NCBI數(shù)據(jù)庫的使用與功能介紹ppt課件

1、1 美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)于1988年11月4日建立國家生物技術(shù)信息中心(National Center of Biotechnology Information，簡稱NCBI)2NCBI的任務(wù)：建立關(guān)于分子生物學(xué)，生物化學(xué)，和遺傳學(xué)知識的存儲和分析的自動系統(tǒng)實行關(guān)于用于分析生物學(xué)重要分子和復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和功能的基于計算機的信息處理的先進方法的研究加速生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟件的使用全世界范圍內(nèi)的生物技術(shù)信息收集的合作努力3 NCBI首先創(chuàng)建GenBank數(shù)據(jù)庫，在重點開發(fā)GenBank的同時，又于1991年開發(fā)了Entrez 數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)。該系統(tǒng)整合了GenBank、E

2、MBL、PIR和SWISS-PROT等數(shù)據(jù)庫的序列信息以及MEDLINE有關(guān)序列的文獻信息，并通過相關(guān)鏈接，將他們有機地結(jié)合在一起。 National Center of Biotechnology Information45以IL6基因為例：如何查找基因序列、mRNA、Promoter如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列6 Map viewer是NCBI網(wǎng)站上提供的一個非常有用的尋找基因的工具，通過Map viewer你可以了解你感興趣基因在基因組中所處的位置、基因序列、內(nèi)含子及外顯子的排列、基因的細胞遺傳學(xué)圖、EST、SNP等等許多有用的信息。利用Map viewer 查找基因序列、

3、mRNA序列、啟動子Promoter7利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、啟動子Promoter891011121314如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列1516蛋白序列：mRNA序列：17已知一基因序列：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGA

4、GCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC1、這是哪個基因？2、編碼的蛋白質(zhì) 序列是怎么樣的?3、有沒有保守的功能結(jié)構(gòu)域？4、它的功能是怎樣的？5、有沒有三級結(jié)構(gòu)？181

5、9+BLAST可以對核酸和蛋白的多種數(shù)據(jù)庫操作。有幾種比較方法可選擇：+Blastp：一個氨基酸序列與一個蛋白數(shù)據(jù)庫比較+Blastn：一個核酸序列與一個核酸數(shù)據(jù)庫比較。+Blastx：一個核酸的所有讀框與一個蛋白數(shù)據(jù)庫比較，可以用來發(fā)現(xiàn)未知核酸可能的蛋白產(chǎn)物。+Tblastn：一個蛋白序列與翻譯成所有讀框的核酸數(shù)據(jù)庫比較。+Tblastx：一個核酸的六種讀框與一個核酸據(jù)庫的六種讀框比較，但由于計算太復(fù)雜在網(wǎng)頁中不能應(yīng)用。2021222324Gene info：17號染色體25功能注釋：Gene Ontology該基因定位于人體第17條染色體，基因表示符為：NM-001168.2初步的功能分析：細胞周期，caspase酶的抑制因子等26獲取蛋白質(zhì)的序列信息該蛋白質(zhì)中包含142個氨基酸，序列標(biāo)識符為：NP-001159.227獲