imageJ功能簡單解析

1、1 Image Types and Formats 1.1 imagetype（此子菜單確定圖像的類型或?qū)⑵滢D(zhuǎn)換為另一種類型，所支持的轉(zhuǎn)換如下）1.1.1 8-bit轉(zhuǎn)換為256(28)個灰度級別的圖像(只有整數(shù))1.1.2 16-bit轉(zhuǎn)換為65,536(216)灰度級別的圖像(僅限整數(shù))1.1.3 32-bit轉(zhuǎn)換為4,294,967,296(232)灰度(實數(shù))的圖像，像素由浮點值表示（RGB圖像轉(zhuǎn)換為灰度使用灰色的公式=(紅+綠+藍)/ 3或灰色= 0.299×紅色+ 0.587×綠色+ 0.114×藍色）1.1.4 8-bit color 用Heckbe

2、rts median-cut color quantization algorithm將圖像轉(zhuǎn)換為8位RGB彩色圖像1.1.5 RGB color 轉(zhuǎn)換為32位RGB彩色圖像將一張彩色圖像分解為三張不同類型的彩色：1.1.6 RGB stack 轉(zhuǎn)換為3層(紅、綠、藍)堆棧1.1.7 HSB stack 轉(zhuǎn)換為3層(色相、飽和度和亮度)堆棧1.1.8 Lab stack （？）1.2 imageadjust（此子菜單包含調(diào)整亮度/對比度、閾值級別和圖像大小的命令）對于8位圖像，通過更新圖像的查找表(lookup table,LUT)來改變亮度和對比度，像素值不變。對于16位和32位的圖像，通過

3、將像素值映射到8位來顯示，像素值也保持不變。RGB圖像通過修改像素值來改變RGB圖像的亮度和對比度1.2.1 Brightness/Contrast實質(zhì)是對圖像直方圖調(diào)節(jié)（1） minimum和maximum分別改變圖像的最小值和最大值，來修改圖像的像素值范圍（2） brightness和contrast分別修改直線的斜率和截距來改變圖像的亮度和對比度（直線意義？）1.2.2 Window/Level實質(zhì)和B&C的亮度和對比度調(diào)節(jié)相同1.2.3 Color Balance對red,green,blue,cyan,magenta,yellow,all共7種顏色選項進行minimum、ma

4、ximum和brightness調(diào)節(jié)1.2.4 Threshold（only for grayscale images）設(shè)置較低和較高的閾值，將灰度圖像分割成感興趣的特征和背景（對灰度圖像直方圖進行分割）共16種閾值選取方法，3種展示方法1.2.5 Color Threshold基于色相飽和度和亮度(HSB)、紅綠藍(RGB)、Lab或YUV的24位RGB圖像閾值，分割圖像共16種閾值選取方法，3種展示方法1.2.6 Size縮放到指定的寬度和高度(以像素為單位)可選擇保持原來的長寬比可選擇在縮小圖像大小時檢查平均值，以獲得更好的結(jié)果。方法為：雙線性插值和雙三次插值1.2.7 Canvas S

5、ize更改畫布大小而不縮放實際圖像寬度和高度可以擴大或縮小選擇是否零填充，選擇零填充則邊界將填充值為零的像素，不選，邊框?qū)⒈划斍暗谋尘邦伾畛渲付ㄅf圖像在新畫布中的位置1.2.8 Line width（？）1.3 imageShow information顯示圖像的相關(guān)信息1.4 imageProperties（？）改變圖像相關(guān)屬性1.5 imageColor1.5.1 split channelsRGB圖像(或堆棧)分割為紅、綠、藍三個8位灰度圖像1.5.2 merge channels將2-7個圖像合并為RGB圖像或多通道復(fù)合圖像。使用C1-C7下拉菜單選擇頻道順序/顏色。選擇*None*

6、以跳過通道。1.5.3 channel tool（？）1.5.4 stack to RGB將兩個或三個切片堆棧轉(zhuǎn)換為RGB圖像，假設(shè)這些切片按R、G、B順序排列。堆棧必須是8位或16位灰度。1.5.5 make composite（？）將RGB圖像、2-7圖像堆棧或2-7通道超堆棧轉(zhuǎn)換為復(fù)合彩色圖像1.5.6 show LUT顯示lookup table（？）1.5.7 display LUT（？）1.5.8 edit LUT（？）1.5.9 Color picker選擇顏色1.6 imageStacks1.6.1 add slice在當前顯示的片之后插入空白片1.6.2 delete sli

7、ce刪除當前顯示的片1.6.3 next slice1.6.4 previous slice1.6.5 set slice顯示指定的片1.6.6 image to stack將兩個以上的片（不同文件）合成一個堆棧（一個文件）1.6.7 stack to image將一個堆棧（一個文件）分解為不同的片（不同文件）1.6.8 make montage將堆棧中的子文件以表格圖像形式顯示出來1.6.9 reslice（？）通過當前堆棧或超堆棧表示的圖像卷重新構(gòu)造一個或多個正交切片。在對話框底部顯示輸出堆棧的估計大小和可用內(nèi)存的數(shù)量。增加輸出間隔以減少輸出堆棧的大小。對話框允許您指定偵察結(jié)構(gòu)片的間距。1

8、.6.10 orthogonal view（？）提供當前堆棧或超堆棧的正交視圖顯示。例如，如果堆棧顯示矢狀切片，則會通過數(shù)據(jù)集顯示冠狀(YZ投影圖像)和橫向(XZ投影圖像)。兩個額外的平面視圖顯示在原始圖像旁邊的“粘貼”面板中，可以使用Shift H進行切換。這三個視圖的交點遵循鼠標點擊的位置，可以通過在XY、XZ或YZ視圖中單擊和拖動來控制。XY和XZ坐標顯示在投影面板的標題中。鼠標滾輪在所有三個視圖中改變屏幕平面。1.6.11 z project（？）沿著垂直于圖像平面(即所謂的z軸)的軸投影圖像堆棧1.6.12 3D project（？）在平面上創(chuàng)建旋轉(zhuǎn)體(堆?；虺褩?投影序列（理解：

9、生成一個關(guān)于旋轉(zhuǎn)角度3D堆棧，此堆棧是按最近點(表面)、亮點點或均值投影，或最近點投影與其他兩種方法(部分不透明度)的加權(quán)組合計算的）1.6.13 plot Z-axis profile（？）繪制ROI選擇的平均灰度值與切片數(shù)1.6.14 label 添加標簽/數(shù)字序列1.6.15 statistics stack的相關(guān)信息，如總像素點、像素均值、像素值范圍等1.6.16 animation 將stack動畫顯示（理解類似gif）1.6.17 toolCombines：堆棧合并，W1*H1*D1與W2*H2*D2合并結(jié)果為（W1+W2）*max（H1,H2）*max（D1,D2）；若啟用垂直合

10、并，則為max（W1,W2）*（H1+H2）*max（D1,D2）。用背景像素值填充空白區(qū)域Concatenate（？）：連接多個圖像或堆棧，顯示相同點Reduce：通過指定reduction factor（約數(shù)）來減少slice，eg 30slices, 2factor，reduce結(jié)果為15slicesReverse：（理解：stack序列反向）Insert：在指定的X和Y位置(像素坐標)將源圖像插入目標圖像。源和目標可以是單個映像或堆棧，但必須是相同的類型（理解：覆蓋形插入）Montage to stack（？）：montage轉(zhuǎn)換為stackMake substack：從堆棧中復(fù)制提取

11、選定的圖像，將它們按照列出的順序排列到一個新的堆棧中。如果選中從原始堆棧中刪除切片，則從源堆棧中刪除提取的切片。Grouped z project（？）：創(chuàng)建Stacksize/Groupsize切片的子堆棧，每個切片都是在Groupsize范圍內(nèi)執(zhí)行Z投影的結(jié)果。Set labels：添加標簽Remove slice labels：從堆棧中刪除切片標簽1.7 imagehyperstacks（？）1.8 imagecrop（理解：選定區(qū)域剪裁（以max長寬形式）1.9 imageduplicate（理解：復(fù)制圖片或切片或選擇區(qū)域）1.10 imagerename1.11 imagescale

12、（理解：按比例調(diào)整圖像或當前區(qū)域選擇的大?。?.12 imagetransformflip Horizontally：水平翻轉(zhuǎn)（x軸）flip Vertically：垂直翻轉(zhuǎn)（y軸）filp Z：繞z軸翻轉(zhuǎn)rotate 90 degrees right：向右旋轉(zhuǎn)90度rotate 90 degrees left：向左旋轉(zhuǎn)90度rotate：對話框指定順時針旋轉(zhuǎn)角度translate：沿xy移動對應(yīng)像素點rotate和translate空白處可選擇用背景像素值填充bin：按xy對應(yīng)收縮系數(shù)縮小圖像，可選擇按均值、中值、max、min、sum方式為像素點賦值image to results：顯示圖

13、像像素值矩陣，RGB圖像,每個像素使用公式轉(zhuǎn)換為灰度灰色=(紅+綠+藍)/ 3或灰色的公式= 0.299×紅色+ 0.587×綠色+ 0.114×藍色results to image：根據(jù)矩陣顯示成32-bit圖像1.13 imagezoomin：放大窗口（圖像像素點不變）out：縮小窗口original scale：按原始度量顯示窗口view 100%：使用100%放大顯示圖像(1個圖像像素= 1個屏幕像素)set：設(shè)置放大比例1.14 imageoverlay（？）非更改式圖像覆蓋1.15 imagelookup tablesinvert LUT：翻轉(zhuǎn)當前LU

14、Tapply LUT：（？）some LUTs：替換LUT，以選擇的LUT顯示圖像2 Process 圖像處理相關(guān)命令2.1 processsmooth：3*3 average平滑2.2 processsharpen：增加對比度和突出圖像或選擇的細節(jié)，3*3權(quán)重矩陣為 -1 -1 -1 -1 -12 -1 -1 -1 -12.3 processfind edges：sobel邊緣檢測 1 2 1 1 0 1 0 0 0 2 0 2 1 2 1 1 0 1 兩個3*3的卷積核得到垂直邊緣和水平邊緣2.4 processfind maximal：在對應(yīng)范圍內(nèi)找到最大值并標記2.5 processe

15、nhance contrast：通過直方圖拉伸或直方圖均衡化來增強圖像對比度2.6 processnoiseadd noise：為圖像添加隨機噪聲，噪聲高斯分布，均值為0，標準差為25add special noise：添加高斯噪聲，其平均值為零，并選擇一個標準差salt and pepper：在圖像中添加鹽和胡椒噪聲，或者通過隨機將2.5%的像素替換為黑色像素，2.5%替換為白色像素。這個命令只適用于8位圖像despeckle：中值濾波器remove outliners：如果一個像素偏離中值超過某個值(閾值)，則用周圍像素的中值替換該像素。需選擇區(qū)域大小，選擇偏離量（閾值），選擇左偏被替換還

16、是右偏被替換remove NaNs：區(qū)域中值替換32位(浮點)圖像中的NaN(非數(shù)字)像素2.7 processshandows產(chǎn)生陰影效果northsoutheastwest1 2 1-1 -2 -1-1 0 11 0 -10 1 00 1 0-2 1 22 1 -2-1 -2 -11 2 1-1 0 11 0 -12.8 processbinary二值圖像命令make binary：轉(zhuǎn)換為二值圖convert to mask：（？）erode：從二值圖像中刪除對象邊緣的像素dilate：將像素添加到二值圖像中對象的邊緣open：執(zhí)行腐蝕操作，然后擴張。這將平滑對象并刪除孤立的像素close

17、：執(zhí)行擴張操作，然后腐蝕。這將平滑對象并填充空缺outline：生成1像素寬的輪廓fill holes：背景填充（？）skeletonize：可重復(fù)地從二值圖像中對象的邊緣刪除像素，直到它們被還原為單個像素寬的形狀(拓撲骨架)distance map：從二值圖像生成歐幾里德距離圖ultimate points：從二值圖像中生成歐幾里德距離圖的最終腐蝕點(UEPs)。最終腐蝕點是EDM的最大值watershed：分水嶺分割（？）voronoi：（？）2.9 processmathaddsubtractmultiplydivideandorxormin：小于常數(shù)的值被常數(shù)替換maxgamma：f(

18、p)=(p/255)*255，RGB圖像分channel計算set：用指定的值填充圖像或選擇區(qū)域log：f(p)=ln(p)*255/ln(255)，RGB圖像分channel計算expsquaresquare rootreciprocal：32位浮點數(shù)圖像，f(p)=1/pNaN Background：將非閾值區(qū)域像素點設(shè)置為NaNAbsMacro：使用用戶指定的表達式執(zhí)行圖像運算2.10 processFFTfft：invert fft：ifftredisplay power spectrum：功率譜計算bandpass filter：帶通濾波器custom filter：用戶自定義濾波器FD math：關(guān)聯(lián)、卷積、反卷積（？）Swap quadrants：（？）2.11 processfiltersconvolve：使用輸入到文本區(qū)域的內(nèi)核進行空間卷積Gaussian Blur：使用高斯函數(shù)平滑Gaussian