PubMed-張政寶.ppt

1、PubMed,南方醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)情報(bào)學(xué)教研室 張政寶 Tel:E-mail: ,PubMed簡(jiǎn)介 認(rèn)識(shí)PubMed文獻(xiàn) PubMed檢索特點(diǎn) PubMed檢索功能（重點(diǎn)） PubMed特征欄功能介紹（重點(diǎn)） PubMed檢索結(jié)果的處理 PubMed主題詞檢索（重點(diǎn)） MyNCBI個(gè)性化服務(wù),一、PubMed簡(jiǎn)介,概況,網(wǎng)址：/pubmed 或 /pubmed 或 (com; org; net) 由美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館（National Lib

2、rary of Medicine - NLM）國(guó)家生物技術(shù)信息中心（National Center for Biotechnology Information - NCBI）向因特網(wǎng)用戶(hù)提供免費(fèi)MEDLINE檢索服務(wù)(1997-6-26),收錄70余個(gè)國(guó)家4900多種生物醫(yī)學(xué)期刊的題錄與文摘，是世界上最權(quán)威的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) 現(xiàn)有1950年以來(lái)的1650多萬(wàn)篇文獻(xiàn)的記錄(其中MEDLINE記錄1400多萬(wàn)條) 目前每年增加60余萬(wàn)條文獻(xiàn)記錄 在全部記錄中有76%的文獻(xiàn)為英文；在2000年以來(lái)的記錄中90%的文獻(xiàn)為英文；收錄中文刊60余種,概況,的外部鏈接功能,提供NCBI開(kāi)發(fā)的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接

3、，如Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、Taxonomy等。 提供美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館多種資源的鏈接 提供相關(guān)文獻(xiàn)（RELATED ARTICLES）的鏈接 提供其它外部資源的鏈接，如生物醫(yī)學(xué)期刊網(wǎng)站全文鏈接、NCBI資源。,外部鏈接,二、認(rèn)識(shí)PubMed文獻(xiàn),作者AU,題名TI,來(lái)源SO,PubMed中文獻(xiàn)的類(lèi)型（狀態(tài)）,數(shù)據(jù)類(lèi)型（狀態(tài)）,PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文獻(xiàn)按處理過(guò)程分4種類(lèi)型（或狀態(tài)）,摘要和免費(fèi)全文鏈接圖標(biāo),在題錄（Summary）顯示格式下，分別以如下圖標(biāo)表示該記錄是否有摘要或是否可免費(fèi)獲得全文，并

4、提供相應(yīng)的鏈接,三、PubMed檢索特點(diǎn),檢索特點(diǎn),檢索運(yùn)算符AND、NOT、OR必須大寫(xiě)。 (vitamin c OR zinc) AND common cold 支持截詞檢索（*），但對(duì)詞組無(wú)效。 如bacter*, 可以檢出以bacter為詞干的單詞bacteria、bacterium等最多600個(gè)單詞。 截詞檢索時(shí)，系統(tǒng)的自動(dòng)詞語(yǔ)匹配功能和MeSH自動(dòng)擴(kuò)展功能將不再被執(zhí)行，如：heart attack 將不映射到 MeSH 詞 Myocardial Infarction。,檢索特點(diǎn),強(qiáng)制檢索：雙引號(hào) “ ” 或限定字段 endocrine disruption“ endocrine d

5、isruption 注意：所有的 “ ”、*、 ( )、- 都必須是英文狀態(tài)下輸入。,常用字段,Affiliation AD Author AU：姚開(kāi)泰（yao kai tai - yao kt, yao kaitai - yao k）； tan jau 與 tan jau 不同 Language LA：chinese la 或 chi la （前3個(gè)字母） MeSH Subheadings SH：自動(dòng)擴(kuò)展下位副主題詞；如需關(guān)閉該功能，使用 sh:noexp MeSH Terms MH：自動(dòng)擴(kuò)展下位主題詞；如需關(guān)閉該功能，使用mh:noexp,常用字段,Publication Date DP

6、：1998/03dp; 1998dp; 1996:1998dp; 1998/01:1998/04 dp Publication Type PT：reviewpt Title TI Text Words TW：包括Title, Abstract, MeSH Terms, MeSH Subheadings, Chemical Substance Names, Personal Name as Subject 等 字段 Title/Abstract TIAB,四、PubMed檢索功能,檢索,1、自由詞智能檢索 在檢索框中鍵入一到多個(gè)單詞，如鍵入： vitamin c AND common cold

7、hepatitis b AND (diagnosis OR therapy) 檢索詞可出現(xiàn)于PubMed各記錄中的標(biāo)題、摘要等全部字段。,檢索,2、作者姓名書(shū)寫(xiě)格式 西方人姓名書(shū)寫(xiě)格式：First name、Middle Name、Last name。 美國(guó)肯尼迪總統(tǒng)名為： John Frank Kenedy，Kenedy為L(zhǎng)ast name（姓）。 Frank為Middle name，比較少看到，多看到 John F. Kenedy，中間名縮寫(xiě)了。 如果看到姓名中間有逗號(hào)，則逗號(hào)前一定是姓。如： Kenedy, John F.,檢索,2、作者姓名書(shū)寫(xiě)格式 中國(guó)人姓名格式：Last name、

8、First name。如：鐘世鎮(zhèn)，就有如下拼寫(xiě)形式可供檢索： Shi-zhen Zhong； Shi zhen Zhong Zhong shi-zhen； Zhong，shi zhen Zhong，shi-zhen zhong sz Shizhen Zhong，zhong shizhenzhong s,檢索,3、期刊檢索 檢索時(shí)可輸入期刊全名，如：molecular biology of the cell，系統(tǒng)自動(dòng)轉(zhuǎn)換為”mol biol cell” Journal Name；也可輸入期刊標(biāo)準(zhǔn)縮寫(xiě)形式（如：mol biol cell）或期刊的ISSN（國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)出版物編號(hào)，如：1059-1524

9、）。 如果期刊名是一個(gè)單詞或恰好是MeSH詞表中的詞，如Gene Therapy、Science、Cell等，則必須在刊名后加ta（期刊名稱(chēng)字段標(biāo)識(shí)符） 。,檢索,3、期刊檢索 如果雜志全名中包括括弧或方括號(hào)，鍵入時(shí)應(yīng)該予以取消，例如雜志名為：J Hand Surg Am，檢索時(shí)應(yīng)轉(zhuǎn)成：J Hand Surg Am. 中文期刊，用漢語(yǔ)拼音： Nan fang yi ke da xue xue bao Beijing da xue xue bao Zhonghua nei ke xue za zhi,五、 PubMed特征欄功能介紹,（一） Limits限定檢索,作者（Author）：系統(tǒng)有提示

10、 期刊（Journal） 全文（Full Text 或 Free Full Text ） 日期（Dates） 人類(lèi)或動(dòng)物研究（Humans or Animals ） 文獻(xiàn)類(lèi)型（Type of Article ） 性別（Gender ）、語(yǔ)種（Languages ）、年齡（Ages ）、文獻(xiàn)子集限定（Subsets ） 自由詞可以結(jié)合以上各種限定進(jìn)行。,限定檢索窗口全貌,添加作者檢索,添加期刊檢索,限定記錄有全文、免費(fèi)全文或摘要,限定記錄有全文、免費(fèi)全文或摘要,文獻(xiàn)發(fā)表時(shí)間限定,記錄添加到PubMed時(shí)間限定,人類(lèi)與動(dòng)物限定,性別限定,文獻(xiàn)語(yǔ)種限定,文獻(xiàn)子集限定,文獻(xiàn)類(lèi)型限定,研究對(duì)象年齡組限定

11、,檢索字段限定,檢索舉例,姚開(kāi)泰院士2001年以前發(fā)表的有關(guān)鼻咽癌（nasopharyngeal cancer）方面的文獻(xiàn) 姚開(kāi)泰， 2001年以前， nasopharyngeal cancer,yao kai tai Yao kaitai Yao kt Yao k,如果僅檢索某個(gè)人的文獻(xiàn)，最好是這幾種形式都用上。 如果還有其他檢索條件，最好 “Yao k”的形式也用上。,注意：一次Limits檢索結(jié)束后，將 前面的取消。,（二）Preview/Index功能介紹,Preview/Index 只顯示最近的三次檢索史，而用 History 按鈕可以查看最近100次的檢索史。,（三）History

12、功能介紹,各檢索式之間可以進(jìn)行邏輯組配。,特征欄功能介紹-Clipboard,（四） Clipboard功能介紹,將每次滿(mǎn)意的檢索結(jié)果暫時(shí)保存至此 最后集中處理（下載存盤(pán)或發(fā)E-mail） 最多500條記錄，斷開(kāi)連接后保存8小時(shí),Details：顯示計(jì)算機(jī)響應(yīng)的本次檢索式。,點(diǎn)擊“URL”,（五） Details功能介紹,/entrez/query.fcgi?cmd=PureSearch Zhong Shi Zhen, Zhong Shizhen) 2. 最近半年有關(guān)兒童白血病治療方面的英文文獻(xiàn)。 (child, children; leuk

13、emia; therapy) 3. 1998年以來(lái)有關(guān)80歲以上老人膽石癥診斷方面的文獻(xiàn)。 (cholelithiasis; diagnosis),七、PubMed主題詞檢索,MeSH (Medical Subject Headings),見(jiàn)教材P18-23 記錄中的醫(yī)學(xué)主題詞(MeSH)是由標(biāo)引員為PubMed中的Medline文獻(xiàn)所人工指定的詞 ascorbic acid是MeSH Terms，而vitamin c則不是 標(biāo)引員使用能恰當(dāng)描述文章內(nèi)容的最相關(guān)MeSH詞。通常一篇文章可有多個(gè)MeSH詞。,PubMed能自動(dòng)地為輸入的檢索詞尋找相應(yīng)的MeSH詞 用戶(hù)利用一個(gè)MeSH詞能找出所有

14、有關(guān)該主題的文獻(xiàn),MeSH詞獨(dú)有特征,主要MeSH詞(MAJOR TOPIC): MeSH term as main subject of the article (*) 次要MeSH詞 擴(kuò)展(EXPLODE)：chosen MeSH term and all more specific underlying MeSH terms 副主題詞(SUBHEADINGS),主題詞等級(jí)排列，檢索時(shí)可以將其下位詞的文獻(xiàn)都檢索出來(lái)。,一個(gè)主題詞可以處在不同的類(lèi)目下。,SubHeadings 副主題詞,對(duì)一個(gè)主題詞的多個(gè)方面進(jìn)行修飾限定的詞，又稱(chēng)限定詞。 例如，hepatitis b這個(gè)主題詞涉及到的病因、

15、病理、診斷、治療、放射照相術(shù)、微生物學(xué)等多個(gè)方面。 目前有83個(gè)副主題詞 并非每個(gè)主題詞都能和83個(gè)副主題詞組配。,SubHeadings 副主題詞,MeSH詞優(yōu)點(diǎn),不同拼寫(xiě): paediatric/pediatric 同義詞: tumor, tumour, cancer,neoplasm,進(jìn)入主題詞檢索界面，兩個(gè)途徑。,糖尿?。―iabetes ）的治療（therapy）方面的文獻(xiàn)。,自由詞檢索的結(jié)果,第一步：輸入檢索詞。,糖尿病（Diabetes ）的治療（therapy）方面的文獻(xiàn)。,主題詞檢索開(kāi)始,第二步：確定主題詞,第三步：確定副主題詞,第四步：檢索,檢索結(jié)束,如果想更準(zhǔn)確？,如果第

16、二個(gè)概念無(wú)法作為第一個(gè)概念的副主題詞？,糖尿病的心理治療（mental healing）方面的文獻(xiàn)。,盡量尋找與第二個(gè)概念相關(guān)的第一個(gè)概念的副主題詞,如果找不到，就將此處選擇上,此時(shí)，此處輸入第二個(gè)概念,如果匹配的主題詞只有一個(gè)，就自動(dòng)轉(zhuǎn)到副主題詞界面,沒(méi)有合適的副主題詞，選擇此處,檢索“阿司匹林（ aspirin ）引起胃潰瘍（ stomach ulcer ）的文獻(xiàn)”,檢索“阿司匹林引起胃潰瘍的文獻(xiàn)”,點(diǎn)擊“Mesh Browser”，進(jìn)入MeSH瀏覽器的首頁(yè) 在提問(wèn)框中輸入aspirin，點(diǎn)擊Go按鈕，顯示該主題詞的定義及其在詞表中的位置。 點(diǎn)擊正確的相應(yīng)主題詞 可做如下3種選擇： 選擇副

17、主題詞adverse effects； Restrict Search to Major Topic headings only； Do Not Explode this term,選擇send to -search box with AND 輸入第二個(gè)檢索詞stomach ulcer,點(diǎn)擊Go 點(diǎn)擊主題詞stomach ulcer，選/SH為chemical induced 選擇send to -search box with AND 點(diǎn)擊PubMed Search按鈕 備注：如果鍵入的詞不規(guī)范，MeSH瀏覽器將提示該詞不是主題詞，并顯示與之相對(duì)應(yīng)的MeSH詞。,Clinical Queries,該功能項(xiàng)具備特殊的過(guò)濾器裝置，可將檢索結(jié)果只限定在有關(guān)疾病的病因、診斷、預(yù)后、治療、臨床預(yù)處理等方面。 有助于臨床醫(yī)生更有效地利用Medline數(shù)據(jù)庫(kù)。,Clinical Queries,八、MyNCBI個(gè)性化服務(wù),MyNCBI,存儲(chǔ)檢索式，定期發(fā)送最新相關(guān)文獻(xiàn)。 設(shè)定檢索過(guò)濾器，使檢索結(jié)果更加個(gè)性化。 存儲(chǔ)檢索結(jié)果文獻(xiàn)。,1. 存儲(chǔ)檢索式,注意大小寫(xiě),1. 存儲(chǔ)檢索式,2.