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文檔簡介

1、分子生物學筆記第一章 基因的結(jié)構(gòu)第一節(jié) 基因和基因組1、 基 因 (gene) 是合成一種功能蛋白或RNA 分子所必須的全部 DNA 序列 .一個典型的真核基因包括 編碼序列外顯子(exon) 插入外顯子之間的非編碼序列 內(nèi)合子(intron)5'-端和3'-端非翻譯區(qū)(UTR)調(diào)控 序列(可位于上述三種序列中) 絕大多數(shù)真核基因是斷裂基因 (split-gene) ,外顯子不連續(xù)。2、 基因組 (genome) 一特定生物體的整套(單倍體 ) 遺傳物質(zhì)的總和,基因組的大小用全部 DNA 的堿基對總數(shù)表示。 人基因組3X1 09(30 億 bp) ,共編碼約 10 萬個基因。每

2、種真核生物的單倍體基因組中的全部 DNA 量稱為 C 值,與進化的復雜性并不一致( C-value Paradox) 。人類基因組計劃 ( human genome project, HGP )基因組學 ( genomics ) ,結(jié)構(gòu)基因組學( structural genomics ) 和功能基因組學 ( functional genomics ) 。蛋白質(zhì)組 ( proteome ) 和蛋白質(zhì)組學 ( proteomics )第二節(jié)真核生物基因組一、真核生物基因組的特點: , 真核基因組 DNA 在細胞核內(nèi)處于以核小體為基本單位的染色體結(jié)構(gòu)中 . 真核基因組中,編碼序列只占整個基因組的很

3、小部分(2 >% ),3、 基 因家族 (gene family) 一組功能相似且核苷酸序列具有同源性的基因 . 可能由某一共同祖先基因 (ancestral gene) 經(jīng)重復 (duplication) 和突變產(chǎn)生。基因家族的特點:基因家族的成員可以串聯(lián)排列在一起,形成基因簇(gene cluster) 或串聯(lián)重復基因 (tandemly repeated genes) ,如rRNA、tRNA和組蛋白的基因;有些基因家族的成員也可位于不同的染色體上,如珠蛋白基因;有些成員不產(chǎn)生有功能的基因產(chǎn)物,這種基因稱為假基因(Pseudogene) . ¥ al表示與al相似的假基因.

4、4、 超 基因家族 (Supergene family , Superfamily) 由基因家族和單基因組成的大基因家族,結(jié)構(gòu)上有程度不等的同 源性,但功能不同第四節(jié) 細菌和病毒基因組一、 細 菌基因組的特點。1 功能相關的幾個結(jié)構(gòu)基因往往串聯(lián)在起,受它們上游的共同調(diào)控區(qū)控制,形成操縱子結(jié)構(gòu),2 結(jié)構(gòu)基因中沒有內(nèi)含子,也無重疊現(xiàn)象。3 . 細菌 DNA 大部分為編碼序列。二、 病 毒基因組的特點1 . 每種病毒只有一種核酸,或者DNA ,或者 RNA ;2 . 病毒核酸大小差別很大, 3X103 一 3X106bp ;3 . 除逆病毒外,所有病毒基因都是單拷貝的。4 . 大部份病毒核酸是由一條

5、雙鏈或單鏈分子(RNA 或 DNA) ,僅少數(shù) RNA 病毒由幾個核酸片段組成.5 . 真核病毒基因有內(nèi)含子,而噬菌體( 感染細菌的病毒) 基因中無內(nèi)含子.6 . 有重疊基因 .第五節(jié) 染色質(zhì)和染色體( 二) 組蛋白 (histone) : 一類小的帶有豐富正電荷<富含 Lys , Arg) 的核蛋白,與DNA 有高親和力 .(二). 端粒 (telomere) : 真核生物線狀染色體分子末端的 DNA 區(qū)域 端粒 DNA 的特點:1 、由富含 G 的簡單串聯(lián)重復序列組成( 長達數(shù) kb).人的端粒 DNA 重復序列: TTAGGC2、端粒的末端都有一條12-16 堿基的單鏈3端突出。端

6、粒的作用:防止DNA 末端降解,保證染色體的穩(wěn)定性和功能( 三 ) 、復制原點第二章DNA 的復制、修復和重組第一節(jié)DNA 的復制(DNA Replication)1、 DNA 復制的基本特性1. 半保留性 (Semi-Conservative)2. 雙向復制 ( 一般 ) 復制起始點 ( origin)+ 兩側(cè)復制叉=復制單位 ( 復制子 , Replicon)3. 半不連續(xù)性(Semi-discontinuous)前導鏈 (leading strand)- 連續(xù)合成,隨從鏈(Lagging Strand)- 不連續(xù) , 由崗崎片段(okazaki fragment) 連接而成 .2、 DN

7、A 復制必需的成份(真核生物 )1. 染色體 DNA 復制必需三種核苷酸序列復制起點著絲粒端粒2. . RNA 引物 (RNA Primer) 一般 8-14nt. 帶游離 3'-0H 末端 .3. 參加 DNA 復制的主要酶和蛋白質(zhì) DNA 聚合酶 (DNA Polymerase) 真核 DNA 復制的主要酶DNA Pol a/ 5 .功能 :從 5'-3'方向延伸與模板互補的子代鏈 引發(fā)酶 (Primase) 與其他多種蛋白組成多蛋白復合體-引發(fā)體( Primosome). 催化 RNA 引物合成和復制起始 . DNA 連接酶 (DNA Ligase) 催化一個雙鏈

8、DNA 的 5'磷酸與另一雙鏈DNA 的 3'-OH 形成磷酸二酯鍵. DNA 解鏈酶 (DNA Helicase), 打開 DNA 雙鏈 . 增殖細胞核抗原( Proliferating cell nuclear antigen.PCNA)輔助催化前導鏈合成. 端粒酶 ( Telomerase)末端復制問題。端粒酶負責染色體末端( 端粒 ) 復制 , 是由 RNA 和蛋白質(zhì)組成的核糖核蛋白.其中的RNA 成分是端粒復制的模板.( 因此端粒是逆轉(zhuǎn)錄酶 )作用 :維持端粒長度.端粒酶活性可用基于 PCR 的 TRAP ” ( Telomerase repeat amplifica

9、tion protocol ) 法測定端粒與細胞壽命。端粒、端粒酶與腫瘤的關系: 絕大多數(shù)惡性腫瘤具有端粒酶活性但端粒縮短, 但也有約5% 的腫瘤無端粒酶活性且端粒較長。端粒酶作為新的腫瘤標志和腫瘤治療靶點 .第二節(jié) DNA 修復 ( DNA repair )DNA 修復是維持基因組完整性的重要機制,在保護基因組避免發(fā)生可能導致腫瘤或遺傳疾病的突變中起關鍵的作用。引起 DNA 損傷的因素:1 、 細胞內(nèi)源性損傷因素:DNA復制錯誤;自發(fā)損傷包括堿基互變異構(gòu)、堿基脫氨 (C-U、A-I)和堿基丟失等;氧化代謝副產(chǎn)物如活性氧物質(zhì)( Reactive oxygen species , ROS ) 的

10、攻擊等。2 、 環(huán)境中的損傷因素:輻射 ( 含紫外線、 X 射線 ) 產(chǎn)生胸腺嘧啶二聚體;化學致癌物 ( 氧化脫氨,烷化劑或代謝活化物如苯并芘、黃曲霉素等產(chǎn)生堿基加合物)一、堿基切除修復( Base excision repair 、 BER)該途徑中最關鍵的是必須通過一種糖苷酶( glycosylase) 先除去變異堿基( 如被氧化、烷基化或脫氨的堿基) ,該糖苷酶催化連接損傷堿基與脫氧核糖之間的糖苷鍵水解,釋放游離堿基并在DNA 中產(chǎn)生一個去堿基位點,然后由去嘌呤/ 去嘧啶 (AP) 核酸內(nèi)切酶、 DNA 聚合酶和 DNA 連接酶等利用相對的一條正常鏈為模板進行修補合成。BER 是修復內(nèi)源

11、性DNA 損傷 ( 自發(fā)水解、烷基化和活性氧攻擊) 的主要途徑,因此對于降低自發(fā)突變的頻率、防止腫瘤發(fā)生有重要作用。2、 核 苷酸切除修復(Nucleotide excision repair , NER)首先由多聚體復合物識別損傷,再在損傷的兩側(cè)進行切除。隨著DNA鏈被解開,包含損傷的單鏈片段釋放出來,留下的缺口由 DNA 聚合酶填補, DNA 連接酶封閉。該途徑包括20 種以上蛋白,可以修復紫外輻射誘導的環(huán)丁烷嘧啶二聚體 (CPD) 和(6-4) 光產(chǎn)物 ( (6 -4)PPs) ,以及一些化學物質(zhì)產(chǎn)生的大加合物。NER 可再分為二條子途徑:(1)全基因組修復(Global Genomic

12、 repair , GGR)途徑:修復整個基因組內(nèi)的損傷,其效率取決于損傷的化學特性、損傷部位的DNA 序列和染色質(zhì)結(jié)構(gòu)。轉(zhuǎn)錄藕聯(lián)修復仃rancsription -coupled repair , TCR , ) :特異地修復基因組中具有轉(zhuǎn)錄活性( 即表達 ) 的基因的被轉(zhuǎn)錄DNA 鏈上的損傷,該途徑的 特點是依賴RNA 聚合酶 II 催化的轉(zhuǎn)錄,其中的一些蛋白是普通轉(zhuǎn)錄因子TFIIH 的亞基。3、 錯配修復(Mismatch repair)負責修復 DNA復制過程中由于錯誤摻入而產(chǎn)生的錯配。4、 重組修復( Recomhinant repair)修復DNA 的兩條鏈均受損傷的部位的雙鏈斷裂或

13、鏈間交連。第三節(jié)重組 (recombination)重組的本質(zhì)是基因的重排或交換. 即 2 個 DNA 分子間或一個DNA 分子的不同部位間 , 通過斷裂和重接, 交換 DNA 片段從而改變基因的組合和序列 .一 . 同源重組 (Homologous recombination)指 DNA 同源序列間的重組, 常發(fā)生于兩個較長的同源DNA 片段或同源染色體之間。 可通過同源重組將外源基因定位整合到細胞基因組中 .二 .轉(zhuǎn)座 (transposition) 可移動的 DNA 元件 (mobile DNA elements)-轉(zhuǎn)座元件 仃 ransposable element). 它是指那些可在

14、DNA 分子內(nèi)或 DNA 分子間轉(zhuǎn)移的 DNA 片段 .轉(zhuǎn)座元件的轉(zhuǎn)移過程-轉(zhuǎn)座轉(zhuǎn)座的特點 :1. 轉(zhuǎn)座后原來位置的轉(zhuǎn)座元件序列仍然保留 , 但同時又把新合成的 DNA 復本插入到另外一個位點 .2. 轉(zhuǎn)座過程需要轉(zhuǎn)座酶(transposase). 它催化斷裂和重接兩步連續(xù)的 過程 (需要 M2+)3. 轉(zhuǎn)座元件插入位置的兩茶有3-12bp 的正向重復序列 ( 靶序列 ) , 它是由于轉(zhuǎn)座酶錯位切割 DNA 造成的 .這種短正向重復序列是存在轉(zhuǎn)座元件的特征.轉(zhuǎn)座元件的分類 轉(zhuǎn)座子 (transposon): 通過 DNA 復制而轉(zhuǎn)移的轉(zhuǎn)座元件. 逆轉(zhuǎn)座子 ( retroposon) 或返座子

15、, 通過 RNA 階段實現(xiàn)轉(zhuǎn)移的轉(zhuǎn)座元件(DNA - RNA - DNA -插入新位點 )轉(zhuǎn)座的遺傳效應 - 導致基因重排、插入、缺失。第三章基因表達的調(diào)控基因表達:DNA- mRNA -蛋白質(zhì)的遺傳信息傳遞過程第一節(jié)基因的活化基因的 開關”染色質(zhì)的活化1、 活 性染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)2、 活 性染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)特點(1) DNaseI 敏感性轉(zhuǎn)錄活性 ( 或有潛在轉(zhuǎn)錄活性) 的染色質(zhì)對 DNase I 更敏感 .(2) 組蛋白 H3 的 CyS110 上巰基暴露,(3) 活 性染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的形成(二) 、組蛋白修飾。(三)HMG蛋白結(jié)合HMG ( high mobility group) 蛋白 -高遷移率

16、蛋白 , 如 HMG14/HMG17.與核小體核心顆粒結(jié)合,有利轉(zhuǎn)錄。四、 DNA 甲基化與基因表達.( 一 ) 、真核生物基因組 DNA 的甲基化 (Methylation)( 二 ) DNA 甲基化的轉(zhuǎn)錄抑制作用。持家基因 (housekeeping gene) : 是指對所有類型組織細胞在任何時候都需要其表達的基因,通常都是維持細胞基本生存所必須的基因,其表達常保持在固定的水平。又稱為組成性基因 (Constitutive gene) 。( 三 ) 甲基化與基因組印跡基因組印跡( genomic imprinting) : 指基因表達活性只局限于來自雙親之一的基因版本。被印跡 (impr

17、inted) 的基因 .第二節(jié)轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控一、真核基因轉(zhuǎn)錄基本條件:特異性基因轉(zhuǎn)錄的基本條件包括: 啟動子 ( 特別是核心啟動子) 轉(zhuǎn)錄模板 ( 轉(zhuǎn)錄起始點 ( +1 )-終止點) RNA Pol II 普通轉(zhuǎn)錄因子( GTFs)( 一 ) 啟動子 (promoter)與基因轉(zhuǎn)錄啟動有關的一組 DNA 序列,一般位于 RNA poll 轉(zhuǎn)錄起始點上游100-200bp 以內(nèi),其功能是決定轉(zhuǎn)錄的起始 點和調(diào)控轉(zhuǎn)錄頻率 .啟動子區(qū)域包括核心啟動子和啟動子上游近側(cè)序列:1 、 核心啟動子(core promoter)是決定轉(zhuǎn)錄起始位置的關鍵序列,也是普通轉(zhuǎn)錄因子TF ID 的結(jié)合位點, TATA盒

18、(TATA box)位于轉(zhuǎn)錄起始點上游-25? -30bp . 起始子 (initiator , Inr) Inr 是與轉(zhuǎn)錄起始位點重疊的短的較保守序列 .注:不是所有基因都含有TATA盒或Inr序列?有的只有其中之一,有的兩者都無 .這些核心啟動子的序列和它們之間的間隔多變2 、 上游啟動子元件( Upstream Promoter element , UPE)位于較上游(-30 -110bp),能較強影響轉(zhuǎn)錄起始的頻率,如CAAT盒和GC盒.其中GC盒是轉(zhuǎn)錄因子SPl的結(jié)合位點。(二) RNA 聚合酶 I負責真核生物蛋白編碼基因的轉(zhuǎn)錄 ( 產(chǎn)物 mRNA) ,有 7-10 個亞基,最大亞基

19、的羧基末端結(jié)構(gòu)域(CTD) 具有 7 個氨基酸(Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser -Pro-Set) 的重復序列,其中有多個磷酸化位點 . CTD 磷酸化對調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄有重要作用 . ( 三) 基礎轉(zhuǎn)錄因子(basal transcription factor)真核基因轉(zhuǎn)錄除RNA 聚合酶外還需要許多蛋白因子 ; 專錄因子參加,其中一些轉(zhuǎn)錄因子是RNA 聚合酶 I 轉(zhuǎn)錄起始必需的,并且可以維持基礎水平的轉(zhuǎn)錄,因此稱為基礎轉(zhuǎn)錄因子或普通轉(zhuǎn)錄因子( general transcription factor)1 . RNA 聚合酶 II 的普通轉(zhuǎn)錄因子( TF II)包括 TFIID,TF I

20、 B,TFIIF , TFIIE , TFIIH , TFIIA 等.TFIID 是由 TATA 盒結(jié)合蛋白(TATA binding protein , TBP)和 8 種 TBP 協(xié)同因子 仃 BP associated factor , TAF)組成的復 合 物, TFIID 可識別和結(jié)合核心啟動子(TATA 盒和 Inr) ;TF IB的C端與TFIID和DNA的復合物結(jié)合,N-端與TF I F協(xié)同作用募集 RNA聚合酶II,再加上TFIIE,TFIIH形成完整的 轉(zhuǎn)錄 復合物 .TFIIH 有蛋白激酶活性,可使RNA Pol 最大亞基 CTD 磷酸化,使轉(zhuǎn)錄起始過渡到轉(zhuǎn)錄延伸 .TF

21、IIA 有助于 TFIID 與 TATA 盒核心啟動子結(jié)合.2 、 TAF 的作用TFIID 中包括至少8 種 TBP 協(xié)同因子 , 分子量為 30 違 50kD, 分別命名為 TAF I -30? 250 .TAF I 150識別起始子(1nr)序列.TAF 是基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的輔助因子,它的作用是通過與多種轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子( 激活物或阻遏物 ) 的轉(zhuǎn)錄調(diào)控結(jié)構(gòu)域結(jié)合,而介導轉(zhuǎn)錄激活或抑制。 二、基 因轉(zhuǎn)錄的順式調(diào)控元件順式調(diào)控元件( cis-regulating element )是指對基因表達有調(diào)控活性的 DNA 序列,其活性只影響與其自身同處于一個DNA 分子上的基因 .(2) 增強子( en

22、hancer )能顯著提高基因轉(zhuǎn)錄效率的一類順式調(diào)控元件(其核心序列常為 8-12bp ) . 增強子的作用特點:1?能(通過啟動子) 提高同一條鏈上的靶基因轉(zhuǎn)錄速率;2?增強子對同源基因或異源基因同樣有效;3 ?增強子的位置可在基因 5' 上游、基因內(nèi)或3 下游序列中;4 ?自身沒有 5' 或 3' 方向性;5 . 增強子可遠離轉(zhuǎn)錄起始點 ( 最多 30Kb );6?增強子一般具有組織或細胞特異性.(3) 負調(diào)控元件冗寂子負調(diào)控元件是能抑制基因表達的序列. 如沉寂子 ( silencer )(4) 其它順式調(diào)控元件1 . 應答元件( responsive elemen

23、ts )真核細胞中對某些特定的環(huán)境作出應答的基因,常具有相同的順式元件一應答元件.應答元件能被在一些特定情況下表達的調(diào)控因子識別 ( 又稱為可誘導的順式調(diào)控元件/ 反式作用因子)2 . 轉(zhuǎn)座元件對基因表達的調(diào)控,。三、 基 因轉(zhuǎn)錄的反式作用因子轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控主要是通過與多種DNA 元件結(jié)合的蛋白因子來實現(xiàn).反式作用因子( trans-acting factor )是通過識別和結(jié)合順式調(diào)控元件的核心序列而調(diào)控靶基因轉(zhuǎn)錄效率的一組蛋白質(zhì)反式作用因子對基因表達的調(diào)控可正 ( 激話 ) 可負 ( 阻遏) .第三節(jié)轉(zhuǎn)錄后加工在細胞核內(nèi)對基因產(chǎn)物 ( mRNA 前體)進行各種修飾、剪接和編輯,使編碼蛋白質(zhì)

24、的外顯子部分連接成為一個連續(xù)的開放讀框( open reading frame , ORF )的過程稱為轉(zhuǎn)錄后加工 .一、 mRNA 前體加工的分子機制 -核內(nèi) mRNA 前體異質(zhì)性核RNA ( heterogeneous nuclear RNA , hnRNA ),hnRNA 與蛋白質(zhì)結(jié)合形成核異質(zhì)性核糖核蛋白 ( hnRNP ) , mRNA 前體的加工在hnRNP 上進行 .選擇性剪接( alternative splicing ) : 在 mRNA 前體的剪接過程中,參加剪接的外顯子可以不按其線性次序剪接,內(nèi)含子也可以不被切除而保留,即一個外顯子或內(nèi)含子是否出現(xiàn)在成熟mRNA 中是可以

25、選擇的,這種剪接方式稱為選擇性剪接。止匕外,不同的啟動子或不同的poly (A)加尾位點的選擇,也可看作選擇性剪接.選擇性剪接的主要方式。由來自一個基因的 mRNA 前體因選擇性剪接而產(chǎn)生多種 mRNA ,并翻譯出的不同蛋白質(zhì),稱為同源異構(gòu)體( isoform )>5% 的人基因可在不同的組織或生理狀態(tài)下,通過選擇性剪接產(chǎn)生不同的蛋白質(zhì)異構(gòu)體,這是造成真接生物高度異質(zhì)性的基礎。第四節(jié)翻譯水平調(diào)控四、翻 譯后修飾1 、 氨基酸側(cè)鏈的共價修飾:乙?;⒘姿峄?、糖基化( N- 、 O- );2、蛋白質(zhì)前體的切割和成熟。Proprotein>protein.例:胰島素的成熟。五、蛋白質(zhì)的分

26、泌和胞內(nèi)定位信號肽:作為蛋白質(zhì)定位信號的短肽序列,指導蛋白質(zhì)運輸?shù)秸_位置,定位結(jié)束后通常被特異的信號肽酶切除。第四章原癌基因與抑癌基因第一節(jié)概述病毒致癌作用,病毒癌基因Viral oncogene , V-onc ).。細咆癌基因(cellular oncogene , c-onc ) 或原癌基因 (protoncogene )一正常細胞中與v-onc同源的基因,抑癌基因(tumor suppressor gene ):是指由于其存在和表達而抑制細胞癌變的基因。原癌基因與抑癌基因生物學性質(zhì)差異:1 .功能:抑癌基因在細胞生長中起負調(diào)節(jié)作用,抑制增殖、促進分化成熟與衰老,或引導多余細胞進入程序

27、性細胞死亡(PCD),原癌基因的作用則相反.2 ?遺傳方式:原癌基因是顯性的,激活后即參與促進細胞增殖和癌變過程,而抑癌基因為隱性,只有發(fā)生純合失活時才失去抑癌功能.3 .突變的細胞類型:抑癌基因突變不僅可發(fā)生在體細胞中,也可發(fā)生在生殖系(germ 1ine )細胞中,并通過其遺傳突變,而原癌基因只在體細胞中產(chǎn)生突變。第二節(jié)原癌基因原癌基因是細胞的正常基因,其表達產(chǎn)物對細胞的生理功能極其重要,只有當原癌基因發(fā)生結(jié)構(gòu)改變或過度表達時,才有可能導致細胞癌變。一、原癌基因表達的特點:l、正常細胞中原癌基因的表達水平一般較低,而且是受生長調(diào)節(jié)的,其表達主要有三個特點:具有分化階段特異性;細胞類型特異性

28、;細胞周期特異性。2、腫瘤細胞中原癌基因的表達有2個比較普遍和突出的特點: 一些原癌基因具有高水平的表達或過度表達? 原癌基因的表達程度和次序發(fā)生紊亂,不再具有細胞周期特異性。3、細胞分化與原癌基因表達在分化過程中,與分化有關的原癌基因表達增加,而與細胞增殖有關的原癌基因表達受抑制二,原癌基因的結(jié)構(gòu)改變與其表達激活(一)點突變(二)染色體易染色體易位(translocation ):是染色體的一部分因斷裂脫離,并與其它染色體聯(lián)結(jié)的重排過位程。即基因拷貝數(shù)增加.(三)基因擴增LTR是逆轉(zhuǎn)錄病毒基因組兩端的長末端重復,其中含有強啟動子序列。三、原癌基因產(chǎn)物的功能大多數(shù)原癌基因編碼的蛋白質(zhì)都是復雜的

29、細胞信號轉(zhuǎn)導網(wǎng)絡中的成份,在信號轉(zhuǎn)導途徑中有著重要的作用.原癌基因產(chǎn)物可作為:1、生長因子,女口 sis (PDGF- B ) , fgf 家族(int-2, csf-1 等)2、生長因子受體(質(zhì)膜):具酪氨酸蛋白激酶活性,如 neu, ht, met, erbB , trk, fms, ros-1等。3、非受體酪氨酸蛋白激酶(質(zhì)膜/胞質(zhì))如src家族:src, syn, fyn, abl, lck, ros, yes, fes, ret等.4、 絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶(胞質(zhì)):女口 raf, raf-1 , mos , pim-1 ,5、 G蛋白(質(zhì)膜內(nèi)側(cè)),具 GTP結(jié)合作用和GTP酶活性

30、,如ras家族中的H-ras , K-ras , N-ras ,以及mel和ral等.,6、 .核內(nèi)DNA結(jié)合蛋白(轉(zhuǎn)錄因子)如myc家族,fos家族,Jun家族,ets家族,rel, erb A (類固醇激素受體)第三節(jié)抑癌基 因一、抑癌基因失活與雜合性丟失抑癌基因為隱性癌基因,只有發(fā)生純合失活時才對腫瘤形成起作用,通常的表現(xiàn)為抑癌基因的一個等位基因丟失,面另一個存留的等位基因發(fā)生突變(點突變、微缺失,重排等),等位基因丟失常伴有抑癌基因相鄰區(qū)域的雜合性丟失(Lossof heterozygosity , LOH ),LOS 指腫瘤中特定染色體上某種 DNA 多態(tài)性標志( 如 RFLP ,

31、VNTR 、 STR 或 SSCP 等 ) 的等位基因片段在同一患者中由正常組織基因組中的兩種變?yōu)橐环N,即等位基因型由雜合子變?yōu)榧兒献?。LOH 是腫瘤細胞中部分染色體區(qū)域缺失的表現(xiàn)。二、抑癌基因產(chǎn)物的功能巳知的腫瘤抑制基因及其蛋白產(chǎn)物功能基因 相關癌 產(chǎn)物胞內(nèi)定位作用p53 Rb WT-1 APC DCC NF l RET VHL P16(MTS-1) WAF / CIPl BRCAl 肺癌、乳腺癌等( 51 種)視 網(wǎng)膜細胞瘤等wilm ' 腫瘤結(jié)腸癌結(jié)腸癌神經(jīng)纖維瘤甲狀腺癌腎癌黑素瘤等( 多種 ) 多種乳腺癌、宮頸癌等核胞質(zhì)? 粘附分子 GTP 酶激活劑受體酪氨酸激酶轉(zhuǎn)錄延伸因子C

32、DK 抑制劑 CDK 抑制劑轉(zhuǎn)錄因子抑癌基因p53人 P53 基因定位: 17P13 , 11 個外顯子編碼393 個氨基酸。p53 基因突變:存在于一半以上的人腫瘤中,多為點突變,主要發(fā)生于外顯子5-8, 如肝癌中的 249 號密碼子第 3 堿基G-T ,與黃曲霉素B1 有關。P53 蛋白結(jié)構(gòu)和功能:P53蛋白為核內(nèi)轉(zhuǎn)錄因子,包括核心區(qū)的DNA結(jié)合域;N端轉(zhuǎn)錄激活域;C端介導寡聚體化的結(jié)構(gòu)域。1 、 P53的中央域識別和結(jié)合一個10bp的啟動子序列,可激活轉(zhuǎn)錄(通過N-端的反式激活域)。P53突變大多發(fā)生于中央 DNA 結(jié)合域。2 、 P53 也可結(jié)合 DNA 損傷時產(chǎn)生的單鏈區(qū)域。3 、

33、P53是四聚體,寡聚化需要 C-端域4 、 P53 激活 cki p21, 后者抑制細胞周期于G1 期.5 、 p53 激活與負責輻身損傷的修復蛋白 GADD45 ,維持基因組穩(wěn)定性。6 、 P53 誘導凋亡的機制尚不清楚。7 、 正常情況下 p53 以低水平存在,半衰期短。 DNA 損傷穩(wěn)定 P53 并增加其轉(zhuǎn)錄活性8 、 Mdm2 使 p53 不穩(wěn)定,易被降解,并能直接抑制其反式激活活性( Mdm2 是癌基因) 第五章信號轉(zhuǎn)導細胞外信號通過與細胞表面的受體相互作用轉(zhuǎn)變?yōu)榘麅?nèi)信號并在細胞內(nèi)傳遞的過程稱為信號轉(zhuǎn)導( signal transduction )跨膜信號轉(zhuǎn)導過程包括:1 ,胞外信號

34、被質(zhì)膜上的特異性受體蛋白識別,受體被活化;2 ,通過胞內(nèi)信號轉(zhuǎn)導物( 蛋白激酶,第二信使等) 的相互作用傳遞信號;3 ,信號導致效應物蛋白的活化,引發(fā)細胞應答(如激活核內(nèi)轉(zhuǎn)錄因子,調(diào)節(jié)基因表達)。第一節(jié)胞內(nèi)信使細胞內(nèi)信使( intracellular messenger ) 是具有信息傳遞作用的一些小分子,也稱為第二信使( second messengers ) 。一、cAMP 環(huán)磷酸腺昔),生成:腺苷酸環(huán)化酶催化 ATP 生成 cAMP;代謝: cAMP 磷酸二酯酶水解cAMP 產(chǎn)生 5' -AMP功能:, 激活蛋白激酶A 抑制蛋白磷酸酯酶2、 cGMP (環(huán)磷酸鳥苷)生成酶:鳥苷酸

35、環(huán)化酶代謝酶: cGMP 磷酸二酯酶功能:激活蛋白激酶G調(diào)控細胞膜離子通道3、 三 磷酸肌醇( inositol triphosphate,IP3 )和甘油二酯( diacyglycerol, DAG )G-蛋白偶聯(lián)受體激活磷脂酶C B生成IP3及DAG功能:1 、 IP3 : 開放胞內(nèi)鈣庫,激活Ca2+ 途徑 .2 、 DAD : 在 Ca2+ 和磷脂酰絲氨酸存在下,激活蛋白激酶C ,4、 鈣離子細胞內(nèi)鈣離子主要貯存于胞內(nèi)鈣庫( 如肌細胞的肌漿網(wǎng), SR )和線粒體中。細胞質(zhì)膜兩鍘 Ca2+ 跨膜梯度:細胞外液>> 胞漿胞漿內(nèi)Ca2+的調(diào)節(jié)一通過 (質(zhì)膜和鈣庫膜上的)鈣離子通道(

36、進入)和鈣泵(出),鈣通道開放的條件:質(zhì)膜或鈣庫膜去極化 ( 可興奮細胞) ;成 IP3 介導鈣庫膜上鈣通道開放( 任何細胞 ) .鈣泵激活?線粒體鈣泵的作用.Ca2+ 功能:與鈣調(diào)蛋白 ( calmodulin, CaM )結(jié)合形成Ca2+?CaM 復合物: 激活腺昔酸環(huán)化酶和磷酸二酯酶,激活 Ca2+ ?CaM依賴蛋白激酶鈣通道阻斷劑及其臨床應用。5、 一氧化氮 ( NO )NO合成酶催化L-精氨酸生成NO和月瓜氨酸NO合成酶(NOS)分類:神經(jīng)元型(nNOS). 內(nèi)皮細胞型( ecNOS ) 誘導型( iNOS )功能:激活烏苷酸環(huán)化酶,刺激 cGMP 合成。NO 的生理病理作用第二節(jié)

37、蛋白激酶和蛋白磷酸酯酶蛋白激酶(Protein kinase , PK)催化蛋白質(zhì)的含羥基氨基酸(絲/蘇和酪)的側(cè)鏈羥基形成磷酸酯(ATP的丫磷酸基轉(zhuǎn)移 至氧)蛋白質(zhì)磷酸酯酶( Protein phosphatase , PPase )催化磷酸蛋白的磷酸酯鍵水解而去磷酸化。細胞內(nèi)任何一種蛋白質(zhì)的磷酸化狀態(tài)是由蛋白激酶和蛋白磷酸酯酶的兩種相反酶活性之間的平衡決定的。蛋白質(zhì)可逆磷酸化的調(diào)節(jié)在信號轉(zhuǎn)導過程中有重要作用,是細胞生命活動的調(diào)控中心。一、信號轉(zhuǎn)導過程中的蛋白激酶一)絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶(Ser / Thr PK )是一大類特異地催化蛋白質(zhì)的絲氨酸和蘇氨酸殘基磷酸化的激酶家族,參與多種信號

38、轉(zhuǎn)導過程。1 、 蛋白激酶 A ( PKA )-cAMP 依賴性蛋白激酶.PKA 由兩個催化亞基C 和兩個調(diào)節(jié)亞基R 所構(gòu)成PKA 參與 cAMP 介導的轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控。PKA的其它(下游)底物:多種代謝相關酶核內(nèi)組蛋白和非組蛋白膜蛋白等。2 、 蛋白激酶 C (PKC )-Ca2+ 激活的 / 磷脂依賴性蛋白激酶.調(diào)節(jié):可被Ca2+ , DAG 和磷脂酰絲氨酸激活. TPA (佛波酯)也可激活.PKC分子由N-端的調(diào)節(jié)區(qū)和C一端催化區(qū)(親水的蛋白激酶結(jié)構(gòu)域)所組成。PKC 有多種亞型( >12 種) .PKC 可激活: 受體,如 EGFR ,胰島素受體,細胞因子受體等。 細胞骨架蛋白如

39、Map , Tau .膜蛋白,如 Na+-H+交換蛋白,Ca2+-ATP酶等. 核蛋白 / 轉(zhuǎn)錄因子,起始因子等, 信號轉(zhuǎn)導物如鳥苷酸環(huán)化酶,Raf-1 等 .3 、 Ca2+? 鈣調(diào)蛋白依賴性蛋白激酶( Cam-PK)Cam-PKII 是一種多功能的蛋白激酶.4 。 cGMP 依賴的蛋白激酶(PKG)功能:調(diào)節(jié)胞內(nèi)鈣離子.5 , DNA 依賴的蛋白激酶(DNA-PK)調(diào)節(jié):結(jié)合游離DNA 片段后被激活,底物:核內(nèi) DNA 結(jié)合蛋白和轉(zhuǎn)錄因子,如 SPl , Fos /Jun , Myc 和 P53 ,作用:參與DNA修復和重組, 通過激活 TF 調(diào)節(jié)基因表達; 參與細胞周期的關卡機制 ( C

40、heckpoint).6 . 絲裂原激活的蛋白激酶( Mitogen-activated protein kinase , MAPK)調(diào)節(jié): MAPK 激酶 -MAPKK (MEK ) 。下游底物:核內(nèi)轉(zhuǎn)錄因子如 Myc , Jun , Ets 及其它胞內(nèi)蛋白 .(二) 酪氨酸蛋白激酶( Tyrosine protein kinase , TPK)特異地催化蛋白質(zhì)的酪氨酸殘基磷酸化,蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸化在細胞生長,分化和轉(zhuǎn)化的調(diào)節(jié)中起重要作用。1 、 經(jīng)典的 src 激酶家族原癌基因c-src蛋白產(chǎn)物Src是一種酪氨酸蛋白激酶,它有三個基本結(jié)構(gòu)域:從C-端至N-端依次為SH1、SH2 ,SH3(

41、SH=src homolog) 。SHl 結(jié)構(gòu)域:具酪氨酸激酶活性,SH2 結(jié)構(gòu)域:能識別并結(jié)合含磷酸化酪氨酸的短序列,SH 結(jié)構(gòu)域:通過脯氨酸和疏水性氨基酸殘基與靶蛋白結(jié)合,Src 家族:包括原癌基因 src, yes, lyn, fyn , lck, blk, fgr, bcd 和 yrk 編碼蛋白,它們都有TPK 活性 .共同參與細 胞轉(zhuǎn)化的信號轉(zhuǎn)導過程.SH2 結(jié)構(gòu)域在信號轉(zhuǎn)導途徑中的重要作用:由于含SH2 結(jié)構(gòu)域的信號轉(zhuǎn)導分子可以識別和結(jié)合其他含磷酸化酪氨酸 的蛋白,因此,通過蛋白質(zhì)的酪氨酸磷酸化 / 去磷酸化調(diào)節(jié)可以決定信號轉(zhuǎn)導分子的結(jié)合與解離,從而導致信號的開啟或關閉。2 、 J

42、AK 嫩酶家族JAK(Janus kinase) 激酶家族包括Jakl , Jak2 , Jak3 , Tyk2 等,Jak 激酶具有一個TPK 結(jié)構(gòu)域和一個激酶樣結(jié)構(gòu)域, 它們與 Src 的 TPk 激酶結(jié)構(gòu)域具有同源性,但JaK 激酶沒有 SH2 ,SH3 結(jié)構(gòu)域;Jak 激酶主要參與細胞因子的信號轉(zhuǎn)導 .二、蛋白磷酸酯酶對磷酸化的調(diào)節(jié)(1) 、絲氨酸 / 蘇氨酸蛋白磷酸酯酶這類酶選擇性地作用于含磷酸絲氨酸或磷酸蘇氨酸殘基的肽鏈,使之脫去磷酸基團并改變生物活性 .主要成員: PPl , PP2A , PP2B , PP2C ,等 .PP2A ,催化亞基及其功能.(2) 酪氨酸蛋白磷酸酯酶(

43、 PTPase)蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酯酶催化磷酸化酪氨酸殘基的去磷酸化反應,與相應的酪氨酸蛋白激酶共同調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的磷酸化水平,PTPase 家族可分為 2 類:1 、胞質(zhì)型 ( 非受體型 ) :小的可溶性蛋白,只有一個催化結(jié)構(gòu)域,特點是合有SH2 domain ,女口 PTPIC , PTPIB 等. ,2 . 受體型( PTPR ),是大的跨膜蛋白,特點是有2 個串聯(lián)的胞漿催化結(jié)構(gòu)域,如白細胞共同抗原CD45 ,PTPIC (存在于造血細胞):N端2個串聯(lián)重復的SH2結(jié)構(gòu)域識別Tyr?P ,并指導蛋白與蛋白結(jié)合),C端為磷酸酯酶催化結(jié) 構(gòu)域。Jak 可作為 PTP1C 底物 .PTPase 基因

44、可能是腫瘤抑制基因 .第三節(jié)細胞膜受體介導的信號轉(zhuǎn)導一、 受 體的分類質(zhì)膜受體和胞內(nèi)受體(胞漿或核受體,如類固醇激素受體)膜受體的分類:(1) G 蛋白耦聯(lián)受體家族又稱為七次胯膜受體家族,特點是具有七段跨膜的a 螺旋結(jié)構(gòu),本身無酶活性,胞漿側(cè)肽鏈上有磷酸化位點,受體功能受磷酸化調(diào)節(jié)。成員;腎上腺素受體、多巴受體、視紫紅蛋白等。(2) 酪氨酸激酶受體家族受體本身胞漿側(cè)有蛋白酪氨酸激酶活性,并且胞漿側(cè)肽鏈上有自身磷酸化位點,配基結(jié)合后受體形成二聚體,二聚體 中每個亞基可以磷酸化對應的另一亞基,從而啟動信號轉(zhuǎn)導。這類受體主要包括多數(shù)生長因子受體 (如 IGF, EGF , PDGF , NGF ,

45、SCF , HGF 等生長因子的受體) ,除胰島素受體外,這類受體均由一條肽鏈組成.(3) 細胞因子受體家族這類受體本身無 TPK 活性,但其胞漿側(cè)近膜部分有非受體酪氨酸蛋白激酶的結(jié)合位點, 在配基與受體結(jié)合后,受體發(fā)生二聚化或寡聚化,并激活Jak 族蛋白酪氨酸激酶.此類受體包括細胞因子受體以及生長激素、促乳素等受體 .細胞因子 ( cytokine ) : 是淋巴細胞和造血細胞產(chǎn)生的一大類對細胞生長和分化有調(diào)節(jié)作用的蛋白因子。包括干擾素(IFN)、白細胞介素(IL)、白血病抑制因子(LIF)、抑癌素M等(但IL-8R為G蛋白藕聯(lián)受體)(4) 離子通道受體與配基結(jié)合后構(gòu)成離子通道,主要存在于神

46、經(jīng)突觸,如乙酰膽堿( ACH ), 5-HT 受體等。2、 G 蛋白介導的信號轉(zhuǎn)導。G 蛋白藕聯(lián)受體的信號轉(zhuǎn)導途徑由三部分組成:細胞膜受體;G蛋白效應物(effector),其中G蛋白將受體與效應物藕聯(lián).G-蛋白(G-protein )是一種鳥昔酸結(jié)合蛋白,是由a、B和丫三個亞基組成的異三聚體,多,B和Y亞基總是緊密結(jié)合在一起作為一個功能單位G BYG a 亞基可分為Gs,Go,Gi,Gq 等,其活性可被霍亂毒素( CT )或百日咳毒素( PT )修飾。G-蛋白介導的信號轉(zhuǎn)導的機制:G-蛋白循環(huán)。G-pr 的效應物:離子通道、腺苷酸環(huán)化酶、磷脂酶C 、磷脂酶A2 等3、 RAS-MAPK 信號

47、轉(zhuǎn)導途徑1 、途徑中的信號分子Ras : 具鳥苷酸結(jié)合活性的一種胞漿蛋白(與G- 蛋白不同)Ras 活性與其結(jié)合的鳥苷酸有關。鳥苷酸交換因子( SOS )Ras ?GDP Ras ?GTP(失活) GTP 酶激活蛋白( GAP )(激活)接頭蛋白:生長因子受體結(jié)合蛋白 Grb2 ,通過其 SH2 結(jié)構(gòu)域與 Tyr 被磷酸化的受體結(jié)合,同時通過其SH3 域與具有pro 富集區(qū)的 SOS 結(jié)合,并通過SOS 活化 Ras 蛋白 .2 、 Ras-MAPK 途徑:生長因子 -生長因子受體( 具酪氨酸激酶活性 ) -含有 SH2 結(jié)構(gòu)域的接頭蛋白 ( 如 Grb2 ) -鳥苷酸交換因子SOS -Ras

48、-GTP Rafi MAPKK ( MEK ) MAPK 轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)基因表達。3 . Ras-MAPK 途徑的調(diào)節(jié) Ras-MAPK 途徑中信號轉(zhuǎn)導分子的突變(如 Ras )和表達量的改變. 其他信號轉(zhuǎn)導途徑的影響cAMP-PKA : 抑制 Raf-1 ; PKC : 活化 Rafl ,四、 Jak-stat 途徑:STAT : 信號轉(zhuǎn)導物與轉(zhuǎn)錄激活劑( signal transducer and activators of transcription)至少 6 種,分子量84-113KD ,含一個 SH2 結(jié)構(gòu)域 ( 羧端),一個SH3 樣結(jié)構(gòu)域,并合有DNA 結(jié)合域, Stat 的激活依

49、 賴通過磷酸化形成二聚體 .Jak-Stat 途徑:細胞因子受體 ( 二聚體化 ) Jak Stat Stat 二聚體(活化)易位至核,影響轉(zhuǎn)錄 . ?第六章細胞周期及其調(diào)節(jié)細胞增殖( cell proliferation )與細胞生長分裂周期 .第一節(jié)細胞周期1、 細 胞周期 ( cell cycle ) : 指親代細胞分裂結(jié)束到子代細胞分裂結(jié)束所經(jīng)歷的過程,這個過程所需的時間稱為細胞周期時間。細胞周期由 G1 、 S 、 G2 和 M 期組成( G1 、 S 和 G2 期又合稱為分裂間期 ) 。G1 ( Gap1 )期: DNA 合成前期 ( 復制前期 ) ,從上次有絲分裂完成到 DNA

50、復制之前的階段;S 期: DNA 復制期 ;G2 期:合成后期,從DNA 復制完成至有絲分裂開始 ;M 期:有絲分裂( Mitosis )期,包括核分裂和胞質(zhì)分裂.M 期結(jié)束后形成兩個新的子細胞。注:不同細胞的細胞周期時間不同,一般 S+G2+M期較恒定,而G1期變化較大,因而它決定了細胞周期時間的長短; G1 期細胞有三種可能的趨向: 1 )進入 S 期(即進入細胞周期 ) . 2 )處于靜止期即Co 期(在一定條件下可重新進入增殖周期) , 3)分化、衰老、凋亡。2、 細 胞周期中各時相的主要生化事件細胞周期中每期都有其特殊功能,其中 S 期的 DNA 復制和 M 期細胞核的有絲分裂是細胞

51、周期中 2 個最關鍵的過程:1 、 G1 期:為 DNA 復制作準備, G1 早期合成各種 RNA 、結(jié)構(gòu)蛋白和酶等,細胞通過一個限制點 ( restriction point , R 點)后在 G1 后期合成 DNA 復制有關的蛋白和酶。在開始合成DNA 之前有一個關卡( checkpoint ),檢查染色體DNA 是否有損傷,如有則先要進行修復。2 、 S 期: DNA (包栝端粒) 的復制及組蛋白合成、核小體裝配. S 期后每一染色體復制成2 個染色單體?S G2 期關卡:檢查DNA 復制是否完成3 、 G2 期:為有絲分裂作準備?有 RNA 和非組蛋白合成。4 、 M 期:染色體濃縮一

52、仿錘體形成- 染色體分離并移向細胞兩端- 染色體解聚,形成兩個新核 -胞質(zhì)分裂。第二節(jié)周期素依賴性蛋白激晦與細胞周期調(diào)節(jié)周期素依賴性蛋白激酶( cyclin-dependent kinases , CDKs )通過使特異底物磷酸化調(diào)節(jié)細胞周期進行,其活性依賴與周期素( cyclin )結(jié)合形成復合物。一、周期素- 周期素依賴性蛋白激酶周期素家族和周期素依賴蛋白激酶(CDK )家族.細胞周期的不同時相表達不同 cyc-CDK ,這些 cyc-CDK 復合物在各不同的細胞周期過渡點起作用 .1 、 G1 期 cyc-CDKG1 期表達的周期素為周期素 C、 D ( D1 、 D2 、 D3 )和

53、E 。D 族周期素主要與CDK4 (以及 CDK2 、 CDK5 、 CDK6 )結(jié)合成活性的蛋白激酶復合物,對細胞通過R 點( GO -G1 過渡有重要作用。E 族周期素與CDK2 形成復合物。cycE-CDK2 復合物調(diào)控G1 - S 過渡。2 、 S 期和 M 朔 cyc-CDKscycA-CDK2 : 驅(qū)動細胞通過S 期 .cycB-cdc2 : 驅(qū)動 G2 M 期過渡 ( cdc2 或 p34cdc2 即 CDKl ) .二、 周 期素依賴性蛋白激酶抑制物( cyclin-dependent kinase inhibitor , CKIs )CKls 通過與 CDKs 結(jié)合而抑制激酶

54、活性,在細胞周期中起負調(diào)控作用 .CKIs 一般按其分子量命名 .:CKls 的分類:1 、 Kip / Cip 家族:包括三種結(jié)構(gòu)相關蛋白 P21 、 P27 、 P57 、特點是能結(jié)合并抑制大多數(shù)cyc-CDK 復合物;P21 (其它名稱WAFI / CIPl 等 ) :可被 P53 誘導轉(zhuǎn)錄, P21 抑制 cycDl-CDK4 和 cycE-CDK2 ,參與 ( 由于 DNA 損傷誘 導的)P53 介導的細胞周期停止。P27 參與血清去除、接觸抑制和 TGF- B 等導致的細胞周期停止。2 、 INK4 蛋白家族,包括四種相關蛋P16 、 P15 、 P18 、 P19 .特點: IN

55、K4 是 cycD-CDK4 和 cycD-CDK6 的專一性抑制劑,并與CDK 單體結(jié)合。P15 可能參與 TGF- B 誘導的細胞周期停止于G1 期,三、 細 胞周期調(diào)節(jié)因子與腫瘤1 、 cyclin 和 CDKs 可能為原癌基因,其突變或過度表達可導致細胞轉(zhuǎn)化。2 、 CKI 可能是廣譜的腫瘤抑制基因,其失活導致CDK 活性失調(diào)。 p16 (MTSI )在腫瘤中突變特點及其作用。第三節(jié)細胞周期的其它調(diào)節(jié)機制生長因子、生長抑制因子、原癌基因 (如, myc )和抑癌基因產(chǎn)物、蛋白質(zhì)可逆磷酸化、蛋白水解等對細胞周期也有重要調(diào)節(jié)作用。1、 pRB ,?抑癌蛋白,分子量106KD ,其活性與磷峻化狀態(tài)有關:G0 及 G1 早期: pRB 非磷酸化,與轉(zhuǎn)錄因子E2F-1 結(jié)合(抑制轉(zhuǎn)錄 )GF等-cycD-CDK4及cycE-CDK2激活-pRb磷酸化(失活)-釋放E2F -DNA合成基因表達。2、 p53抑癌蛋白 ( 轉(zhuǎn)錄因子),在細胞周期中的作用:參與細胞周期關卡-DNA 損傷檢查的關鍵蛋白 ( 通過誘導 P21 轉(zhuǎn)錄使細胞周期停止于 G1 期)。3、 細

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