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文檔簡介

用ClustalX做多序列比對分析圖示1、打開程序如下圖所示：2、Load Sequnce, 載入序列如下圖所示：3、選擇序列文件，F(xiàn)ASTA格式的如下圖所示：4、用文本編輯器察看FASTA序列文件內(nèi)容，這里用的是記事本，推薦用EditPlus或者Ultraedit如下圖所示：5、序列Load進(jìn)去之后如下圖所示：6、Do Complete Alignment, 通常情況下直接選這個即可，無須修改比對參數(shù)如下圖所示：7、點(diǎn)Do Complete Alignment之后彈出的文件對話框，.dnd的是輸出的指導(dǎo)樹文件，.aln的是序列比對結(jié)果，它們都是純文本文件如下圖所示：點(diǎn)“ALIGN”之后開始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果數(shù)據(jù)很多，可能要等一段時間，這時候可以用眼睛盯著ClustalX的狀態(tài)欄，那里會有程序運(yùn)行狀態(tài)和現(xiàn)在正在比對那兩條序列的提示信息，看看可以消磨時間。8、比對結(jié)束之后，我們可以看到這個結(jié)果如下圖所示：9、這時候我們可以發(fā)現(xiàn)ClustalX已經(jīng)生成了.dnd和.aln兩個文件，仍然用文本編輯器打開來看，這時.aln文件，這個文件可以用Mega2做進(jìn)一步的bootstrap進(jìn)化樹分析如下圖所示：10、這是.dnd文件（指導(dǎo)樹）如下圖所示：11、可以用Tr

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