PubMed檢索完全攻略

1、PubMed檢索完全攻略第一章 進入PubMed魔法學校-PubMed 概述     有位退休的老教授不止一次的向我感嘆："你們現(xiàn)在真是幸福，我們那時候要查一篇相關的文獻，要到圖書館一本一本目錄去檢索。尤其是做一些別人不太做的課題時，要搜集幾篇有用的文獻，竟要花上3，4個月時間，而你們現(xiàn)在。"趁他打頓的時候，我告訴他，"快的話，可能只要3秒鐘"。從他兩個厚厚的酒瓶底后面露出一絲羨慕的眼神。我可以想見他當時在一大堆期刊中埋頭查閱的情形，但對于現(xiàn)在的醫(yī)學工作者來說，我已經(jīng)無法想像，如果我們失去PubMed，世界將會怎樣

2、。盡管在因特網(wǎng)上，類似于PubMed的醫(yī)學文獻檢索系統(tǒng)并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。還有非常重要的一點，正如它的名字（PubMedPublic+Medicine）所暗示的, PubMed是免費向公眾開放的。無論何時何地，你只要在瀏覽器地址欄中輸入：/pubmed/ 就可以立刻進入PubMed的界面并開始享受PubMed所給你帶來的無窮便利。         俗話說，喝水不忘掘井人。PubMed是美國國家醫(yī)學圖書館(N

3、LM)所屬的國家生物技術信息中心(NCBI)開發(fā)的因特網(wǎng)生物醫(yī)學信息檢索系統(tǒng)，位于美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）的平臺上。有不少西方人有在飯前祈禱感恩的習慣，不知道我們是否也有必要每次使用PubMed前都感謝NCBI呢？    PubMed覆蓋了全世界70多個國家4300多種主要生物醫(yī)學期刊的摘要和部分全文。其覆蓋的時間段也非常長，早的可以追溯到20世紀60年代，通常而言，這已經(jīng)足夠早了，很少有人會需要查閱在此之前的文獻。當然，研究生物醫(yī)學史的工作者可能是個例外。而最新的文獻幾乎就在此時此刻。與PubMed掛鉤的出版商會自動向PubMed提供最新的文獻摘要，而往往在

4、這個時候文獻還沒有正式出版。所以盡管生物醫(yī)學的文章從被期刊接受到出版往往要好幾個月的時間，但借助于PubMed，我們?nèi)耘f可以隨時掌握最新的動向，從而大大有利于自己的臨床和研究工作。還有些出版商通過PubMed提供文獻的全文，有時甚至是免費的，這樣，我們就可以在PubMed上真正享受"坐擁書城"的感覺了（關于如何獲取全文將在以后的章節(jié)中詳述）。    進入PubMed的主界面后， 首先映入我們眼簾的就是頁面上方的檢索框和功能鍵（如下圖）。    這是PubMed的核心部分。大部分工作，我們只要利用這"一框五

5、鍵"（檢索框，Limit鍵, Preview/Index鍵, History鍵，Clipboard鍵和Details鍵）即可完成。 在主界面的左側框（如左圖），有： · Journal Browser 期刊瀏覽· MeSh Browser可以用它來分層流覽MeSH表· Single Citation Matcher輸入期刊的信息可以找到某單篇的文獻或整個期刊的內(nèi)容。· Batch Citution Matcher用一種特定的形式輸入期刊的信息一次搜索多篇文獻。· Clinical Queries這一部分為臨床醫(yī)生設置，通過過濾的方式將

6、搜索的文獻固定在4個范圍：治療、診斷、病原學與預后。· Old PubMed (使用舊式的PubMed查詢方式)3) Related Resources· Order Documents可以使用戶在當?shù)氐玫轿墨I的全文， 但這是要收費的，至于如何免費獲得文獻全文，我將在后面的有關章節(jié)中詳述。· Grateful Med是對另一個NLM基于網(wǎng)絡的查詢系統(tǒng)的鏈接。Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且還有一些其他的數(shù)據(jù)庫如AIDSLINE、HISTLINE等等。· Consumer Health提供與MEDLINEplus的鏈接，MEDLIN

7、Eplus是與消費者健康信息相關的國家醫(yī)學圖書館的網(wǎng)絡節(jié)點。· Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH資助的臨床研究成果的發(fā)布。 利用左側框的這些服務，我們不僅能夠進行功能更加強大的檢索，而且還能得到不少非常有用的服務。這些都將在后續(xù)章節(jié)中介紹。    總體而言，PubMed的界面相當簡潔清晰，幾乎是傻瓜式的。   然而傻瓜式的界面并不意味著傻瓜式的操作。我看到很多人用了幾年的PubMed，還是只知道在檢索框里輸入一個關鍵字，然后按一下"Go"按鈕這樣一種單一原始的檢索方式。雖然

8、有一半左右的情況，這樣的操作就足以得到令人滿意的信息，但對于另一半情況，就沒有那么幸運了，要么你真正所需的信息湮沒在大量紛繁蕪雜的"無用"信息中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。    令人費解的是，很多醫(yī)務工作者寧可在每次檢索時都花上成倍的時間，卻不愿花上幾個小時的時間去認真研究一下PubMed。"君欲善其事，必先利其器"， PubMed就好像一把功能強大的槍，你決不能僅僅滿足于知道扣動扳機就可以發(fā)射子彈，更重要的是，你要知道如何利用準星瞄準，如何把這把槍的功能發(fā)揮到及至。   在以后的

9、章節(jié)中，我們將逐步深入地了解PubMed，相信通過這些章節(jié)的學習，我們可以真正熟練掌握PubMed，從而使自己的工作事半功倍。 第二章 PUBMED簡單檢索技巧 一在這一章里，我們將對如何應用PUBMED這一得力助手檢索文獻，作以簡單介紹。   1當你打開瀏覽器，在地址欄內(nèi)鍵入/PubMed/ 或是http:/www.PubM/后，就進入了PUBMED檢索系統(tǒng)主頁,可以見到如下的頁面。    2在靠近頁面上部的地方，首先映入我們眼簾的，即是供我們輸入所需查詢內(nèi)容

10、的檢索框。    在檢索框中輸入查詢詞，然后單擊"go"按鈕或按回車鍵，PubMed將會自動開始檢索，并將檢索到的相關條目顯示在屏幕上。在檢索框前面，你還可以選定所要檢索內(nèi)容的數(shù)據(jù)庫范圍，除NCBI的數(shù)據(jù)庫以外，可供選擇的還有：PROTEIN, STRUCTURE, POPSET等等。    說到這里，很多人可能以為只需傻瓜式的輸入幾個字符然后回車一敲便可萬事大吉，其實不然。每個人搜索效率的高低往往存在很大差別。在這里提供以下建議僅供讀者參考：    ? 

11、明確你索要檢索的關鍵概念及詞語，即關鍵字；    ? 考慮到關鍵字的類似說法，即有可能出現(xiàn)的同義詞；    ? 通過限定DATES, STUDY GROUP等，精煉你的檢索范圍；    ? 多向有經(jīng)驗的人求教，因為不同的專業(yè)背景以及個人的差異，都有可能形成不同的方法和技巧。    3通過布爾（BOOLEAN）運算來提高你的效率    最常用的三種布爾運算即是AND,O

12、R,和NOT。    ? AND提供的運算方式即不管所輸入的兩個關鍵詞語所出現(xiàn)的位置在哪，只要他們都出現(xiàn)在索引文章的某一處，就將其列出。    ? 而OR則是將出現(xiàn)至少一個關鍵詞的文章列出，這種運算在想將相似主題的文章羅列在一起時，十分有效。    ? NOT運算可以在你的檢索范圍內(nèi)將某些不需要的部分除去。但是在使用的時候要特別注意，會有可能將一些你所需要的文章漏掉。比如當你的檢索詞為LEAD POISONING NOT CHILDREN時，除了

13、會刪除掉那些僅討論兒童的文章，同時也會刪去那些同時討論兒童及其他年齡組的文章。    4PUBMED檢索類型    通常我們所要查詢的單詞類型大致可以分為：    ? 詞語（主題）檢索 這時我們在PubMed主頁的檢索框中鍵入的是英文單詞或短語（大寫或小寫均可）。然后回車或點擊"Go"， PubMed即使用其詞匯自動轉(zhuǎn)換功能進行檢索，并將檢索結果直接顯示在主頁下方。例如：鍵入"vitamin c common cold"后回車

14、或點擊"Go"， PubMed開始檢索并將檢索結果顯示出來。    ? 著者檢索 當我們所要查詢的是著作者時， 在檢索框中鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為："著者姓 空格 名字首字母縮寫"，例如smith ja，然后回車或點擊Go，系統(tǒng)會自動到著者字段去檢索，并顯示檢索結果。    ? 刊名檢索 在檢索框中鍵入刊名全稱或MEDLINE形式的簡稱、ISSN號，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol c

15、ell, 或1059-1524，然后回車或點擊Go,系統(tǒng)將在刊名字段檢索，并顯示檢索結果。    ? 日期或日期范圍檢索 可以在檢索框中鍵入日期或日期范圍，然后回車或點擊Go，系統(tǒng)會按日期段檢索，并將符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為YYYY/MM/DD；如：1999/09/08 也可以不錄月份和日子，如：2000或1999/12。    ? 檢索期刊子集（輯） 檢索的格式為：檢索詞AND jsubseta,如：neoplasm AND jsubseta?？晒z索的期刊子庫有3種：Abri

16、dged Index Medicus(有120種重要核心期刊)、Dental和Nursing。分別使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn進行限定。    ? 檢索帶文摘的記錄 檢索的格式為：檢索詞AND has abstract, 如：liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE記錄中沒有文摘。    ? 布爾邏輯檢索 PubMed系統(tǒng)允許使用布爾邏輯檢索，只要在檢索框中鍵入布爾邏輯運算符（AND，OR或N

17、OT）。具體使用時要注意的問題，詳見上第3點所述。    5如何處理檢索結果    當你點擊GO或回車后，PubMed將會自動運行檢索命令，在屏幕的下方顯示出符合檢索要求的項目，并且在查詢框內(nèi)保留原檢索詞。此時要注意的是符合檢索要求的項目是以SUMMARY（簡要格式）顯示出來的，就是列出作者，文章題目，以及文章來源的一些信息。    在DISPLAY鍵后還可以選擇別的顯示格式，點擊DISPLAY鍵后，系統(tǒng)按所選格式全部檢索結果。    

18、如果只需要顯示其中一部分記錄，則需點擊該記錄左邊的查詢框，使標記后，再點擊Display鍵；如果只需顯示一條記錄，則可直接點擊該記錄中的作者姓名超鏈接，系統(tǒng)會自動顯示該記錄的文摘格式。    還有一點，系統(tǒng)所設定的默認值為每頁顯示20條選項，這點可以在SHOW后的下拉菜單處選擇。    如果選中所感興趣的內(nèi)容，即可進行保存，打印等等操作。PubMed系統(tǒng)允許最多可保存5000條記錄。要保存全部檢索結果時，打開Summary下拉菜單選擇其中一種格式，然后點擊Save鍵；要保存特定記錄時，點擊記錄左邊的選擇框予以標記后

19、，再點擊Save鍵。    使用瀏覽器的打印功能，即可把感興趣的內(nèi)容打印出來。系統(tǒng)允許每頁最多顯示500條記錄。如果想打印成文本格式，請先點擊Text鍵，然后再打印。    下一章我們將用幾個實例來使大家熟悉以上檢索技巧。第三章 PUBMED簡單檢索實例    在上一章里，我們已經(jīng)對如何用PUBMED來查詢我們感興趣問題的文獻。在這一章，我們可以通過幾個簡單的實例來具體熟悉PUBMED的用法。 例一     1明確所要檢索的內(nèi)容。如果我們要查詢的問題是"維

20、生素C對于普通感冒的防治作用"。首先我們應分析這一問題中的關鍵詞語，主要由"維生素C"，和"普通感冒"構成。即"VITAMIN C"和"COMMON COLD"。    2分析所要檢索的兩個相關詞語的關系。根據(jù)我們的日常生活經(jīng)驗，可以將兩個關鍵詞之間的關系定義為"AND",于是我們可以在檢索框內(nèi)鍵入"VITAMIN C AND COMMON COLD".，然后點擊"GO"，進行檢索。下面的畫面即為經(jīng)過上面檢索過程后所得到的相關

21、文章。    3以上初步檢索后所顯示的結果都以默認的SUMMER格式顯示出來，在經(jīng)過對SUMMER的閱讀后，我們可以進一步篩選文獻的內(nèi)容。如我們感興趣的是第二、三、五篇的話，選中這幾篇文獻左側的方框。如果我們想要同時看到這幾篇的ABSTRACT，在DISPLAY鍵后的下拉菜單選擇ABSTRACT，然后點擊DISPLAY。即可看到所要結果。例二   1 如果這一次我們想要查找的是與一個作者相關的文章，如這位作者的名字是Hemila h，則我們所要檢索的內(nèi)容就很明確了，是這位作者的名字Hemila h。2 在檢索框內(nèi)輸入Hemila h，

22、點擊GO鍵，屏幕上即會顯示出與這位作者相關的文獻。    3 在所列出的 39項文獻內(nèi)，我們?nèi)绻朐谝黄羶?nèi)看到所有的選項，可以在SHOW后面的下拉菜單內(nèi)選擇想要顯示的數(shù)量，如50篇。   4 在PUBMED所檢索到的文獻里，我們對第 1篇很感興趣，點擊該篇文章左側的方框，然后拉下Display鍵后的多選框，選擇文獻的顯示類型，（如Abstract-摘要，Brief-提綱 ，Citation-引言等），一般情況下，以選擇Abstract居多，這樣一目了然。在確定好顯示內(nèi)容后，點擊Display鈕，即可閱讀相關內(nèi)容了。 

23、0;  5 在確定對檢索到的內(nèi)容感興趣后，如果想把它保存下來，可以單擊Save按鍵，如果想保存在剪貼板里，即可單擊Clipboard,保存于剪貼板。點擊"文件"菜單內(nèi)的打印即可將該文打印出來。    上述是運用Pubmed進行簡單檢索的兩個實例。如果經(jīng)過上述的檢索過程，仍然不能滿足你的需要，我們可以進行較為復雜的高級檢索。在以后的幾章中，我們會詳細介紹。第四章 PUBMED高級檢索技巧   在以上兩章我們已經(jīng)掌握了如何運用初級檢索法達到檢索文獻的目的。不過在我們所要檢索的問題相對較為復雜的時候，

24、僅僅靠初級檢索就遠遠達不到需求了。為了使得我們的檢索更為準確，高效，我們可以充分利用PubMed所提供的高級檢索功能。在你進入PubMed首頁之后，在檢索框的下方，有PubMed所提供的五個重要的功能按鈕，即Limits按鈕, Preview/Index按鈕, History按鈕, Clipboard按鈕,及Details按鈕。如果你能夠充分的利用好這幾個功能按鈕，那你的檢索則很有可能事半功倍。   首先，讓我們來簡單的了解一下這幾個按鈕的主要功能。    1. Limits 按鈕當你單擊Limits按鈕后，你可以看到如下界面。（fi

25、g1）在這里可以進行以下設定：    ? 將搜索范圍設定在一個特定的域。    ? 將搜索范圍設定在特定的年齡組、性別組、人類或動物學范圍。    ? 也可以將搜索限定在某一語種出版的或某一特定的文章類型（如綜述）。    ? 設定只搜索包含摘要的文獻。    ? 設定搜索Entrez數(shù)據(jù)庫或Publication數(shù)據(jù)庫。  &

26、#160; ? 設定搜索范圍為PubMed數(shù)據(jù)庫的某一子數(shù)據(jù)庫（如Abridged Index Medicus 或AIDS相關的條目）。    例如 在All Fields域選擇下拉菜單里，你可以把搜索詞限定在一個特定的域，缺省設置是所有的域；打開下拉菜單就可以選擇所需的域名了。又如"Only items with abstracts"指只檢索那些有文摘的記錄（1975年前出版的文章的記錄中沒有文摘）    2Preview/Index 按鈕  

27、  在按下Preview/Index按鈕之后，我們可以進行的設定有：    ? 在顯示條目之前顯示所查到的文獻數(shù)。    ? 隨時通過增加查詢單詞來修改查詢方案。    ? 在特定的搜索域中向方案里加入查詢詞。    ? 從Index中查看并選擇詞語來修改查詢方案。    ? 在你修改查詢時查看方案。  &#

28、160; Preview(預覽) 使用此功能可以在顯示條目之前顯示所查到的文獻數(shù)。使用時，在輸入框中鍵入搜索詞，然后單擊Preview，PubMed返回的信息是條目的數(shù)量。    Index（索引） 使用此功能,可以從特定域中選擇以索引的單詞，并把他們加入查詢方案之中;可以查看某一個特定搜索域中詞語列表；也可以使用布爾運算符來建立一個查詢方案。    3History 按鈕    History （歷史記錄）歷史記錄中保存的是你所有的查詢方案與查

29、詢結果，只有當你運行了一次查詢之后，History中才有內(nèi)容。History屏幕將會顯示：你的查詢方案、查詢時間、查詢到的文獻數(shù)量。Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄，而使用History可以看到最近100次的查詢結果。一旦查詢數(shù)量超過100，PubMed會將最早的查詢除去，加進最新的一次查詢。如果兩次查詢內(nèi)容相同，PubMed會將頭一次的去除。    4Clipboard 按鈕    剪貼板可以幫助你保存或查看在一個或多個查詢中選擇的條目，然后就可以打印、保存、訂購剪切板中的內(nèi)容了。將條目左

30、邊的復選框選中，單擊"Add to clipboard"就可以將其加入剪切板中。當點擊 Clear History可以將History中的所有內(nèi)容清除。    剪切板中最大的儲存數(shù)是500條。而放在剪切板中的內(nèi)容如果在一小時內(nèi)沒有任何操作，將會自動消失。    5Details  按鈕    Details是用于幫助你查看PubMed的檢索策略。即在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動地轉(zhuǎn)換成了那些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。此外，

31、使用Details鍵可以對檢索策略進行編輯，然后再一次檢索。在PubMed Query框內(nèi)顯示的是PubMed實際使用的檢索策略和語法。該框下有四個區(qū)域：Result區(qū)顯示檢索結果的記錄總數(shù)，點擊這個數(shù)字，可回到檢索結果顯示屏；Translation區(qū)顯示檢索詞轉(zhuǎn)換的詳細情況；Database區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫；User Query 區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式。    要對檢索策略進行編輯可直接點擊PubMed Query框中的檢索策略，將其增加、刪除或修改后點擊Search鍵。    除了以上五個主要功能鍵以

32、外，利用PubMed提供的其他一些功能，如MeSH 等，也可以在很大一部分程度上提高我們的檢索效率。在以后的若干章里，我們將會以詳盡的筆墨來系統(tǒng)的剖析這些功能用法。第五章 PUBMED高級檢索技巧實例    在我們對如何運用PubMed進行較為復雜的檢索有了初步的了解后，我們來看幾個應用性的實例。     例一 現(xiàn)在讓我們來查找一下有關于"鋅對于兒童成長的作用"的文獻。     步驟一，我們先來對這一話題進行初步的檢索。我們確定了它的關鍵字應為"Zinc

33、Infant Growth"，把它輸入查詢框，按GO鍵進行檢索。共有492篇相關文獻。顯然如果我們對這些文獻一一打開逐項閱讀，將是一項非常繁復的工作。這時我們就需要用高級檢索的方法來減少工作量。     步驟二，如果我們所要檢索的文獻要求是反映比較新的動態(tài)進展，那么我們可以點擊功能鍵Limits按鈕.在其中的Publication Date的輸入框內(nèi)輸入FROM"2000 01 01" TO"2002 01 01".（"Entrez Date"指錄入系統(tǒng)的日期；"Public

34、ation Date"指出版日期）步驟三，如果我們進一步要求文章是用英文發(fā)表，且PubMed可以顯示出Abstract的，我們可以依照上面的方法類推，在Languages下拉菜單內(nèi)選擇English,選中"Only items with abstracts"前的方框。然后點擊GO鍵，開始檢索。共有61篇，在當前頁內(nèi)顯示出最新的20篇。（fig1）    其實，如果我們一開始就很明確所要檢索的Limits限制，以上三步其實可以合成一步完成。在此僅僅是為了方便說明問題，我們將其分開描述。    &#

35、160; 例二 還是查找有關于"鋅對于兒童成長的作用"的文獻。    如果當我們進行了很多檢索（包括上述的例一檢索）之后，我們發(fā)現(xiàn)在以前的檢索步驟中還有想要翻看的檢索的歷史，首先我們可以點擊Preview/Index按鈕。這時屏幕上將會顯示出我們檢索過的內(nèi)容。(fig2)使用History可以看到最近100次的查詢結果，而Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄。    其次，輸入我們想要看的以前那次檢索過的檢索字，如"Zinc Infant Growth"，點擊Pre

36、view按鍵，屏幕上則會顯示出以前檢索過"Zinc Infant Growth"的記錄。    如果我們要進一步修改查詢方案，可以在檢索框內(nèi)加入另外的單詞，如"iron"等,點擊Preview。依此方法我們可以繼續(xù)加入另外的詞語，點擊Preview直到你希望得到的內(nèi)容。使用這種功能可以幫助你看到以前的搜索方案與查詢結果的數(shù)量。    以上的兩個簡單實例，說明了如何應用PubMed所提供的強大功能按鈕來提高我們的檢索效率。其實在實際應用中還有很多技巧有待于我們?nèi)ヌ剿?，希望筆者的

37、介紹能起到拋磚引玉的作用，幫助你在PubMed的海洋里自在地暢游。第六章 談MeSH Browser（醫(yī)學主題詞瀏覽器）何為MeSH？     MeSH其實是Medical Subject Headings的縮略詞，即醫(yī)學主題詞，是用規(guī)范化的醫(yī)學術語來描述生物醫(yī)學概念。NIH的工作人員按MeSH詞表規(guī)定，瀏覽生物醫(yī)學期刊全文后標引出每篇文獻中的MeSH主題詞，其中論述文獻中心的主題詞稱主要主題詞（major topic headings），論述主題某一方面的內(nèi)容的詞稱為副主題詞。 那么為什么要使用醫(yī)學主題詞呢？      我們先來看個比喻，如果有人問你感冒了嗎？你會不會回答"沒有啦，我只是有點著涼發(fā)燒而已"呢？當然不會，因為你知道感冒就是著涼發(fā)燒。但一個檢索系統(tǒng)，如果你不告訴它的話，它就有可能不知道這一點。在期刊中，對于同一個概念往往可能有不同的描述形式，如Tumor和Neoplasm都是指腫瘤。當一個查詢者希望查閱腫瘤和diet(飲食)相關的文獻時，他可能會輸入Tumor，也