蛋白質(zhì)分析數(shù)據(jù)庫(kù)

1、表1蛋白質(zhì)相互作用分析相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)及網(wǎng)站網(wǎng)站資源類型網(wǎng)址DIP 蛋白質(zhì)相互作用INTERACT 蛋白質(zhì)相互作用ProNet 蛋白質(zhì)相互作用MIPS 蛋白質(zhì)相互作用/proj/yeast/tables/interactoin/index.htmProteome 蛋白質(zhì)相互作用Bind 蛋白質(zhì)相互作用String 基因共定位CoGs 種系發(fā)生譜蛋白質(zhì)序列分析和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 點(diǎn)擊次數(shù)： 208  發(fā)表于：2008-08-04 22:18轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明來(lái)自丁香園 來(lái)源：互聯(lián)網(wǎng) 【實(shí)驗(yàn)?zāi)康摹?1、掌握蛋白質(zhì)序列檢索

2、的操作方法； 2、熟悉蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析； 3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)，了解基于motif、結(jié)構(gòu)位點(diǎn)、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)； 4、了解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)?！緦?shí)驗(yàn)內(nèi)容】 1、使用Entrez或SRS信息查詢系統(tǒng)檢索人脂聯(lián)素（adiponectin）蛋白質(zhì)序列； 2、使用BioEdit軟件對(duì)上述蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分子質(zhì)量、氨基酸組成、和疏水性等基本性質(zhì)分析； 3、對(duì)人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行基于NCBI/Blast軟件的蛋白質(zhì)同源性分析； 4、對(duì)人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行motif結(jié)構(gòu)分析； 5、對(duì)人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)?！緦?shí)驗(yàn)方法】 1、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)

3、序列的檢索： （1）調(diào)用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Entrez網(wǎng)址（）； （2）在Search后的選擇欄中選擇protein； （3）在輸入欄輸入homo sapiens adiponectin； （4）點(diǎn)擊go后顯示序列接受號(hào)及序列名稱； （5）點(diǎn)擊序列接受號(hào)NP_004788 （adiponectin precursor； adipose most abundant gene transcript 1 Homo sapiens）后顯示序列詳細(xì)信息； （6）將序列轉(zhuǎn)為FASTA格式保存（參考上述步驟使用SRS信息查詢系統(tǒng)檢索人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列）； 2、使用Bi

4、oEdit軟件對(duì)人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分子質(zhì)量、氨基酸組成和疏水性等基本性質(zhì)分析： 打開(kāi)BioEdit軟件將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列輸入分析框點(diǎn)擊左側(cè)序列說(shuō)明框中的序列說(shuō)明點(diǎn)擊sequence欄選擇protein點(diǎn)擊Amino  Acid Composition查看該蛋白質(zhì)分子質(zhì)量和氨基酸組成； 或者選擇protein后，點(diǎn)擊Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile查看該蛋白質(zhì)分子疏水性水平； 3、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的蛋白質(zhì)同源性分析： （1）進(jìn)入NCBI/Blast網(wǎng)頁(yè)； （2）選擇Prote

5、in-protein BLAST （blastp）； （3）將FASTA格式序列貼入輸入欄； （4）點(diǎn)擊BLAST； （5）查看與之同源的蛋白質(zhì)；4、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的motif結(jié)構(gòu)分析： （1）進(jìn)入網(wǎng)頁(yè)； （2）將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；  （3）點(diǎn)擊Scan； （4）查看分析結(jié)果（注意Prosite Profile中的motif information）；5、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)： （1）進(jìn)入下列蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器網(wǎng)址： /predictprotein.html （The  PredictProtein Server）；

6、 （2）在You can欄點(diǎn)擊default； （3）填寫(xiě)email地址和序列名稱； （4）將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列貼入輸入欄點(diǎn)擊Submit； （5）從email信箱查看分析結(jié)果； 6、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)： （1）進(jìn)入h （SwissModel First Approach Mode）網(wǎng)頁(yè)； （2）填寫(xiě)email地址、姓名和序列名稱； （3）將人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列的FASTA格式序列貼入輸入欄； （4）點(diǎn)擊Send Request； （5）從email信箱查看分析結(jié)果（注：需下載軟件入rasmol查看三維圖象）?！咀鳂I(yè)】 1、提交使用上述軟件對(duì)

7、人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列進(jìn)行基本性質(zhì)分析、同源性分析、motif結(jié)構(gòu)分析以及二級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的結(jié)果； 2、相互對(duì)比結(jié)果，說(shuō)明產(chǎn)生不同結(jié)果的原因，總結(jié)進(jìn)行上述分析所需注意的關(guān)鍵事項(xiàng)。蛋白質(zhì)序列分析0 蛋白質(zhì)序列分析pfam 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)smart 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)BLOCKS 蛋白質(zhì)家族的序列保守區(qū)域 CluSTr http:/www. 將SWISS-PROT+TrEMBL蛋白自動(dòng)歸類 InterPro 蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域和位點(diǎn)的集成信息資源 PIR-ALN 蛋白質(zhì)序列聯(lián)配 PRINTS 分層的基因家族指紋 PROSITE 具有生物學(xué)意義的蛋白模式和輪廓 ProtoMap 對(duì)SWISS-PR

8、OT蛋白質(zhì)進(jìn)行自動(dòng)分類 SBASE http:/hydra.icgeb.trieste.it/kristian/SBASE/ 注釋了的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域序列   SYSTERS 基于多種資源對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分類 Emotif 蛋白質(zhì)序列模體查詢 Iproclass 注釋了的蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(kù) PFSCAN 蛋白質(zhì)序列的(profile)分析Compute pI/Mw- 蛋白質(zhì)序列的理論等電點(diǎn)、分子量的計(jì)算 CATH- 通過(guò)自動(dòng)、手動(dòng)方式進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相關(guān)性的系統(tǒng)分類，CATH是以下四個(gè)單詞的第一個(gè)字母的組合Class(類) -源于二級(jí)結(jié)構(gòu)的最高級(jí)別的分類Architecture(構(gòu)造) -獨(dú)

9、立于拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的二級(jí)結(jié)構(gòu)排列描述。 Topology(拓?fù)浣Y(jié)構(gòu))-參照已知的折疊及觀測(cè)的結(jié)構(gòu)進(jìn)行拓?fù)浞治鯤omology(同源)-結(jié)構(gòu)間相同的拓?fù)洳季帧⒉煌亩?jí)結(jié)構(gòu)（與功能相似性相關(guān)）描述 CRASP 蛋白質(zhì)序列的相關(guān)分析 FPAT 檢索分子序列數(shù)據(jù)庫(kù)模式的簡(jiǎn)易方法 Hydropathy Plot (GIF image) 繪制親疏水圖 MOTIF 蛋白質(zhì)序列模式檢索 RandSeq 隨機(jī)的蛋白質(zhì)序列生長(zhǎng)子 REPRO- 蛋白質(zhì)重復(fù)片斷識(shí)別服務(wù)器 paralign 蛋白質(zhì)、核酸序列相似性檢索 SignalP 在不同的物種中預(yù)測(cè)信號(hào)肽及酶切位點(diǎn) SIM- 由用戶定義的最佳兩序列對(duì)比 TMpred

10、- 蛋白質(zhì)跨模區(qū)預(yù)測(cè)、定位，該方法基于統(tǒng)計(jì)學(xué)結(jié)果，通過(guò)權(quán)重矩陣打分進(jìn)行預(yù)測(cè)分析 Coils 對(duì)比分析具有雙股卷曲結(jié)構(gòu)的序列同源性打分，進(jìn)而計(jì)算適于采用該結(jié)構(gòu)的序列的幾率 GuessProt 選擇SwissProt蛋白的等電點(diǎn)、分子量 MassSearch 蛋白質(zhì)消化后的聚集檢索Phospepsort 磷酸化位點(diǎn)分類 SAPS 蛋白質(zhì)序列統(tǒng)計(jì)分析 Sleuth du/pub/sleuth/data- 氨基酸構(gòu)象及可及性分析 PEDANT-http:/pedant.mips.biochem.mpg.de/frishman/pedant.html 蛋白質(zhì)提煉PROVE 蛋白質(zhì)原子體積計(jì)算 Naccess (ASA for proteins) 利用Lee & Richards方法描述分子表面性質(zhì)的計(jì)算程序，能夠計(jì)算蛋白質(zhì)的表面怎樣能準(zhǔn)確地將已知的蛋白質(zhì)序列轉(zhuǎn)化成DNA序列 急！根據(jù)物種在swissprot里面翻轉(zhuǎn)/sms2/re_trans.html用這兩個(gè)其中的一個(gè) sws里面好像默認(rèn)大腸桿菌的密碼子格式， 換了物種之后密碼子列表格式總是不對(duì)。不知道怎么整。你能給我說(shuō)詳細(xì)點(diǎn)嗎？ 我想用酵母或鳥(niǎo)類的密碼子。多謝?。?可以，http:/www.bi