MRIcro中文說明書

1、MRIcro 使用說明（人工翻譯版）MRIcro 系統(tǒng) win95或者隨后的Linux系統(tǒng)需求 x86,或SUN微系統(tǒng)的x86 （我覺得這不是問題，支持32位的就行）硬件 支持16或24位色的當(dāng)前版本 1.40 build 1（這說明書有點(diǎn)老叻）費(fèi)用 免費(fèi)作者 Chris Rorden描述：把醫(yī)療圖像轉(zhuǎn)化為SPM友好分析格式。（SPM，即Scanning Probe Microscopy，掃描探針顯微）?？梢灾鸫畏治霾榭捶治龈袷降膱D像。創(chuàng)建分析格式的頭文件。創(chuàng)建3D興趣區(qū)域（通過計算容量和密度）興趣區(qū)域的多層疊加。旋轉(zhuǎn)圖像來符合SPM的模版圖像。輸出圖像格式包括BMP，JPEG，PNG，TIF

2、。結(jié)合圖像：多個圖像的相關(guān)查看。（觀察相同坐標(biāo)的PET或MRI掃描）介紹MRIcro允許在裝有windows和Linux系統(tǒng)的電腦上瀏覽醫(yī)療圖像。這是一個單機(jī)運(yùn)行的程序，這他包裹鄭重補(bǔ)充SPM的工具。MRIcro可以有效率的瀏覽和輸出腦圖像。除此之外，它還能使神經(jīng)生理學(xué)家鑒定有意義的區(qū)域。MRIcro可以創(chuàng)建給其他平臺輸出腦圖像的分析格式的頭文件。對其他Windows程序熟悉的使用者將發(fā)現(xiàn)這個軟件非常簡單好用。把鼠標(biāo)停在按鈕上一段時間將在這個按鈕上出現(xiàn)一個文字暗示。萬不得已，我們還揍了一個簡要的使用手冊來描述基本的功能。加載圖像和主信息面板MRIcro可以瀏覽各種各樣的圖像格式，包括SPM分析

3、格式。分析格式的圖像包括兩個部分：一個是包括原始圖像資料的img格式文件和一個描述圖像維度的hdr格式的文件。MRIcor的住信息面板顯示了頭文件的信息和一系列的按鈕這樣你就可以打開瀏覽頭文件。Open Analyze format hdr/img pair這個按鈕是你能有留言Analyze或者NIfTI格式的圖像。當(dāng)你按下這個按鈕的時候，一個是你選擇頭文件去打開的對話會出現(xiàn)。MRIcro這時候就會試圖打開一個郵箱頭名字的圖像文件。 圖1 主要信息面板。Show extended header information這個按鈕可以打開一個窗口來顯示當(dāng)前打開的頭文件的信息。slice瀏覽面板sli

4、ce瀏覽面板是你可以選擇加載映像文件的表象?；瑒舆x擇要顯示的片。（你可以在滑動條右邊的編輯框編輯，或者請按Fn1/Fn2來觀察連續(xù)的上一個或者下一slice，也可以用鼠標(biāo)的滾輪來切換，如果有的話）。圖2 slice瀏覽面板 當(dāng)你瀏覽軸向面、橫斷面和冠狀面視圖的時候，你通過獨(dú)立地調(diào)整三個編輯框可以設(shè)置X，Y，Z三個坐標(biāo)。改變圖像亮度和控制對比度值的按鈕在sun這個按鈕旁邊和反對比圖像。這些數(shù)值描述了窗口的中心和窗口顯示的寬度。窗口中心（window centre）指的是顯示中等灰度的圖像強(qiáng)度，同時窗口的寬度描述的范圍在亮白和完全黑色之間。點(diǎn)擊“auto contrast”（顯示是以一個黑色箭頭指

5、向一個有缺口的白圈）設(shè)置圖像的1%為完全的黑或完全的白。自動平衡工作對MRI掃描來說很好用，但是對CT掃描來說通常不太好用，這時骨頭顯示的比背景和腦組織都要亮。對CT掃描來說，你可以通過在“View”窗口選擇一個“Contrast PresetCT”來做一個好的設(shè)置。例如，“Bone”這個預(yù)設(shè)置把窗口中心設(shè)置在400到2000之間（這樣相對合理一些），這通常對CT掃描中發(fā)亮的骨是有效的。圖3 你可以通過按住鼠標(biāo)右鍵把需要調(diào)節(jié)對比度的區(qū)域從圖像中框出來，來調(diào)節(jié)這個區(qū)域的對比度。亮度值（窗口中心）和對比度值（窗口寬度）的調(diào)節(jié)與選區(qū)是成比例的。注意：如果你選擇了任何興趣區(qū)的繪圖工具，這個就不管用（按

6、下快捷鍵Fn10來取消）。圖4 這個柱狀圖從側(cè)面顯示了這個名為“IconT1”圖像的圖像強(qiáng)度。用戶也可以自定義興趣區(qū)域來創(chuàng)建條形圖（看ROI部分詳細(xì)介紹）。注意：Mn臨界值列出，這個可以用來設(shè)置目標(biāo)圖像的圖像強(qiáng)度比例來匹配一個SPM模版（詳細(xì)請見指南部分）。Histogram這個按鈕（在面板的左側(cè)底部）顯示立體像素在當(dāng)前打開圖像的亮度分布。（見上圖）滑動條上面顯示的六個圖標(biāo)可以讓你選擇圖像的展現(xiàn)方式：軸向，矢狀，冠狀，和投射（前面三個同時），自由旋轉(zhuǎn)，多層面，三維渲染。如果這個圖像跟選擇的按鈕不匹配，圖像也就不會保存為軸向格式。在投射視圖中，三個編輯欄顯示在slice瀏覽區(qū)的靠上位置?？梢允鼓?/p>

7、獨(dú)立的設(shè)置你想要觀察的X，Y，Z坐標(biāo)（也可以點(diǎn)擊在圖像上，來直接跳到鼠標(biāo)所在的坐標(biāo)）。如果你想同時觀察一個以上的圖像（啟動MRIcro不止一次），你可以“yoke”視圖，這樣同一個視圖可以打開多次，成為每個圖像（要用這種特性來進(jìn)行工作，首先確?！皔oke”復(fù)選框是打勾的）。Yoking將試圖通過原圖和原始坐標(biāo)來匹配slice。這樣你就可以比較一個圖像和模版的正?；潭龋ㄔ馐莕ormalisation），同時能夠通過比較PET掃描和分量T1 MRI掃描圖像來定位PET掃描的結(jié)構(gòu)。如果要同時查看一系列的橫斷和冠狀slice，按下“multislice”按鈕（有一個與一個箭頭型slice緊挨著的三

8、軸向slice的圖標(biāo)）。要運(yùn)行這個功能，先要加載一個圖像。每個slice可以在”options”窗口選擇出，如這個手冊“other commands”部分所說。選擇自由旋轉(zhuǎn)按鈕一起一個名為”Free Rotate”新窗口的出現(xiàn)（見下圖）。這個窗口可以是你選擇你想看那個斜剖部分。你可以獨(dú)立的選擇查看的，相片旋角（yaw），滾動，和傾斜度。除此之外，你可以選擇你想看那一片?！皃ivot”設(shè)置使你能夠設(shè)置圖像的軸向旋轉(zhuǎn)運(yùn)動。你也可以”nudge”（這是一個鍵，推進(jìn)的意思）。（把圖像放在框架中間） 。最后，你可以設(shè)置新的圖像尺寸。習(xí)慣的視圖可以保存為，繪圖圖像（用”file/save as pictu

9、re“命令），打印圖格式，或者按在自由旋轉(zhuǎn)窗口下面的”Save”按鈕來創(chuàng)建一個8位的由你的旋轉(zhuǎn)狀態(tài)描述分析格式圖片。注意，自由旋轉(zhuǎn)工具中混合觀察居中的和物體居中，這兩者的坐標(biāo)，可能會使你迷惑。（mix viewer centered和object centered）。此外，當(dāng)自由旋轉(zhuǎn)的多重區(qū)域增益選定”interpolate”復(fù)選框，你可能會在這些區(qū)域周圍看見一個輕微的光暈。你可以通過按”3D“這個按鈕生成一個3D立體渲染圖（顯示出一個矢狀的大腦皮層描述）。這個功能描述的細(xì)節(jié)在這個手冊”volume rendering page“部分。圖5 自由旋轉(zhuǎn)視角可以用來定制視圖。Mirror按鈕（它在

10、標(biāo)準(zhǔn)或者鏡像文本中出現(xiàn)顯示字母”LR“，這取決于鏡像是否被選擇）使你能夠翻轉(zhuǎn)圖像的左或者右。如果你選擇鏡像，在鏡像模式中會出現(xiàn)一個消息提醒你：它不是好的編寫區(qū)域。有一個下拉菜單是選擇顏色的色彩對照表（LUT）。在默認(rèn)狀態(tài)下，MRIcro以黑白狀態(tài)或者高溫金屬的配色方案顯示圖片。然而，MRIcro也可以讀取Osiris（歐西李斯）格式的色彩對照表，它可以讓你使用不同的配色方案來查看圖片。MRIcro支持（ship with）多個Osiris分布的色彩對照表，而且你還可以自己制定習(xí)慣的色彩LUTs。如果MRIcro在它自己的目錄內(nèi)發(fā)現(xiàn)任何LUT格式的文件，”drop-down”的下拉菜單將會列出這

11、些文件的名字。從下拉菜單中選擇你想要的配色方案。有一個下拉菜單使你能夠通過不規(guī)則尺寸的立體像素的選擇來決定MRIcro怎樣來顯示圖片。（例如你可以在X維上用2mm，Y上1mm的立體像素來顯示圖片）。首先，圖像可以在“square”模式下瀏覽圖像，這種情況下所有的像素都是正方形的，不管圖像內(nèi)部的像素是什么維度的。第二，亦可以在“stretch”狀態(tài)下瀏覽圖像，這種情況下使用“鄰近估算法”（nearest neighbor approximation）”使立體像素尺寸跟slice內(nèi)部維度成比例來瀏覽圖像（盡管投射和多slice視圖不是成比例的）。最后你可以在“smooth”模式下瀏覽：立體像素尺寸

12、是成比例的并且使用“鄰近估算法”（這就會創(chuàng)建一個24比特的圖像，投射視圖是正確成比例的）。使用變焦因素功能（在slice瀏覽面板的右下方）來設(shè)置圖像的比例，MRIcro允許你使用一倍到六倍的比例，這取決與你圖像的尺寸和原始比例。這時你也許想要調(diào)整窗口的尺寸了（通過拖曳視窗的右下角）。興趣面板區(qū)域MRIcro允許你涂畫你感興趣的三維區(qū)域（ROIs）。這對注解受到傷害腦區(qū)是非常有用的。除此之外，ROIs的容量是計算過的。換而言之，數(shù)個不同的獨(dú)立ROIs可以相互疊加（在腦的圖像上是以相同的模版來標(biāo)準(zhǔn)化了），這樣可以讓神經(jīng)生理學(xué)家來評估共同受損的區(qū)域了。ROIs可以存儲到硬盤里以備將來查驗(yàn)。所有的RO

13、Is都涂畫在MRI圖像的上方，而不是直接畫在MRI圖像上的。這意味著既可以用ROIs查看腦圖像也可以不用ROIs。MRIcro提供了相當(dāng)數(shù)量的工具來生成和瀏覽ROIs。這些工具顯示在“Region of interest”的一系列按鈕上。下面對這些按鈕從左到右來一一介紹。圖6 興趣區(qū)域面板包括了很多工具來標(biāo)記病灶和特定的區(qū)域。如果你選擇了一個ROI，體積將顯示在左下角，這里是2.6立方厘米?！皁pen roi”按鈕（它看起來好像是一個打開后出現(xiàn)ROI的文件夾）可以選擇ROIs打開。如果你想打開多個ROIs，你可以按下“Ctrl”鍵選擇你要打開的多個ROI的名字。ROI信息按鈕（它以一個“i”的

14、圖標(biāo)顯示）能夠顯示圖像“interest”區(qū)的平均密度同時可以生成一個關(guān)于圖像的直方圖（這與“slice瀏覽部分”的直方圖是一樣的）?！皊ave ROI”按鈕（它是一個這樣的圖標(biāo)一個硬盤上疊加了一個ROI），這樣你就能把你做的ROI存到硬盤上了。使用“delet ROI on this slice（刪除這張slice上的ROI）”按鈕（好像一個鉛筆橡皮）可以只移除當(dāng)前所瀏覽slice上的ROI。這個按鈕在你做ROI時犯了一個描繪輪廓或者填充錯誤時是有用的。點(diǎn)擊“delete entire ROI”(這個按鈕像一個廢紙簍)可以從內(nèi)存里刪掉現(xiàn)在所有的ROIs。如果在你做一個新的ROI之前，你已經(jīng)打

15、開了多個ROIs，你或許就會用到這個功能（你可以一次畫一個ROI）?！癉elet entire ROI”按鈕（是一個廢紙簍上有一個ROI疊在上面的圖標(biāo)）可以用來關(guān)閉一個ROI。接下來，有一個下拉菜單來定義你接下來要畫的一個ROI的顏色（在你同時看多個ROI的時候會自動啟用一個多色彩的設(shè)置）。這個選擇是紅色，綠色，藍(lán)色，白色，或者黑色。這可以使你選擇一個顯著的色彩。在你把圖像打印成黑白前你可以把ROI設(shè)置成黑白色。在加載多個ROIs之后，你可以在“ROI”菜單選擇“ROI density colorbar”這一項(xiàng)畫出ROIs相疊加的部分。這些顏色指出了相互疊加ROIs的數(shù)目。最左邊的顏色（深紫色

16、）顯示單個ROI的條目（即各個ROI自己的不跟其他ROI重疊的部分）。最右邊的顏色（深紅色）顯示的則是重疊最多的部分。這個功能如下圖所示。圖7 這張圖顯示MRI有四個疊加的ROIs的多張slices。右上角的色條值得是ROI的強(qiáng)度（深紫色是一個ROI覆蓋的區(qū)域，深紅色是四個ROI共同覆蓋的區(qū)域）。這四個圖也示范了選擇窗口顯示右半球的功能。-這里連續(xù)的slices彼此疊加。多slices可以產(chǎn)生橫斷面slices（上面板）或者冠狀面slices（下面板）。選擇一種兩種畫筆中的一種來勾描ROI的輪廓。這里有倆畫筆：“closed”畫筆（快捷鍵Fn6）會自動靠近你已經(jīng)畫的任何輪廓線?！皁pen”畫筆

17、（快捷鍵Fn7）不會自動靠近輪廓線?！癴ill button”（涂料罐子圖標(biāo)，快捷鍵Fn8）可以用來填充你通過畫筆所勾描的ROI（兩種：右擊選擇的畫筆）。在你做一個新的ROI之前你需要加載圖像，清除掉所有當(dāng)前的ROIs（使用“save ROI”或者“delete ROI”,這個上面說過），然后選擇你要看的橫斷面，冠狀面，或者矢狀面slice（你不能在自由移動狀態(tài)下畫ROI，也不能在投射視圖和多視圖下畫ROI）。在你使用畫筆或者填充的時候，按住shift鍵可以在制作區(qū)域抹除ROIs。在實(shí)踐中，可以使closed pen來快速畫出ROIs（快捷鍵Fn6）然后用Fn1和Fn2鍵上翻或者下翻slice

18、。使用pen+shift來修剪一個ROI不想要的邊緣。用左鍵來購苗ROI的輪廓然后移動到ROI的中間用右鍵來填充。畫完用“Save ROI”儲存。注意：ROI的容量列在興趣區(qū)的旁邊（以立方厘米cc或者立體像素數(shù)來衡量，當(dāng)你切換slice或者存盤的時候更新這些信息）。巫師帽子這個圖標(biāo)可以臨時的隱藏一個興趣區(qū)域（快捷鍵Fn9）。通過快速的隱藏和出現(xiàn)ROI，你可以知道你所畫這個ROI是否正確的指示（map）了感興趣的區(qū)域。當(dāng)鼠標(biāo)指針移到一個圖像的時候，兩個有用比特的信息會立刻出現(xiàn)在興趣區(qū)域面板的下面。文本最左邊顯示的是圖像去鼠標(biāo)的位置，另個一個是鼠標(biāo)所在圖像位點(diǎn)的密度。旋轉(zhuǎn)和剪裁面板這個文件菜單包含

19、一個“Save as”為標(biāo)簽的命令。當(dāng)這條命令被選中時，在旋轉(zhuǎn)和剪貼板左下角會出現(xiàn)一個浮動面板，這個面板可以用來以SPM來標(biāo)準(zhǔn)化圖像文件（把一個圖像整合為一個標(biāo)準(zhǔn)的模版）。圖8 旋轉(zhuǎn)剪輯面板這個clip的上下兩個區(qū)域可以用來刮掉一個掃描的頂部或底部（例如，用SPM標(biāo)準(zhǔn)化整理一個有帶多脊髓的掃描避免出現(xiàn)問題）?！癋ormat”列框表可以用來把冠狀或矢狀的分析格式的圖像轉(zhuǎn)化為軸向格式（這時對SPM自然而然的偏愛,）。要決定你的圖像采用什么養(yǎng)的經(jīng)典格式，點(diǎn)擊“axialflat view”這個按鈕在slice瀏覽面板，這將顯示掃描的本機(jī)格式（例如，如果平面格式顯示的是一個矢狀圖像，文件就是矢狀格式的

20、）?！癴lip left/right”復(fù)選框能反向生成圖像。你也可以選擇“data”類型來保存圖像。通常把圖像保存為它的源格是明智的選擇。Down-sampling（向下采樣）一個圖像（例如，把一個16-bite整體文件保存為一個8-bite的文件）這樣可以用來節(jié)省硬盤的空間（這可能會影響圖像的強(qiáng)度質(zhì)量）。Up-sampling（向上采樣）一個圖像（例如，把一個16-bite的文件保存為32-bite的文件），當(dāng)別的程序需要一個特殊格式的文件的時候，這個功能就顯得有用了。如果你已經(jīng)在slice瀏覽面板調(diào)整了對比設(shè)置，程序就會詢問你是不是想把最亮的和最暗的立體像素剪切掉，然后你就可以自定義輸出的

21、對比度了。圖9 MRIcro 可以自動的顯示剪切選擇的數(shù)量，以這個為例，上面5個和下面10個slices將會被剪切掉。這個圖還展現(xiàn)了“Hot Metal”色彩查找表。如果你想在旋轉(zhuǎn)之前把圖像保存一下，你可以按下“preview”（預(yù)覽）按鈕來檢查你的設(shè)置。預(yù)覽功能可以讓你看到旋轉(zhuǎn)前后的兩個slice。如果你的旋轉(zhuǎn)是合適的，預(yù)覽功能會向你展現(xiàn)兩張橫斷slice（左邊的一張比右邊的一張更靠近腹側(cè)）。檢查確保左右鏡像設(shè)置是正確的。如果你選擇了想要的剪切和復(fù)選框選項(xiàng)，按下位于窗口底部三個保存文件按鈕中的一個來保存?！癝aveSun”和“SaveIntel”這兩個按鈕會把文件保存問分析格式圖像。SPMw

22、in、SPM99、SPM2和MRIcro這些軟件都可以讀取大的或者小的字節(jié)分析格式文件，雖然SPM96要求圖像格式跟機(jī)器使用的相同。更多介紹詳見technical部分。如果原始圖像是一個多卷的圖像（例如，img文件包含多個MRI掃描，這些掃描在相同的維度），MRIcro將會把每個卷并且把它保存為一個分開的分析文件格式hdr后綴的圖像文件（因?yàn)镾PM不能讀取多卷的文件，這很有用）?！癝ave Dicom”按鈕會把圖像保存為DICOM格式的圖像（在這個手冊的DICOM部分描述）。注意：不管原始數(shù)據(jù)的格式是怎么選擇的，DICOM格式圖像都是8-bite（如果這是原始文件的格式）或者16-bite的圖

23、像格式的。Overlays統(tǒng)計地圖“Overlay”菜單允許你在一張圖像上疊加另一張圖像。這對顯示功能統(tǒng)計地圖（通常這都是通過SPM軟件從PET、fMRI或者SPECT數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)的）。Overlays也可以用來檢驗(yàn)兩張圖片的配準(zhǔn)程度。在使用一個overlay之前，你應(yīng)該首先選擇一張你想使用的主圖像（例如，從從菜單欄使用“Open”命令選擇你的解剖學(xué)圖像）。然后，在Overlay菜單使用“Load overlay”命令選擇你想重疊的圖像。Overlay功能不需要重新調(diào)整到跟解剖學(xué)圖像相同的維度：MRIcro會自動的調(diào)整data的維度（只要想要疊加的圖像和原始圖像的維度是相互正確標(biāo)定的）。Overl

24、ay菜單也可以選擇overlay的顏色亦或overlay是透明的還是不透明的。下面的圖像顯示左邊功能區(qū)的overlay和overlay功能的標(biāo)準(zhǔn)化使用。更多細(xì)節(jié)，請訪問overlay和volume rendering頁面。 左邊：功能結(jié)果可以覆蓋疊加。右邊：你可以在標(biāo)準(zhǔn)化后使用覆蓋圖來校準(zhǔn)齊整度。選擇坐標(biāo)View菜單中“Select MNI/Talairach Coordinate”命令可以用來制定你想要瀏覽的腦區(qū)。在slice瀏覽面板，你可以選擇你想要看圖像中的哪一個slice。與此相比，坐標(biāo)命令可以鍵入神經(jīng)影像學(xué)的立體坐標(biāo)，這個命令只在你的圖像已經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的情況下是有用的（拉伸、旋轉(zhuǎn)、居中來

25、匹配一個可供參考的標(biāo)準(zhǔn)神經(jīng)學(xué)框架結(jié)構(gòu)）。這里有兩個普及的腦神經(jīng)學(xué)參考框架：MNI空間（通過SPM來使用）和Talairach空間（Talairach和Torneaux地圖中使用的）。坐標(biāo)窗口中的復(fù)選框可以用來設(shè)置你想要使用的參考框架（Talairach坐標(biāo)的估算匹配，使用的是Matthew Bretts handy mni2tal and tal2mni慣例）。其他命令“File”菜單中包含“save as picture”命令，這個命令允許你對當(dāng)前的圖像進(jìn)行截圖保存。支持的格式包括：BMP、JPEG、PNG和TIF格式。File菜單中的“Print”可以打印當(dāng)前的顯示圖像。ROI菜單包含的命

26、令可以輸出ROIs為big-endian（Sun）或者little-endian（Intel）分析格式圖像。這些命令能保存當(dāng)前顯示的興趣區(qū)域?yàn)橐粋€8-bite的分析格式圖片，這個圖片可以作為一個SPM的mask蒙片（允許對大面積損傷的腦圖像進(jìn)行合理標(biāo)準(zhǔn)化）。注意：蒙片的值只有0（unmasked）或者100（masked），而且蒙片強(qiáng)度分度值設(shè)置為0.01（所以SPM使用的蒙片像素值只是0和1）。ROI菜單中“Export Image as ROI”功能會把分析格式圖像轉(zhuǎn)化為MRIcro的習(xí)慣性ROI格式。注意：ROI格式是二進(jìn)制的-ROI不會保存圖像強(qiáng)度信息。選擇這個命令之前先裝載你想要轉(zhuǎn)化

27、的的圖像。在你選擇了這個條目的時候，會出現(xiàn)一個選擇ROI強(qiáng)度閾值的窗口。對著你調(diào)整閾值，圖像會預(yù)覽包含在ROI中圖像的一部分。如果你對這一部分滿意的話你可以按下“Save as ROI”按鈕來創(chuàng)造新的ROI。除此之外，你可以在兩個不同維度的圖像之間轉(zhuǎn)移一個興趣區(qū)。一個此命令的范例是確定一個PET掃描中的皮質(zhì)區(qū)域。使用“File/Transfer ROI”命令你可以在T1解剖學(xué)MRI掃描上做一個ROI然后把它復(fù)制到相應(yīng)PET掃描上。Etc菜單中的命令“Options”可以調(diào)節(jié)許多MRIcro的參數(shù)。首先，你可以在按下“mutisilice”按鈕的情況下，選擇你想要顯示的slice。這有12個數(shù)據(jù)

28、區(qū)域，允許同時瀏覽12個slice。設(shè)置為0的區(qū)域不會出現(xiàn)，這可以使你展示少于12個slice。你也可以選擇 multislice按鈕來產(chǎn)生冠狀面或橫斷面圖像。在窗口底部的“defaults”按鈕可以選擇一組通用的已經(jīng)跟SPM的T1模版標(biāo)準(zhǔn)化過的有用的slice來瀏覽圖像?！癷nclude sagittal”復(fù)選框選擇，當(dāng)“multislice”按鈕按下的時候矢狀視圖是否出現(xiàn)。選擇窗口也包含許多額外的描述多層視圖怎樣列出的復(fù)選框。幾個非直觀選擇如下圖所示，如果你選擇了期望的選項(xiàng)，你可以按下”ok”來把你的選擇保存下來，或者“Cancel”來直接無視你的改變。許多這一類的選項(xiàng)在指南中介紹，還有一

29、些如下圖所示。圖10 如果選擇窗口“Cumulative ROI boxed CT”選項(xiàng)選定了，矢狀面圖將會從選擇的slices中推斷區(qū)域（左側(cè)面板）。這種情況下，你只需要在slices上畫出ROIs就可以了。否則的話，矢狀視圖將會給每個slice獨(dú)自的顯示ROIs。圖11 右擊multislice按鈕可以給一個圖像添加熱點(diǎn)。熱點(diǎn)被定義為一個文本文件，這個文本文件包括要疊加圖像的X Y Z坐標(biāo)和colour/shape（色彩/形狀）。這個功能可以用來比較一個腦病病人的病灶和fMRI/PET的熱點(diǎn)來進(jìn)行研究。以此為例，許多的熱點(diǎn)可以畫在額葉的ROI上。這張圖也解釋了“translusent ROI”（ROI半透明）功能。更多細(xì)節(jié)見MRIcro FAQ圖12 上面顯示了兩個軸向面slices的ROIs 一張主要是皮層下，而另一張主要是皮層的。當(dāng)選擇窗口的“Cumulative only true overlap”選定的時候，矢狀視圖將依照ROIs的真密度來顯示ROI的密度（中間）。如果這個選項(xiàng)沒有選定，矢狀