嚴(yán)超贛的靜息態(tài)數(shù)據(jù)處理DataProcessing

1、1resting-state fmri:data processing嚴(yán)超贛嚴(yán)超贛 ph. d. c北京師范大學(xué)認(rèn)知神經(jīng)科學(xué)與學(xué)習(xí)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室北京師范大學(xué)認(rèn)知神經(jīng)科學(xué)與學(xué)習(xí)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2008 sklcnl2outline 預(yù)處理預(yù)處理 alff, reho, fc 計(jì)算計(jì)算 統(tǒng)計(jì)統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理文獻(xiàn)管理3預(yù)處理預(yù)處理 數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理 dicom - nifti 去前去前10個(gè)時(shí)間點(diǎn)個(gè)時(shí)間點(diǎn) slice timing realign normalize smooth 去線性漂移去線性漂移 filter: 0.01-0.084數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理被試信息整理被試信息整理5數(shù)據(jù)整

2、理數(shù)據(jù)整理被試信息整理被試信息整理6數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理被試信息整理被試信息整理原始數(shù)據(jù)整理原始數(shù)據(jù)整理靜息功能數(shù)據(jù)靜息功能數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)dti數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)7數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理被試信息整理被試信息整理原始數(shù)據(jù)整理原始數(shù)據(jù)整理靜息功能數(shù)據(jù)靜息功能數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)dti數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)8預(yù)處理預(yù)處理 數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理 dicom - nifti 去前去前10個(gè)時(shí)間點(diǎn)個(gè)時(shí)間點(diǎn) slice timing realign normalize smooth 去線性漂移去線性漂移 filter: 0.01-0.089dicom-niftimricrons dcm2niiguispm5s dicom import10

3、預(yù)處理預(yù)處理 數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理 dicom - nifti 去前去前10個(gè)時(shí)間點(diǎn)個(gè)時(shí)間點(diǎn) slice timing realign normalize smooth 去線性漂移去線性漂移 filter: 0.01-0.0811預(yù)處理預(yù)處理 數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理 dicom - nifti 去前去前10個(gè)時(shí)間點(diǎn)個(gè)時(shí)間點(diǎn) slice timing realign normalize smooth 去線性漂移去線性漂移 filter: 0.01-0.0812slice timingwhy?13slice timingwhy?huettel et al., 200414slice timing1:2:33

4、,2:2:32332 2-(2/33)3315slice timing16預(yù)處理預(yù)處理 數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理 dicom - nifti 去前去前10個(gè)時(shí)間點(diǎn)個(gè)時(shí)間點(diǎn) slice timing realign normalize smooth 去線性漂移去線性漂移 filter: 0.01-0.0817realignwhy?18realign19realign檢查頭動(dòng)檢查頭動(dòng)?b=load(rp_name.txt);c=max(abs(b);c(4:6)=c(4:6)*180/pi;20預(yù)處理預(yù)處理 數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理 dicom - nifti 去前去前10個(gè)時(shí)間點(diǎn)個(gè)時(shí)間點(diǎn) slice timin

5、g realign normalize smooth 去線性漂移去線性漂移 filter: 0.01-0.0821normalizewhy?huettel et al., 200422mean_name.imgr*.imgepi.nii-90 -126 -72; 90 90 1083 3 323normalize24預(yù)處理預(yù)處理 數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理 dicom - nifti 去前去前10個(gè)時(shí)間點(diǎn)個(gè)時(shí)間點(diǎn) slice timing realign normalize smooth 去線性漂移去線性漂移 filter: 0.01-0.0825smoothwhy?減少被試間的空間結(jié)構(gòu)差異；減少被試間

6、的空間結(jié)構(gòu)差異；有利統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的有效性有利統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的有效性;26w*.img平滑核平滑核smooth27預(yù)處理預(yù)處理 數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理 dicom - nifti 去前去前10個(gè)時(shí)間點(diǎn)個(gè)時(shí)間點(diǎn) slice timing realign normalize smooth 去線性漂移去線性漂移 filter: 0.01-0.0828去線性漂移去線性漂移29預(yù)處理預(yù)處理 數(shù)據(jù)整理數(shù)據(jù)整理 dicom - nifti 去前去前10個(gè)時(shí)間點(diǎn)個(gè)時(shí)間點(diǎn) slice timing realign normalize smooth 去線性漂移去線性漂移 filter: 0.01-0.0830濾波濾波why?關(guān)心低

7、頻的活動(dòng)關(guān)心低頻的活動(dòng)31濾波濾波32outline 預(yù)處理預(yù)處理 alff, reho, fc 計(jì)算計(jì)算 統(tǒng)計(jì)統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理文獻(xiàn)管理33alffzang et al., 200734alff35reho注意：預(yù)處理時(shí)不做平滑，計(jì)算完注意：預(yù)處理時(shí)不做平滑，計(jì)算完reho后再進(jìn)行平滑。后再進(jìn)行平滑。zang et al., 200436reho37功能連接功能連接提取協(xié)變量提取協(xié)變量 頭動(dòng)參數(shù)頭動(dòng)參數(shù): rp_name.txt 全腦信號(hào)、腦脊液、白質(zhì)信號(hào)全腦信號(hào)、腦脊液、白質(zhì)信號(hào)38提取協(xié)變量提取協(xié)變量39提取協(xié)變量提取協(xié)變量40提取協(xié)變量提取協(xié)變量41提取協(xié)變量提取協(xié)變量4

8、2提取協(xié)變量提取協(xié)變量43提取協(xié)變量提取協(xié)變量44提取協(xié)變量提取協(xié)變量45功能連接功能連接提取協(xié)變量提取協(xié)變量 頭動(dòng)參數(shù)頭動(dòng)參數(shù): rp_name.txt 全腦信號(hào)、腦脊液、白質(zhì)信號(hào)全腦信號(hào)、腦脊液、白質(zhì)信號(hào) 協(xié)變量組合：協(xié)變量組合：v rpcov=load(rp_name.txt);v bcwcov=load(roi_fcmap_name.txt);v cov=rpcov,bcwcov;v save(cov.txt, cov, -ascii, -double,-tabs);46功能連接功能連接voxel-wiseroi-wiser=0.3647voxel-wise48voxel-wise49

9、voxel-wise50voxel-wise51voxel-wise52voxel-wise53voxel-wise1 by 1cov.txt54roi-wise55roi-wise56roi-wise1 by 1cov.txt57outline 預(yù)處理預(yù)處理 alff, reho, fc 計(jì)算計(jì)算 統(tǒng)計(jì)統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理文獻(xiàn)管理58統(tǒng)計(jì)統(tǒng)計(jì)單樣本單樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)雙樣本雙樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)59單樣本單樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)準(zhǔn)備統(tǒng)計(jì)準(zhǔn)備 alff: malff reho: smreho fc: zfc60單樣本單樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)malff-1, smreho-1m圖像圖像1by 1i1-16

10、1單樣本單樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)m*-1圖像圖像; zfc圖像圖像存放存放spm.mat的目錄的目錄62單樣本單樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)上一步生成的上一步生成的spm.mat63單樣本單樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)上一步生成的上一步生成的spm.mat164單樣本單樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)heightthresholdt = 2.687659 p0pd_1t.imgcon_1t.imgmask_2t.imgi1+i2067雙樣本雙樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)兩組的兩組的m*圖像圖像; zfc圖像圖像存放存放spm.mat的目錄的目錄mask_2t.img68雙樣本雙樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)上一步生成的上一步生成的spm.mat69雙樣本雙樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)上一步

11、生成的上一步生成的spm.mat1 -170雙樣本雙樣本t檢驗(yàn)檢驗(yàn)heightthresholdt = inf p0.05(fdr)extentthresholdk = 0 voxelsspmt_0001.img71outline 預(yù)處理預(yù)處理 alff, reho, fc 計(jì)算計(jì)算 統(tǒng)計(jì)統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理文獻(xiàn)管理72結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn) spm5 xjview rest_sliceviewer mricron73結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn)spm574結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn)spm575結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn)xjview76結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn)xjview77結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn)rest_sliceviewer78結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn)mricron79結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn)mricron80outline 預(yù)處理預(yù)處理 alff, reho, fc 計(jì)算計(jì)算 統(tǒng)計(jì)統(tǒng)計(jì) 結(jié)果呈現(xiàn)結(jié)果呈現(xiàn) 文獻(xiàn)管理文獻(xiàn)管理81文獻(xiàn)管理文獻(xiàn)管理82文獻(xiàn)管理文獻(xiàn)管理83文獻(xiàn)管理文獻(xiàn)管理84文獻(xiàn)管理文獻(xiàn)管