探究BRAF基因突變型甲狀腺乳頭狀癌組織基因表達(dá)及腫瘤微環(huán)境的變化

1、    探究braf基因突變型甲狀腺乳頭狀癌組織基因表達(dá)及腫瘤微環(huán)境的變化    王旭紅 趙宏彩摘要：目的 分析braf基因突變型甲狀腺乳頭狀癌組織基因表達(dá)和腫瘤微環(huán)境的變化情況。方法 從癌癥基因組圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得甲狀腺乳頭狀癌的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)與braf基因的突變數(shù)據(jù)，用perl語(yǔ)言合并數(shù)據(jù)，將其分為基因突變組與基因野生組;應(yīng)用r軟件篩選兩組的差異表達(dá)基因，用基因本體論（go）和京都基因與基因組百科全書（kegg）富集分析差異表達(dá)基因功能、信號(hào)通路;用惡性腫瘤中基質(zhì)細(xì)胞與免疫細(xì)胞評(píng)估軟件分析并對(duì)兩組間質(zhì)細(xì)胞和炎癥細(xì)胞實(shí)施評(píng)分處理，腫瘤免疫評(píng)估軟件分析免疫

2、細(xì)胞豐度。結(jié)果與結(jié)論 braf基因突變型甲狀腺乳頭狀癌組織基因表達(dá)和腫瘤微環(huán)境發(fā)生改變，其組織中免疫細(xì)胞水平升高。關(guān)鍵詞：甲狀腺乳頭狀癌;鼠類肉瘤濾過(guò)性毒菌致癌同源體b;基因突變;差異表達(dá)基因;腫瘤微環(huán)境;免疫細(xì)胞r246.5 a 1673-9026（2021）01-003-01甲狀腺癌屬于一種內(nèi)分泌系統(tǒng)常見(jiàn)的惡性腫瘤疾病，患病率呈逐漸升高的趨勢(shì)1。本研究深入探究基因的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序大數(shù)據(jù)，分析braf基因突變型甲狀腺乳頭狀癌的分子改變，進(jìn)一步闡明braf基因突變與基因表達(dá)、腫瘤微環(huán)境之間的關(guān)系2。1材料與方法1.1甲狀腺乳頭狀癌患者隊(duì)列的獲取甲狀腺乳頭狀癌患者的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)及其對(duì)應(yīng)的braf基

3、因突變數(shù)據(jù)均來(lái)自癌癥基因組圖譜中的甲狀腺癌隊(duì)列，平臺(tái)內(nèi)數(shù)據(jù)的均對(duì)外開(kāi)放。全部數(shù)據(jù)通過(guò)linkedomics下載。1.2轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因的篩選應(yīng)用perl語(yǔ)言對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)與braf基因突變數(shù)據(jù)進(jìn)行合并;依據(jù)braf基因是否有突變，把甲狀腺乳頭狀癌標(biāo)本分為基因突變組與基因野生組。通過(guò)應(yīng)用r軟件的limma包對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)在基因突變組與基因野生組的差異表達(dá)進(jìn)行分析，對(duì)其差異表達(dá)基因進(jìn)行篩選。1.3差異表達(dá)基因功能與信號(hào)通路的分析用r軟件分析包對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行基因本體論（go）和京都基因與基因組百科全書（kegg）分析。go的內(nèi)容包含分子功能、細(xì)胞成分、生物學(xué)過(guò)程等三個(gè)方面，對(duì)基因進(jìn)行定位，

4、對(duì)分子生物學(xué)功能及涉及的生物學(xué)過(guò)程進(jìn)行分析。kegg對(duì)基因所屬的信號(hào)通路進(jìn)行富集分析。1.4腫瘤微環(huán)境分析從惡性腫瘤中基質(zhì)細(xì)胞和免疫細(xì)胞評(píng)估平臺(tái)下載相關(guān)組織的es?timate評(píng)估陣矩。通過(guò)r軟件的limma包， 對(duì)braf基因突變組與野生組中基質(zhì)細(xì)胞和免疫細(xì)胞所占比例進(jìn)行評(píng)分，分值越高代表該成分水平越高3。1.5腫瘤組織中免疫細(xì)胞水平分析從腫瘤免疫評(píng)估平臺(tái)下載相關(guān)組織的免疫細(xì)胞評(píng)估陣矩。通過(guò)應(yīng)用r軟件的limma包，對(duì)兩組不同類型免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)水平進(jìn)行評(píng)估，通過(guò)反卷積法從基因表達(dá)譜中計(jì)算腫瘤組織中b細(xì)胞、cd4+t細(xì)胞、cd8+t細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、樹(shù)突狀細(xì)胞豐度。豐度值越高表示該細(xì)

5、胞含量越高。1.6統(tǒng)計(jì)學(xué)方法采用r軟件進(jìn)行秩和檢驗(yàn)?；蚝Y選標(biāo)準(zhǔn)為校正后p<0.05。2結(jié)果2.1基因突變組280例，基因野生組180例，差異表達(dá)基因1500個(gè)。braf基因突變組中pd?l1、pd?l2、cd80、cd86、ctla4等基因表達(dá)上調(diào)。通過(guò)go和kegg分析顯示，部分生物學(xué)過(guò)程、分子功能、信號(hào)通路與braf基因突變密切相關(guān)。2.2基因突變組癌組織中的基質(zhì)細(xì)胞、免疫細(xì)胞水平比基因野生組要高，組間結(jié)果比較，差異顯著（p均<0.05）。和基因野生組進(jìn)行對(duì)比，基因突變組腫瘤組織中b淋巴細(xì)胞、cd4+t淋巴細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、樹(shù)突狀細(xì)胞豐度值高，p<0.05。兩

6、組腫瘤組織中cd8+t淋巴細(xì)胞豐度值比較差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。3小結(jié)總之， braf基因突變型組織中pd?l1、pd?l2、cd80、cd86和ctla4 等免疫抑制相關(guān)基因表達(dá)上調(diào)4。braf基因突變型甲狀腺乳頭狀癌組織中出現(xiàn)基質(zhì)細(xì)胞、b淋巴細(xì)胞、cd4+t淋巴細(xì)胞、中性粒細(xì)胞等腫瘤微環(huán)境的改變。本研究為后續(xù)臨床診治提供準(zhǔn)確的理論依據(jù)5。參考文獻(xiàn)：1陳君君，鄭洪.braf基因v600e突變?cè)趷盒阅[瘤中作用的研究進(jìn)展j.山東醫(yī)藥，2019，59（6）：91?94.2盧軍峰，解乃昌，馬艷紅，等.甲狀腺乳頭狀癌組織中braf基因突變及cyclind1蛋白表達(dá)的臨床意義j.山東醫(yī)藥，2016，56（4）：36?37.3趙宏彩，王旭紅.甲狀腺癌患者圍術(shù)期的認(rèn)知行為干預(yù)療效j.世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘，2019，v.19（70）：307-308.4楊敬，嚴(yán)淑萍，龔艷萍，等.braf（v600e）基因突變與中國(guó)甲狀腺乳頭狀癌患者臨床病理學(xué)特征間關(guān)系的meta分析j.華西醫(yī)學(xué)，2016，v.31（03）：81-93.5于波洋，馬步云，周潔宏，等.甲狀腺乳頭狀癌合并橋本氏甲狀腺炎的braf基因表達(dá)及侵襲性j.現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)