生物信息學(xué)-實(shí)驗(yàn)四-用-Clustal--MUSLCE-和-T-Coffee-進(jìn)行多條序列比對

1、實(shí)驗(yàn)四 用 Clustal, MUSLCE 和 T-Coffee 進(jìn)行多條序列比對準(zhǔn)備工作FASTA序列“>”之后加上物種和序列名稱，然后加空位，方便在多序列比對過程中分清每條序列分別來自哪個物種。1 clustalX將上述序列文件用英文命名，且其中無空格，在D盤下建立一個用英文命名的文件夾并將序列文件放在其中。點(diǎn)擊 開始>程序>clustalX2>clustalX2。點(diǎn)主菜單File>Load Sequence-選擇你剛保存的序列文件，點(diǎn)打開設(shè)置兩條序列、多序列比對及輸出格式參數(shù)后：Alignment>Alignment Parameters>Pai

2、rwise Alignment Parameters；Alilgnment>Alignment Parameters>Multiple Alignment Parameters；Alignment>Output Format Options1.1常規(guī)比對點(diǎn)擊Aliglnment>Do Complete Alignment。此時出現(xiàn)一個對話框，提示比對結(jié)果保存的位置，在上一步選擇了多少種輸出格式，這里就會給出多少個文件的路徑。點(diǎn)OK即可。比對結(jié)束后生成的aln文件是多條序列比對的結(jié)果，推薦用notepad+打開瀏覽。*對應(yīng)的是完全匹配的列，保守替換（理化性質(zhì)高度相似氨基酸

3、之間的替換）用：表示，有一定保守的替換用.表示，如果下方?jīng)]有標(biāo)識，說明這列為非保守替換。生成的dnd文件是比對過程中利用NJ方法生成的進(jìn)化樹（guide tree），可以用Figtree軟件瀏覽。1.2、迭代比對選擇Alignment>iteration>iterate each alignment step（或iterate final alignment），然后再點(diǎn)擊Aliglnment>Do Complete Alignment進(jìn)行比對。其生成的aln文件與常規(guī)比對的一致，但NJ樹不一致，迭代比對NJ樹的8、9單獨(dú)聚為一個分枝，而常規(guī)比對8、9與a、b聚在一枝。2、Cl

4、ustal Omega2.1 網(wǎng)頁版比對將保存的序列copy到STEP1下的文本框中，通過STEP2設(shè)置參數(shù)，最后Submit。點(diǎn)擊Phylogenetic Tree,查看網(wǎng)頁版的NJ樹2.2 單機(jī)版比對result.txt，用npp打開3 Muscle alignment result點(diǎn)擊開始>運(yùn)行>輸入 CMD>打開 DOS 窗口>輸入d: 到達(dá)D盤，然后輸入cd d:ruanjianmuscle到達(dá) MUSCLE 所在文件夾。輸入muscle.exe -in human_globins.fasta -out output.txt clw命令，輸出human_glo

5、bins的多序列比對結(jié)果。然后再對MAPK蛋白序列的進(jìn)行多重比對，輸入的命令為muscle.exe -in wjr.txt -out outputwjr.txt clw注：（新建一個muscle文件夾，將muscle（名稱改為muscle）軟件，human_globins序列和MAPK的蛋白質(zhì)序列（wjr）放在一起）按下圖命令進(jìn)入muscle文件夾。按下圖命令對human_globins序列進(jìn)行多重比對。按下圖命令對MAPK蛋白序列進(jìn)行多重比對。MAPK蛋白序列輸出如下圖：共找到25個保守位點(diǎn)，26個保守替換位點(diǎn)保守位點(diǎn)氨基酸依次為：GVAKE LLHRD LKNLD FLTYP EDWGP4

6、 T-coffee alignment resultMAPK的蛋白序列用T-coffee多重比對結(jié)果如下圖：共找到27個保守位點(diǎn)， 30個保守替換位點(diǎn)。保守氨基酸位點(diǎn)依次為：GVAKN LHRDL KNLDF LTYPE DWGLP RHT-coffee比對后用粉色高亮區(qū)對二級結(jié)構(gòu)單元進(jìn)行注釋。M-Coffee alignment resultMAPK的蛋白序列用M-coffee多重比對結(jié)果如下圖：共找到25個保守位點(diǎn)， 26個保守替換位點(diǎn)。保守氨基酸位點(diǎn)依次為：GVAKE LHRDL KNLDF LTYPE DWG-P - -M-coffee比對后也用粉色高亮區(qū)對二級結(jié)構(gòu)單元進(jìn)行注釋。對T-coffee和M-coffee比對結(jié)果進(jìn)行比較，除了第五個保守位點(diǎn)T-coffee是N，M-coffee為E，另外，T-coffee結(jié)果比M-coffee結(jié)果多出三個保守位點(diǎn)，三