生物信息學(xué)李霞

1、第一章第一章 DNADNA、RNARNA和和蛋白質(zhì)序列信息資源蛋白質(zhì)序列信息資源DNA、RNA And Protein Sequence Information Resources生物信息學(xué)（bioinformatics） 在生命科學(xué)研究中發(fā)展起來的一門由分子生物學(xué)與計(jì)算機(jī)信息處理技術(shù)相結(jié)合，以計(jì)算機(jī)為研究工具對(duì)生物信息進(jìn)行獲取、處理、儲(chǔ)存、傳播、分析、模擬和解釋的交叉學(xué)科。 生物信息學(xué)研究?jī)?nèi)容 它利用數(shù)據(jù)庫(kù)技術(shù)和軟件技術(shù)對(duì)大量積累的生物大分子序列數(shù)據(jù)進(jìn)行比較和分析，揭示出生物大分子的分子結(jié)構(gòu)、功能和進(jìn)化關(guān)系以及基因組構(gòu)成與基因表達(dá)等生物學(xué)事件對(duì)生命活動(dòng)的影響。 生物信息學(xué)研究重點(diǎn) 主要體現(xiàn)在

2、基因組學(xué)（genomics）和蛋白質(zhì)組學(xué)（proteomics）兩方面。它從核酸和蛋白質(zhì)序列出發(fā)，分析序列中與結(jié)構(gòu)、功能相關(guān)的生物信息的表達(dá)。生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) 生物信息學(xué)中的各類數(shù)據(jù)庫(kù)幾乎覆蓋了生命科學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域，如核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)，蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，蛋白質(zhì)、核酸、多糖的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)和其他種類數(shù)據(jù)庫(kù)。 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)分類 生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)種類繁多，就目前來看， 大體可以分為四個(gè)大類： 1.基因組數(shù)據(jù)庫(kù)； 2.核酸和蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)序列數(shù)據(jù)庫(kù)； 3.生物大分子（主要是蛋白質(zhì)）三維空間 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)； 4.根據(jù)以上三類數(shù)據(jù)庫(kù)和文獻(xiàn)資料為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫(kù)。也稱專門數(shù)據(jù)庫(kù)、專

3、業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)或?qū)Ｓ脭?shù)據(jù)庫(kù)。 一次數(shù)據(jù)庫(kù)一次數(shù)據(jù)庫(kù)第二節(jié) 核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)Section 2 Nucleic Acid sequence Databases 自20世紀(jì)80年代第一個(gè)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)建立以來，核酸數(shù)據(jù)庫(kù)迅速發(fā)展。在互聯(lián)網(wǎng)上不僅有核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)，還出現(xiàn)了基因組相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)、核酸三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)、基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)、人類基因突變及疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)、進(jìn)化相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)及其他與核酸有關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)。 三大核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù) GenBank EMBL DDBJ 特殊類型核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)： 非編碼RNA數(shù)據(jù)庫(kù)（ncRNA）； 表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫(kù)（dbEST）； 序列標(biāo)簽位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)（dbSTS）； miRBase ； tRNAd

4、b等。 基因組相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)： 人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)（HGD）； 基因組序列數(shù)據(jù)庫(kù)（GSDB）； 基因組在線數(shù)據(jù)庫(kù)（GOLD）等。核酸三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)： 核苷酸三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)（NDB）； 普納大學(xué)核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)（BNASDB）等。基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)： 基因表達(dá)庫(kù)（GEO）； 斯坦福微陣列數(shù)據(jù)庫(kù)（SMD）； ArrayExpress； CGED； GXD； BodyMap 等。人類基因突變及疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)： 人類基因變異數(shù)據(jù)庫(kù)（HMGD）、人類遺傳雙等位基因序列數(shù)據(jù)庫(kù)（HGBASE）、人類孟德爾遺傳在線（OMIM）、國(guó)際單體型計(jì)劃（HapMap）、人類單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù)（dbSNP）、腫瘤基因數(shù)據(jù)庫(kù)（TGD

5、B）、疾病關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫(kù)（GAD）、癌癥基因數(shù)據(jù)庫(kù)（CGAP）、人類表觀遺傳數(shù)據(jù)庫(kù)（HEP）、人類DNA甲基化與癌癥數(shù)據(jù)庫(kù)（MethylCancer）等。一、GenBank數(shù)據(jù)庫(kù) GenBank（/genbank/）是一個(gè)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)中包含了已經(jīng)公開的30萬余種不同物種生物的核酸序列，這些數(shù)據(jù)主要來源于全世界不同實(shí)驗(yàn)室和大規(guī)模測(cè)序計(jì)劃項(xiàng)目。 GenBank是具有目錄和生物學(xué)注釋的核酸序列綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，由美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館的國(guó)家生物技術(shù)信息中心構(gòu)建、維護(hù)和管理。該中心位于美國(guó)馬里蘭國(guó)家健康研究所（NIH）。GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)的序列數(shù)據(jù)來源于

6、序列發(fā)現(xiàn)者提交的序列、批量提交的表達(dá)序列標(biāo)簽（expressed sequence tag, EST）、基因組測(cè)序序列（genome survey sequence, GSS）和其他測(cè)序中心提供的高通量數(shù)據(jù)，還包括美國(guó)專利商標(biāo)局提供的已發(fā)表專利的序列數(shù)據(jù)。 GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)每天與歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)（European Molecular Biology Laboratory Nucleotide Sequence Database，EMBL）和日本的DNA數(shù)據(jù)庫(kù)（DNA Data Bank of Japan DDBJ）進(jìn)行數(shù)據(jù)交換，以保證數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容在全世界范圍的同步性。 在

7、NCBI（/）的主頁(yè)上提供了進(jìn)入GenBank的路徑、相關(guān)檢索和分析服務(wù)。 通過NCBI的檢索系統(tǒng)（Entrez）可以進(jìn)入GenBank。Entrez檢索程序整合了主要的DNA和蛋白序列數(shù)據(jù)的分類學(xué)、基因組、圖譜、蛋白結(jié)構(gòu)和結(jié)構(gòu)（功能）域信息，還包括相關(guān)的PubMed的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)信息。 BLAST程序提供GenBank和其他序列數(shù)據(jù)庫(kù)中序列相似性搜索服務(wù)。 （一）GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu) 1. 依據(jù)序列的物種來源分類 2. Genbank記錄和分類 2.1 表達(dá)序列標(biāo)簽(EST) 2.2 序列標(biāo)簽位點(diǎn)(STS)、基因組勘測(cè)序列(GSS)和環(huán)

8、境樣品序列(ENV) 2.3 高通量基因組(HTG)和高通量cDNA(HTC)序列 2.4 全基因組鳥槍測(cè)序序列(WGS) 2.5 轉(zhuǎn)錄組鳥槍組合序列 （一）GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu) 3. 特殊記錄類型 3.1 第三方注釋（TPA） 3.2 GenBank CON記錄 較小記錄組合記錄 （二）構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù) 1直接電子提交 1.1 使用BankIt提交 1.2 使用Sequin和tbl2asn提交 1.3 條形碼序列提交 2. 序列標(biāo)識(shí)符和記錄號(hào) （三）檢索GenBank數(shù)據(jù) 1. Entrez系統(tǒng) （/sites/gquery） 2. 與測(cè)序計(jì)

9、劃?rùn)z索相關(guān)的序列記錄 （/genomeprj） 3. BLAST 序列相似性搜索 （/Blast.cgi） 4. 用FTP獲取GenBank （/genbank） 二、EMBL數(shù)據(jù)庫(kù) EMBL建立于1980年，EMBL核苷序列數(shù)據(jù)庫(kù)（http:/ www.edi.ac.uk/embl/）是歐洲主要的核苷序列收集單位，歐洲生物信息中心EBI（即EMBL在德國(guó)海德堡的站點(diǎn)）維護(hù)這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。 核苷數(shù)據(jù)來自基因組測(cè)序中心、世界各地的科學(xué)家、歐洲專利局、

10、以及與合作伙伴DDBJ (Japan)和GenBank (USA)交換的數(shù)據(jù)。 三、DDBJ數(shù)據(jù)庫(kù) 日本DNA數(shù)據(jù)庫(kù)（DDBJ）是在亞洲唯一的核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)，是搜集研究者公認(rèn)的測(cè)定核酸序列的數(shù)據(jù)庫(kù)，并且發(fā)放給數(shù)據(jù)提交者國(guó)際認(rèn)證的核酸序列編號(hào)。由于DDBJ每天將搜集的數(shù)據(jù)與EMBL-Bank/EBI和GenBank/NCBI進(jìn)行交換，使得三個(gè)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)幾乎在任何時(shí)候都享有相同數(shù)據(jù)。DDBJ主要收集來自日本研究者獲得的序列數(shù)據(jù)，但也收集數(shù)據(jù)和發(fā)放編號(hào)給任何其他國(guó)家的研究者。 四、其他重要的核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù) dbEST：dbEST是GenBank中的一個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)，包含來源于不同物種的表達(dá)序列數(shù)據(jù)和表達(dá)

11、序列標(biāo)簽序列的其他信息。 ncRNAdb：非編碼RNA（non-coding RNA ncRNA）數(shù)據(jù)庫(kù)旨在提供非編碼RNA的序列和功能信息。 miRBase：miRBase序列數(shù)據(jù)庫(kù)主要存放已發(fā)表的微小RNA（microRNA miRNA)序列和注釋的數(shù)據(jù)庫(kù)。 第三節(jié) 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)Section 3 Protein Sequence Database 隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，人們獲得了越來越多關(guān)于蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)和功能的信息。世界各國(guó)的生物學(xué)家和計(jì)算機(jī)科學(xué)家合作利用這些信息構(gòu)建了蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)（二維凝膠電泳數(shù)據(jù)庫(kù)）、信號(hào)傳導(dǎo)及蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用相

12、關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)、DNA和蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)等蛋白質(zhì)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)。 常用的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)： PIR MIPS Swiss-Prot 蛋白質(zhì)功能、結(jié)構(gòu)域和蛋白質(zhì)家族有關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)： PROSITE InterPro Pfam ProDom SMART 等 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)： PDB BioMagResBank SWISS-MODEL Repository ModBase CATH SCOP ReLiBase TOPS SWISS-3DIMAGE BioImage等 蛋白質(zhì)二維凝膠電泳數(shù)據(jù)庫(kù)： WORLD-2DPAGE Phoretix links 信號(hào)傳導(dǎo)及蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)： D

13、IP INTERACT ProNet KEGG CANSITE SPAD CSNDB等 DNA和蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)：DPInteract 蛋白質(zhì)翻譯后修飾相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)：O-GlycBase、PhosphoBase、RES蛋白質(zhì)等蛋白質(zhì)一、PIR數(shù)據(jù)庫(kù) 蛋白質(zhì)信息庫(kù)（PIR）（/pirwww/）是一個(gè)支持基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)檢索和科學(xué)研究的綜合公共生物信息學(xué)資源。 PIR是由美國(guó)國(guó)家生物醫(yī)學(xué)基金會(huì)（NBRF）于1984年建立，幫助研究者確認(rèn)和解釋蛋白序列信息的數(shù)據(jù)庫(kù)。 PIR免費(fèi)為科學(xué)界提供包括蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)（PSD）在內(nèi)的蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)和

14、分析工具。 PIR信息庫(kù)資源 PIR主要數(shù)據(jù)庫(kù)： 1. UniProt-通用蛋白質(zhì)資源庫(kù) 2. iProClass-蛋白質(zhì)知識(shí)整合數(shù)據(jù)庫(kù) 3. PIRSF-蛋白質(zhì)家族分類系統(tǒng) 4. iProLINK-蛋白質(zhì)文獻(xiàn)、信息和知識(shí)整合數(shù)據(jù)庫(kù) 1.UniProt-通用蛋白質(zhì)資源庫(kù) UniProt（/）是存儲(chǔ)和鏈接其他蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)的資源庫(kù)，并且是蛋白質(zhì)序列和具有綜合功能注釋目錄的中心資源庫(kù)。使用UniprotKB可以檢索準(zhǔn)確、可靠的蛋白綜合信息。使用UniRef可以減少冗余，加速序列相似性搜索。使用UniParc可以檢索存檔序列和它們來源的數(shù)據(jù)庫(kù)。 2. iPro

15、Class-蛋白質(zhì)知識(shí)整合數(shù)據(jù)庫(kù) iProClass（/iproclass/）提供來自90多個(gè)生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的大量整合數(shù)據(jù)，包括蛋白ID圖譜服務(wù)、UniProtKB編注蛋白質(zhì)摘要描述和篩選UnParc數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)序列。使用iProClass可以檢索最新的蛋白質(zhì)綜合信息，包括：功能、轉(zhuǎn)導(dǎo)通路、相互作用、家族分類、基因和基因組、功能注釋標(biāo)準(zhǔn)體系（ontology）、文獻(xiàn)和分類學(xué)信息。使用iProClass還可以檢索ID圖譜、蛋白質(zhì)詞典和相關(guān)序列。 3. PIRSF-蛋白質(zhì)家族分類系統(tǒng) PIRSF（/pi

16、rsf/）分類系統(tǒng)概要論述家族的特征，如家族名稱、分類分布、分級(jí)和功能域結(jié)構(gòu)，以及家族成員，包括功能、結(jié)構(gòu)、傳導(dǎo)通路、功能注釋標(biāo)準(zhǔn)體系（ontology）和家族分類。利用這些信息可以獲得蛋白質(zhì)的準(zhǔn)確功能或預(yù)測(cè)的功能和該蛋白質(zhì)所屬家族成員共有的其他特征。 4. iProLINK-蛋白質(zhì)文獻(xiàn)、信息和知識(shí)整合數(shù)據(jù)庫(kù) iProLINK（/iprolink/）提供有關(guān)注釋內(nèi)容的文獻(xiàn)、蛋白質(zhì)名稱詞典和其他有助于文獻(xiàn)挖掘的人文語言處理技術(shù)開發(fā)的信息、數(shù)據(jù)庫(kù)校正、蛋白質(zhì)名稱標(biāo)記和功能注釋標(biāo)準(zhǔn)體系（ontology）。使用iProLINK可以獲得描述蛋白質(zhì)記錄的文

17、本文獻(xiàn)資源，在UniProtKB記錄（生物詞典）中加入蛋白質(zhì)或基因命名的圖譜，獲得用于開發(fā)文本挖掘算法的注釋數(shù)據(jù)集、挖掘蛋白質(zhì)磷酸化（RLIMS-P）文獻(xiàn)和獲得蛋白質(zhì)功能注釋標(biāo)準(zhǔn)體系（ontology）（PRO）信息。 二、MIPS數(shù)據(jù)庫(kù) 慕尼黑蛋白質(zhì)序列信息中心（MIPS）（http:/www.helmholtz-muenchen.de/en/mips），它的重點(diǎn)工作是基因組生物信息學(xué)，特別注重基因組信息系統(tǒng)分析，包括應(yīng)用生物信息學(xué)方法注釋基因組、表達(dá)分析和蛋白質(zhì)組學(xué)方面研究。MIPS支持和維護(hù)一系列基因組數(shù)據(jù)庫(kù)以及系統(tǒng)，可以提供細(xì)菌、真菌和植物基因組比較分析服務(wù)。在該站點(diǎn)提供基因組分析工具

18、、數(shù)據(jù)庫(kù)檢索系統(tǒng)、表達(dá)分析、蛋白相互作用等網(wǎng)絡(luò)服務(wù)。 三、其他重要的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)： PRINTS Pfam（一）PRINTS PRINTS（http:/www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/index.php）是蛋白基序指紋圖綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，每個(gè)指紋圖都是使用數(shù)據(jù)掃描程序ADSP或VISTAS序列分析軟件包反復(fù)優(yōu)化后定義的。數(shù)據(jù)庫(kù)中有兩種類型指紋圖，根據(jù)指紋圖的復(fù)雜性分為簡(jiǎn)單和復(fù)合指紋圖：簡(jiǎn)單指紋圖基本上是單一的基序，而復(fù)合指紋圖包含多個(gè)基序。 （二）Pfam 蛋白質(zhì)一般是由一個(gè)或多個(gè)功能區(qū)域組成，這些功能區(qū)域通常稱作域（domain）。在不

19、同的蛋白質(zhì)中不同的域以不同的組合出現(xiàn)，導(dǎo)致在自然界發(fā)現(xiàn)多種多樣組成成分的蛋白質(zhì)。識(shí)別出現(xiàn)在蛋白質(zhì)中的域可以了解蛋白質(zhì)的功能。 Pfam數(shù)據(jù)庫(kù)（http:/pfam.sanger.ac.uk/）是一個(gè)大的蛋白質(zhì)域家族集合，每個(gè)家族是用多序列比對(duì)和隱馬模型（HMMs）分析結(jié)果的代表。 第四節(jié) NCBI與EBISection 4 NCBI and EBI 一、NCBI的簡(jiǎn)介 二、EBI簡(jiǎn)介一、NCBI的簡(jiǎn)介 作為一個(gè)國(guó)家分子生物學(xué)信息資源，NCBI的使命是開發(fā)新的信息技術(shù)，幫助理解控制健康和疾病的基本分子和遺傳過程。特別是，NCBI肩負(fù)建立存儲(chǔ)和分析分子生物學(xué)、生物化學(xué)和遺傳學(xué)知識(shí)的自動(dòng)系統(tǒng)；提供研

20、究和醫(yī)學(xué)界使用方便的數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件；努力協(xié)調(diào)搜集國(guó)內(nèi)外生物技術(shù)信息；執(zhí)行分析生物學(xué)重要分子結(jié)構(gòu)和功能的先進(jìn)研究方法。二、EBI簡(jiǎn)介 歐洲生物信息學(xué)研究所（EMBL-EBI），是歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室（EMBL）的一部分，EMBL-EBI維護(hù)世界上最廣泛的分子數(shù)據(jù)庫(kù)。EMBL-EBI是在全球范圍內(nèi)，努力協(xié)調(diào)搜集和傳播生物學(xué)數(shù)據(jù)的歐洲節(jié)點(diǎn)，EMBL-EBI的許多數(shù)據(jù)庫(kù)是生物學(xué)家們熟知的，包括：EMBL-Bank（DNA和RNA序列）、Ensemble（基因組）、ArrayExpress（基于微陣列的基因表達(dá)數(shù)據(jù)）、UniProt（蛋白質(zhì)序列）、InterPro（蛋白家族、域和基序）、Reactome（

21、傳導(dǎo)通路）和ChEBI（小分子），新的資源幫助研究者不僅了解構(gòu)成生物體的分子部件，還了解這些部件是如何組合構(gòu)成系統(tǒng)的。 三、通過Entrez Gene從NCBI獲取序列信息 Entrez主要是用于NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)綜合的、基于文本的搜索和檢索系統(tǒng)。Entrez綜合了科學(xué)文獻(xiàn)、DNA和蛋白序列數(shù)據(jù)、3D蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)域數(shù)據(jù)、種群研究數(shù)據(jù)集、表達(dá)數(shù)據(jù)、完整基因組組裝和分類學(xué)信息，形成一個(gè)緊密鏈接的系統(tǒng)。它用于搜索NCBI鏈接數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索系統(tǒng)。 Entrez檢索系統(tǒng)子數(shù)據(jù)庫(kù) （一）Entrez Gene 檢索 Entrez Gene檢索到的記錄提供關(guān)鍵鏈接，將圖譜、序列、表達(dá)、結(jié)構(gòu)、功能、索引文獻(xiàn)和

22、同源數(shù)據(jù)鏈接在一起構(gòu)成關(guān)鍵鏈接。用定義序列、已知的圖譜定位和從表型信息推測(cè)的基因，為基因分配特有標(biāo)識(shí)符。這些標(biāo)識(shí)符在NCBI的數(shù)據(jù)庫(kù)中通用，可以用于注釋更新跟蹤和相關(guān)信息跟蹤。Entrez Gene用NCBI參考序列（RefSeqs）覆蓋了基因組，還被整合到NCBI的Entrez和E-Utilities系統(tǒng)的索引、查詢和檢索中。 NCBI檢索首頁(yè)檢索窗口的數(shù)據(jù)庫(kù)選項(xiàng)下拉菜單 檢索欄（for）輸入“IL-2 human” （二）Entrez Gene記錄顯示格式 當(dāng)進(jìn)行檢索時(shí)，檢索結(jié)果以摘要（summary）格式顯示，每頁(yè)可顯示多條記錄，摘要顯示的每條記錄前有一個(gè)選擇框，可以選擇哪些記錄需要顯示

23、。顯示內(nèi)容還包括首選名稱標(biāo)志、完整全名、雙單詞的物種名稱（在方括號(hào)中）、基因組定位和基因編號(hào)。如果基因在已命名的質(zhì)粒上，那么作為基因定位將給出質(zhì)粒名稱。右側(cè)的Links可以關(guān)聯(lián)到顯示相關(guān)的Entrez記錄，核對(duì)希望顯示的記錄，選擇灰色查詢條目中的顯示選項(xiàng)，可以顯示希望顯示的相關(guān)記錄。Entrez Gene檢索結(jié)果摘要格式顯示頁(yè)面 Entrez Gene全文報(bào)告頁(yè)面 （前部分）Entrez Gene全文報(bào)告頁(yè)面 （后部分） IL2 mRNA 的Nucleotide數(shù)據(jù)庫(kù)記錄檢索結(jié)果顯示界面 （三）Nucleotide數(shù)據(jù)庫(kù)記錄顯示格式 Nucleotide數(shù)據(jù)庫(kù)記錄的顯示結(jié)果，可以GenBank

24、、FASTA、Graphics和ASN.1格式顯示，序列信息通常用FASTA和GenBank兩種格式顯示，F(xiàn)ASTA格式僅包括該序列的簡(jiǎn)要特征，并以G、A、T、C四種堿基列出核苷酸序列，簡(jiǎn)單明了。而GenBank格式可顯示較完整的基因序列記錄，反映核苷酸序列的詳細(xì)信息。 四、通過SRS從EBI中獲取蛋白質(zhì)序列信息 SRS（http:/srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+quickSearch+-id+76e2D1aC0Ri）是世界上主要的生物信息學(xué)、基因組和相關(guān)數(shù)據(jù)整合、分析和顯示工具。SRS檢索系統(tǒng)是個(gè)開放的系統(tǒng)，可以根據(jù)不同的需要安裝不同的數(shù)據(jù)

25、庫(kù)，現(xiàn)在，安裝在EBI的數(shù)據(jù)庫(kù)有300多個(gè)。 SRS有三種檢索方式：快速檢索、標(biāo)準(zhǔn)檢索和批量檢索。SRS開始頁(yè)面 SRS快速文本檢索窗口 SRS檢索結(jié)果頁(yè)面顯示的檢索結(jié)果 SRS蛋白質(zhì)記錄詳細(xì)內(nèi)容頁(yè)面 SRS蛋白質(zhì)序列顯示窗口 SRS標(biāo)準(zhǔn)檢索頁(yè)面 SRS標(biāo)準(zhǔn)檢索頁(yè)面檢索基因名為“KRAS”蛋白序列輸入示意圖 SRS標(biāo)準(zhǔn)檢索結(jié)果輸出頁(yè)面 小 結(jié) 本章介紹了生物信息學(xué)常用的數(shù)據(jù)庫(kù)和重要網(wǎng)站，重點(diǎn)介紹了三大核酸數(shù)據(jù)庫(kù)：GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)、EMBL數(shù)據(jù)庫(kù)和DDBJ數(shù)據(jù)庫(kù)。 NCBI 的Entrez Gene將分類、基因組、圖譜、序列、表達(dá)、結(jié)構(gòu)、功能、索引文獻(xiàn)和同源數(shù)據(jù)鏈接在一起，為用戶提供了便捷的檢索方式。 EBI的SRS檢索系統(tǒng)是世界上主要的生物信息學(xué)、基因組和相關(guān)數(shù)據(jù)整合、分析和顯示工具。SRS檢索系統(tǒng)是個(gè)開放的系統(tǒng)，可以根據(jù)用戶不同的需要安裝不同的數(shù)據(jù)庫(kù)，便于用戶開發(fā)具有自己特性的操作平臺(tái)，尤其在數(shù)據(jù)分析方面，對(duì)于檢索的信息可以進(jìn)行多種方