常用化學(xué)軟件.

1、Exit常用化學(xué)軟件及其應(yīng)用常用化學(xué)軟件及其應(yīng)用Exit 參考書籍參考書籍1 沈勇，張大經(jīng)，鄭康成編著. 現(xiàn)代化學(xué)信息基礎(chǔ)教程.廣州：中山大學(xué)出版社，20002 繆強(qiáng) 編著.化學(xué)信息學(xué)導(dǎo)論.北京：高等教育出版社，2001 3葉衛(wèi)平，方安平，于本方. Origin7.0 科技繪圖及數(shù)據(jù)分析.北京：機(jī)械工業(yè)出版社.2004 4郝紅偉，施光凱. Origin6.0實(shí)例教程. 北京：中國電力出版社，2000 5 吳功宜，吳英編著. Internet 基礎(chǔ). 北京：清華大學(xué)出版社，2000 Exit 6周劍平編著.精通Origin 7.0.北京：北京航空航天出版社.2004 7 胡立江等編著. 精通Ch

2、emDraw. 北京：清華大學(xué)出版社，2002 10 俞慶森，朱龍觀編著.分子設(shè)計導(dǎo)論.北京：高等教育出版社，2000 8趙文元，王亦軍編著.計算機(jī)在化學(xué)化工中的應(yīng)用技術(shù).北京：科學(xué)出版社.2001 9 邵學(xué)廣，蔡文生編著.化學(xué)信息學(xué).北京：科學(xué)出版社.2001Exit緒論緒論 （一）內(nèi)容與特色（一）內(nèi)容與特色 內(nèi)容重點(diǎn)介紹origin 、chemwindow、chemsketch、以及ChemOffice（chemdraw、chem3D、chemfinder）等常用化學(xué)圖文處理軟件及其應(yīng)用，著重介紹這些軟件的基本功能以及基本使用技巧。 這些內(nèi)容是撰寫化學(xué)論文或相關(guān)學(xué)科論文必不可少的計算機(jī)應(yīng)用

3、技術(shù)，也是進(jìn)行計算機(jī)功能分子設(shè)計、電子結(jié)構(gòu)與性質(zhì)分析的重要基礎(chǔ)。 Exit （二）目的要求（二）目的要求 1、重點(diǎn)掌握origin 、chemwindow、chemsketch、chemdraw等常用化學(xué)圖文處理軟件的使用技術(shù) 2.能靈活繪制化學(xué)及其它相關(guān)學(xué)科論文所需要的各種類型的化學(xué)分子式、分子圖、反應(yīng)式、軌道圖、能級圖、實(shí)驗(yàn)裝置圖、化學(xué)工藝流程圖等；會靈活應(yīng)用這些軟件進(jìn)行科學(xué)準(zhǔn)確的作圖，合理的分析和處理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。Exit 2、學(xué)會一些基本的作圖方法和作圖技巧，進(jìn)行分子的電子結(jié)構(gòu)與相關(guān)性質(zhì)的計算。 3、綜合應(yīng)用上述軟件，進(jìn)行簡單的分子設(shè)計及化學(xué)反應(yīng)機(jī)理分析。 4、學(xué)會利用國際互聯(lián)網(wǎng)，對不斷新

4、推出的國內(nèi)外化學(xué)軟件進(jìn)行跟進(jìn)并進(jìn)行知識更新；善于利用互聯(lián)網(wǎng)的一切化學(xué)網(wǎng)絡(luò)資源。Exit第一章 常用化學(xué)軟件介紹 計算機(jī)作為一種化學(xué)學(xué)習(xí)和研究的工具有著不可替代的作用?；瘜W(xué)軟件發(fā)展迅猛。 本章介紹一些常用的能在PC機(jī)上使用的化學(xué)類軟件，方便同學(xué)們在學(xué)習(xí)和研究中做出有效、快速的選擇。 Exit化學(xué)軟件的分類化學(xué)軟件的分類 化學(xué)綜合軟件 化合物結(jié)構(gòu)繪制 圖譜分析 化學(xué)工程 化學(xué)化工計算 分子模型 化學(xué)教育 Exit 分子繪制，模擬與計算軟件 質(zhì)譜軟件質(zhì)譜軟件 化學(xué)貼圖軟件 化學(xué)數(shù)據(jù)庫化學(xué)數(shù)據(jù)庫 層析軟件 生物化學(xué)生物化學(xué) 材料科學(xué)材料科學(xué) 普通，有機(jī)，合成和分析化學(xué)軟件普通，有機(jī)，合成和分析化學(xué)軟件

5、Exit 分子繪制，模擬與計算（Molecular modelling ，drawing） Alchem2000 v.2.0 Tripos公司開發(fā)的分子三維結(jié)構(gòu)模擬與計算軟件。 ChemOffice 2002 化學(xué)家桌面辦公軟件，分子結(jié)構(gòu)繪制，模擬，數(shù)據(jù)庫管理及搜索引擎等。 Chemistry 4-D Draw Standard & Pro 分子結(jié)構(gòu)(4D)繪制軟件。 MolSuite2000 分子三維結(jié)構(gòu)模擬，物理性質(zhì)計算，統(tǒng)計學(xué)分析，數(shù)據(jù)庫開發(fā)及管理。 Molecular Analysis Pro 研究分子生物活性和化學(xué)結(jié)構(gòu)及物理性質(zhì)之間的關(guān)系。 ChemSite 三維分子模擬程序

6、，模擬有機(jī)和生物分子的動力學(xué)行為。Exit ChemSite Pro 除了ChemSite 的全部功能外，還增加了晶體創(chuàng)建功能，包括離子型、金屬、共價型和分子型晶體等。 Molecular Modeling Pro 一個先進(jìn)的分子模擬程序。 ChemDraw 6.0 化學(xué)結(jié)構(gòu)和化學(xué)貼圖繪制，結(jié)構(gòu)核磁位移分析等。 Chem3D 6.0 分子3D結(jié)構(gòu)模擬和計算軟件。 ChemSketch 5.0 化學(xué)畫圖用軟件包，可用于畫化學(xué)結(jié)構(gòu)、反應(yīng)和圖形。也可用于設(shè)計與化學(xué)相關(guān)的報告和演講材料。 ISIS/Draw 2.4 一個智能的化學(xué)繪圖軟件包。Exit質(zhì)譜軟件（Mass Spectroscopy Sof

7、tware） NIST/EPA/NIH Mass Spectral Database ChemSite Pro for NIST Elemental Formula Calculator Enzyme Kinetics!ProTM GC, GC/MS File ManagerTM Interactive Training - Mass Spec Module Mass Spec CalculatorTM Version 3 MassSpec CalculatorTM Professional Mass Spec ToolsTM Mass Spectrometrists Periodic Tab

8、le Isotope Ratio Calculator Elemental Composition Workshop Mass Series Calculator Simple Electrospray CalculatorExit (Chemical Clip Art) ChemArt Deluxe Clip Art 玻璃器具貼圖軟件，種類齊全，采用矢量圖像，調(diào)整圖片比例或方向，能保持原圖質(zhì)量。 ChemArt History Collection 化學(xué)歷史圖片庫，有古代化學(xué)家肖像，試驗(yàn)設(shè)備，試驗(yàn)場景圖片等。 Chemistry Photo Art 化學(xué)照片圖庫，每一個照片都提供四種分辨率供

9、你選擇。 Chrom/PrepTM Clip Art 色譜用器具圖片庫，如果你從事色譜研究和教學(xué)工作，就應(yīng)該選擇 Chrom/PrepTM Clip Art ！ GlasTronixTM Clip Art 實(shí)驗(yàn)室器具圖片庫，用相關(guān)玻璃器件圖片可方便地組合成任意一種基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)裝置。 SafetyArtTM Deluxe Clip Art 安全防護(hù)圖片庫，共計有600幅專業(yè)級的圖片，全色彩，涉及大多數(shù)重要的安全防護(hù)題材。Exit化學(xué)數(shù)據(jù)庫（Chemical Databases） AgroSynTM Pesticide Synonym Database Chemical Structure &

10、 Information Databases Chem Sources USA Chem Sources-International Gardners Chemical Synonyms & Trade Names Electronic Handbook Juice Products Analytical Database Merck Index Electronic version NutriChemTM Lab Database -Food Nutrient & Chemical Element Database Periodic Table Database Period

11、ic Table Excel Prescription Drug Database SynapseTMChemical Library Exit Adhesive Chemicals and Compounding Ingredients Chemical Manufacturers Electronic Directory of Trade Name Products Fillers, Extenders, and Diluents Electronic Handbook Food Packaging Chemicals and Materials Green Chemicals Elect

12、ronic Handbook Industrial Chemical Additives Electronic Handbook Industrial Surfactants Electronic Handbook Specialty Chemicals Electronic Source Book Cosmetics & Personal Care Additives Electronic Handbook Food Additives Electronic Handbook Paints & Coatings Raw Materials Electronic Handboo

13、k Pharmaceutical Additives Electronic Handbook Plastic and Rubber Additives Electronic Handbook Exit層析軟件（Chromatography Software） CESARTM 毛細(xì)管電泳模擬與優(yōu)化應(yīng)用軟件。 Chromatography EquationsTM 色譜計算軟件，包括氣相色譜、液相色譜和離子色譜。 ChromViewTM 把GC和GC-MS高分辨率圖片數(shù)據(jù)輸入到其它 Windows 應(yīng)用程序,如：MS Word，Excel，或Powerpoint。 Gas Chromatograph

14、y Simulation & Optimization Software 氣相色譜模擬和優(yōu)化軟件。 GC and GCMS File TranslatorTM 氣相色譜和氣質(zhì)聯(lián)用色譜文件轉(zhuǎn)換軟件。 GC and GCMS File TranslatorTM Professional Version 氣相色譜和氣質(zhì)聯(lián)用色譜文件轉(zhuǎn)換專業(yè)版。 HPLC Calculations Assistant & Reference Tools 高效液相色譜計算助手和相關(guān)工具。 HPLC OptimizationTM 高效液相色譜優(yōu)化軟件，用于優(yōu)化HPLC條件，如isocrate溶劑和梯度洗脫。

15、Exit Interactive TrainingTM 交互式培訓(xùn)軟件，包括 以下幾個部分： Atomic Absorption Spectrometry 交互式原子吸收光譜分析培訓(xùn)軟件。 Gas Chromatography 交互式氣相色譜培訓(xùn)軟件。 Advanced Interactive Gas Chromatography Training 高級交互式氣相色譜培訓(xùn)軟件。 High Performance Liquid Chromatography 交互式高效液相色譜分析培訓(xùn)軟件。 Inductively Coupled Plasma Spectrometry 交互式感應(yīng)耦合等離子體光譜

16、分析培訓(xùn)軟件。 Advanced Inductively Coupled Plasma Spectrometry 交互式高級感應(yīng)耦合等離子體分析培訓(xùn)軟件。 Mass Spectrometry 交互式質(zhì)譜分析培訓(xùn)軟件。 Statistics for Analytical Chemists 適用于分析化學(xué)者的交互式統(tǒng)計學(xué)培訓(xùn)軟件。Exit生物化學(xué) （Biochemistry ） Amino Acid DatabaseTM Enzyme Kinetics!Pro Fluorescence DatabaseTM GAPTM - Gel Alignment Program (SDS Page Gels)

17、 GPMAWTM - General Protein Mass Analysis for Windows IsoPointTM Peptide CompanionTM pH ProfileTM Protein ToolsTMExit材料科學(xué)（Material Science） Alchemy 2000 by TriposTM ChemSite Pro HSC Chemistry TAPPTM Thermochemical and Physical Properties Reaction EquationsHeat Balances Equilibrium CompositionsFormula

18、 Weights Phase Stability DiagramsEh - pH - DiagramsExit普通，有機(jī)，合成和分析化學(xué)軟件 （General, Organic, Synthetic & Analytical Chemistry ） Buffer MakerTMCertificate of Analysis (COATM) BuilderCHEMiCALC -Calculator for ChemistsDetection LimitsDilCalcTMExpert Laboratory SolutionsTMFlavor, Fragrance and Odor Sim

19、ulatorHaackerCalcTM - Elemental Composition CalculatorHeat Capacities of GasesMolecular Weight CalculatorLaboratory Document Control System -Create SOPs Using Built-in TemplatesQC-ThermTMRadCalcReaction KineticsReact-ItTMStoichiometryUV Max EstimateTMExit 第一節(jié)第一節(jié) 化學(xué)結(jié)構(gòu)式編輯軟件化學(xué)結(jié)構(gòu)式編輯軟件 有關(guān)化學(xué)結(jié)構(gòu)式編輯的軟件既有商品的，

20、亦有對教育界及家用免費(fèi)的。 其功能主要是描繪化合物的結(jié)構(gòu)式、化學(xué)反應(yīng)方程式、化工流程圖、簡單的實(shí)驗(yàn)裝置圖等化學(xué)常用的平面圖形的繪制。Exit 常見的這類軟件有：ChemDraw, ChemWindow, ISIS Draw, ChemSketch等。前兩個為商業(yè)軟件，有關(guān)它們的資料可以查閱各自的網(wǎng)站 http:/ 和http:/， 最新版本分別為6.0和6.5。 后兩個對教育界及家用為免費(fèi)軟件，可以在它們各自的網(wǎng)站 http:/ 和http:/ 上下載，最新版本分別為2.2和4.0。Exit ChemDraw為當(dāng)前最常用的結(jié)構(gòu)式編輯軟件，除了以上所述的一般功能外，其ultra版本還可以預(yù)測分子

21、的常見物理化學(xué)性質(zhì)如：熔點(diǎn)、生成熱等；對結(jié)構(gòu)按IUPAC原則命名；預(yù)測質(zhì)子及碳13化學(xué)位移等。 ChemWindow的一個最突出的特點(diǎn)是與光譜的結(jié)合，它的6.5 Spectroscopy 版本包括了一個約五萬張13C NMR 的數(shù)據(jù)庫(達(dá)250兆)，因而其預(yù)測更加精確；除了根據(jù)化合物的結(jié)構(gòu)預(yù)測13C NMR化學(xué)位移外，還能預(yù)測紅外圖譜、質(zhì)譜等，更可以讀入標(biāo)準(zhǔn)格式的NMR、IR、Raman、UV及色譜圖。 Exit 第二節(jié)第二節(jié) 三維結(jié)構(gòu)顯示與描繪軟件三維結(jié)構(gòu)顯示與描繪軟件 比較有名的有：Chem3D, WebLab Viewer Pro, RasWin, ChemBuilder 3D, Che

22、mSite等，它們都能夠以線圖(wire frame), 球棍(ball and stick), CPK及絲帶(ribbon)等模式顯示化合物的三維結(jié)構(gòu)。 其中的RasWin和WebLab Viewer的Lite版只能顯示而無法編輯三維分子模型，為免費(fèi)軟件，RasWin可以在幾乎所有的化學(xué)軟件站點(diǎn)找到，WebLab Viewer的下載地址為http:/Exit Chem3D同ChemDraw一樣，是ChemOffice的組成部分，它能很好地同ChemDraw一起協(xié)同工作，ChemDraw上畫出的二維結(jié)構(gòu)式可以正確地自動轉(zhuǎn)換為三維結(jié)構(gòu)。它的ultra版本還包括了一個很好的半經(jīng)驗(yàn)量子化學(xué)計算程序M

23、OPAC 97，并能與著名的從頭計算程序Gaussian98連接，作為它的輸入、輸出界面。能夠以三維的方式顯示量子化學(xué)計算結(jié)果，如：分子軌道、電荷密度分布等。 Exit 第三節(jié)第三節(jié) 數(shù)據(jù)處理軟件數(shù)據(jù)處理軟件 化學(xué)中的數(shù)據(jù)處理多種多樣，對不同的數(shù)據(jù)處理要求宜采用不同的軟件完成。 通用型的軟件如：Origin, SigmaPlot等可以根據(jù)需要對實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)學(xué)處理、統(tǒng)計分析、付立葉變換、t-試驗(yàn)、線性及非線性擬合；繪制二維及三維圖形如：散點(diǎn)圖、條形圖、折線圖、餅圖、面積圖、曲面圖、等高線圖等。 Origin的最新版本為7.0，其演示版可以從http:/下載，SigmaPlot的最新版本為200

24、0, 其評估版可以從http:/下載。 Exit 核磁數(shù)據(jù)處理軟件核磁數(shù)據(jù)處理軟件有：NUTS、MestRe-C、Gifa等； NUTS可以處理一維及二維核磁數(shù)據(jù)，其功能包括付立葉變換、相位校正、差譜、模擬譜、勻場練習(xí)等幾乎所有核磁儀器操作軟件的功能；其演示版在http:/下載；Exit MestRe-C為處理一維核磁數(shù)據(jù)的免費(fèi)軟件，功能完善。其最新版本為2.3，有興趣可在 http:/qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html處查看有關(guān)信息即下載； Gifa可以處理一至三維核磁數(shù)據(jù)，為運(yùn)行在LINUX操作系統(tǒng)中X-Window上的免費(fèi)軟件，有關(guān)信

25、息可查看http:/www.cbs.univ montp1.fr/GIFA/Exit 第五節(jié)第五節(jié) 圖譜解析軟件圖譜解析軟件 解析有機(jī)化合物的紅外、核磁及質(zhì)譜有時是一件非常困難的工作，特別是復(fù)雜化合物的圖譜解析更是這樣。 核磁圖譜的解析可以先利用ChemNMR, C13 Module for ChemWindow, gNMR等軟件對目標(biāo)化合物的化學(xué)位移進(jìn)行估算或作出模擬譜，用以協(xié)助對該化合物圖譜的指認(rèn)。Exit ChemNMR為ChemDraw Ultra版本的一個插件，可以用來估算大多數(shù)有機(jī)物的1H、13C化學(xué)位移及用線圖表示的相應(yīng)圖譜， C13 Module for ChemWindow為ChemWindow的一個插件，可以用來估算大多數(shù)有機(jī)物的13C化學(xué)位移，Exit gNMR則可用來估算任何NMR活性核的化學(xué)位移，并能畫出非常逼真的圖譜，該軟件包所帶的幾個工具(gSPG, gCVT)亦可用來處理一維核磁圖譜數(shù)據(jù)，并能與模擬譜進(jìn)行比較，有關(guān)該程序的信息及演示版可以查閱http:/ 二維核磁的解析可以使用Sp