威海海參養(yǎng)殖池沉積物富集培養(yǎng)過程中細(xì)菌區(qū)系演替分析及新菌鑒定

1、威海海參養(yǎng)殖池沉積物富集培養(yǎng)過程中細(xì)菌區(qū)系演替分析及新菌鑒定近海海洋沉積物中海洋細(xì)菌資源豐富, 存在很多潛在功能細(xì)菌和潛在新物種,具有重要的研究價(jià)值。本文以威海榮成海參養(yǎng)殖池沉積物樣品為實(shí)驗(yàn)對象, 結(jié)合純培養(yǎng)和免培養(yǎng)測序技術(shù), 探究了樣品中細(xì)菌的群落組成以及在富集前后細(xì)菌區(qū)系的變化 , 并發(fā)現(xiàn)了 56 株潛在新物種。同時(shí) , 完成了五株海洋新菌的多相分類分析, 豐富了海洋細(xì)菌的資源。 本次富集培養(yǎng)分為兩種處理 , 一種為傳統(tǒng)的富集培養(yǎng)方法, 命名為 A 處理 , 一種是在傳統(tǒng)富集培養(yǎng)體系中添加具有捕食能力的沉積物慢生單胞菌, 命名為 F 處理。兩種處理中純培養(yǎng)和免培養(yǎng)測序結(jié)果均證明, 與富集前

2、相比 , 富集后細(xì)菌的數(shù)量顯著增加 , 多樣性有所提高。在富集培養(yǎng)過程中 , 可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性表現(xiàn)為先增加后減少 , 在第 21 天多樣性最高。本方法尤其適用于擬桿菌門, 厚壁菌門和梭桿菌門細(xì)菌類群的富集分離 ,Parcubacter/a和熱袍菌門在富集培養(yǎng)后出現(xiàn), 但對于藍(lán)藻門的分離不適用。同時(shí) , 與 A 處理相比 ,F 處理在對應(yīng)時(shí)間點(diǎn)的細(xì)菌數(shù)量和多樣性減少, 群落結(jié)構(gòu)差異明顯。據(jù)此 , 可以指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)方法的進(jìn)一步改進(jìn), 同時(shí)對擬桿菌門等特定細(xì)菌類群的分離提供借鑒意義。 另外 , 通過本次實(shí)驗(yàn)結(jié)果可知 , 在威海榮成海參養(yǎng)殖池沉積物樣品中 , 含有豐富的海洋細(xì)菌資源, 有待于進(jìn)一步開發(fā)。從

3、威海近海沉積物中分離到三株海洋新菌, 菌株編號分別是FA042T,HF004T,D2T,經(jīng)多相分類分析 , 確定 FA042T為李玄淳屬的新種 , 命名為紅色李玄淳菌 (Hyunsoonleelarubra。 HF004T為海球菌屬的新種 , 命名為海泥海球菌 (Halioglobus lutris)。D2T為卵鏈菌屬的新種 , 命名為沉積物卵鏈菌 (Catenovulum sediminis)。FA042T菌落呈紅色 , 絕對好氧菌 , 桿狀 , 沒有鞭毛 , 不能滑動。生長的最適條件是 : 溫度 33 ,pH7.0-7.5,鹽度為 2-3%。基于 16SrDNA分析結(jié)果 ,FA042T 與

4、濟(jì)州島李玄淳菌 (Hyunsoonleella jejuensis)最相近 , 相似度為95%。主要脂肪酸成分為iso-C15:0,iso-C15:1G,C15:0,iso-C17:03-OH和iso-C15:03-OH 。主要呼吸醌型為MK-6。主要極性脂為三種未知脂質(zhì), 兩種未知的氨脂和磷脂酰乙醇胺。DNAG+V含量為 38.5mol%。建議 FA042T(=KCTC42398T=MCCC 1H00110T)代表擬桿菌門李玄淳屬的新種,命名為紅色李玄淳菌 (Hyunsoonleellarubra) 。菌株 HF004T是絕對好氧菌 , 桿狀( 長 1.3-1.8 m,寬 0.4-0.6ln

5、m),不能滑動 , 革蘭氏陰性菌。生長的最適條件是 : 溫度 28 ,pH7.5-8.0,鹽度為 2-3%。通過分析16SrDNA,HF004T與海球菌屬最相近 , 相似度為 95.6%-96.1%。主要呼吸醌型為Q-8 。主要脂肪酸成分為summedfeature7c and/or iso-C15:02-OH),C17:1c8c 和 C18:17c。主要極性脂為雙磷脂酰甘油, 磷脂酰甘油和磷脂酰乙醇胺。DNA G+C含量約56.9mol%。建議 HF004T(=KCTC 42395T=MCCC 1H00127T)代表變形菌門海仙菌科海球菌屬的新種 , 命名為海泥海球菌CHalioglobus

6、 lutimaris)。菌株 D2T為絕對好氧菌 , 桿狀 , 噬瓊脂 , 側(cè)生鞭毛 , 革蘭氏陰性菌。生長最適條件是 : 溫度 37,pH7.5-8.0,鹽度為 2-3%。通過分析 16SrDNA,D2T與卵鏈菌屬最相近 , 相似度為 93.9%-96.3%。主要呼吸醌型為 Q-8。主要脂肪酸成分為7cand/oriso-C15:02-OH),C16:0,C10:03-OH,C18:17c 和 C12:0。主要極性脂為磷脂酰乙醇胺, 磷脂酰甘油和兩種氨磷脂。DNA G+C含量約40.4 mol% 。建議 D2T(=KCTC42869T=MCCC1H00129T)代表變形菌門交替單胞菌科卵鏈菌

7、屬的新種 , 命名為沉積物卵鏈菌 (Catenovulum sediminis)。從海南省陵水縣黎安港采集的紅藻表面分離到兩株海洋細(xì)菌, 分別編號為 0182T,DC003T。經(jīng)多相分類鑒定 , 確定 0182T 為藏紅花黃色線菌屬的一個(gè)新種, 命名為藻居藏紅花黃色線菌 (Crocinitomixalgico/a)。 DC003T為賴興巴赫氏菌屬的一個(gè)新種 , 命名為變色賴興巴赫氏菌(Reichenbachiellaversicolor)。菌株 0182T 為絕對好氧菌 , 沒有鞭毛 , 菌落顏色為黃色 , 革蘭氏陰性菌 , 桿狀( 長 0.9-2.5 m,寬 0.2-0.4 m)。生長最適條

8、件是 : 溫度 30,pH7.0-7.5,鹽度為 2-3%。通過分析 16SrDNA,0182T與產(chǎn)觸媒藏紅花黃色線菌最相近, 相似度為 94.6%。主要呼吸醌型為MK-7。主要脂肪酸成分為iso-C15:0,C15:0 iso-C17:03-OH和 iso-C15:1G 。主要極性脂為氨磷脂 , 兩種未知的氨脂和四種未知的磷脂。DNA G+C含量為 35.4 mol% 。建議 0182T(=KCTC 42868T=MCCC 1H00128T)代表擬桿菌門藏紅花黃色線菌科藏紅花黃色線菌屬的新種, 命名為藻居藏紅花黃色線菌 (Crocinitomixalgicola)。菌株 DC003T為絕對好氧菌 , 沒有鞭毛 , 噬瓊脂 , 革蘭氏陰性。生長最適條件是 :溫度 28,pH7.0-7.5,鹽度為 2-3%。通過分析 16SrDNA,DC003T與賴興巴赫氏菌屬最相近, 相似度為 93.1%-94.7%。主要呼吸醌型為MK-7。主要脂肪酸為7c and/oriso-C15:02-OH),C16:1 5c 和6,9c and/orCl8:0 ANTE) 。主要極性脂為三種未知脂質(zhì), 兩種氨磷