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文檔簡介

1、Oncomine數(shù)據(jù)庫應(yīng)用實(shí)例介紹 Oncomine是大型腫瘤基因芯片數(shù)據(jù)庫，涵蓋65個(gè)基因芯片數(shù)據(jù)集、4700個(gè)芯片及4億8千萬個(gè)基因表達(dá)數(shù)據(jù)，可用于分析基因表達(dá)差異、尋找離群值、預(yù)測共表達(dá)基因等，并可根據(jù)腫瘤分期、分級(jí)、組織類型等臨床信息進(jìn)行分類。你還可限定分泌型、激酶、膜型等參數(shù)。更有趣的是，還可依據(jù)已知的基因藥物分析尋找可能的分子標(biāo)記物與治療靶點(diǎn)。下面僅介紹如何分析表達(dá)差異，更多內(nèi)容可參考網(wǎng)站 online help。1.申請(qǐng)賬號(hào) 需要非盈利機(jī)構(gòu)郵箱：大學(xué)或研究機(jī)構(gòu) 免費(fèi)使用可滿足一般需要，若想導(dǎo)出數(shù)據(jù)需要付費(fèi)2.鍵入用戶名與密碼用戶界面3

2、.限定條件 從primary filter-analysis typecancer vs normal、cancer vs cancer、normal vs normal三者中選一，在cancer type中選擇你所研究的腫瘤類型（圖一） 從sample filtersample type中選擇 clinical specimen，還可進(jìn)一步細(xì)分為組織標(biāo)本、血液標(biāo)本等，在Dataset filterdatatype中選擇mRNA（圖二） 在search中鍵入你想要搜索的基因（圖三）圖一圖二RPS10圖三4.比較 可從groupe by 中選擇你感興趣的臨床信息，如選擇cancer vs normal，統(tǒng)計(jì)圖下方1代表癌組織、2代表正常組織（圖四） 若要比較多個(gè)結(jié)果，請(qǐng)展開箭頭，并將可信的結(jié)果打鉤（圖五） Compare后數(shù)據(jù)庫會(huì)自動(dòng)mata分析并列出結(jié)果，紅色代表高表達(dá)，藍(lán)色則代表低表達(dá)。如圖六示RPS10 gene r

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