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文檔簡(jiǎn)介

1、近來研究 ROC,有一點(diǎn)心得,也有一個(gè)疑問。ROC 曲線理論以真陽性率(靈敏度)為縱坐標(biāo),假陽性率(1特異度)為橫坐標(biāo)繪制。各種作圖軟件的比較、軟件的下載安裝、作圖的具體步驟:(1)Excel 做的散點(diǎn)圖:(由于我們經(jīng)常使用 Excel,所以開始時(shí)覺得這個(gè)方法較容易接受。但由于 Excel畢竟不是做 ROC 曲線的專用工具,所以需要自己算出敏感度和特異度,而且無 ROC 曲線的分析。)這個(gè)方法要算出相應(yīng)的敏感度和 1-特異度的值,然后選中數(shù)據(jù)區(qū),做散點(diǎn)圖,只是做參照線(也就是對(duì)角線)的時(shí)候,有點(diǎn)麻煩,因?yàn)?Excel 的線性擬合的截距不是 0,改為 0 后,斜率不是 45。,而且沒有相應(yīng)的點(diǎn),

2、所以我是用了小聰明,拷貝了兩列特異度作為數(shù)據(jù)源,在原來的散點(diǎn)圖中添加數(shù)據(jù),畫的參照線。roc師制 3。如 50抽前 so1 帕1-特異度(2)Spss15.0 作圖結(jié)果: (只能進(jìn)行 ROC 曲線下面積 AUC的非參數(shù)估計(jì),以及找出最佳工作點(diǎn),使用該軟件的感覺有點(diǎn)像 matlab,有兩個(gè)窗口,個(gè)人感覺該軟件功能很強(qiáng)大,只是軟件的下載很費(fèi)事,要下載相應(yīng)的算號(hào)器。在安裝的過程中,使用算號(hào)器破解。)1:建立數(shù)據(jù)表(Filenewdata)輸入數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)表的界面如圖二,可以在 dataview(修改數(shù)據(jù)的數(shù)值)和variableview(修改數(shù)據(jù)的類型)之間切換。Ai*ldataforROC(3tes

3、t).savDataSet3-SPSSDFile旦出七豈白中R&taTransformGraphsUtilities也;3口口(與國與國幼幼田田淤唯六日工二嗪淤唯六日工二嗪21:Idiagnosis|test1test2test311112.70124.00241.9021104.00135.80246.003088.90149.80243.904125.70122.70260.6051123.30iS8,4G285.906I120.6014L2Q267.907y130*3013L1026g.6081129.60148.00237.809097.90130,60232,7010094.

4、90120*00221.1011I140.20140.90280,30121119.70142.10272.0013098.60133.00237.8014077.30121770209.2015139.90128.802T4.90160taViewX97.90Variable1116.60/lew/224.702:AnalyzeROCCurveTestVariable(選擇你的測(cè)試值,可以有多個(gè),本例為 testl、test2、和 test3 的比較,故選擇 3個(gè)值),StateVariable(選擇測(cè)試結(jié)果彳本例為 diagnosis)ValueState(判斷正確的取值,本例為 1)Di

5、sply 的選項(xiàng)全選。在 Output 窗口可以得到如圖所示的曲線。taltlUzf2HitiRfifAIap.eemedcalc 作圖的結(jié)果:(該軟件的界面很友好,比 spss 好用,分析功能強(qiáng)大,有詳細(xì)的 ROC 曲線的 report,作出來的圖也很漂亮,雙擊圖像可以對(duì)圖的顯示效果做調(diào)整,只是每次使用該軟件,第一次點(diǎn)擊顯示不能使用該軟件,第二次要輸入:MedCalcsn:Username:JodiHodnikProductkey:9SPP9-WA699-KY8MK-565PF 才可以使用。1:建立數(shù)據(jù)表:(和 spss 類似)2:StatisticsROCCurveROCCurveanal

6、ysis(畫一個(gè)結(jié)果的 ROC 曲線)或者 ComparisonofCurves(多個(gè)結(jié)果的比ROCCurveSaurerthrCurv*oo2。:0%Qt1-SpecificityDiifonilstirprofitedby303JHOSTJEdwojX(WOpWMS9A4RD30廿5同共刊召回疑問:在蛋白質(zhì)分類的預(yù)測(cè)結(jié)果中 test 這一列的取值是什么?為研究這個(gè)問題,我做了以下的 ROC 曲線:(ROC 也算是了解了,希望可以用到我的論文中,蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)的最終能得到一列和 test 這一列同樣性質(zhì)的值嗎?)(1)test3 和 state 取值相同時(shí),做出來的藍(lán)色的 ROC 曲線是一條最理

7、想的 ROC 曲線,(AUC=1)statedtestZtestJ11131110410890112711123111121111301113010980095011401112010990011011401098011341113811131111101ROCCurveDiagonalsegmentsareproducedbyties.SourceoftheCurvetost3tost2(2)在 statue 中輸入 20 個(gè)值(14 個(gè) 1,6 個(gè) 0,該行表示實(shí)際的判定結(jié)果,即真假樣本的個(gè)數(shù)),在 test 中輸入一些值,=20 的:判定為 0 的有 13 個(gè),判定為 1 的有 2 個(gè)。20 的:判定為

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