醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫MEDLINE課件

1、2022/7/161醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫MEDLINEIE 6.0以下版本，應(yīng)用火狐瀏覽器（下載網(wǎng)址及軟件）2022/7/1622022/7/163一、數(shù)據(jù)庫概況（一）編制單位：美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(NLM) 。（二）收錄學(xué)科內(nèi)容：主要收錄生物醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生保健以及生命科學(xué)相關(guān)文獻(xiàn)。包括行為科學(xué)、健康專業(yè)所需要的化學(xué)、生物工藝學(xué)，基礎(chǔ)研究和臨床、護(hù)理、公共衛(wèi)生、衛(wèi)生政策發(fā)展或相關(guān)教育活動(dòng)的內(nèi)容。2000年起增加了生物、環(huán)境科學(xué)、海洋生物、植物和動(dòng)物學(xué)、生物物理學(xué)和生物化學(xué)等生命科學(xué)方面的研究內(nèi)容。2022/7/164（三）文獻(xiàn)來源：收錄70多個(gè)國家和地區(qū)的近5000種生物醫(yī)學(xué)期刊，大都經(jīng)美國衛(wèi)生健康研究院

2、的文獻(xiàn)選擇技術(shù)評(píng)估委員會(huì)Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)評(píng)估挑選,由NLM和各專業(yè)協(xié)會(huì)的數(shù)據(jù)協(xié)作采集專家推薦。近年數(shù)據(jù)涉及37種語種，回溯至1949年的數(shù)據(jù)涉及60種語種。數(shù)據(jù)庫47%為美國本土出版文獻(xiàn)，90%為英文文獻(xiàn)，79%的文獻(xiàn)有著者撰寫的英文文摘，（以上數(shù)據(jù)根據(jù)2009年7月數(shù)據(jù)庫提供）。一、數(shù)據(jù)庫概況2022/7/165二、 MEDLINE的檢索平臺(tái)廣域網(wǎng)免費(fèi)平臺(tái)：NCBI-PubMed（含非MEDLINE數(shù)據(jù)）2022/7/166校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺(tái)（IP控制）：Ovid SP（含非MEDLINE數(shù)據(jù)）Web

3、of KnowledgeEBSCOOCLC First Search二、 MEDLINE的檢索平臺(tái)2022/7/167校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺(tái)的Medline2022/7/168PubMed數(shù)據(jù)庫檢索http:/2022/7/169（一）開發(fā)機(jī)構(gòu)：NCBI（美國國立生物技術(shù)信息中心）http:/ NCBI的任務(wù): 建立基于計(jì)算機(jī)信息處理的分子生物學(xué)、生物化學(xué)、遺傳學(xué)知識(shí)的自動(dòng)存儲(chǔ)和分析系統(tǒng)，并開展相關(guān)先進(jìn)方法的研究。 促進(jìn)生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對(duì)數(shù)據(jù)庫和軟件的使用。 促進(jìn)全世界范圍內(nèi)生物技術(shù)信息收集的合作。一、 PubMed簡介2022/7/1610NCBI網(wǎng)站2022/7/1611NCBI提供

4、的數(shù)據(jù)庫檢索大分子生物學(xué)數(shù)據(jù)獲取GenBank, EMBL等數(shù)據(jù)庫的核酸序列；獲取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白質(zhì)序列，從核酸序列翻譯到蛋白質(zhì)的序列；獲取基因和染色體圖譜；蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)及大分子模式（MMDB）等其他生物信息數(shù)據(jù)庫檢索。PubMed等文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。2022/7/1612廣域網(wǎng)免費(fèi)提供題錄和文摘提供與原文的網(wǎng)址鏈接(部分免費(fèi)獲取） 提供檢索詞智能轉(zhuǎn)換匹配界面簡潔，操作簡便（二） PubMed的特點(diǎn)2022/7/1613MDENLINE Indexed1966 to prensent的MEDLINE已標(biāo)引數(shù)據(jù)，有MeSH字段和摘要，每條記錄標(biāo)有：PubMed-i

5、ndexed for MEDNLINE OldMDENLINE1949-1965年間的MEDLINE數(shù)據(jù)，無MeSH字段和摘要，每條記錄標(biāo)有：PubMed-OLDMDENLINE for Pre1966 （三） PubMed收錄數(shù)據(jù)2022/7/1614MDENLINE Inprocess最新的MDENLINE處理中數(shù)據(jù)，未標(biāo)引，無MeSH字段。每條記錄標(biāo)有：PubMed-in process。Publisher-Supplied出版商提供的電子文獻(xiàn)題錄，每條記錄標(biāo)有: PubMed-as supplied by publisher，分為兩類： MEDLINE 收錄，逐步轉(zhuǎn)為In Proces

6、s, Indexed狀態(tài)。 Not MEDLINE：PubMed 收錄，MDELINE不收錄，一直標(biāo)注PubMed-as supplied by publisher或PubMed（三） PubMed收錄數(shù)據(jù)2022/7/1615二、PubMed的檢索功能基本檢索輸入框檢索限制高級(jí)檢索檢索指南檢索工具：特定文獻(xiàn)檢索臨床查詢專題查詢其他資源：規(guī)范詞數(shù)據(jù)庫期刊數(shù)據(jù)庫臨床試驗(yàn)等個(gè)人空間2022/7/1616檢索欄可輸入一個(gè)或多個(gè)檢索詞（系統(tǒng)默認(rèn)空格為AND檢索）如：Omeprazole pharmacology三、PubMed 基本檢索規(guī)則多個(gè)檢索詞輸入2022/7/1617檢索欄可輸入布爾邏輯運(yùn)算式

7、：如：Omeprazole AND (analogs OR derivatives)字段限定符： ，空格按詞組匹配如：Stem cell transplantationti（空格=詞組運(yùn)算）如：Omeprazoleti pharmacologyti（空格=“and ”運(yùn)算）三、PubMed 基本檢索規(guī)則2022/7/1618字段限定 stem cell transplantationti2022/7/16192022/7/1619stem cellti AND transplantationti比空格多檢出400篇2022/7/1620邏輯運(yùn)算式輸入：蘆薈治療牛皮癬，牛皮癬出現(xiàn)在篇名中2022

8、/7/1621著者檢索：姓全稱在前，名首字母在后，au。如: smith abau “paulsen e”au三、PubMed 基本檢索規(guī)則邏輯運(yùn)算式輸入：Paulsen E撰寫的蘆薈治療牛皮癬的文章2022/7/1622刊名檢索：全稱或MEDLINE認(rèn)可的標(biāo)準(zhǔn)縮寫, so如：Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso三、PubMed 基本檢索規(guī)則輸入刊名檢索發(fā)表在該刊上的文獻(xiàn)（限定出處字段SO）2022/7/1623PubMed記錄字段說明文摘第一著者單位地址出版商提供文獻(xiàn)識(shí)別號(hào)著者群版權(quán)說明參考評(píng)論文獻(xiàn)合著者文獻(xiàn)參考

9、評(píng)論定稿版校樣版輸入日期輸入完成日期電子出版日期2022/7/1624電子出版日期文獻(xiàn)出版日期數(shù)據(jù)加入PubMed日期文獻(xiàn)勘誤參考文獻(xiàn)勘誤全部著者姓名全部調(diào)研者姓名作為文章主題的著者全稱文獻(xiàn)相關(guān)注釋基金編號(hào)基因符號(hào)期編號(hào)資助調(diào)研者資助調(diào)研單位國際標(biāo)準(zhǔn)期刊號(hào)美國立醫(yī)學(xué)圖書館識(shí)別號(hào)期刊全稱2022/7/1625最后修訂日期規(guī)范詞表詞規(guī)范詞確立日期系統(tǒng)組織的文摘版權(quán)擁有者題錄提供機(jī)構(gòu)的識(shí)別號(hào)病史相關(guān)與原始記錄其他關(guān)鍵詞提供其他關(guān)鍵詞的機(jī)構(gòu)數(shù)據(jù)提供者機(jī)構(gòu)文章總頁數(shù)出版商提供數(shù)據(jù)時(shí)間期刊出版國數(shù)據(jù)庫文獻(xiàn)編號(hào)2022/7/1626作為主題詞的個(gè)人姓名出版狀態(tài)文獻(xiàn)類型出版模式（紙張或電子） 參考文獻(xiàn)數(shù)已撤回

10、的文獻(xiàn)酶或化學(xué)物質(zhì)代碼正在撤消中的文章初版文獻(xiàn)修訂和再版的文章子專題文檔太空署提供的數(shù)據(jù)二次文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫以及文章討論的分子序列訪問號(hào)原文來源引用了病例的文獻(xiàn)內(nèi)部處理代碼標(biāo)準(zhǔn)期刊縮寫文獻(xiàn)標(biāo)題翻譯標(biāo)題更新文獻(xiàn)文獻(xiàn)正在更新期刊卷號(hào)2022/7/1627截詞檢索：treat*可檢出：treat, treated, treatment.強(qiáng)迫短語檢索：“ ”，不進(jìn)行自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配和擴(kuò)展檢索如：“acute low back pain” “ang 1”（血管緊張素1縮寫）檢出1085篇比較：ang 1 檢出9956篇，誤檢多，其中有：三、PubMed 基本檢索規(guī)則2022/7/16282022/7/1629自動(dòng)

11、轉(zhuǎn)換匹配檢索詞：對(duì)常用醫(yī)學(xué)名詞自動(dòng)在規(guī)范詞索引（主題詞、副主題詞、物質(zhì)名稱）中轉(zhuǎn)換、并在所有記錄字段中匹配。如：tongue cancer tongue neoplasmsMeSH Terms OR (tongueAll Fields AND neoplasmsAll Fields) OR tongue neoplasmsAll Fields OR (tongueAll Fields AND cancerAll Fields) OR tongue cancerAll Fields三、PubMed 基本檢索規(guī)則2022/7/1630結(jié)果顯示頁右側(cè)Details顯示系統(tǒng)自動(dòng)匹配轉(zhuǎn)換的檢索詞2022

12、/7/1631自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配檢索詞：如：hypertension therapyDetails:(hypertensionMeSH Terms OR hypertensionAll Fields) AND (therapySubheading OR therapyAll Fields OR therapeuticsMeSH Terms OR therapeuticsAll Fields)三、PubMed 基本檢索規(guī)則2022/7/1632四、PubMed 檢索限制：LimitsPubMed主頁、結(jié)果顯示頁、高級(jí)檢索界面均有Limits鏈接。2022/7/1633全文、免費(fèi)全文、摘要限定出版日期限

13、定文獻(xiàn)類型限定語種限定研究對(duì)象人/動(dòng)物限定性別限定年齡限定各種專題的子數(shù)據(jù)庫限定2022/7/1634五、PubMed 高級(jí)檢索功能一個(gè)網(wǎng)頁中集多種功能于一體基本檢索檢索細(xì)節(jié)檢索式編制檢索歷史其他檢索資源檢索詞索引結(jié)果預(yù)覽2022/7/1635Search Builder（檢索式編制）：檢索框中只能輸入檢索詞，不能輸入檢索式。多個(gè)字段檢索要分多次輸入。Search History（檢索歷史）：檢索歷史中顯示歷次檢索式、時(shí)間和檢出篇數(shù)?？山M配檢索式，如：#1 OR #2，#1 AND child點(diǎn)擊編號(hào)可對(duì)檢索式進(jìn)行刪除、保存等操作。Preview（結(jié)果預(yù)覽）：在History中快速顯示檢索式與

14、檢出篇數(shù)Details（檢索詞匹配細(xì)節(jié)）：顯示轉(zhuǎn)換規(guī)范詞及運(yùn)算的詳細(xì)過程，可確定規(guī)范詞五、PubMed 高級(jí)檢索規(guī)則2022/7/1636六、PubMed其他資源1. Mesh Database（規(guī)范化主題詞表）功能：確定規(guī)范化主題詞查看主題詞詞義注釋、樹狀結(jié)構(gòu)表選擇副主題詞、擴(kuò)展下位主題詞、指定主要主題詞進(jìn)入途徑：MeSH Database鏈接：PubMed主頁，Advanced Search界面MeSH選項(xiàng)：基本檢索框前Search下拉菜單的2022/7/1637進(jìn)入 MeSH2022/7/1638MeSH詞檢索例1：2006-10年關(guān)于舌根癌藥物治療的文獻(xiàn)。課題分析：舌根癌的不同表達(dá)形式

15、（OR）：tongue base cancer、cancer/carcinoma/tumor of tongue base、cancer of the base of tongue藥物治療的不同表達(dá)形式（OR） ：drug therapy/treat/treatment兩個(gè)概念之間：舌根癌 AND 藥物治療2022/7/1639輸入檢索詞，查找規(guī)范詞未匹配到規(guī)范詞改用上級(jí)概念“舌癌”匹配2022/7/1640只查重點(diǎn)論述的文獻(xiàn)2022/7/1641輸入舌根的自由詞檢索式，進(jìn)行AND運(yùn)算。2022/7/1642初步結(jié)果，未限定年份2022/7/16432022/7/1644設(shè)定的限制2022/7

16、/1645輸入(tongue baseti AND (cancer*ti OR carcinoma*ti OR tumor*ti) AND (therapy OR treat OR treatment)自由詞檢索最新文獻(xiàn)2022/7/16462022/7/1647加工中，無MeSH詞2022/7/1648比MeSH多3篇2022/7/1649排序方式選擇Abstract格式提供全文鏈接、規(guī)范詞等信息2022/7/1650點(diǎn)擊標(biāo)題顯示文摘增強(qiáng)格式文獻(xiàn)歸類功能免費(fèi)全文鏈接2022/7/1651文摘增強(qiáng)格式相關(guān)論文MeSH詞、物質(zhì)名、文獻(xiàn)類型等信息LinkOut外部資源鏈接全文鏈接，我校訂購的數(shù)據(jù)庫

17、可鏈全文，需在校園網(wǎng)內(nèi)設(shè)免費(fèi)代理相關(guān)的網(wǎng)上免費(fèi)醫(yī)學(xué)指南信息全文鏈接2022/7/16522022/7/1653輸出方式選擇2022/7/1654輸出方式選擇（send to）File：保存檢索結(jié)果為文本文件Clipboard 剪貼板，多次檢索，可暫存每次檢索需下載的記錄，最后一起保存。 最多允許存儲(chǔ)500條，保留8小時(shí)。Email: 通過郵件發(fā)送Collections：將檢索結(jié)果存到My NCBI中Order：全文傳遞服務(wù)，需帳號(hào)、收費(fèi)。2022/7/16542022/7/1655訂閱最新結(jié)果點(diǎn)擊后點(diǎn)“XML”按鈕2022/7/1656需IE7.0以上版本2022/7/1657定期點(diǎn)擊鏈接，接

18、收課題最新相關(guān)論文2022/7/1658MeSH詞檢索例2：2003-09年期間關(guān)于霉酚酸酯治療腎衰竭療效觀察的文獻(xiàn)。課題分析：MeSH匹配規(guī)范詞：mycophenolate mofetilMeSH匹配規(guī)范詞：renal failure, treatment efficacy（AND）匹配副主題詞：drug therapy2022/7/1659補(bǔ)充概念（規(guī)范詞）：MeSH主題詞未涵蓋的藥物、物質(zhì)名稱、疾病名、方案。無副主題詞選項(xiàng)2022/7/16602022/7/16612022/7/16622022/7/16632022/7/1664MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)查全同義詞:如：renal/kidney

19、 failure; tongue cancer/tumor查全子概念:如：chronic/acute kidney failure, ATN2022/7/1665查全子概念：自動(dòng)擴(kuò)展檢索下位詞勾選后不擴(kuò)展下位詞樹形結(jié)構(gòu)上位詞MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)查全同義詞2022/7/1666MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)根據(jù)樹形結(jié)構(gòu)調(diào)整檢索詞縮小：不擴(kuò)展下位詞，或選用某個(gè)下位詞；擴(kuò)大：選用上位詞，或選用多個(gè)同位詞；了解同一概念的同義詞、近義詞，供自由詞檢索參考款目詞：規(guī)范詞所替代的不同表達(dá)形式的自由詞2022/7/1667MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)提高文獻(xiàn)相關(guān)度標(biāo)有MeSH詞的都是文章的主題，篩去非主題的文章Major Topic

20、 Headings（加權(quán)，重點(diǎn)論述的主題）帶*的是文獻(xiàn)重點(diǎn)論述的主題2022/7/1668MeSH檢索的缺陷人工標(biāo)引費(fèi)時(shí)，近6個(gè)月左右的論文還未標(biāo)MeSH詞（ In Process），用MeSH會(huì)漏檢。Medline不收錄的文獻(xiàn)，Supplied by publisher的文獻(xiàn)，不標(biāo)MeSH詞。新詞、一些很專指的概念沒有對(duì)應(yīng)的規(guī)范詞。如：SARS（03年詞表中沒有），舌根癌查上述類型的文獻(xiàn)需結(jié)合自由詞檢索2022/7/1669六、PubMed其他資源2. Journals in NCBI Database（期刊信息庫）通過輸入刊名全稱或縮寫、ISSN號(hào)等瀏覽期刊出版社等詳細(xì)信息。提供期刊：在P

21、MC中的免費(fèi)全文鏈接相關(guān)的其他期刊2022/7/1670輸入待檢期刊名期刊詳細(xì)信息全文等鏈接2022/7/1671 GoPubmed文獻(xiàn)分析2022/7/1672GoPubmed文獻(xiàn)分析工具GoPubMed是德國Transinsight公司和德國德累斯頓大學(xué)合作開發(fā)，對(duì)PubMed檢索結(jié)果進(jìn)行篩選、分析的工具。智能搜索、交互式篩選找出重要論文。2022/7/1673GoPubMed的功能包括生物醫(yī)學(xué)所有概念及其語義關(guān)系GO 基因詞庫MeSH主題詞表PRO 蛋白質(zhì)詞庫2022/7/1674GoPubMed可以告訴我們4WWhatWhoWhereWhen2022/7/16752022/7/1676自動(dòng)顯示備選主題詞鼠標(biāo)移動(dòng)至主題詞可顯示注解、同義詞等2022/7/1677最近檢索歷史2022/7/1678四個(gè)“W”查看發(fā)表文獻(xiàn)最多的作者2022/7/1679著者關(guān)系圖2022/7/16802022/7/1681案 例 分 析 H1N1流感的研究進(jìn)展利用GoPubMed查找相關(guān)文獻(xiàn)，并了解以下四個(gè)“W”：What ，Who，Where，When；了解涉及甲流病毒研究的文章；查找中國（不含省港澳）關(guān)于甲流病毒的研究文章2022/7/1682輸入規(guī)則同