尋找啟動(dòng)子區(qū)域和預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)PPT

1、目的： 尋找promoter區(qū)域 預(yù)測Transcription factor binding site 舉例： 預(yù)測人基因ANKH上游2000bp啟動(dòng)子區(qū)域中NF-kB的結(jié)合位點(diǎn) 尋找promoter區(qū)域 1.用NCBI：/ 2.用UCSC：/ 3.用Ensembl：/index.html 4.用公司信息（只包含公司擁有promoter clones的信息）： http:/ 尋找promoter區(qū)域 NCBI ttp:/www.ncbi.nlm.ni

2、/pubmed/ 選擇Gene, 輸入ankh,點(diǎn)擊search 選擇第一項(xiàng)，人類Homo sapiens的ANKH Chromosome 5 location 14704909-14871887, complement(反義鏈)即-14871887 到 -14704909為 基因范圍 此例中選取-14873887 到-14871887 約2000bp核苷酸序列作為啟動(dòng)子區(qū)域 尋找promoter區(qū)域 圖 形 顯 示 FASTA格式 顯示的核苷 酸序列 輸入序列可以 查詢?nèi)旧w位 置 ANKH gene在 反義鏈上，所 以用負(fù)數(shù)表示 可以查詢具體 核苷酸序列 點(diǎn)擊Graphics-T

3、ools-Sequece Text View 尋找promoter區(qū)域 點(diǎn)擊Go To Position, 輸入-14873887，點(diǎn)擊Prev Page找到具體位置 復(fù)制白底黑色區(qū)域即為promoter區(qū)域。 白底黑字 為啟動(dòng)子 區(qū)域 紫底黑字 為基因區(qū) 域 粉底黑字為編 碼區(qū)，ATG為 啟示密碼子 尋找promoter區(qū)域 在前兩張幻燈片中選擇FASTA 在右邊Change region shown輸入14871887到14873887 Display options選擇Show reverse complement 可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一個(gè)bp的

4、差距，可 以輸入14871887到14873886 ） 尋找promoter區(qū)域 / 選擇genomes 在clade選擇Mammal，genome選擇Human，assmebly選擇最新的數(shù)據(jù)庫，gene中輸入ANKH 點(diǎn)擊Tables 在track中選擇RefSeq Genes，在output format中選擇sequence 點(diǎn)擊get output。 選擇genomic。 尋找promoter區(qū)域 選擇Promoter/Upstream by 2000 bases Exons in upper case, everything els

5、e in lower case外顯子大寫，其他小寫 尋找promoter區(qū)域 選擇Promoter/Upstream by 2000 bases Exons in upper case, everything else in lower case外顯子大寫，其他小寫 尋找promoter區(qū)域 小寫字母為promoter區(qū)域 大寫字母為基因區(qū)域，與NCBI結(jié)果相 同 ATG為CDS區(qū)起始密碼子 尋找promoter區(qū)域 /index.html 選擇human 輸入 ankh 選擇Gene，點(diǎn)擊 GeneID ENSG00000154122 點(diǎn)擊左邊的Ex

6、port data 尋找promoter區(qū)域 5 Flanking sequence 輸入2000 Options for FASTA sequence中Genomic選5 Flanking sequence， deselect all 點(diǎn)擊Next（不管正反此法都適用） 尋找promoter區(qū)域 得到2000 bases 的核苷酸序列 尋找promoter區(qū)域 http:/ 點(diǎn)擊search product， 選擇promoter clones，因?yàn)闆]有ANKH的信息， 此處輸入FIBRONECTIN 選擇目的基因 尋找promoter區(qū)域 點(diǎn)擊click here to view the

7、promoter sequence 得到promoter信息 丁香園網(wǎng)友給出的方法 鏈接： http:/ 預(yù)測Transcription factor binding site 1.用Jaspar http:/ 2.用PROMO http:/alggen.lsi.upc.es/cgi- bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3 3.用TFSEARCH（據(jù)說用的是TRANSFAC很舊的數(shù)據(jù)庫） http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html 4.用商業(yè)數(shù)據(jù)庫TRANSFAC（要付費(fèi)） http:/www.g

8、ene- 預(yù)測Transcription factor binding site http:/ 點(diǎn)擊JASPAR CORE vetebrata 左邊轉(zhuǎn)錄因子選擇MA0061.1 NF-kappaB，右邊輸入ANKH啟動(dòng)子區(qū)域，點(diǎn)擊 SCAN 結(jié)果得到5個(gè) Transcription factor binding site， 其中Strand -1沒有特殊意義，另 外三個(gè)GGGAAATACC得分最高 預(yù)測Transcription factor binding site http:/alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3 Step1 selectspecies選擇human Step1 SelectFactors選擇NF-kappaB T00590 Step2 SearchSites輸入ANKH的promoter區(qū)域 結(jié)果中有一個(gè)位點(diǎn)TGGGAAATACCT，與JASPAR結(jié)果中得分最高的相同 預(yù)測Transcription factor binding site http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html Enter