實驗：酶分子理化性質分析及維結構顯示

1、實驗：酶分子理化性質分析及維結構顯示 作者： 日期：2 個人收集整理 勿做商業(yè)用途 實驗三：酶分子理化性質分析及三維結構顯示1、 實驗目的(1）學會利用計算機軟件查找蛋白質序列上的蛋白酶酶切位點，并將酶切片段的電泳結果以圖形展示出來。（2）學會利用軟件分析預測蛋白質序列的滴定曲線、等電點和親水性/疏水性區(qū)域，從而為實驗提供參考。（3）掌握利用計算機軟件識別酶分子三維結構的基本方法。2、 實驗原理（1）Lasergene(DNAstar）(SeqBuilder 和 Protean軟件包 ）（2）Rasmol version 2。73、 實驗所需數(shù)據(jù) （1）基質金屬蛋白酶-9（MMP9）蛋白的氨基

2、酸序列數(shù)據(jù)來自NCBI網站(）: 1 mgrvgvlvlv tilcskghsv piasksplti lfpgdiqsgt tdmelaesyl lqfgyliqeq 61 gsnatlqnal timqqklglk etgvldaetl eamkrprcgv pdigqfntfe gdlkwdhndi 121 tyrilnyspd ldpeviddaf arafkvwsdv tplsftriys gepdinilfg tedhgdpypf 181 drkdgllaha yppgpgvqgd ahfdddefwt lgtgtvvktr fg

3、naegalcr fpftfdgqsf 241 stcttagrsd glpwcstttn ydqdkkygfc psemlytygg nsngqpcvlp fifdgvsyng 301 ctkegrqdgy rwcsttanfd qdkkygfcpn rdtsviggns qgepcvfpft flgkihnsct 361 tdgrddrklw cattsnydld skwgfcpdqg yslflvaahe fghalgldhs dvqdalmypm 421 ysyvkdfqlh qddvrgiqfl ygtgsgappn pnppkptkkp latkrprttt rpvppvnpaq

4、481 dacnvemfda iadlqgalhf fkdglywtlt prsknspqsp lrisdtwpal pskidtafqd 541 ptsksifffs gskfwqytgt saigprsiek lglskdveai mgsfardngk allfngeqyw 601 rlnlktltid ngyprqtadn ypgvpgdshd vflyqgnyyf cqdqyfwrvt srkqqdmvgy 661 vsydllrcpq n (2)蛋白質結構數(shù)據(jù)（Prommp2TIMP-2 Complex。pdb ）來自NCBI網站：4、 實驗內容4。1 酶分子理化性質分析4.1.1酶

5、切位點分析 利用Lasergene中的SeqBuilder程序編輯一條氨基酸序列,保存為。pro文件. 打開Lasergene中的Protean打開中的文件。 選擇Analysisshow available methods，或者用鼠標拉開下圖中左上方手形圖表右側的小拉環(huán).點擊More methods的下拉菜單，選擇Protease-protease Map。 好單擊緊靠方法名字的+號使之展開,查看蛋白酶一覽表.選擇Chymotrypsin(胰凝乳蛋白酶)和CNBr，將它們拖入右側的分析敞口,兩種蛋白酶的識別位點顯示如圖。從SiteFeatures菜單，選擇SDS PAGE Gel Simul

6、ation。酶切片段的分離結果會自動顯示出來。在每個凝膠柱上面對應蛋白酶的名字和分子量。 選擇SiteFeatures菜單下的有關選項還可以得到酶切片段的概括以及查看酶的特性與設置新的酶等。4.1.2滴定曲線與等電點打開Lasergene中的Protean打開文件。選擇AnalysisTitration Curve,分析其滴定曲線與等電點。4。1.3親水性和疏水性打開Lasergene中的Protean打開的文件。選擇AnalysisShow Available Methods。4。2 酶分子三維結構顯示 raswin，是RASMOL的windows版本.主要用來看分子三維模型 (*

7、。pdb文件)。該軟件功能強大,但很多命令要用命令行進行操作.下面，就raswin 2。7為例，學會三維結構觀看軟件raswin的基本使用。 啟動程序：黑的是圖形界面,白的是命令行界面。首先用圖形界面窗口打開pdb文件（點擊file-open）,默認是wireframe的顯示模式 .所需的基質金屬蛋白酶9（MMP-9）pdb文件可在該網站下載。(http：//pdb）打開之后即在顯示主窗口中顯示了MMP-9的結構,如下圖：改成cartoons顯示模式；按住shift鍵向上脫動鼠標以放大；拖動鼠標以旋轉分子角度,右鍵拖動鼠標以移動分子。在命令行輸入show in

8、formation 顯示酶分子信息。輸入 show sequence 以顯示蛋白的殘基序列；5、 作業(yè)網上下載基質金屬蛋白酶MMP-9的氨基酸序列和三維結構文件；分析MMP-9基本理化性質(軟件預測的等電點；Chymotrypsin（胰凝乳蛋白酶）和CNBr 酶切位點）寫出MMP9結構信息；將鏈中29100氨基酸殘基結構另存為結構文件100。PDB，研究該文件，思考該結構文件中有幾條鏈,為什么會出現(xiàn)斷裂？6、 實驗結果及其分析6。1已在網上下載基質金屬蛋白酶MMP9的氨基酸序列和三維結構文件； 1 mgrvgvlvlv tilcskghsv piasksplti lfpgdiqsgt tdme

9、laesyl lqfgyliqeq 61 gsnatlqnal timqqklglk etgvldaetl eamkrprcgv pdigqfntfe gdlkwdhndi 121 tyrilnyspd ldpeviddaf arafkvwsdv tplsftriys gepdinilfg tedhgdpypf 181 drkdgllaha yppgpgvqgd ahfdddefwt lgtgtvvktr fgnaegalcr fpftfdgqsf 241 stcttagrsd glpwcstttn ydqdkkygfc psemlytygg nsngqpcvlp fifdgvsyng 301

10、 ctkegrqdgy rwcsttanfd qdkkygfcpn rdtsviggns qgepcvfpft flgkihnsct 361 tdgrddrklw cattsnydld skwgfcpdqg yslflvaahe fghalgldhs dvqdalmypm 421 ysyvkdfqlh qddvrgiqfl ygtgsgappn pnppkptkkp latkrprttt rpvppvnpaq 481 dacnvemfda iadlqgalhf fkdglywtlt prsknspqsp lrisdtwpal pskidtafqd 541 ptsksifffs gskfwqytgt saigprsiek lglskdveai mgsfardngk allfngeqyw 601 rlnlktltid ngyprqtadn ypgvpgdshd vflyqgnyyf cqdqyfwrvt srkqqdmvgy 661 vsydllrcpq n 6。2 MMP-9基本理化性質u 軟件預測的等電點：u Chymotrypsin（胰凝乳蛋白酶)和CNBr 酶切位點） 6。3 MMP-9結構信息：Ø 蛋白的殘基序列：