生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索課件

1、生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索醫(yī)學(xué)信息檢索醫(yī)學(xué)信息檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索PubMed主要內(nèi)容qPubMedPubMed概況 qPubMed數(shù)據(jù)來源qPubMed檢索機(jī)制qPubMed檢索運(yùn)算符qPubMed檢索方法q結(jié)果的顯示、保存q其他輔助功能生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索PubMed概況p創(chuàng)建機(jī)構(gòu)：美國國家醫(yī)學(xué)圖書館下設(shè)的美國生物技術(shù)信息中心(NCBI)n1997年6月開始向全球開放p特色：具有收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點(diǎn)，部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費(fèi)獲得全文。p與Medline光盤數(shù)據(jù)庫的區(qū)別：檢索機(jī)制、檢索界面、檢索方法以及收錄文獻(xiàn)數(shù)量不同。生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索Pub

2、Med數(shù)據(jù)來源pMEDLINE： pubmed-indexed for medlinepIn Process Citations：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。pubmed-in processpPublisher-Supplied Citations：由出版商提供的電子文獻(xiàn)，每條記錄標(biāo)有PubMed-as supplied by Publisher。生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配功能(Automatic Term Mapping)n對(duì)于輸入的檢索詞，PubMed先按一定的詞表順序進(jìn)行對(duì)照匹配和轉(zhuǎn)換，再進(jìn)行檢索。詞表匹配轉(zhuǎn)換順序是：MeSH表(MeSH Transla

3、tion Table)、期刊刊名表(Journal Translation Table)、短語表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4個(gè)表中都找不到相匹配的詞，PubMed將把短語分開，以單詞為單位，分別重復(fù)以上的過程，檢索時(shí)各個(gè)詞之間是AND邏輯關(guān)系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個(gè)詞在所有字段查找，各個(gè)詞之間也是AND邏輯關(guān)系。PubMed檢索機(jī)制生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n短語檢索短語檢索(Phrase Searching)n也可稱為強(qiáng)迫詞組檢索，即，如果要將短語作為一個(gè)詞組進(jìn)行檢索，可用雙引號(hào)“ ”將其引起來。如：“drug therapy”作為詞

4、組進(jìn)行檢索的詞，系統(tǒng)不進(jìn)行自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配，也不進(jìn)行MeSH詞的擴(kuò)檢。PubMed檢索機(jī)制生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索PubMed檢索運(yùn)算符n邏輯運(yùn)算符：n邏輯與：AND，邏輯或：OR，邏輯非：NOT。n當(dāng)一個(gè)檢索表達(dá)式中同時(shí)含有三個(gè)運(yùn)算符時(shí)，運(yùn)算順序從左至右，括號(hào)可以改變運(yùn)算順序。n截詞符：*，一個(gè)詞或字拼寫出部分字母后面加上一個(gè)截詞符，chem*表示用詞根進(jìn)行檢索。n雙引號(hào)：“ ”，表示對(duì)引號(hào)中的短語進(jìn)行檢索。n檢索字段標(biāo)識(shí)符：tag，tag為字段名稱。 ti，au，ta， la，pt。生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索常用字段組成標(biāo)識(shí)符標(biāo)識(shí)符 字段名稱字段名稱 中文釋義中文釋義TI Title 題目AU

5、Author 作者AD Affiliation 作者單位AB Abstract 文摘DP Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名縮寫MH MeSH Terms 主題詞PT Publication Type 出版類型生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索PubMed 網(wǎng)址生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索高級(jí)檢索主題檢索期刊檢索文獻(xiàn)匹配臨床咨詢特 定 主題咨詢生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索PubMed檢索方法n基本檢索n高級(jí)檢索n主題檢索n輔助檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索基本檢索默認(rèn)檢索字段為主題、作者、期刊生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索關(guān)鍵詞、詞(詞組)或短語：

6、 輸入任意關(guān)鍵詞：liver cancer、Lung cancer； 帶有雙引號(hào)” ”作為短語檢索：”cancer therapy”； 帶有連接號(hào)”-”作為一個(gè)詞組檢索：interleukin-6。限制檢索字段：如liver cancerti作者：Smith J 、 Smithau2002年以后的文獻(xiàn)如果作者有全稱，可用全稱基本檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索期刊刊名： 可用期刊全稱：GENE THERAPYTA； 可用期刊簡(jiǎn)稱：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association) 刊名中含有特殊字符，如、&等，要去掉： 如J H

7、AND SURGAM 輸入時(shí)要寫成J HAND SURG AM 截詞：chemo*復(fù)雜表達(dá)式：liver cancer AND therapy帶有摘要文獻(xiàn)的檢索 ：liver cancer AND hasabstract基本檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： n肝癌：liver cancer；n治療：therapyn兩個(gè)主題之間的邏輯關(guān)系是AND，即nliver cancer AND therapy 基本檢索舉例1：肝癌的治療生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： n作者為：馬大龍（ma dl）；n作者單位為： 北京大學(xué)（peking univers

8、ityad）。 基本檢索舉例2：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n得到了兩個(gè)檢索結(jié)果：n作者為：馬大龍（ma dl）的檢索結(jié)果n作者單位為：北京大學(xué)（peking universityad）的檢索結(jié)果n利用檢索史把這兩個(gè)檢索結(jié)果用AND組合起來基本檢索舉例2：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索高級(jí)檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索p限制檢索或條件檢索：Limit (1) 全文、摘要 (2)動(dòng)物、人類 (3)文獻(xiàn)類型 (4)語種 (5)數(shù)據(jù)庫子集的限定 (6)年齡組生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n分析該課題：n

9、主題為肝癌治療，即liver cancer and therapyn限制條件有兩個(gè)：n語種為英文（English）；n文獻(xiàn)類型為綜述（Review）高級(jí)檢索舉例：原文為英文的肝癌治療方面的綜述文獻(xiàn)生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索nmedline數(shù)據(jù)主題標(biāo)引規(guī)范，用主題詞檢索，可以提高查全率、查準(zhǔn)率點(diǎn)擊MeSH Database打開主題檢索界面生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)n該檢索課題有兩個(gè)概念：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ） 、白血?。╨eukemia）n長(zhǎng)春新堿治療疾病，組配

10、副主題詞治療應(yīng)用（therapeutic use）n白血病藥物治療，組配副主題詞藥物療法（drug therapy）n這兩個(gè)概念之間是AND的關(guān)系生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用副主題詞生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主

11、題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristin

12、e ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步

13、：檢索白血病/藥物療法生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n通過兩個(gè)主題檢索得到：n“長(zhǎng)春新堿/治療應(yīng)用” 的檢索結(jié)果n“白血病/藥物療法” 的檢索結(jié)果n兩個(gè)檢索結(jié)果用AND組合起來，需要用到檢索史主題檢索舉例：長(zhǎng)春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n文獻(xiàn)匹配器n臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)輔助檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索文獻(xiàn)匹配器n系統(tǒng)提供有兩種用來查找特定文獻(xiàn)的方式：?jiǎn)纹墨I(xiàn)匹配器（Single Citation Matcher）和多篇文獻(xiàn)匹配器（Batch Citation Matcher）。n如果要查找某一篇文獻(xiàn)，點(diǎn)擊單篇引文匹配器，輸入刊名、日期、

14、卷、期、頁碼、作者、題目中的一項(xiàng)或多項(xiàng)內(nèi)容進(jìn)行檢索，系統(tǒng)返回文獻(xiàn)記錄結(jié)果。如果要同時(shí)查找多篇文獻(xiàn)，則點(diǎn)擊多篇引文匹配器，然后在輸入框內(nèi)分行輸入每篇文獻(xiàn)的查詢項(xiàng)目。其中刊名為必需項(xiàng)，其他項(xiàng)目沒有時(shí)可省略。 生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索單篇文獻(xiàn)匹配器（Single Citation Matcher）生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索多篇文獻(xiàn)匹配器（Batch Citation Matcher）輸入格式生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)n用戶方便快捷地檢索到有關(guān)臨床方面的文獻(xiàn)，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預(yù)后等；n檢索臨床實(shí)踐過程中的問題，如系統(tǒng)綜述、多元分析、臨床試驗(yàn)、循證醫(yī)學(xué)、實(shí)踐指導(dǎo)、遺傳學(xué)方面。

15、 生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)臨床咨詢生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索臨床咨詢和系統(tǒng)評(píng)價(jià)系統(tǒng)評(píng)價(jià)生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索PubMed Clinical Queries臨床咨詢臨床咨詢生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索Directory of Topic-Specific PubMed Queries PUBMED學(xué)科、專題數(shù)據(jù)庫學(xué)科、專題數(shù)據(jù)庫生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索Clinical Queries using Research Methodology Filters 臨床研究方法臨床研究方法生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索Clinical Queries using Resear

16、ch Methodology Filters臨床研究方法的檢索臨床研究方法的檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索Summary of Enhancements for Clinical Queries for MEDLINE for Studies MEDLINE數(shù)據(jù)庫如何強(qiáng)化臨床信息檢索功能？數(shù)據(jù)庫如何強(qiáng)化臨床信息檢索功能？生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索NLM Resources for Informing Comparative Effectiveness醫(yī)學(xué)科研信息檢索醫(yī)學(xué)科研信息檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索PUBMED上檢索當(dāng)天全球醫(yī)學(xué)科研活動(dòng)生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索科學(xué)網(wǎng)許培揚(yáng)博客生物醫(yī)學(xué)信息資源

17、及其檢索PUBMED數(shù)據(jù)庫高效科研信息的檢索方法數(shù)據(jù)庫高效科研信息的檢索方法 生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索醫(yī)學(xué)語義智能檢索平臺(tái)r&query=Genome-sequencing&so_a=&so_j=生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索全球語言翻譯支持生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索全文鏈接 BioMed Central PubMed Pubget 生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索結(jié)果的顯示、保存n顯示n保存生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索結(jié)果的顯示n顯示格式：系統(tǒng)提供的顯示格式很多，一般較常用的有以下3種：n（1）Summary：為默認(rèn)顯示格式。顯示的信息包括文獻(xiàn)的標(biāo)題、著者、出處、PMID、綜述出版類型、非英文文獻(xiàn)的原文語種等。n（2）Abstract：顯示信息除了文獻(xiàn)標(biāo)題、著者、出處等基本信息外，還包括摘要信息，以便用戶了解文獻(xiàn)詳細(xì)內(nèi)容。生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n（3）MEDLINE：以MEDLINE數(shù)據(jù)庫的記錄格式來顯示檢索結(jié)果。字段內(nèi)容主要包括PMID、題目、摘要、作者、作者地址、語種、出版類型、出處、MeSH、文獻(xiàn)ID、出版狀態(tài)等。結(jié)果的顯示生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索結(jié)果的顯示生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索n保存記錄n在“send to”下拉菜單中選擇“File”，可完成將記錄保存為文件。n選擇“E-mail”，則可