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文檔簡介
1、 土壤dna的提取方法比較研究 劉燕+劉娟娟+吳晴晴摘 要:pcr擴(kuò)增檢測土壤樣品中目標(biāo)微生物的重要前提之一是獲得高質(zhì)量的微生物基因組總dna。但由于土壤樣品種類繁多、組成也相對復(fù)雜,且微生物細(xì)胞常緊緊吸附在土壤的顆粒表面,因此從土壤樣品中獲取無偏好、高質(zhì)量的微生物總dna具有較大難度。在保證獲得高質(zhì)量土壤微生物總dna的前提下,有效地將試劑盒與核酸提取儀相結(jié)合,以相對較低的成本獲得較高質(zhì)量的土壤微生物總dna。關(guān)鍵詞:土壤微生物 dna 提?。簊15 :a :1672-3791(2016)12(a)-0095-02現(xiàn)階段提取土壤樣品中總dn
2、a的方法,在微生物生態(tài)學(xué)不斷壯大與發(fā)展的過程中逐漸發(fā)展了起來。據(jù)報道,現(xiàn)階段從土壤樣品中獲得高質(zhì)量dna的方法主要有間接提取法和直接提取法。一般直接提取的效率相對較高,而間接提取的純度較高。提取土壤樣品中總dna沒有通用的唯一的標(biāo)準(zhǔn)方法,實際工作中需根據(jù)具體實驗?zāi)康?、土壤樣品的特點、實驗室的條件而定。1 材料與方法1.1 主要試劑盒主要試劑盒:fastdna spin kit for soil試劑盒,genmed土壤dna分離試劑盒。1.2 主要儀器主要儀器:s1000tm thermal cycler,微量臺式離心機(jī)iec micro cl17,dyy-2c型電泳儀,凝膠成像系統(tǒng),fastp
3、reptm fp120核酸提取儀,mini-beadbeater-16tm核酸提取儀,nanodrop nd-1000 spectrophotometer。1.3 土壤dna提取方法方法1:使用fastdna spin kit for soil試劑盒、用fastpreptm fp120核酸提取儀提取dna。方法2:使用fastdna spin kit for soil試劑盒、用mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法3:用genmed土壤dna分離試劑盒提取dna。方法4:用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna
4、。方法5:用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法6:用mini-beadbeater-16tm核酸提取儀、genmed土壤dna分離試劑盒提取dna。方法7:用mini-beadbeater-16tm核酸提取儀與genmed土壤dna分離試劑盒相結(jié)合來提取dna。方法8:用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法9:用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法10:用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-be
5、adbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法11:用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。以上所有詳細(xì)操作步驟見相應(yīng)說明書。1.4 土壤dna電泳檢測取提取的dna模板3l與1l 6×loading buffer混合,加入1%(w/v)瓊脂糖凝膠加樣孔內(nèi),置于電泳槽中進(jìn)行電泳檢測。2 實驗結(jié)果與分析不同方法提取土壤核酸的效率如下。用方法111提取土壤dna,所得核酸濃度依次為9.6 ng/l、153.5 ng/l、87.3 ng/l、56.8 ng/l、88.0 ng/l、 52.2 ng/l、46.5 ng/l、69
6、.8 ng/l、67.6 ng/l、48.0 ng/l、51.0 ng/l,提取核酸得率分別為1.92g/g、30.7g/g、 17.46g/g、11.36g/g、17.6g/g、10.44g/g、9.36g/g、13.96g/g、13.52g/g、9.6g/g、10.2g/g土壤。利用方法111的提取方法對同一土壤樣品中的總dna進(jìn)行提取。電泳檢測結(jié)果見圖1:方法111分別對應(yīng)圖中相應(yīng)泳道111,可以看出泳道2、3、5、8的條帶相對較明亮,dna含量也相對較高。結(jié)果表明利用mini-beadbeater-16tm核酸提取儀與genmed土壤dna分離試劑盒有效結(jié)合提取土壤總dna的效率較高。
7、此外,與方法1、2相比,genmed土壤dna分離試劑盒的價格低于fastdna spin kit for soil試劑盒約10倍。3 結(jié)語將mini-beadbeater-16tm核酸提取儀與genmed土壤dna分離試劑盒相結(jié)合提取土壤總dna,在降低提取成本的同時保證dna質(zhì)量不下降。不同提取方法對同一土壤樣品中的dna提取效率不同3,實際工作中需要根據(jù)實驗?zāi)康?、不同土壤樣品以及不同實驗室條件等選擇相對合適的提取方法1-2。利用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取土壤dna提取效率較高,成本相對較低。參考文獻(xiàn)1 徐曉宇,閔航,劉和,等.土壤中微生物總dna提取方法的比較j.農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報,2005,13(3):377-381.2 patrick robe,renaud nalin,car mela capellano,et al. vogel,pascal simonetj.european journal of soil biology, 2003(39):183-190.3 xia y.isolation and chara
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