計(jì)算機(jī)模擬進(jìn)行分子對(duì)接

1、計(jì)算機(jī)模擬進(jìn)行分子對(duì)接北京市陳經(jīng)綸中學(xué) 王子巍、王喆 學(xué)科：信息學(xué)化學(xué)【內(nèi)容摘要】所謂分子對(duì)接就是受體和底物之間通過(guò)能量匹配和幾何匹配而互相識(shí)別的過(guò)程。分子對(duì)接在超分子建筑學(xué)和藥物設(shè)計(jì)中都具有非常重要的意義，運(yùn)用分子對(duì)接我們可以揭示超分子體系的結(jié)構(gòu)和形成過(guò)程。分子對(duì)接主要研究分子間（即配體和受體）相互作用，并且預(yù)測(cè)并計(jì)算結(jié)合模式和親和力的一種理論模擬方法。近年來(lái)，分子對(duì)接方法已成為計(jì)算機(jī)輔助藥物研究領(lǐng)域的一項(xiàng)重要技術(shù)，在數(shù)據(jù)庫(kù)搜索，組合庫(kù)設(shè)計(jì)及蛋白作用研究方面得到廣泛發(fā)展因此分子對(duì)接具有極強(qiáng)的相士意義和發(fā)展前景【關(guān)鍵詞】 分子對(duì)接 Docking Autodock1、前言：分子對(duì)接這一想法的歷

2、史可以追溯到19世紀(jì)提出的受體學(xué)說(shuō)，F(xiàn)isher提出的受體學(xué)說(shuō)認(rèn)為，藥物與體內(nèi)的蛋白質(zhì)大分子即受體會(huì)發(fā)生類似鑰匙與鎖的識(shí)別關(guān)系，這種識(shí)別關(guān)系主要依賴兩者的空間匹配。隨著受體學(xué)說(shuō)的發(fā)展，人們對(duì)生理活性分子與生物分子的相互作用有了更加深刻的認(rèn)識(shí)，從基于空間匹配的剛性模型逐漸發(fā)展成為基于空間匹配和能量匹配的柔性模型。模型的優(yōu)化使通過(guò)計(jì)算模擬分子間相互作用的設(shè)想更容易實(shí)現(xiàn)。另一方面，計(jì)算機(jī)和計(jì)算科學(xué)的迅速發(fā)展又使得人們能夠處理大量數(shù)據(jù)，這兩方面的因素共同促成了分子對(duì)接方法的出現(xiàn)。 早期的分子對(duì)接方法用分子力學(xué)方法或者量子化學(xué)方法計(jì)算小分子之間分子識(shí)別，在一些分子模擬軟件包中也含有分子對(duì)接的模塊。但是由

3、于算法和計(jì)算機(jī)處理能力的限制，早期的對(duì)接方法較難處理含有大分子的分子對(duì)接過(guò)程。 1995年由Accelrys公司開(kāi)發(fā)的計(jì)算化學(xué)軟件Affinity上市，這是第一個(gè)可以進(jìn)行有大分子參與的商業(yè)化分子對(duì)接軟件，此后，商業(yè)化和免費(fèi)的分子對(duì)接軟件層出不窮?，F(xiàn)在應(yīng)用中的分子對(duì)接軟件涵蓋了剛性對(duì)接、半柔性對(duì)接、柔性對(duì)接等各種對(duì)接方法，在能量?jī)?yōu)化方面則使用了人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、遺傳算法、模擬退火、禁忌搜索、局部搜索等各種方法，目前的分子對(duì)接方法是研究小分子與大分子相互作用模式、生物大分子間識(shí)別、分子自組裝、超分子結(jié)構(gòu)等課題的常用方法之一。 分子對(duì)接方法的兩大課題是分子之間的空間識(shí)別和能量識(shí)別?？臻g匹配是分子間發(fā)生相

4、互作用的基礎(chǔ)，能量匹配是分子間保持穩(wěn)定結(jié)合的基礎(chǔ)。對(duì)于幾何匹配的計(jì)算，通常采用格點(diǎn)計(jì)算、片斷生長(zhǎng)等方法，能量計(jì)算則使用模擬退火、遺傳算法等方法。 各種分子對(duì)接方法對(duì)體系均有一定的簡(jiǎn)化，根據(jù)簡(jiǎn)化的程度和方式，可以將分子對(duì)接方法分為三類。 剛性對(duì)接：剛性對(duì)接方法在計(jì)算過(guò)程中，參與對(duì)接的分子構(gòu)像不發(fā)生變化，僅改變分子的空間位置與姿態(tài)，剛性對(duì)接方法的簡(jiǎn)化程度最高，計(jì)算量相對(duì)較小，適合于處理大分子之間的對(duì)接。 半柔性對(duì)接：半柔性對(duì)接方法允許對(duì)接過(guò)程中小分子構(gòu)像發(fā)生一定程度的變化，但通常會(huì)固定大分子的構(gòu)像，另外小分子構(gòu)像的調(diào)整也可能受到一定程度的限制，如固定某些非關(guān)鍵部位的鍵長(zhǎng)、鍵角等，半柔性對(duì)接方法兼顧

5、計(jì)算量與模型的預(yù)測(cè)能力，是應(yīng)用比較廣泛的對(duì)接方法之一。 柔性對(duì)接：柔性對(duì)接方法在對(duì)接過(guò)程中允許研究體系的構(gòu)像發(fā)生自由變化，由于變量隨著體系的原子數(shù)呈幾何級(jí)數(shù)增長(zhǎng)，因此柔性對(duì)接方法的計(jì)算量非常大，消耗計(jì)算機(jī)時(shí)很多，適合精確考察分子間識(shí)別情況。2、可行性與優(yōu)勢(shì)分子對(duì)接的目的是找到底物分子和受體分子間的最佳結(jié)合位置，所以要面對(duì)的重要問(wèn)題是如何找到最佳的結(jié)合位置和如何確定對(duì)接分子間的結(jié)合強(qiáng)度。  如何找到最佳的結(jié)合位置牽涉到優(yōu)化的問(wèn)題。底物分子和受體分子都是可以自由轉(zhuǎn)動(dòng)和平動(dòng)的，同時(shí)兩個(gè)分子自身的構(gòu)象也存在變化，因此它們之間可能的結(jié)合方式是非常復(fù)雜的，所以簡(jiǎn)單的系統(tǒng)搜索方法是不夠的，要引入其

6、他高效的優(yōu)化方法，常用的有遺傳算法、模擬退火以及禁忌搜索等。如何確定對(duì)接分子間的結(jié)合強(qiáng)度涉及到底物分子和受體分子間結(jié)合能力的預(yù)測(cè)，牽涉到結(jié)合自由能的計(jì)算。結(jié)合自由能包括以下幾個(gè)方面的貢獻(xiàn):1 受體分子和底物分子氣態(tài)下分子對(duì)接過(guò)程的自由能變化，約為對(duì)接過(guò)程中的焓變;2 受體分子、底物分子以及復(fù)合物分子的溶劑化自由能；3 對(duì)接過(guò)程中的熵變。在這幾項(xiàng)中，氣態(tài)下分子對(duì)接過(guò)程的焓變可以通過(guò)分子力學(xué)的方法簡(jiǎn)單求算，但去溶劑化能準(zhǔn)確而快速的求算還存在一定的問(wèn)題，不過(guò)熵變的計(jì)算可能是最大的問(wèn)題，因?yàn)樗挠?jì)算需要耗費(fèi)大量時(shí)間，而在實(shí)際的應(yīng)用設(shè)計(jì)過(guò)程中，研究人員總是希望能快速篩選成千上萬(wàn)的分子。所以目前采用的是較

7、為簡(jiǎn)單的自由能評(píng)價(jià)方法。 AUTODOCK是Scripps的Olson科研小組開(kāi)發(fā)的分子對(duì)接軟件包，最新的版本為3.05，AUTODOCK采用模擬退火和遺傳算法來(lái)尋找受體和配體最佳的結(jié)合位置，用半經(jīng)驗(yàn)的自由能計(jì)算方法來(lái)評(píng)價(jià)受體和配體之間的匹配情況。在AUTODOCK中，配體和受體之間結(jié)合能力采用能量匹配來(lái)評(píng)價(jià)。在1.0和2.0版本中，能量匹配得分采用簡(jiǎn)單的基于AMBER力場(chǎng)的非鍵相互作用能。非鍵相互作用來(lái)自于三部分的貢獻(xiàn):范得華相互作用，氫鍵相互作用，以及靜電相互作用。在3.0版中，AUTODOCK提供了半經(jīng)驗(yàn)的自由能計(jì)算方法來(lái)評(píng)價(jià)配體和受體之間的能量匹配。在最早的AUTODOCK版本中，作者

8、采用了模擬退火來(lái)優(yōu)化配體和受體之間的結(jié)合。 3.0版本中，Morris等發(fā)展了一種改良的遺傳算法，即拉馬克遺傳算法(LGA)。測(cè)試結(jié)果表 明，LGA比傳統(tǒng)的遺傳算法比模擬退火具有更高的效率。在LGA方法中，作者把遺傳算法和局部搜索(local search)結(jié)合在一起，遺傳算法用于全局搜索，而局部搜索用于能量?jī)?yōu)化。在AUTODOCK中，局部搜索方法是自適應(yīng)的，它可以根據(jù)當(dāng)前的能量調(diào)節(jié)步長(zhǎng)大小。LGA算法引入了拉馬克的遺傳理論，LGA最大的特點(diǎn)就是通過(guò)進(jìn)化映射(developmental mapping)把基因型轉(zhuǎn)化為表現(xiàn)型而實(shí)現(xiàn)局部搜索和遺傳算法的結(jié)合?；蛐涂臻g通過(guò)遺傳算子突變和交叉來(lái)定義;

9、而表現(xiàn)型則通過(guò)問(wèn)題的解來(lái)定義，這里表示體系的能量得分。 FlexXFlexX是德國(guó)國(guó)家信息技術(shù)研究中心生物信息學(xué)算法和科學(xué)計(jì)算研究室開(kāi)發(fā)的分子對(duì)接軟件，目前已經(jīng)作為分子設(shè)計(jì)軟件包Sybyl的一個(gè)模塊實(shí)現(xiàn)商業(yè)化。FlexX使用碎片生長(zhǎng)的方法尋找最佳構(gòu)像，根據(jù)對(duì)接自由能的數(shù)值選擇最佳構(gòu)像。FlexX程序?qū)铀俣葔K效率高，可以用于小分子數(shù)據(jù)庫(kù)的虛擬篩選。DOCKDock是目前應(yīng)用最廣泛的分子對(duì)接軟件之一，由Kuntz課題組開(kāi)發(fā)。Dock應(yīng)用半柔性對(duì)接方法，固定小分子的鍵長(zhǎng)和鍵角，將小分子配體拆分成若干剛性片斷，根據(jù)受體表面的幾何性質(zhì)，將小分子的剛性片斷重新組合，進(jìn)行構(gòu)像搜索。在能量計(jì)算方面，Dock

10、考慮了靜電相互作用、范德華力等非鍵相互作用，在進(jìn)行構(gòu)像搜索的過(guò)程中搜索體系勢(shì)能面。最終軟件以能量評(píng)分和原子接觸罰分之和作為對(duì)接結(jié)果的評(píng)價(jià)依據(jù)。 打開(kāi)文件初始引入文件的格式可以是：MMCIF 文件（.cif），MOL2文件(.mol2)，PDB文件(.pdb)，MEAD文件(.pqr)。 推薦為PDB文件(.pdb)最好。File Read Molecule 選擇所要打開(kāi)的大分子文件路徑及名稱 Open 查看大分子鍵 盤鼠 標(biāo)按下左鍵按下中間滾輪按下右鍵選擇轉(zhuǎn)動(dòng)平動(dòng)按住Shift鍵快速縮放縮放 加氫首先要做的是要為大分子添加氫原子，這一步極為重要。Edit Hydrongens Add*1All

11、 Hydrogen*2Polar OnlynoBondOrderwithBondOrderYesno*1:如果大分子是非蛋白質(zhì)類物質(zhì)；或者想要為顯示的所有分子都添加氫原子。*2：只為蛋白質(zhì)添加氫原子。因?yàn)楹芏喑绦蚧蚴墙Y(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)都不包含為數(shù)眾多的氫原子，而沒(méi)有氫原子的大分子在之后的添加電荷一步中所帶電荷為非整數(shù)，導(dǎo)致之后的一些必須文件無(wú)法生成。 刪除某些原子或分子在某些情況下，我們需要?jiǎng)h除一些與計(jì)算無(wú)關(guān)，或是會(huì)產(chǎn)生干擾的原子或殘基，例如：但我們要計(jì)算的大分子蛋白質(zhì)和DNA周圍有游離水時(shí)，要去除這些水分子，以免干擾計(jì)算。要?jiǎng)h除這些原子或游離小分子，首先要選中它們，然后再進(jìn)行刪除。 Select Se

12、lect From String：MoleculeMolecule List ChainChain List ResidueHOH*Residue Sets Atom*Atom List Sets 選擇 Add 之后，保持帶有黃色* 的狀態(tài)，選擇 Dismiss 退出。Edit Delete Delete AtomSet 出現(xiàn) WARNING 選擇 CONTINUE 即可刪除所選原子或殘基。文件類型經(jīng)試驗(yàn)：PDB文件(.pdb)和MOL2文件(.mol2) 都可以使用，沒(méi)有問(wèn)題。Ligand Input Open .(AD3): 將 File of type 改為 PDB files：（*.p

13、db）選擇文件路徑以及文件名 Open 說(shuō)明打開(kāi)后小分子的位置只與大分子與小分子的坐標(biāo)數(shù)據(jù)有關(guān)，而與兩者的相互作用無(wú)關(guān)。 查看小分子與查看大分子的方法相同。 一般修飾與大分子一樣，可以按原子類型顯示顏色，添加氫原子，和刪除某些原子或殘基。除此之外，還可以在 Color 中選擇 by Molecules，它會(huì)將大分子和小分子分別示以不同顏色，可以清楚的區(qū)別大分子與小分子。 特殊修飾為 AutoGrid 作準(zhǔn)備只顯示小分子Display Show/Hide MoleculeHide All全部顯示開(kāi)關(guān)大分子 ON/OFF大分子顯示開(kāi)關(guān)小分子 ON/OFF小分子顯示開(kāi)關(guān) 在這里，調(diào)節(jié)到只顯示小分子，

14、然后放大小分子，以方便一下的步驟中觀察小分子。 尋找根原子Ligand Torsion Tree Detect Root自動(dòng)找到根原子是配體中可旋轉(zhuǎn)鍵最多的原子。除此之外還可以選擇根原子：Ligand Torsion Tree Choose Root另外，可從Show/Hide Root Marker 選擇是否顯示根原子。選擇可旋轉(zhuǎn)鍵Ligand Torsion Tree Choose Torsions：Number of rotatable bounds = X/YMake peptide backbone bounds rotatableMake amide bounds rotatabl

15、e (non- rotatable)Make guanidinium bounds rotatableVlake rotatable bounds between selected rotatableMake all rotatable bounds rotatable (non- rotatable)Done 所用到的：使得酰胺鍵可旋轉(zhuǎn)/不可旋轉(zhuǎn) 使得所有的鍵可旋轉(zhuǎn)/不可旋轉(zhuǎn)調(diào)整可旋轉(zhuǎn)鍵的數(shù)量Ligand Torsion Tree Set Number of Torsions:在 number of active torsions：中可調(diào)整可旋轉(zhuǎn)鍵的數(shù)量 根據(jù)經(jīng)驗(yàn)來(lái)講，一般選擇 使得酰胺鍵不

16、可旋轉(zhuǎn) 。而比較大些的小分子（>100個(gè)原子），且可旋轉(zhuǎn)鍵較多的（>20個(gè)），可選擇 使得所有的鍵不可旋轉(zhuǎn) ，或者適當(dāng)調(diào)整可旋轉(zhuǎn)鍵得數(shù)量，以簡(jiǎn)化計(jì)算。注：以上經(jīng)驗(yàn)只適用于部分情況，僅供參考。 存儲(chǔ)文件Ligand Output Save as PDBQ(AD3) 輸入文件名：*.out.pdbq Save注意： 從這一步開(kāi)始，所有存儲(chǔ)文件的文件名都要一致。 所有存儲(chǔ)文件都要輸入后綴名，否則程序不認(rèn)。 盡量將文件都存在同一目錄下，以方便之后一起移動(dòng)。 大分子選擇大分子 Grid Macromolecule Choose(AG3) 選擇大分子 Select Molecule：程序會(huì)自動(dòng)

17、檢測(cè)有沒(méi)有非整數(shù)電荷。如果沒(méi)有，會(huì)彈出一個(gè)對(duì)話框：Fond no non-integral charge on * * *沒(méi)有非整數(shù)電荷，或者如畫面中顯示的：“-added Kollman charges ；merged nphs； added salvation paramelers。如果有，就會(huì)出現(xiàn)一個(gè)警告：Non-integral charge on * * * (有非整數(shù)電荷)，必須在輸出文件中改正！兩種情況都選擇 OK 進(jìn)入下一步。修改非整數(shù)電荷如果顯示有非整數(shù)電荷，則要選擇 No 和 Cancle 放棄這項(xiàng)。進(jìn)入：Edit Charges Check Total Residues:

18、對(duì)話框中列出了含有非整數(shù)電荷的殘基名，選擇其中一個(gè)，再選 Spread Charge Defucit over all atoms in residue 將電荷分散至所有原子。將分子中的所選殘基放大至可以看清每個(gè)原子的電荷數(shù)，選擇其中一個(gè)電荷數(shù)較大的原子（例如：羰基氧），會(huì)彈出一個(gè)對(duì)話框，讓你可以修改電荷數(shù)。（如果沒(méi)有彈出，則再次雙擊或單擊列表中的殘基直到可以修改電荷數(shù)。）每個(gè)殘基整體有一個(gè)較大的黃色的數(shù)字，代表整個(gè)殘基的電荷加和數(shù)。修改某個(gè)原子的電荷數(shù)以抵消這個(gè)加和數(shù)使之為零，則修改成功。用同樣的方法修改所有含有非整數(shù)電荷的殘基。全部修改完畢后，再執(zhí)行第一步則可。 定義未識(shí)別原子在沒(méi)有非整數(shù)

19、電荷的情況下，程序會(huì)檢測(cè)大分子所含有的原子種類。此程序只識(shí)別C、H、O、N、S五種原子，如果大分子中含有其它類原子，程序會(huì)提示：* has unusual atom type：# you can define 2 types。此時(shí)，要輸入?yún)?shù)來(lái)定義這類原子（最多不能超過(guò)2種：X和M）。選擇 Yes ：Atom Tyoe:M or X原子名稱Rii與相鄰原子間距離epsii勢(shì)阱（默認(rèn).1485）儲(chǔ)存文件選擇 OK 存儲(chǔ)文件（*.pdbqs）。 小分子 選擇小分子Grid Set Map Types Choose Ligand(AG3) 選擇小分子 Select Molecule 彈出對(duì)話框 確定

20、 檢查生成圖譜的種類彈出的第二個(gè)對(duì)話框上寫明了小分子所含的元素種類，檢查無(wú)誤后，確定。有誤則及時(shí)改正，在下方的選項(xiàng)中，可以鉤除不含的元素種類，如：S等。 Grid Box選項(xiàng)選擇Grid GridBox 每一個(gè)下拉菜單顯示如下表：Grid OptionsFile Center View Help Close saving currentPick an atomShow boxClose w/out savingCenter on ligandShow box as linesCenter on macromoleculeShow center markerOn a named atomAdju

21、st marker size首先，在 Center 中選擇 Center on ligand 或 Center on macromolecule 。然后，在 View 中，選成如表中所示，最為清楚，可進(jìn)入下一步。調(diào)整Grid Box的大小使用說(shuō)明：此對(duì)話框中共有7個(gè)拇指轉(zhuǎn)輪：兩套紅黃綠三色的和一個(gè)灰色的。首先，移動(dòng)此對(duì)話框，使其可以同時(shí)看見(jiàn)ADT的主界面和此對(duì)話框，此時(shí)可以看見(jiàn)分子上出現(xiàn)一個(gè)紅黃綠三色的中空的盒子。其次，逐一轉(zhuǎn)動(dòng)前三個(gè)紅黃綠拇指轉(zhuǎn)輪，可以分別調(diào)節(jié)盒子x軸y軸z軸的長(zhǎng)度，來(lái)調(diào)節(jié)盒子長(zhǎng)寬高的大?。ㄗ畲鬄?26）。然后，如果盒子過(guò)大或過(guò)小，可以調(diào)節(jié)中間灰色拇指轉(zhuǎn)輪的，來(lái)整體縮放盒子大

22、?。ㄗ畲蟮?）。最后，在選定盒子中心的基礎(chǔ)上，可以通過(guò)轉(zhuǎn)動(dòng)最下方的三個(gè)紅黃綠轉(zhuǎn)輪來(lái)調(diào)整盒子的中心，已達(dá)到計(jì)算要求。儲(chǔ)存設(shè)定File Close saving currentGrid Box的意義Grid Box的意義在于：程序?qū)⒃谶@個(gè)盒子的范圍內(nèi)搜索小分子與大分子對(duì)接的最佳位點(diǎn)。所以，如果想要整體搜索對(duì)接位點(diǎn)，最好將大分子全部包括在盒子以內(nèi)；而如果，已知某些位置不可能，或想要定點(diǎn)搜索，則應(yīng)將盒子設(shè)定在某一特定部分，避免浪費(fèi)時(shí)間和減少精確度。這一步在整個(gè)計(jì)算中非常重要。 運(yùn)行autogrid3移動(dòng)文件autogrid3要求，運(yùn)算前的所有準(zhǔn)備文件都要與可執(zhí)行程序autogrid3 在同一目錄下，即

23、：root（或某用戶）/dist305/src/autogrid/將所有文件（*pdb×2、*.out.pdbq、*.pdbqs、*.gpf）移至此處/在終端中運(yùn)行在ADT中運(yùn)行autogrid和autodock會(huì)有較多錯(cuò)誤，所以建議在終端中運(yùn)行。首先，打開(kāi)一個(gè)終端：在linux桌面上點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵 選擇Open Terminal然后，進(jìn)入到autogrid3所在的目錄：cd /dist305/src/autogrid 回車 顯示：/dist305/src/autogrid> 輸入命令：./autogrid3 p *.gpf l *.glg 回車 如果沒(méi)有錯(cuò)誤則開(kāi)始運(yùn)行，遇到錯(cuò)誤

24、則會(huì)跳出。 最后，在autogrid3開(kāi)始運(yùn)行后，可以再新建一個(gè)終端，用“top I 回車”命令，可以看見(jiàn)后臺(tái)運(yùn)行情況。結(jié)果文件運(yùn)行結(jié)束后，會(huì)在autogrid3所在的目錄下生成一個(gè)結(jié)果文件 *.glg 。此文件不可再ADT下打開(kāi)查看，是運(yùn)行autodock的必須文件。 設(shè)定參數(shù)選擇大分子Docking Mocromolecule Choose(AD3) 選擇大分子 Select Molecule選擇配體小分子Docking Ligand Choose(AD3) 選擇小分子 Select Molecule 設(shè)定搜索參數(shù)Docking Search Parameters Genetic Algo

25、rithm設(shè)定對(duì)接參數(shù)Docking Docking Parameters 選擇算法 Docking Output Lamarckian GA(AD3) 存儲(chǔ)文件所有參數(shù)都設(shè)定完畢后，存儲(chǔ)文件（*.dpf）Docking Output Lamarckian GA（AD3）輸入文件名*.dpf Save 運(yùn)行autodock3 移動(dòng)文件由于之前運(yùn)行autogrid3，所以之前的文件和autogrid3生成的結(jié)果文件都在/dist305/src/autogrid目錄下。必須將這些文件全部移動(dòng)至/dist305/src/autodock目錄下，否則autodock3無(wú)法找到這些文件。另外，上一步存儲(chǔ)

26、的*.dpf文件，也需要移動(dòng)至/dist305/src/autodock目錄下。在終端下運(yùn)行如果之前運(yùn)行autogrid3的終端未關(guān)閉，并且在/dist305/src/autogrid>下，那么首先要用“cd .”命令退出一級(jí)目錄，變成/dist305/src>，在用“cd autodock”進(jìn)入/dist305/src/autodock目錄下，方可運(yùn)行。輸入命令：./autodock3 p *.dpf l *.dlg 回車如果沒(méi)有錯(cuò)誤便開(kāi)始運(yùn)行，遇到錯(cuò)誤跳出。 結(jié)果文件autodock3運(yùn)行結(jié)束后生成一個(gè)*.dlg文件，此文件在ADT下可視，用作最后的分析依據(jù)。 直觀分析打開(kāi)結(jié)果

27、文件autodock3運(yùn)行后的結(jié)果文件*.dlg文件在ADT下可是，可以較為直觀的觀察結(jié)果。在打開(kāi)結(jié)果文件之前關(guān)閉所有分子的顯示開(kāi)關(guān)：Display Show/Hide Molecule 關(guān)閉所有分子 CloseAnalyze Dockings Open 選擇結(jié)果文件所在的路徑 選擇結(jié)果文件*.dpf Open然后再打開(kāi)大分子，以供查看小分子的相對(duì)位置：Display Show/Hide Molecule 只打開(kāi)大分子和結(jié)果文件 Close播放結(jié)果文件Analyze Conformations PlayPlayer：Player快進(jìn)至第一個(gè)倒放倒序播放逐個(gè)倒放現(xiàn)在是第幾個(gè)逐個(gè)播放順序播放順?lè)趴爝M(jìn)至末一個(gè)一般沒(méi)用 一般沒(méi)用 數(shù)據(jù)分析結(jié)果文件提供了一些參數(shù)進(jìn)行比較分析：Analyze Conformations Load可在對(duì)話框上方查看詳細(xì)的參數(shù)，包括： 項(xiàng)目參數(shù)備注Rank:Docked Energy: 對(duì)接能Clust