TCHIA 42.2-2023 長(zhǎng)非編碼RNA 和蛋白相互作用注釋標(biāo)準(zhǔn) 第2部分：RIP-seq 和CLIP-seq 的數(shù)據(jù)分析方法

ICS35.240.80C07團(tuán) 體 標(biāo) 準(zhǔn)T/CHIA42.2-2023RNA和蛋白相互作用注釋標(biāo)準(zhǔn)2部分：RIP-seqCLIP-seq的數(shù)據(jù)分析方法Specificationsforinteractionbetweenlongnon-codingRNAandproteinsPart1：ComputationalanalysispipelineofRIP-seqandCLIP-seq2023-11-14發(fā)布 2024-02-01實(shí)施中國(guó)衛(wèi)生信息與健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)學(xué)會(huì) 發(fā)布T/CHIA42.2-2023T/CHIA42.2-2023目 次前 言 I引 言 錯(cuò)誤！未定義書簽。范圍 1規(guī)范性引用文件 1術(shù)語(yǔ)和縮略語(yǔ) 1RIP-seq數(shù)據(jù)處理流程 1CLIP-seq數(shù)據(jù)分析流程 2T/CHIA42.2-2023T/CHIA42.2-2023PAGE\*ROMANPAGE\*ROMANII前 言本標(biāo)準(zhǔn)按照GB/T1.1—2020給出的規(guī)則起草。T/CHIA42-2023《長(zhǎng)非編碼RNA和蛋白相互作用注釋標(biāo)準(zhǔn)》分為以下3個(gè)部分：——第1部分：RIP-seq和CLIP-seq的實(shí)驗(yàn)方法流程——第2部分：RIP-seq和CLIP-seq的數(shù)據(jù)分析方法——第3部分：長(zhǎng)非編碼RNA及其相互作用蛋白質(zhì)的功能注釋本標(biāo)準(zhǔn)為T/CHIA42-2023的第2部分。本標(biāo)準(zhǔn)由中國(guó)科學(xué)院生物物理研究所提出，由中國(guó)衛(wèi)生信息與健康大數(shù)據(jù)學(xué)會(huì)歸口。本標(biāo)準(zhǔn)主要起草單位：中國(guó)科學(xué)院生物物理研究所、中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所（國(guó)家生物信息中心）、浙江大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、清華大學(xué)、中國(guó)人民解放軍總醫(yī)院、北京蛋白質(zhì)組研究中心、中國(guó)科學(xué)院微生物研究所、北京大學(xué)人民醫(yī)院、中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所、中南大學(xué)、空軍軍醫(yī)大學(xué)（第四軍醫(yī)大學(xué)）、中國(guó)科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所和北京睿博解碼生物科技有限公司。本標(biāo)準(zhǔn)主要起草人：陳潤(rùn)生、何順民、宋廷瑞、張鵬、周紅紅、王曉娜、方向東、金力、何昆侖、李亦學(xué)、張學(xué)工、段會(huì)龍、周水庚、渠鴻竹、趙思琪、錢穎、王霞、趙屹、呂旭東、朱云平、馬俊才、楊忠、石樂(lè)明、吳松峰、吳林寰、王振、陳先來(lái)、賈志龍、張昭軍、婁曉敏、阮修艷、單廣樂(lè)、喬楠、劉登輝、丁子建。引 言《長(zhǎng)非編碼RNA2和CLIP-seq的數(shù)據(jù)分析方RNA和蛋白質(zhì)相互作用實(shí)驗(yàn)技術(shù)RIP-seq和CLIP-seq的數(shù)據(jù)分析RNAT/CHIA42.2-2023T/CHIA42.2-2023PAGEPAGE1長(zhǎng)非編碼RNA和蛋白相互作用注釋標(biāo)準(zhǔn)第2部分：RIP-seq和CLIP-seq的數(shù)據(jù)分析方法范圍本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了RIP-seq和CLIP-seq的數(shù)據(jù)分析流程規(guī)范。本標(biāo)準(zhǔn)適用于指導(dǎo)研究人員進(jìn)行RIP-seq和CLIP-seq等捕獲長(zhǎng)非編碼RNA與蛋白相互作用的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析。規(guī)范性引用文件下列文件中的內(nèi)容通過(guò)文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本標(biāo)準(zhǔn)必不可少的條款。其中，注日（包括所有的修改單）適用于本標(biāo)準(zhǔn)。GB/T29859-2013生物信息學(xué)術(shù)語(yǔ)GB/T30989-2013高通量基因測(cè)序技術(shù)規(guī)程GB/T35890-2018高通量測(cè)序數(shù)據(jù)序列格式規(guī)范T/CHIA21.1—2021組學(xué)樣本處理與數(shù)據(jù)分析標(biāo)準(zhǔn)第1部分：全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)分析T/CHIA21.5—20215部分：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析術(shù)語(yǔ)和定義GB/T29859-2013、T/CHIA21.5—2021中界定的以及下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本標(biāo)準(zhǔn)。峰區(qū)域識(shí)別peakcalling使用reads的分布情況對(duì)RNA與蛋白相互作用的區(qū)域進(jìn)行預(yù)測(cè)的方法。獲取到的reads密集的區(qū)域成為峰（peak）。IP組指的是用相應(yīng)的抗體進(jìn)行免疫沉淀的產(chǎn)物，是與響應(yīng)蛋白相互作用的RNA。Input組指的是樣本中的總RNA，屬于陽(yáng)性對(duì)照。RIP-seq質(zhì)量控制利用測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估，使用去接頭軟件去除低質(zhì)量reads和連續(xù)的低質(zhì)量片段，去掉接頭序列。包括對(duì)測(cè)序質(zhì)量的評(píng)估、去污染、去低質(zhì)量、N比例、GC通過(guò)質(zhì)控的有效測(cè)序數(shù)據(jù)利用基因組比對(duì)軟件比對(duì)到參考基因組，并對(duì)比對(duì)結(jié)果進(jìn)行排序。reads使用表達(dá)量統(tǒng)計(jì)軟件對(duì)比對(duì)到各個(gè)RNA注釋的reads進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，計(jì)算每個(gè)RNA的reads數(shù)量。然后使用表達(dá)譜分析軟件計(jì)算每個(gè)RNA的表達(dá)量。RNA使用表達(dá)譜分析軟件計(jì)算IP組和Input組的表達(dá)量比率（foldchange）和FDR值。同時(shí)計(jì)算對(duì)照組和Input組的表達(dá)量比率（foldchange）和FDR值，對(duì)兩組樣本富集的RNA進(jìn)行foldchange大于2且FDR小于0.05的RNA作為富集RNARNA從實(shí)驗(yàn)組富集的RNA集合中去除，獲得與目標(biāo)蛋白相互作用的RNA集合。CLIP-seq質(zhì)量控制reads和N比例、GC通過(guò)質(zhì)控的有效測(cè)序數(shù)據(jù)利用基因組比對(duì)軟件比對(duì)到