上一次操作Redo：撤銷上一次操作Cut：剪切Copy：復(fù)制Copy：復(fù)制為Paste：粘貼PasteSpectial：粘貼為2021/6/27147Clear：清屏SelectAll：選擇全部SelectFragment：選擇碎片其中CopyAs的子命令為：ChemDrawStructure：復(fù)制為CDX結(jié)構(gòu)EmbeddedObject：復(fù)制為封裝對(duì)象SMILES：復(fù)制為SMILES字符InChI：復(fù)制為InChI碼Bitmap：復(fù)制為位圖EnhancedMetafile：復(fù)制為EMF圖元文件2021/6/271483.視圖菜單【View】ModelDisplay：設(shè)置模型顯示方式，其子命令有（1）DisplayMode：顯示方式，有幾種顯示方式可選擇，如圖（2）ShowHydrogenAtoms：顯示氫原子（3）ShowHydrogenBonds：顯示氫鍵（4）ShowLonePairs：顯示孤對(duì)電子2021/6/27149（5）DelocalizedBonds：顯示離域鍵（6）ShowAtomSymbols：顯示元素符號(hào)（7）ShowSerialNumbers：顯示原子編號(hào)（8）ShowResidueLables：顯示氨基酸殘基編號(hào)，只有模型中有蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)時(shí)才顯示其編號(hào)（9）ShowAtomDots：顯示原子虛表面（10）Red&Blue：用紅藍(lán)三維透明方式顯示模型的立體視圖（11）StereoPairs：?jiǎn)⒂昧Ⅲw對(duì)，通過(guò)調(diào)整兩眼焦距來(lái)模擬兩個(gè)金陵模型分子在屏幕中的三維顯示效果2021/6/27150（11）Perspective：通過(guò)調(diào)整鍵長(zhǎng)和原子大小查看模型的透視圖（12）DepthFading：采用景深褪色效果查看模型分子（13）ModelAxes：顯示模型坐標(biāo)軸（14）ViewAxes：顯示視圖坐標(biāo)軸這兩種坐標(biāo)軸重合時(shí)，只顯示模型坐標(biāo)軸，視圖坐標(biāo)軸不可見。（15）BackgroundColor：設(shè)置背景顏色（16）BackgroundEffects：設(shè)置背景的光影效果（11）ColorBy：指定顯示的顏色方案2021/6/27151ViewPosition：設(shè)置模型查看方式ViewFoucs：設(shè)置重點(diǎn)查看方式Toolbars：顯示各類工具欄ModelExplorer：點(diǎn)擊顯示模型瀏覽器StructureExplorer：點(diǎn)擊顯示結(jié)構(gòu)瀏覽器ChemDrawPanel：顯示ChemDraw面板CartesianTable：點(diǎn)擊顯示笛卡爾坐標(biāo)InternalCoorTable：點(diǎn)擊顯示分子內(nèi)坐標(biāo)MeasurementTable：點(diǎn)擊顯示測(cè)量表2021/6/27152AtomPropertyTable：點(diǎn)擊顯示原子屬性表ParameterTable：點(diǎn)擊顯示各類參數(shù)表OutputBox：點(diǎn)擊顯示輸出窗口CommentsBox：點(diǎn)擊顯示注釋窗口DihedralChart：點(diǎn)擊顯示二面角圖表SpectrumViewer：點(diǎn)擊顯示光譜瀏覽器FullScreen：全屏StatusBar：點(diǎn)擊顯示狀態(tài)欄2021/6/271534.結(jié)構(gòu)菜單【Structure】Measurements：測(cè)量值，其子命令有（1）DisplayDistanceMeasurement：顯示距離測(cè)量值（2）DisplayBondAnglesMeasurement：顯示鍵角測(cè)量值（3）DisplayDihedralMeasurement：顯示二面角測(cè)量值（4）GenerateAllBondLengths：生成所有鍵長(zhǎng)（5）GenerateAllBondAngles：成生所有鍵角（6）GenerateAllDihedralAngles：生成所有二面角2021/6/27154（7）GenerateAllCloseContacts：生成所有密切聯(lián)系（8）Clear：清楚整個(gè)Measurement表中的數(shù)據(jù)

ModelPosition：模型定位，確定模型的位置、大小和對(duì)齊方式。本菜單下的選項(xiàng)用于調(diào)整模型結(jié)構(gòu)相對(duì)于窗口坐標(biāo)軸的移動(dòng)和對(duì)齊方式。2021/6/27155ReflectModel：通過(guò)選定平面反映模型。SetInternalCoordinates：設(shè)置內(nèi)坐標(biāo)，包括：（1）SetOriginAtom：設(shè)置選定原子作為內(nèi)坐標(biāo)的原點(diǎn)，其他原子以該原子位置定位。（2）PositionByDihedral：利用二面角來(lái)定位原子。（3）PositionByBondAngles：利用鍵角來(lái)定位原子。DetectStereochemistry：檢查立體化學(xué)性，在輸出窗口中給出立構(gòu)中心。通過(guò)XY面反映通過(guò)XZ面反映通過(guò)YZ面反映通過(guò)原點(diǎn)反映2021/6/27156Invert：轉(zhuǎn)換異構(gòu)形式，從cis-轉(zhuǎn)為trans-。DeviationFromPlane：偏離平面，當(dāng)選擇了4個(gè)或4個(gè)以上的原子時(shí)，在輸出窗口中輸出偏離平面的大小。AddCentroid：添加矩心到選定的模型或模型碎片中，至少應(yīng)選定兩個(gè)原子。Rectify：校正，常用氫原子為一個(gè)原子填補(bǔ)為飽和的化學(xué)價(jià)。只在模型設(shè)置對(duì)話框中，默認(rèn)設(shè)置“AutomaticRectification”處于關(guān)閉時(shí)有用。CleanUp：在構(gòu)建具有張力的環(huán)體系時(shí)，修正不合理的鍵長(zhǎng)和鍵角。2021/6/27157BondProximate：最近的成鍵距離。如果兩個(gè)原子靠近到足夠鍵合的程度時(shí)，該選項(xiàng)將在兩個(gè)原子間產(chǎn)生一個(gè)共價(jià)鍵?！綟ile】/【ModelSettings】/【ModelBuilding】，移動(dòng)滑塊指定兩個(gè)原子間成鍵的最大距離。LonePairs：添加或刪除孤對(duì)電子，也可在添加后隱藏或顯示孤對(duì)電子。Overlay：重疊命令，用于通過(guò)添加第一個(gè)碎片到第二個(gè)碎片上來(lái)比較模型窗口中的碎片。有快速重疊和最小化重疊兩種方式。2021/6/27158Dock：使用該命令可將一個(gè)碎片放置到和第二個(gè)碎片要求有一定取向和距離的地方。每個(gè)碎片在接近時(shí)都保持器剛性。5.計(jì)算菜單【Calculations】

用于執(zhí)行各類結(jié)構(gòu)計(jì)算，包括選定結(jié)構(gòu)中得單個(gè)和兩個(gè)二面角執(zhí)行二面驅(qū)動(dòng)器運(yùn)算，對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行構(gòu)象分析，利用休克爾理論進(jìn)行電荷計(jì)算和表面計(jì)算。使用MM2對(duì)分子做能量最小化計(jì)算、集合構(gòu)型的優(yōu)化、分子動(dòng)力學(xué)分析和結(jié)構(gòu)性質(zhì)計(jì)算等。2021/6/27159DihedralDriver：二面角驅(qū)動(dòng)器運(yùn)算，包括（1）SingleAnglePlot：轉(zhuǎn)動(dòng)一個(gè)角（2）DoubleAnglePlot：轉(zhuǎn)動(dòng)兩個(gè)角ExtendedHuckel：擴(kuò)展休克爾理論運(yùn)算，包括：（1）CalculateCharges：計(jì)算電荷（2）CalculateSurfaces：計(jì)算表面。MM2：MM2力場(chǎng)計(jì)算（1）RepeatMM2Jobs：重復(fù)分子力學(xué)作業(yè)（2）RunMM2Job：運(yùn)行分子力學(xué)作業(yè)2021/6/27160（3）SetupMM2AtomTypesandCharges：設(shè)置分子形式及電荷（4）MinimizeEnergy：能量最小化（5）MolecularDynamic：分子動(dòng)力學(xué)（6）ComputerProperties：計(jì)算性質(zhì)（7）ShowUsedParameters：顯示使用參數(shù)MMFF94：MMFF94力場(chǎng)計(jì)算，包括：（1）SetupMMFF94Atom

TypesandCharges：設(shè)置分子形式及電荷2021/6/27161（2）DoMMFF94AtomMinimization：最小化運(yùn)行MMFF94（3）CalculateMMFF94EnergyandGradient：計(jì)算能量及其梯度ComputeProperties：計(jì)算分子的各類性質(zhì)GAMESSInterface：GAMESS接口GaussianInterface：Gaussian接口JaguarInterface：Jaguar接口MopacInterface：Mopac接口2021/6/271626.表面菜單【Surface】

顯示計(jì)算得到的各類表面視圖。ChooseCalculationResult：顯示計(jì)算結(jié)果（1）ExtendedHuckel：擴(kuò)展休克爾理論（2）RemoveSelectedResults：移除選擇的結(jié)果（3）RemoveAllResults：移除全部結(jié)果ChooseSurface：選擇表面DisplayMode：顯示模式Resolution：分辨率2021/6/27163SelectMolecularOrbital：選擇分子軌道Isopotential：指定等勢(shì)值PositiveColor：正電荷顏色NegativeColor：負(fù)電荷顏色AdvancedMolecularSurfaces：高級(jí)分子表面2021/6/271643.2.3工具欄標(biāo)準(zhǔn)工具欄：表面工具欄：溶劑半徑選擇表面類型表面顯示模式顏色映射分辨率選擇分子軌道指定等值點(diǎn)正電荷顏色負(fù)電荷顏色2021/6/27165建造工具欄：選擇工具移動(dòng)工具旋轉(zhuǎn)工具縮放平移單鍵雙鍵叁鍵虛鍵文本工具刪除工具2021/6/27166計(jì)算工具欄：運(yùn)行狀態(tài)MM2能量最小化停止運(yùn)行調(diào)整步長(zhǎng)調(diào)整幀間間隔升降溫度改變加熱速率設(shè)定目標(biāo)溫度MM2動(dòng)力學(xué)計(jì)算2021/6/27167模型顯示工具欄：模型顯示方式顯示背景顏色背景光影效果模擬三維顯示透視效果顯示視圖坐標(biāo)軸顯示元素符號(hào)顯示氨基酸編號(hào)紅藍(lán)顯示陰影顯示模型坐標(biāo)軸顯示原子編號(hào)全屏顯示2021/6/27168演示工具欄：繞軸轉(zhuǎn)動(dòng)左右擺動(dòng)調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)動(dòng)速度停止演示改變旋轉(zhuǎn)軸調(diào)節(jié)振幅高低2021/6/27169

3.2.4建立3D模型

Chem3D提供了多種多樣的3D模型建立方法?？梢岳脝捂I、雙鍵或叁鍵工具直接繪制3D模型，可以將分子式轉(zhuǎn)換成3D模型，也可以利用Chem3D提供的子結(jié)構(gòu)或模板建立模型。2021/6/27170（1）利用鍵工具建立模型

單擊工具欄上的單鍵按鈕將鼠標(biāo)移動(dòng)至模型窗口，按住鼠標(biāo)左鍵拖出一條直線，放開鼠標(biāo)即成乙烷的立體模型將鼠標(biāo)移至C(1)原子上，向外拖出一條直線，放開鼠標(biāo)即成丙烷立體模型將鼠標(biāo)移至C(2)原子上，向外拖出一條直線，放開鼠標(biāo)即成丁烷立體模型2021/6/271712021/6/271722021/6/27173C12021/6/27174C1C42021/6/27175C22021/6/271762021/6/27177（2）利用文本工具建立模型

單擊工具欄文本工具按鈕將鼠標(biāo)移至模型窗口，單擊鼠標(biāo)出現(xiàn)文本輸入框，在輸入框中輸入“C4H10”，按回車鍵，Chem3D自動(dòng)將輸入的分子式變成丁烷3D模型若化合物帶有支鏈，可將支鏈用括號(hào)括起來(lái)。2021/6/271782021/6/27179異丁烷模型2021/6/27180異戊二烯模型2021/6/271814-甲基-2-戊醇模型2021/6/27182

輸入一組氨基酸的縮寫，可建立多肽的3D結(jié)構(gòu)。如輸入“H(Ala)12OH”，然后用軌跡球按鈕轉(zhuǎn)動(dòng)模型，從α-螺旋的中間部分看過(guò)去，即為下圖得到的模型。若模型很復(fù)雜，可以考慮改用線狀模型顯示，在顯示螺旋時(shí)也可以使用帶狀模型。2021/6/27183多肽的α-螺旋2021/6/27184（3）使用子結(jié)構(gòu)建立模型

Chem3D提供了子結(jié)構(gòu)庫(kù)，我們可以選擇其中的子結(jié)構(gòu)，然后將他們拼裝起來(lái)，組成復(fù)雜結(jié)構(gòu)。

【View】/【ParameterTable】/【Substructure】菜單命令，彈出【Substructure】窗口，單擊【Phenyl】（苯基）的【Model】選中之2021/6/271852021/6/27186單擊工具欄上的復(fù)制按鈕，復(fù)制該結(jié)構(gòu)在3D模型窗口中，單擊粘貼按鈕，將子結(jié)構(gòu)粘貼至窗口，使用軌跡球按鈕使其處于正面結(jié)構(gòu)，

【Structure】/【ReflectModel】/【InvertThroughOrigin】將圖形置于與原來(lái)呈鏡面對(duì)稱的位置再次單擊粘貼按鈕，在窗口中就復(fù)制了兩個(gè)苯環(huán)單擊工具欄中的虛鍵按鈕，將兩個(gè)苯環(huán)連接起來(lái)，即得所要建立的3D模型。2021/6/271872021/6/271882021/6/271892021/6/271902021/6/27191（4）使用模板建立模型

【File】/【SampleFiles】/【Nano】/【Buckminsterfullerene-C60】命令，出現(xiàn)C60的3D模型。還可以在此基礎(chǔ)上修改模型，例如可以接上一些官能團(tuán)。2021/6/27192C60的3D模型2021/6/271933.2.5ChemDraw結(jié)構(gòu)式與3D模型間的轉(zhuǎn)換

Chem3D可以將ChemDraw的平面結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)換成相應(yīng)的3D模型。3D模型也可以轉(zhuǎn)換成平面結(jié)構(gòu)式。（1）ChemDraw結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)換為3D模型以苯丙氨酸結(jié)構(gòu)式的轉(zhuǎn)換為例：在右邊ChemDraw窗口中繪制出苯丙氨酸的平面結(jié)構(gòu)式（也可以使用氨基酸模板輸入）當(dāng)結(jié)構(gòu)式繪制完成后，即刻在左邊Chem3D模型窗口中出現(xiàn)苯丙氨酸的3D模型。2021/6/27194ChemDraw窗口ChemDraw工具欄Chem3D模型窗口2021/6/27195（2）直接打開ChemDraw文件

Chem3D也可以直接打開ChemDraw文件?！綟ile】/【Open】，彈出【Open】對(duì)話框在【文件類型】窗口中選擇“ChemDraw（﹡.cdx；﹡.chm）”類型單擊【打開】按鈕打開文件。Chem3D自動(dòng)將ChemDraw文件轉(zhuǎn)換為3D模型。2021/6/271962021/6/271972021/6/27198（3）3D模型轉(zhuǎn)換為平面結(jié)構(gòu)式選中3D模型執(zhí)行【Edit】/【CopyAs】/【ChemDrawStructure】命令，復(fù)制此模型則在左側(cè)ChemDraw窗口中即可出現(xiàn)其平面結(jié)構(gòu)式。2021/6/271992021/6/272002021/6/27201

3.2.6整理結(jié)構(gòu)與簡(jiǎn)單優(yōu)化和ChemDraw一樣，利用【鍵】工具建立的3D模型，鍵角及鍵長(zhǎng)可能不正常，應(yīng)首先對(duì)其進(jìn)行整理操作，然后做簡(jiǎn)單優(yōu)化處理，以便得到能量最低的構(gòu)象。整理結(jié)構(gòu)與簡(jiǎn)單優(yōu)化操作步驟主要有：執(zhí)行【Edit】/【SelectAll】，或按Ctrl+A，將模型全部選中2021/6/27202執(zhí)行【Caculations】/【MM2】/【Minimize】命令，彈出【MinimizeEnergy】對(duì)話框單擊【Run】按鈕，開始對(duì)模型進(jìn)行優(yōu)化，每迭代一次模型都會(huì)發(fā)生改變，最終給出能量最低狀態(tài)。迭代計(jì)算過(guò)程中，Chem3D窗口最下方的狀態(tài)欄中會(huì)顯示出迭代過(guò)程中各種參數(shù)的優(yōu)化2021/6/272032021/6/272042021/6/272052021/6/272062021/6/27207

3.2.7顯示3D模型信息

將鼠標(biāo)移至3D模型的原子上，會(huì)彈出一個(gè)窗口顯示該原子的相關(guān)信息；2021/6/27208

將鼠標(biāo)移動(dòng)至3D模型的化學(xué)鍵上，會(huì)彈出一個(gè)窗口顯示該化學(xué)鍵的相關(guān)信息。2021/6/27209

按住Shift鍵不動(dòng)，用鼠標(biāo)順序選中連續(xù)的3個(gè)原子，然后將鼠標(biāo)停留在任一個(gè)原子上，即可顯示這3個(gè)原子形成的鍵角。2021/6/27210

要顯示更詳細(xì)的信息，可以執(zhí)行【Structure】/【Measurements】/【GenerateAllBondLengths】命令，則模型的全部鍵長(zhǎng)數(shù)據(jù)會(huì)出現(xiàn)在左側(cè)新分裂出來(lái)的窗口中。2021/6/272112021/6/27212

執(zhí)行【Structure】/【Measurements】/【GenerateAllBondAngles】命令，則模型的全部鍵長(zhǎng)數(shù)據(jù)會(huì)出現(xiàn)在左側(cè)新分裂出來(lái)的窗口中。2021/6/27213

要顯示全部元素的符號(hào)和序號(hào)，在菜單欄中點(diǎn)擊（元素符號(hào)）按鈕及（元素序號(hào)）按鈕即可。2021/6/27214

3.2.8改變?cè)匦蛱?hào)與替換元素

以化學(xué)鍵工具建立起來(lái)的3D模型，元素編號(hào)可能不符合我們的要求，因此需要加以修改。另一方面，有時(shí)我們需要修飾模型，引入了一些雜原子，這就需要將模型中碳元素替換為其他元素。2021/6/27215（1）改變?cè)匦蛱?hào)（以正丁烷模型為例）使用單鍵按鈕，繪出正丁烷模型選中該模型，執(zhí)行【Structure】/【CleanUp】命令整理該模型使用工具欄中的選取工具按鈕，雙擊需要改變序號(hào)的原子，彈出輸入框在輸入框中輸入原子序號(hào)，按回車鍵完成元素序號(hào)的修改2021/6/272162021/6/27217（2）替換元素雙擊正丁烷中模型中的C(1)原子，彈出輸入框在輸入框中輸入大些字母“O”，即氧原子，按回車鍵重復(fù)上述步驟修改C(4)原子，最終得到乙二醇的3D模型。2021/6/27218

在乙二醇的3D