蛋白質組學讀書報告

Proteomicsofcell-cellinteractionsinhealthanddisease一讀書報告“在健康與疾病中細胞與細胞相互做用的蛋白質組學”，是由RafaelS.Lindoso等在《proteomics》上發(fā)表的一篇綜述，主要關于人類健康與疾病中,采用蛋白質組學的手段討論細胞間相互做用或通訊機制，進一步達到疾病治療的目的。同時，細胞相互作用的蛋白質組學，促進我們對干細胞如何在受傷的組織中作用的理解，猜測合理的干涉治療。目前，蛋白質組學常用于關心我們了解常見病理機制。最新討論成果顯示，細胞通訊機制除分泌化學信號、細胞間接觸和旁分泌的3種形式外，還可以通過胞外囊泡釋放，進入微環(huán)境與另一種細胞實現(xiàn)溝通。該綜述對這一蛋白質組學的新興領域做出了進一步的研討。第一部分，該綜述介紹了配體與受體相互作用的討論方法以及蛋白組學上的相關分析。其中主要的討論方法有：①生化和蛋白質組學的聯(lián)合，如親和純化,加上多維的液相色譜/質譜和生物信息學的組合；②同一個分子生物素標記的進一步純化和質譜定量分析；③微基配體與微孔板培育技術。止匕外，描述了蛋白質組學在損傷細胞與干細胞或骨髓間充質干細胞相互作用領域的快速進展。其次部分，主要是通過細胞培育穩(wěn)定同位素標記或細胞特定類型氨基酸前體(CTAP)的特異性標記來說明差異性表達的蛋白質。并且作者論證了激酶介導的酪氨酸殘基磷酸化的不同，取決于細胞受可溶性因子的刺激程度或通過細胞與細胞間的直接接觸傳遞信號的強弱。作者主見建立一個質譜數(shù)據(jù)庫，用于差異表達蛋白的比較和識別以及分泌特性的討論，目前主要是基于肽序列和蛋白質組元件相互作用的可能性分析。第三部分，列舉了用于細胞通訊和其他討論的蛋白質組學工具。目前，在通訊途徑上主要的討論方法是基于質譜的蛋白質組學方法。該方法供應蛋白質存在于細胞、組織或介質中、蛋白水平變化的測量以及翻譯后修飾的相關信息。其中包括：MALDITOF、nanoLC-MS/MS,nanoLC-MS/MS是最廣泛使用的基于MS的蛋白質組學定量分析。在蛋白質分別中，最被廣泛使用的是基于凝膠的蛋白質組學(2DE)和無凝膠蛋白質組學，它可以把蛋白質或多肽從一個簡單的樣品的的分別。結合質譜，生物信息學，并初步還原數(shù)據(jù)庫的信息，對于早期蛋白質組學討論是特殊有用的。止匕外，跨物種的蛋白質組學討論已經(jīng)在各種蛋白質組領域作為一個整體，尤其是在細胞相互直接接觸的條件下。第四部分，囊泡和非編碼RNA在細胞通訊中的分泌與介導作用。分析從前列腺癌細胞提取EVS治療的正常前列腺細胞蛋白水平的表型變化。作者表明，在正常細胞和癌細胞之間通過EVS發(fā)生雙向的信息溝通，一方面導致惡性表型的逆轉,另一方面促進疾病討論進展。定量蛋白質組學的策略好像是表征通過EVS傳遞miRNA的直接目標的重要工具。下面是疾病討論中與信號轉導相關的蛋白質組：在體外，心肌梗死和缺血性腎損傷模型轉變信號轉導的蛋白質組，是不需進行預先假設便可討論發(fā)生在翻譯后修飾、蛋白-蛋白相互作用，及蛋白表達變化的獨特方法。缺血后干細胞介導再生的蛋白質組，如：間充質干細胞的蛋白質組學分析表明，它包含了一些細胞因子和生長因子，誘導細胞增殖，刺激血管生成，作為一個組織再生的重要機制。蛋白質組學通過以質譜為基礎的分析檢測技術成為討論細胞通訊機制的獨特方法。先進的技術相結合的樣品制備，敏感質譜采集，并使用合適的生物信息學工具，蛋白質組學討論盡管有肯定的局限性，但對我們的發(fā)覺和理解細胞-細胞和蛋白質-蛋白質相互作用，以及疾病模型構建與分析，同時供應有效的治療方法，因此蛋白質組學分析，是目前生物科技進展領域的重要方向。閱讀文獻：RafaelS.Lindoso,VanessaSandim,Proteomicsofcell-cellinteractionsinhealthanddisease,proteomics.2022,16,328-344.相關專出名詞：EVS胞囊IGS基因間區(qū)IL白細胞介素CM條件培育基PRDX過氧化物酶EMT上皮間質轉化HPLC高效液相色譜IRI缺血再灌注損傷IPS誘導多能干細胞TGF-0轉化生長因子IGF胰島素樣生長因子MSCs骨髓間充質干細胞VEGF血管內皮生長因子LC-MS液相色譜質譜聯(lián)用Akt激酶和激酶通路之一ICAT,同位素標記的親和標簽2-DDIGE熒光差異雙向電泳技術iTRAQ同位素標記相對和肯定定量SILAC細胞培育穩(wěn)定同位素標記技術2D-nano-MS二維納升液相色譜質譜聯(lián)用系統(tǒng)MALDI-TOF-MS基質幫助激光解吸電離飛行時間質譜LC-MS-M