乳腺癌和肺癌基因檢測項目計劃書.doc

精品文檔 乳腺癌和肺癌基因檢測項目計劃書一 項目背景 乳腺癌是女性最常見的癌種，占女性惡性腫瘤的1/3，其發(fā)病率約為30/10萬，即每年10萬女性中有30位會患乳腺癌。男性也可患乳腺癌，但比例很低，男女比例約為1:100。遺傳性乳腺癌占全部乳腺癌的10%左右，而在遺傳性乳腺癌患者中，有50%左右是由于BRCA1、BRCA2基因突變所引起，30%是由ATM、BARD1、BRIP1、CDH1、CHEK2、MSH6、MRE11A、MUTYH、NBN、NF1、PALB2、PTEN、RAD50、RAD51C、STK11、TP53這16個基因突變所致。BRCA1、BRCA2基因主要功能是參與細胞DNA修復、蛋白降解、調(diào)節(jié)基因轉(zhuǎn)錄、調(diào)節(jié)細胞周期等，當它們發(fā)生突變后，細胞不能進行正常的生理活動而發(fā)生惡性增殖，最終導致乳腺癌的發(fā)生。BRCA1、BRCA2基因突變的攜帶者一生患乳腺癌的幾率可能高于80%。因此，對有家族史的個體（也包括男性）進行基因檢測有助于乳腺癌的早發(fā)現(xiàn)，早干預，早治療。 肺癌是肺部常見的惡性腫瘤，對人類健康和生命威脅最大的惡性腫瘤之一。在男性腫瘤中，肺癌發(fā)病率和死亡率均占所有惡性腫瘤的第一位，在女性腫瘤中，肺癌的發(fā)病率和死亡率屈居乳腺癌占第二位。 目前研究已發(fā)現(xiàn)有數(shù)十個基因與肺癌結(jié)腸癌的發(fā)生密切相關(guān)，而其中部分基因的突變又與靶向藥物治療的效果密切相關(guān)。如攜帶EGFR基因敏感突變的肺癌患者，接受吉非替尼（易瑞沙）治療療效顯著高于化療藥物，但這類敏感人群在歐美僅約10%，在中國也只有不到40%。又如，KRAS基因是腫瘤生長信號通路中的一個關(guān)鍵基因，如果結(jié)腸癌患者是KRAS野生型，接受西妥昔單抗治療后，將近70%左右的患者會有明顯獲益，但如果患者攜帶KRAS耐藥突變，則獲益情況遠不如傳統(tǒng)化療。因此，美國NCCN指南明確指出：患者在接受靶向藥物治療前應(yīng)進行相關(guān)基因的檢測，據(jù)此確定是否適合用藥。因此，對潛在風險人群進行基因檢測不僅有助于肺癌結(jié)腸癌的早發(fā)現(xiàn)早干預，對患者的靶向藥物治療也有重要的指導作用。二 市場調(diào)查 腫瘤的個性化用藥基因檢測是國家頒布的精準醫(yī)療計劃重要的組成的部分，市場前景廣闊，在美國這項檢查已經(jīng)納入醫(yī)保計劃；在中國通過前期一些公司的市場宣傳市場接受度高，預計市場規(guī)模可以達到百億的規(guī)模。 市面上的主流二代測序公司都開展這項目，比較出名的是華大基因，達安基因，貝瑞和康，諾禾致源，上海伯豪，聯(lián)川基因等，這些公司基本上采用賣服務(wù)的商業(yè)模式，自己獲取標本，自己測序和分析。三 技術(shù)路線1 總技術(shù)路線預約取樣簽訂知情同意書，繳費檢測前咨詢 提取DNA 出具檢測報告數(shù)據(jù)分析 上機測序文庫構(gòu)建 2. 技術(shù)細節(jié) 目前市場上有多種商業(yè)化的乳腺癌和肺癌基因檢測試劑盒， 比如：1. 貝瑞和康公司貝瑞和康的 BRCA1/2、PTEN、TP53基因突變檢測試劑盒基于目標捕獲技術(shù)，檢測人類樣本中BRCA1/2、PTEN、TP53這4個遺傳性婦科腫瘤相關(guān)基因的全部外顯子區(qū)域 貝瑞和康cSMART腫瘤基因突變檢測試劑盒用于非小細胞肺癌基因突變檢測 ，它采用貝瑞和康專利的 cSMART技術(shù)，通過對外周血或腫瘤組織樣本中的DNA片段進行標記、環(huán)化、擴增和高通量測序，并采用獨特的生物信息學分析方法，能夠準確、定量地分析樣本所攜帶的多種突變，檢測靈敏度達3/10000，可協(xié)助醫(yī)生為患者篩選靶向藥物。 2 聯(lián)川生物 聯(lián)川生物公司的 VariantProTMLung and Colon Cancer Panel試劑盒并結(jié)合高通量測序平臺，能快速地對肺癌結(jié)腸癌22個基因的熱點和靶向區(qū)域進行檢測，覆蓋肺癌結(jié)腸癌22個基因的熱點和靶向區(qū)域：KRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, AKT1, ERBB2, PTEN, NRAS, STK11, MAP2K1, ALK, DDR2, CTNNB1, MET, TP53, SMAD4, FBXW7, FGFR3, NOTCH1, ERBB4, FGFR1, FGFR2 聯(lián)川生物的VariantProTMBRCA1 and BRCA2 Panel試劑盒并結(jié)合高通量測序平臺，能快速地對BRCA1和BRCA2基因全部突變區(qū)域進行檢測 從前期技術(shù)磨合的考慮，可以購買商業(yè)化成熟的試劑盒，減少摸索的時間。 四 項目周期 目前市場上主流的公司項目周期都是15天。 前期樣本準備 1天 文庫的構(gòu)建 5天 上機測序 4天 數(shù)據(jù)分析 4天 解讀報告 1天五 項目所需的儀器 實驗儀器主要用途制冰機制冰電冰箱試劑的儲存高速臺式離心機試劑的離心Mini式離心機瞬離試劑旋渦式混合振蕩器混勻試劑電子分析天平試劑的稱量核酸檢測儀核酸純度和濃度的檢測PCR儀PCR電泳儀和水平電泳槽瓊脂糖凝膠電泳凝膠成像儀核酸瓊脂糖凝膠電泳的檢測和分析蒸汽式高壓濕熱消毒器試劑、實驗耗材及用具的消毒電熱鼓風干燥箱實驗用品的干燥恒溫水浴鍋提供恒溫環(huán)境電腦用于數(shù)據(jù)分析第二代測序儀測序 六 項目成本 本次實驗所用到的試劑和耗材的價格表如下：以乳腺癌基因檢測為例： 名稱單價 規(guī)格 做一次實驗的用量 每次實驗的價格全血基因組提取試劑盒1500元天根公司，200次/盒一個反應(yīng) 7.5元采血針1元個1個 1元采血費3元次1次 3元瓊脂糖粉70元索萊寶公司 10g/瓶1g 7元文庫構(gòu)建試劑盒（12人份）3600元聯(lián)川生物1個反應(yīng) 300元1.5mlLEP管50元1袋/500個10個 1元 目前市場上乳腺