BrainNet Viewer使用

1、BrainNet Viewer工作流程： 可分成四部分：讀入文件、設(shè)置繪圖格式、網(wǎng)絡(luò)顯示和結(jié)果導(dǎo)出。BrainNet Viewer定義4中可讀入的文件：1)腦曲面文件（Brain surface files）：ASCII文件，后綴名為“nv”，包含了腦曲面的上的頂點(diǎn)和三角面片信息。2)節(jié)點(diǎn)文件（node files）：ASCII文件，后綴名為“node”，為n6的矩陣，包含了節(jié)點(diǎn)的坐標(biāo)、顏色、大小和標(biāo)簽信息3)邊文件（edge files）：ASCII文件，后綴名為“edge”，為nn的矩陣，即節(jié)點(diǎn)間的相關(guān)矩陣4)三維圖像文件（volume files）：NIFTI或Analyze格式，后綴名

2、為配對(duì)的“hdr”和“img”該文件僅用于體素到曲面的映射繪制.主要功能：（1）腦網(wǎng)絡(luò)的多視角顯示（2） 顯示多種由腦曲面，節(jié)點(diǎn)和邊構(gòu)成的不同組合（3） 多種方式調(diào)節(jié)節(jié)點(diǎn)的顏色和大?。?） 多種方式調(diào)整邊的顏色和大?。?） 自定閥值來(lái)提取相關(guān)矩陣中的邊信息（6） 實(shí)現(xiàn)體素圖像到曲面的映射（7） 支持輸出常用的包括TIFF、BMP、JPEG、PNS和EPS五種格式圖片（8） 支持輸出圖片尺寸和分辨率的調(diào)整（9） 可進(jìn)行放大和縮小，旋轉(zhuǎn)等交互式操作功能和使用：(1)Installation 打開(kāi)matlab，把BrainNet Viewer添加當(dāng)前路徑（注意全是英文路徑，否則出現(xiàn)讀取錯(cuò)誤），在ma

3、tlab 工作區(qū)內(nèi)輸入BrainNet即打開(kāi)如下圖片： Fig 1.BrainNet Viewer界面（2）picture：產(chǎn)生的組合圖片。（提供參考） Fig.2 各種組合（3）Load Files點(diǎn)擊File-Load File出現(xiàn)以下圖片： Fig.3 加載界面1.點(diǎn)擊Browse（Surface file）選擇.DataSurfTemplateBrainMesh_ICBM152.nv(BrainNet Viewer提供2中不同類型的大腦模板CH2ICBM152,根據(jù)自己所需，選擇不同模板)2. 點(diǎn)擊Browse（node）選擇.DataExampleFilesAAL90Node_AAL

4、90.node(可以選擇不同節(jié)點(diǎn)模板，一共提供ALL90、Brodmann82、Custom、Dos160、Fair34、HOA112、LPBA40，在這其中進(jìn)行選擇)3. 點(diǎn)擊Browse（edge）選擇.DataExampleFileAAL90Edge_AAL90_Binary.edge4. 點(diǎn)擊Browse（volume）選擇雙樣本t檢驗(yàn)結(jié)果。點(diǎn)擊OK：（4） Visualize option1Layoutpanel（如下圖） Fig4.BrainNet選擇 Fig5.不同選擇產(chǎn)生不同結(jié)果2. Global panel Fig6全腦控制面板和各種全腦樣本3. Surface panel

5、Fig 7表面面板和雙腦模型4. Node panel Fig8 節(jié)點(diǎn)控制面板5. Edge panel Fig.9邊控制面板和邊、節(jié)點(diǎn)表面的組合6. Volume panel Fig.10 三維控制面板和三維腦表面現(xiàn)象表示7. Image panel Fig.11 圖像控制面板操作實(shí)例：（1）Brain Surface Fig.12大腦表面直接在Browse（Surface）中輸入.DateSurTemplateBrainMesh_ICBM152.nv,其他默認(rèn)設(shè)置，點(diǎn)OK。（2） Nodes在Browse（node）中輸入.DateExampleFilesAAL90Node_ALL90.n

6、ode在Node選項(xiàng)中Label選Above Threshold設(shè)置大小為1.94,；在color中選取Colormap，點(diǎn)OK。圖像如下： Fig.13節(jié)點(diǎn)（3） Surface&Nodes1. Browse（Surface）加入.DateSurTemplateBrainMesh_ICBM152.nv。2. .Browse(Node)中加入.DataExampleFilesAAL90Node_AAL90.node。3. 在Node選項(xiàng)中Color選取中選取Modular選項(xiàng)，其他不變點(diǎn)OK，圖像產(chǎn)生如下： Fig14.節(jié)點(diǎn)和表面（4） Nodes&Edges1. Browse

7、(Node）中加入.DataExampleFilesAAL90Node_AAL90.node。2. Browse（edge）中加入.DataExampleFilesAAL90Edge_AAL90_Binary.edge。 在Node選項(xiàng)中選取Color的Modular；在Edge中選取Node module。圖像如下： Fig15.節(jié)點(diǎn)和邊（5） Surface mapping1點(diǎn)擊Browse（Surface）加入.DateSurTemplateBrainMesh_ICBM152.nv,2. 1選擇Browse（Voluse）加入mark_user_ReslicedResliced_FG.nill(此為雙樣本t檢驗(yàn)產(chǎn)生的結(jié)果（55-56區(qū)）) Fig.16感興趣區(qū)3. 在Global中的Object Material選擇Shiny；在Surface中選取0.70，其他不變。 2.2選擇Browse（Voluse）加入t-twospm_0001.img(此為注意和非注意實(shí)驗(yàn)下產(chǎn)生雙樣本檢驗(yàn)的結(jié)果： Fig.17注意區(qū)2.3選擇Browse（Voluse）加入m