功能基因的序列比對方法

1、<1>.切除載體和 （或）引物a. 打開所有的原始引物序列于一個 EditSeq的窗口中b. export all as onec. 保存d. 打開這個保存的文件，開始切除載體和引物e. 選擇載體插入點兩側(cè)的序列（10-15個的樣子）搜索注意：不存在正反向的 問題，都是一個方向，因為測序的時候是選擇兩個載體上的引物其中的一條來 往后測序的！切完之后另存為f. 重新打開這個文件，開始切除引物方法同切載體，但是要注意正反向的問題。比如 mcrA 基因，其引物為Forward: 5'-GGTGGTGTMGGATTCACACARTAYGCWACAGC-3'Reverse:

2、5'-TTCATTGCRTAGTTWGGRTAGTT-3'先找 Forward 5 端'，此時只找到的部分序列。切去 5'端。 然后再切這些切掉 5'端序列的 3'端的序列，此時其 3'端序列應(yīng)該是 Reverse 的反向互補序列。切去這個反向互補序列，這樣一來這個些序列就已經(jīng)被切去兩端的引物 了。但此時還剩下另一部分未切除任何引物的序列，此時記下這些序列的編 號，先切去 Reverse 5端'。再用 Forward 的反向互補序列切去 3'端，這樣剩下的序列也都被切除兩端 的引物了。<2>將所有序列調(diào)整為同向

3、序列：a. 選擇前面記錄編號的序列，將這些序列一個個都轉(zhuǎn)換為其反向互補序列。 這樣一來所有的序列都成為同向序列了，即在 DNA 兩條反向互補鏈的其中一條 上的比較了。b. 保存該文件<3>生成 OTUsGoogle 搜索 ” Fastgroup II ”或 grouping-注意勾選的選項 )Choose method 里面相似度可以選 97%或 98% 提交之后出現(xiàn)的窗口如可以看到被分為了 10個OUT每個OUT都自動選擇了一個代表序列。全 選將其復(fù)制到 word 中，備用。并把其中的那些代表序列都復(fù)制下來粘貼到 TXT 保存。<4>尋找嵌合體：一般是對16S rRN

4、A來說的兩個網(wǎng)站：(或搜 decipher chimera)(或搜 bellerophon chimera check)<5>翻譯網(wǎng)站：在保存有OTUs的TXT文件中，一個一個翻譯成蛋白質(zhì)序列。最后保存。在用Expasy翻譯的時候選擇第二個選項點擊翻譯理想的情況是這段序列中應(yīng)該是沒有終止序列的即”-”符號，因此先選擇閱讀框較長，整段序列也沒有終止子的那些，如圖，先選擇第二個。復(fù)制紅色的 區(qū)域，在 blast 上比對，看是否是需要的序列，如果是。那么就選擇此結(jié)果，如 果不是，再一一比對其他的羅列結(jié)果?；蛘咧苯訉NA序列提交到san ger上，出現(xiàn)如下結(jié)果Frame2中有一段綠色，顯示就是 mcrA的保守家族。那么Frame2即為正確 的翻譯方法。另存為，只保留 pro 的序列的 TXT改名為.FAST格式<6>尋找最相似序列打開這個FAST文件，開始一個個找最相似序列了。在這個窗口，開始blast。找到一個序列后復(fù)制其 DNA的編號點擊這個按鈕出現(xiàn)這個窗口把復(fù)制的DNA編號手動輸入點擊0K則這個序列被自動添加到了 FAST文件 里了。一般一個序列尋找 3 個相似度不等的序列。最后，保存為一個新的FAST文件。<7>畫系統(tǒng)發(fā)育樹打開前面的FAST文件，全選文件