10---PCR引物設(shè)計(一)匯總課件(PPT 48頁)

1、第4章 生物信息學(xué)應(yīng)用軟件4.1 DNAStar4.2 DNAMAN4.3 GeneDoc第一頁，共四十八頁。第1頁，共48頁。4.1 DNAStarDNAStar的主要功能：EditSeq 序列編輯GeneQuest 基因搜索MapDraw 圖譜繪制MegAlign 序列比對PrimerSelect 引物設(shè)計Protean 蛋白分析SeqMan II 序列組裝第二頁，共四十八頁。第2頁，共48頁。安裝DNAStar應(yīng)用軟件從“Bioinformatics Programs”文件夾中找Dnastar可執(zhí)行文件，雙擊啟動安裝，安裝完成后從“開始” “程序”中點擊“DNAstar”，選擇所需程序運

2、行。第三頁，共四十八頁。第3頁，共48頁。4.1.1 EditSeqClick here.開始 程序 DNAStar EditSeq第四頁，共四十八頁。第4頁，共48頁。Example 4-1試對下面的DNA序列進行EditSeq分析.ggcacgaggcgacgaaacaatacttgcctgatttaaacgattataagttttgttaaggaaaaactgtgatcagcttcaaattattttcaaattccgcgtaatctccaagatgtcacacaatggaactttggatgaacattatcagaccgtgagggaattttacgatggtaaatccgttttta

3、ttacaggagcgaccggattccttggaaaggcgtacgttgagaaacttgcgtattcgtgtccgggcatagtaagcatttacattttgattcgagacaagaaagggtcgaacactgaagagcgaatgagaaaatatcttgatcagcccattttttcacgaataaaatacgaacatccagaatatttcaaaaaaatcattcccatctctggtgatatcaccgcacccaaactaggattgtgcgatgaagaaagaaatatattaatcaacgaggtgtcgatagtgattcactcagccgcttcgg

4、tcaaactaaacgatcatttaaaatttactctgaacacgaatgttggaggtacgatgaaagtgttggaactcgttaaagaaatgaaaaacttagcgatgttcgtatatgtgtctacagcttattctaacacaagtcaaagaattttagaagaaaaactttatcctcagtccctaaatctaaacgaaatacagaagttcgctgaagaacattatatattaggtaaagacaacgatgaaatgataaaatttataggtaaccacccaaacacatatgcatacacaaaagcgctggcagaaaact

5、tagttgctgaagaacacggtgaaataccaacaattatcattaggccttcgattattacagcgagtgctgaagagccagtgcgagggttcgtggatagttggagtggtgcaactgctatggcagcatttgctttgaagggatggaacaacataatgtacagcacaggcgaggagaatattgatctgatacctctagactatgttgtcaaccttacattagtagcgattgctaaatataagcctaccaaagaggtcacagtatatcacgtcacaaccagcgatcttaatcccatttcaatcc

6、gaagaatatttataaagctctccgaattcgcatcaaaaaatccaacgagtaatgccgcaccattcgcagcaacgactttattgactaaacagaagccattaataaaactggtcacgtttctcatgcagaccacgccggctttcctagctgacttatggatgaaaacccagaggaaagaagccaaattcgtcaagcaacataatctagtagtgagaagtcgtgatcaactggaattcttcacgtctcagtcgtggttgcttcgttgcgagcgagcccgtgtgcttagtgcggcactgagcg

7、attcagaccgcgctgtcttccgctgcgatccttccaccatagactgggaccaatatttgccaatatacttcgaaggaatcaacaagcatctgttcaaaaataaattatagtcgattcctaataggcttgtaattgattccaaaaatacttagataacaataactttaatcaactacaatgaaataaatgtaaagtcgtcgtgacctataggataagacgtacggtgcattcgtatatagcgatgcaccggtgttcgaatcccgcaggcggataccaatttttctaatgaaatacgtactt

8、aacaaatgttcacgattgacttccgcggtgaaggaacaacatcgtgtaataaaaatcaaacccgcaaaattataatttgcgtaattactggtggtaggacctcttgtgagtccgcacgggtaggtaccaccactccgtctatttctgccctgaagcagcattgcgtttcggtttgaaaggtggggtagccgtggtaactatactatactatagtaattccaaaattcgctgatttatgttctattagtctgatttagttaaaccatttctatagttactatagttattacctttcttgta

9、ctgcacagagacacggaatgctgttttattttaagttttgagttattatagtttaataaatactgtcatattacataattatttatgtgcaagatgtaatggccatttagatgtgatacgtcctttttacaaaaaaaaaacatgctatatgaaaaaaaaaaaaaaaaaaa第五頁，共四十八頁。第5頁，共48頁。Paste sequencePaste your sequence here.第六頁，共四十八頁。第6頁，共48頁。1）Change font sizeClick here.第七頁，共四十八頁。第7頁，共48頁。2）Cha

10、nge Layout (1/2)Click here.第八頁，共四十八頁。第8頁，共48頁。Change Layout (2/2)Then click here.Click here.第九頁，共四十八頁。第9頁，共48頁。The changed layout第十頁，共四十八頁。第10頁，共48頁。3）Change to UPPERCASEClick here.第十一頁，共四十八頁。第11頁，共48頁。Change to uppercaseClick here.第十二頁，共四十八頁。第12頁，共48頁。The changed letters第十三頁，共四十八頁。第13頁，共48頁。4）Find

11、ORF將光標(biāo)放到第1個堿基上Click here.第十四頁，共四十八頁。第14頁，共48頁。Find ORFClick here.第十五頁，共四十八頁。第15頁，共48頁。The found ORF第十六頁，共四十八頁。第16頁，共48頁。5）Translate DNAClick here.第十七頁，共四十八頁。第17頁，共48頁。Result of “translate DNA”第十八頁，共四十八頁。第18頁，共48頁。6）Select nucleotides第十九頁，共四十八頁。第19頁，共48頁。4.1.2 PrimerSelect開始 程序 DNAStar PrimerSelectCl

12、ick here.第二十頁，共四十八頁。第20頁，共48頁。Example 4-2以克隆載體pBR322為模板DNA序列，設(shè)計引物用來擴增位于2013-2169位的H-strand Y effector。第二十一頁，共四十八頁。第21頁，共48頁。1）創(chuàng)建PrimerSelect文件Click here.第二十二頁，共四十八頁。第22頁，共48頁。Enter sequenceClick here.第二十三頁，共四十八頁。第23頁，共48頁。Enter sequence1) Click here.2) Click here.3) Click here.第二十四頁，共四十八頁。第24頁，共48頁。

13、Block view第二十五頁，共四十八頁。第25頁，共48頁。Sequence viewClick here.第二十六頁，共四十八頁。第26頁，共48頁。2）定義引物特點和位置Click here.第二十七頁，共四十八頁。第27頁，共48頁。Primer characteristics使用默認值，點擊“OK”。第二十八頁，共四十八頁。第28頁，共48頁。Primer locations (1/4)Click here.第二十九頁，共四十八頁。第29頁，共48頁。Primer locations (2/4)Click here.Select “Upper and lower primer ra

14、nges”.第三十頁，共四十八頁。第30頁，共48頁。Primer locations (3/4)Click here.輸入相應(yīng)數(shù)值第三十一頁，共四十八頁。第31頁，共48頁。Primer locations (4/4)第三十二頁，共四十八頁。第32頁，共48頁。3）尋找引物對Click here.第三十三頁，共四十八頁。第33頁，共48頁。List of primers按住圓圈往左移第三十四頁，共四十八頁。第34頁，共48頁。對引物的評價Click here.Click here.第三十五頁，共四十八頁。第35頁，共48頁。Alternate products線條越粗，能擴增出的產(chǎn)物量越大（

15、第1對引物）。第三十六頁，共四十八頁。第36頁，共48頁。Alternate products線條不是很粗，擴增出的產(chǎn)物量較少（第2對引物）。第三十七頁，共四十八頁。第37頁，共48頁。錯配點第三十八頁，共四十八頁。第38頁，共48頁。4）查看引物的其他信息再點擊這里先選定第一對引物第三十九頁，共四十八頁。第39頁，共48頁。Amplification summary第四十頁，共四十八頁。第40頁，共48頁。Composition summary (1/2)Click here.第四十一頁，共四十八頁。第41頁，共48頁。Composition summary (2/2)第四十二頁，共四十八頁。第42頁，共48頁。Primer self dimers (1/2)Click here.第四十三頁，共四十八頁。第43頁，共48頁。Primer