劉艷北京大學(xué)醫(yī)學(xué)圖書館信息咨詢部liucy@bjmueducn

1、劉春艷北京大學(xué)醫(yī)學(xué)圖書館信息咨詢部pubmed生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法與技巧主要內(nèi)容qpubmedpubmed概況 qpubmed數(shù)據(jù)來(lái)源qpubmed檢索機(jī)制qpubmed檢索運(yùn)算符qpubmed檢索方法q結(jié)果的顯示、打印、保存q其他輔助功能1. pubmed概況p創(chuàng)建機(jī)構(gòu)：美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館下設(shè)的美國(guó)生物技術(shù)信息中心(ncbi)n1997年6月開始向全球開放p特色：具有收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點(diǎn)，部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費(fèi)獲得全文。2. pubmed數(shù)據(jù)來(lái)源pmedline：poldmedline：pin process citations：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的

2、數(shù)據(jù)。p超出medline收錄期刊范圍的一般科學(xué)、化學(xué)期刊也被標(biāo)引了主題詞。ppublisher-supplied citations：由出版商提供的電子文獻(xiàn)。p來(lái)自ncbi bookshelf的大部分書和書章節(jié)。3. pubmed檢索機(jī)制n自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能n(automatic term mapping)n截詞檢索n短語(yǔ)檢索n檢索框中輸入的未加標(biāo)簽的詞匹配順序nmesh(醫(yī)學(xué)主題詞)轉(zhuǎn)換表n期刊翻譯表n作者全稱轉(zhuǎn)換表（2002年以后）n作者索引n研究者 (合作伙伴)全稱轉(zhuǎn)換表n研究者(合作伙伴)索引3.1 自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能n如果在以上表中都找不到相匹配的詞，pubmed將把短

3、語(yǔ)分開，以單詞為單位，分別重復(fù)以上的過(guò)程，檢索時(shí)各個(gè)詞之間是and邏輯關(guān)系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個(gè)詞在所有字段查找，各個(gè)詞之間也是and邏輯關(guān)系。nleukemianleukaemiaall fields or leukemiamesh terms or leukemiaall fields人重組三葉因子（human recombinant trefoil factor）n(humansmesh terms or humansall fields or humanall fields) and recombinantall fields and (trefoil factorsupp

4、lementary concept or trefoil factorall fields)3.2 3.2 截詞檢索截詞檢索n”*”n如：鍵入”flavor*”，系統(tǒng)會(huì)找到那些前一部分是flavor的單詞（如flavored, flavorful, flavoring等），并對(duì)其分別進(jìn)行檢索。n如果這類詞少于600個(gè)，pubmed會(huì)逐個(gè)詞檢索，若超過(guò)600個(gè)（如：ca*），pubmed將顯示警告信息，要求增加詞匯的開頭字母數(shù)量。n截詞功能只限于單詞，對(duì)詞組無(wú)效。如：”infection*”包括”infections”，但不包括”infection control”等。n注意：使用截詞檢索功能時(shí)

5、，pubmed系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)關(guān)閉詞匯轉(zhuǎn)換功能。3.3 3.3 強(qiáng)制檢索強(qiáng)制檢索n雙引號(hào)（“”）來(lái)強(qiáng)制系統(tǒng)進(jìn)行短語(yǔ)檢索。n例如，在pubmed主頁(yè)的檢索提問(wèn)框中鍵入”single cell”，并用雙引號(hào)引起來(lái)，系統(tǒng)會(huì)將其作為一個(gè)不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫(kù)的全部字段中進(jìn)行檢索。n使用雙引號(hào)檢索，會(huì)自動(dòng)關(guān)閉詞匯轉(zhuǎn)換功能。n”single cell” (27203篇結(jié)果，篇結(jié)果，2015-3-11)nsingle cellall fieldsnsingle cell（393788篇結(jié)果，篇結(jié)果，2015-3-11 ）n(single personmesh terms or (singleall fields

6、and personall fields) or single personall fields or singleall fields) and (cellsmesh terms or cellsall fields or cellall fields)4. pubmed檢索運(yùn)算符n邏輯運(yùn)算符nand nornnot邏輯運(yùn)算符n邏輯“與”運(yùn)算and： 檢索式寫成a and b，表示文獻(xiàn)中同時(shí)包含檢索詞a和檢索詞b的文獻(xiàn)才是命中文獻(xiàn)。 aids and therapy n邏輯“或”運(yùn)算or： 檢索式寫成a or b，表示包含檢索詞a的文獻(xiàn)或者包含檢索詞b的文獻(xiàn)或者同時(shí)包含檢索詞a和b的文獻(xiàn)為命

7、中文獻(xiàn)。 aids or acquired immunodeficiency syndromen邏輯“非”運(yùn)算not： 檢索式寫成a not b，表示包含檢索詞a同時(shí)不包含檢索詞b的文獻(xiàn)為命中文獻(xiàn)。 hepatitis not animalnip地址：pubmed 網(wǎng)址基本檢索高級(jí)檢索主題檢索臨床咨詢 5. pubmed檢索方法n5.1 基本檢索n5.2 高級(jí)檢索n5.3 主題檢索n5.4 臨床咨詢5.1 基本檢索mesh主題詞、作者、標(biāo)題、文中單詞或短語(yǔ)、期刊名稱，或者這些部分的任意組合關(guān)鍵詞、詞(詞組)或短語(yǔ)： 輸入任意關(guān)鍵詞：liver cancer、lu

8、ng cancer； 帶有雙引號(hào)” ”作為短語(yǔ)檢索：”cancer therapy”； 帶有連接號(hào)”-”作為一個(gè)詞組檢索：interleukin-6。作者：smith j 、 僅知道作者姓，則必須加上字段標(biāo)識(shí)，如： smithau2002年以后的文獻(xiàn)若文中有作者全稱可用全稱檢索如：joshua lederberg5.1 基本檢索期刊刊名： 可用期刊全稱：gene therapyta； 可用期刊簡(jiǎn)稱：jamata；(the journal of the american medical association) 5.1 基本檢索n分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： n肝癌：liver cancer；

9、n酒精：alcoholn兩個(gè)主題之間的邏輯關(guān)系是and，即nliver cancer and alcohol 基本檢索舉例：肝癌和酒精的關(guān)系基本檢索舉例：肝癌和酒精的關(guān)系輸入：liver cancer and alcohol“肝癌和酒精的關(guān)系”的基本檢索結(jié)果基本檢索練習(xí)n脊柱后凸（ kyphosis ）引起遲發(fā)性癱瘓（ late-onset paralysis ）5.2 高級(jí)檢索高級(jí)檢索5.2 高級(jí)檢索n分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： n作者為：馬大龍（ma dl）；n作者單位為： 北京大學(xué)（peking university）。 高級(jí)檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)高級(jí)檢索舉例：

10、北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)輸入：ma dlpeking university高級(jí)檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)高級(jí)檢索練習(xí)nhcv基因型（ genotype ）與t細(xì)胞反應(yīng)的相關(guān)性5.3 主題檢索n根據(jù)medline數(shù)據(jù)主題標(biāo)引的規(guī)范性，利用主題詞進(jìn)行的研究，對(duì)提高查全率、查準(zhǔn)率會(huì)有相當(dāng)?shù)膸椭?。點(diǎn)擊mesh database打開主題檢索界面高級(jí)檢索主題檢索基本檢索5.3 主題檢索主題詞(headings)：n直接、準(zhǔn)確表達(dá)主題概念的詞或詞組。每個(gè)概念只能用一個(gè)主題詞表達(dá)如：腫瘤ncancer ncarcinomantumornneoplasmnneoplasmn副主題詞：

11、用于對(duì)主題詞的某一特定方面加以限定，強(qiáng)調(diào)主題概念的某些專指方面。n如：治療（therapy）、外科學(xué)（surgery）、n 代謝（metabolism）、 診斷（diagnosis）n主題詞與副主題詞之間的組配檢索，起到對(duì)主題詞的限定作用，是主題詞具有更高的專指性，縮小檢索范圍，保證檢索結(jié)果的準(zhǔn)確性。n如：白血病的藥物治療n leukemia/drug therapyn但并不是每個(gè)副主題詞和任何主題詞都能進(jìn)行組配使用，每個(gè)副主題詞具有一定的專指性，其使用范圍僅限于它后面括號(hào)內(nèi)的類目。副主題詞(subheadings)：nti - bisoprolol: opportunities in the

12、 treatment of hypertension.nab - bisoprolol (bisoprolol fumarate) - -cardioselective blocker, does not possessn intrinsic sympathomimetic and membrane stabilizing activity. the main indicationsn for bisoprolol are arterial hypertension (ah) and heart failure. this articlen provides an overview of th

13、e literature on the potential uses of bisoprolol in then treatment of hypertension. the features of the pharmacokinetics of the drug. the n data on the effectiveness of bisoprolol in hypertension and tolerability inn patients with concomitant disorders.nau - minushkina lonso - kardiologiia. 2012;52(

14、6):80-5.nmh - adrenergic beta-1 receptor antagonists/administration & dosage/adversen effects/pharmacokineticsnmh - biological availabilitynmh - *bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokineticsnmh - comorbiditynmh - *coronary disease/complications/drug therapy/physiopatho

15、logynmh - *drugs, generic/economics/pharmacokineticsnmh - *heart failure/complications/drug therapy/physiopathologynmh - humansnmh - *hypertension/complications/drug therapy/physiopathologynmh - perioperative care/methodsnmh - therapeutic equivalencynmh - treatment outcomenmh - adrenergic beta-1 rec

16、eptor antagonists/administration & dosage/adversen effects/pharmacokineticsnmh - biological availabilitynmh - *bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokineticsnmh - comorbiditynmh - *coronary disease/complications/drug therapy/physiopathologynmh - *drugs, generic/economics

17、/pharmacokineticsnmh - *heart failure/complications/drug therapy/physiopathologynmh - humansnmh - *hypertension/complications/drug therapy/physiopathologynmh - perioperative care/methodsnmh - therapeutic equivalencynmh - treatment outcome主題詞查找nhypertension主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)n

18、分析該檢索課題，有2個(gè)概念：長(zhǎng)春新堿（vincristine ） 、白血?。╨eukemia）：n對(duì)長(zhǎng)春新堿來(lái)說(shuō)是利用其治療疾病，故其應(yīng)組配副主題詞“治療應(yīng)用（therapeutic use）”；n對(duì)白血病來(lái)說(shuō)是利用藥物來(lái)治療，故其應(yīng)組配副主題詞“藥物療法（drug therapy）”。n同時(shí)這兩個(gè)概念之間是and的關(guān)系。主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristin

19、e ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用副主題詞主要主題詞不擴(kuò)展下位樹主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincris

20、tine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)主題詞檢索練習(xí)n西布曲明（sibutramine）的副作用5.4 臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)n可以使用戶方便快捷地檢索到有關(guān)臨床方面的文獻(xiàn)，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預(yù)后等；n也可以用它來(lái)檢索臨床實(shí)踐過(guò)程中遇到的一些具體問(wèn)題，如系統(tǒng)性綜述、元分析、臨床試驗(yàn)、循證醫(yī)學(xué)、實(shí)踐指導(dǎo)以及有關(guān)遺傳學(xué)方面的問(wèn)題等。 5.4 臨床咨詢和系統(tǒng)

21、評(píng)價(jià)臨床咨詢系統(tǒng)評(píng)價(jià)檢索醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究方面的文獻(xiàn)6. 結(jié)果的顯示、打印、保存n顯示n保存、打印6.1 結(jié)果的顯示n顯示格式：系統(tǒng)提供的顯示格式很多，一般較常用的有以下3種：n（1）summary：為默認(rèn)顯示格式。顯示的信息包括文獻(xiàn)的標(biāo)題、著者、出處、pmid、綜述出版類型、非英文文獻(xiàn)的原文語(yǔ)種等。n（2）abstract：顯示信息除了文獻(xiàn)標(biāo)題、著者、出處等基本信息外，還包括摘要信息，以便用戶了解文獻(xiàn)詳細(xì)內(nèi)容。n（3）medline：以medline數(shù)據(jù)庫(kù)的記錄格式來(lái)顯示檢索結(jié)果。字段內(nèi)容主要包括pmid、題目、摘要、作者、作者地址、語(yǔ)種、出版類型、出處、mesh、文獻(xiàn)id、出版狀態(tài)等。6.1

22、結(jié)果的顯示6.1 結(jié)果的顯示n保存記錄n在“send to”下拉菜單中選擇“file”，可完成將記錄保存為文件。n選擇“e-mail”，則可將結(jié)果發(fā)送至郵箱。n在檢索結(jié)果顯示頁(yè)面可將某一次檢索的全部記錄或標(biāo)記記錄保存；而“clipboard”頁(yè)面可用于保存一次或多次檢索的結(jié)果記錄。6.2 檢索結(jié)果的保存 6.2 檢索結(jié)果的保存 7 其他輔助功能n7.1 檢索策略的存儲(chǔ)和調(diào)用n7.2 全文鏈接n7.3 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接7.1 檢索策略的存儲(chǔ)和調(diào)用n使用my ncbi(cubby)n首先要登記注冊(cè)n保存檢索策略n定期瀏覽新的檢索結(jié)果7.2 全文鏈接-摘要格式顯示7.2 全文鏈接-打開單篇詳細(xì)頁(yè)面7.3 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接7.3 相關(guān)文獻(xiàn)鏈