藥物研發(fā)中的新方法和新技術(shù)

1、藥物研發(fā)中的新方法和新技術(shù)01、手性藥物和手性藥理學(xué)(Chiral Drug and Chiral Pharmacology)手性藥物： 是指含有不對(duì)稱中心或手性中心的藥物。 手性藥物的對(duì)映體進(jìn)入生物體內(nèi)手性環(huán)境(如酶、蛋白質(zhì)、受體等)，將被作為不同的分子加以識(shí)別匹配，因此在藥效、藥物動(dòng)力學(xué)和毒理學(xué)方面均存在對(duì)映體選擇性作用。手性藥理學(xué)： 研究手性藥物對(duì)映體的藥效和藥代動(dòng)力學(xué)，為合理使用手性藥物提供科學(xué)依據(jù)的藥理學(xué)分支學(xué)科。1手性藥物的藥理作用模型：一種對(duì)映體為另一種對(duì)映體的競(jìng)爭(zhēng)性拮抗劑。兩種對(duì)映體有不同的藥理作用。一種對(duì)映體有治療作用，另一種對(duì)映體主要產(chǎn)生副作用。兩種對(duì)映體都有治療作用，但主

2、要的副作用由中一種異構(gòu)體產(chǎn)生。對(duì)映體作用的互補(bǔ)性。一種對(duì)映體有藥理活性，另一種對(duì)映體無(wú)活性或活性弱。對(duì)映體生物轉(zhuǎn)化增加毒性。2意義：手性藥物和手性藥理學(xué)在今后的藥學(xué)研究中的作用將越來(lái)越大。手性拆分和合成技術(shù)、分子生物學(xué)、結(jié)構(gòu)生物學(xué)等的不斷發(fā)展，將加速現(xiàn)有混旋體藥物被拆分或用不對(duì)稱方法被合成，以利于藥物活性的提高和藥物毒性的降低。32、組合化學(xué)(Combinatorial chemistry) 是指對(duì)含有數(shù)十萬(wàn)乃至數(shù)十億個(gè)化合物的化學(xué)庫(kù)進(jìn)行同步合成和篩選的方法，又稱非合理藥物設(shè)計(jì)。組合化學(xué)的核心思想： 構(gòu)建具有分子多樣性的化合物庫(kù)，然后進(jìn)行高通量篩選，試圖在其中找到具有生物活性的化合物。4組合化

3、學(xué)的目前發(fā)展趨勢(shì)：與合理藥物設(shè)計(jì)相結(jié)合，通過(guò)分子模擬和理論計(jì)算方法合理設(shè)計(jì)化合物庫(kù)，一方面增加庫(kù)中化合物的多樣性(diversity)，提高庫(kù)的質(zhì)量；另一方面通過(guò)合理設(shè)計(jì)和分子模擬方法減少庫(kù)中化合物的數(shù)量。根據(jù)受體生物大分子結(jié)合位點(diǎn)的三維結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)集中庫(kù)(focus library)，提高組合化學(xué)物庫(kù)的質(zhì)量和篩選效率。53、組合生物催化(Combinatorial Biocatalyst) 是指將生物催化和組合化學(xué)結(jié)合起來(lái)，從某一先導(dǎo)化合物出發(fā)，用酶催化或微生物轉(zhuǎn)化方法產(chǎn)生化合物庫(kù)。意義：提高合成組合化合物庫(kù)的效率。因?qū)⑸镛D(zhuǎn)化技術(shù)應(yīng)用于組合庫(kù)合成，故可對(duì)合成的天然產(chǎn)物進(jìn)行結(jié)構(gòu)改造，合成類天然產(chǎn)

4、物數(shù)據(jù)庫(kù)(nature product-like library)和人工天然產(chǎn)物，增加天然產(chǎn)物的分子多樣性。6組合生物催化的進(jìn)展：利用生物催化的選擇特異性，建立小分子化合物庫(kù)。利用生物催化的底物的廣譜性，采用“一鍋煮”方法可得到多種衍生物。建立天然復(fù)雜化合物庫(kù)，與微生物和基因工程技術(shù)相結(jié)合產(chǎn)生大量的人工天然產(chǎn)物。實(shí)現(xiàn)生物催化的高通量、自動(dòng)化。設(shè)計(jì)新的酶促轉(zhuǎn)化方法，提高非水溶液中生物催化劑的活性，產(chǎn)生新的生物催化劑。74、高通量篩選(High-through-put Screening)概念： 是指運(yùn)用計(jì)算機(jī)控制的高敏化和專一性篩選模型，對(duì)大量化合物的藥效進(jìn)行微量樣品的自動(dòng)化測(cè)定。 意義： 是一

5、種靈敏度高、特異性強(qiáng)、微量快速的篩選新模型和新技術(shù)，大大加快了新藥研發(fā)的步伐。85、化學(xué)信息學(xué)(Chemoinformatics)概念： 從各種信息源中提取有用的信息，將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成信息，信息轉(zhuǎn)換成有效的知識(shí)，以加速新藥先導(dǎo)化合物的發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化。 化學(xué)信息學(xué)的數(shù)據(jù)來(lái)自于各制藥公司自己的積累、化學(xué)品公司、數(shù)據(jù)庫(kù)公司和文獻(xiàn)，組合化學(xué)樣品庫(kù)的合成和高通量篩選是化學(xué)信息學(xué)的新的數(shù)據(jù)來(lái)源。96、生物信息學(xué)（Bioinformatics）定義： 包括生物信息的獲取、處理、存儲(chǔ)、傳播、分析和解釋等方面的學(xué)科。兩個(gè)相關(guān)的研究領(lǐng)域：構(gòu)建現(xiàn)代生物信息結(jié)構(gòu)的工作和研究 傳統(tǒng)生物信息學(xué)為探索生物學(xué)基本問(wèn)題所進(jìn)行的計(jì)算研究

6、 計(jì)算生物學(xué) 10意義： 生物信息學(xué)不僅可用于靶標(biāo)生物大分子的發(fā)現(xiàn)及確證，還可用于藥物作用機(jī)制、藥代動(dòng)力學(xué)以及藥物毒性的研究。117、細(xì)胞和分子生物學(xué)(Celluar and Molecular Biology)分子生物學(xué)： 在分子水平研究生物過(guò)程的科學(xué)，特別是關(guān)于細(xì)胞成分的物理化學(xué)性質(zhì)和變化，以及這些性質(zhì)和變化與生物現(xiàn)象的關(guān)系的研究。細(xì)胞生物學(xué)： 是應(yīng)用現(xiàn)代物理學(xué)和化學(xué)的技術(shù)成就和分子生物學(xué)的概念和方法，以細(xì)胞作為生命活動(dòng)的基本單位的思想為出發(fā)點(diǎn)，在細(xì)胞、細(xì)胞超微結(jié)構(gòu)和分子水平等不同層次上探索生命活力基本規(guī)律的基礎(chǔ)學(xué)科。12細(xì)胞生物學(xué)的主要內(nèi)容： 細(xì)胞的形態(tài)與結(jié)構(gòu)、細(xì)胞的代謝、細(xì)胞的增殖與分

7、化、細(xì)胞的遺傳與變異、細(xì)胞的衰老與死亡、細(xì)胞起源與進(jìn)化、細(xì)胞的興奮與運(yùn)動(dòng)、細(xì)胞的信息傳遞等。細(xì)胞生物學(xué)的新的發(fā)展領(lǐng)域： 細(xì)胞的識(shí)別、細(xì)胞免疫、細(xì)胞工程等。13細(xì)胞分子生物學(xué)： 是將細(xì)胞生物學(xué)與分子生物學(xué)相結(jié)合，將分子生物學(xué)的概念和技術(shù)引入細(xì)胞學(xué)，將細(xì)胞看成是物質(zhì)、能量、信息過(guò)程的結(jié)合，并在分子水平深入探索其生命活動(dòng)規(guī)律。意義： 豐富人們對(duì)藥物在細(xì)胞內(nèi)部的作用機(jī)制和代謝過(guò)程的認(rèn)識(shí)，以助于找到更加有效、低毒的新藥。148、結(jié)構(gòu)生物學(xué)(Structural Biology) 是利用現(xiàn)在物理、化學(xué)方法和技術(shù)，從原子和分子結(jié)構(gòu)水平上研究生物大分子的結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系、生物大分子-生物大分子和生物大分子-小

8、分子間的相互作用等。結(jié)構(gòu)生物學(xué)的主要研究方向： 利用X-衍射晶體學(xué)方法、多維核磁共振方法和電鏡技術(shù)測(cè)定生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。159、分子克隆(Molecular Cloning)克隆(名詞)： 是指從同一祖先通過(guò)無(wú)性繁殖產(chǎn)生的后代，或具有相同遺傳性狀的DNA分子、細(xì)胞和個(gè)體所組成的特殊的生命群體?？寺?動(dòng)詞)： 是指從同一祖先無(wú)性繁殖產(chǎn)生這類同一的DNA分子群和細(xì)胞群的過(guò)程，其本質(zhì)即無(wú)性繁殖。 16分子克隆： 又稱基因克隆技術(shù)，是指通過(guò)一定的方法得到含某個(gè)特定基因的單一細(xì)胞或細(xì)菌，然后進(jìn)行大量繁殖，從而得到包含該基因的單一細(xì)胞克隆。意義：大大提高緊缺昂貴藥品的產(chǎn)量，大大降低其成本。為疑難雜癥(

9、例如糖尿病、乙肝、癌癥等)的診斷和治療提供分子藥物(激素、抗體、酶等)和分子檢測(cè)手段(例如DNA探針)。17分子克隆的內(nèi)容和步驟：從生物有機(jī)體復(fù)雜的基因組中分離出帶有目的基因的DNA片段。在體外，將帶有目的基因的DNA片段連接到能夠自我復(fù)制并具有選擇標(biāo)記的載體分子上，形成重組DNA分子。將重組DNA分子引入到受體細(xì)胞(亦稱宿主細(xì)胞或寄主細(xì)胞)。18分子克隆的內(nèi)容和步驟：將帶有重組體的細(xì)胞擴(kuò)增，獲得大量的細(xì)胞繁殖群體（菌落）。從大量的細(xì)胞繁殖菌落中，篩選出具有重組DNA分子的細(xì)胞克隆。將選出的細(xì)胞克隆的目的基因進(jìn)一步進(jìn)行研究分析，并設(shè)法使之實(shí)現(xiàn)功能蛋白表達(dá)。1910、蛋白質(zhì)工程(Protein

10、Engineering) 是指在蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)和結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系研究的基礎(chǔ)上，借助計(jì)算機(jī)圖像顯示和輔助設(shè)計(jì)來(lái)確定某一蛋白質(zhì)分子的改造方案，希望達(dá)到創(chuàng)造某些具有明顯經(jīng)濟(jì)效益的新的蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)工程的基礎(chǔ)學(xué)科： 蛋白質(zhì)化學(xué)、分子遺傳學(xué)、蛋白質(zhì)晶體學(xué)、蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)等。意義： 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的研究為基于結(jié)構(gòu)的計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。2011、基因工程(Genetic Engineering) 是指把核酸分子插入質(zhì)粒、任何病毒或其他載體系統(tǒng)，形成遺傳物質(zhì)的新組合，組成重組體，重組體轉(zhuǎn)入宿主細(xì)胞，使宿主細(xì)胞出現(xiàn)可表達(dá)、可傳代的新的遺傳性狀。現(xiàn)代分子生物學(xué)的三大理論發(fā)現(xiàn)：生物遺傳物質(zhì)DNA的發(fā)現(xiàn)

11、；DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)和半保留復(fù)制機(jī)制的明確；遺傳信息傳遞方式的確定，遺傳信息流為DNA RNA 蛋白質(zhì)。21現(xiàn)代分子生物學(xué)的三大技術(shù)發(fā)明：限制性核酸內(nèi)切酶及其應(yīng)用技術(shù)的發(fā)明，使DNA分子的切割成為可能，為基因工程提供了技術(shù)基礎(chǔ)。DNA連接酶及其應(yīng)用技術(shù)的發(fā)明。基因工程載體技術(shù)的發(fā)明(這些載體主要是質(zhì)粒和一些DNA分子)。 上述三大理論發(fā)現(xiàn)和三大技術(shù)發(fā)明對(duì)基因工程的誕生(1973年)起了決定性作用。22意義：生產(chǎn)生長(zhǎng)激素釋放抑制劑的基因工程使人們對(duì)昂貴藥品的需求付諸于現(xiàn)實(shí)。利用細(xì)菌制造胰島素和生長(zhǎng)激素，生產(chǎn)血細(xì)胞凝集素、尿激酶、松弛素、人體血漿蛋白、乙肝疫苗等。基因工程在遺傳病的預(yù)防和治療方面貢獻(xiàn)

12、突出，如單基因缺陷的診斷、基因療法、用DNA探針診斷多種遺傳病等。2312、人類基因組(Human Genome) 是指人類的全部基因(包括30億對(duì)堿基對(duì)，約14萬(wàn)個(gè)基因)。人類基因組計(jì)劃: 始于1990年，由美國(guó)能源部與美國(guó)健康研究院共同發(fā)起，由美、英、德、日、法、中六個(gè)國(guó)家參加，計(jì)劃15年完成，實(shí)際于2000年6月30日完成測(cè)序工作。人類基因組計(jì)劃的目的: 獲得人類基因組所攜帶的遺傳信息。24人類基因組計(jì)劃的目標(biāo):確定人類染色體中的所有基因確定人類染色體的堿基序列建立人類基因信息數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)發(fā)用以數(shù)據(jù)分析的軟件工具將有關(guān)的技術(shù)轉(zhuǎn)讓給私營(yíng)部門研究該計(jì)劃可能引起的倫理、法律以及 社會(huì)問(wèn)題25意義：

13、根據(jù)人類基因組信息可以確定與疾病相關(guān)的基因，揭示發(fā)病機(jī)制。人類基因組信息在疾病的基因診斷及治療、基因咨詢及藥物開(kāi)發(fā)等方面均有潛在的應(yīng)用價(jià)值。2613、轉(zhuǎn)基因技術(shù)(Transgenic Technique) 是指用實(shí)驗(yàn)的方法將外源基因?qū)氲缴矬w內(nèi)，此外源基因與生物本身的基因(染色體)整合，此外源基因隨細(xì)胞分裂而增殖，在體內(nèi)得到表達(dá)，并傳給后代。這段外源基因源被稱為轉(zhuǎn)基因(Transgene)。最早的轉(zhuǎn)基因?qū)嶒?yàn)： 轉(zhuǎn)基因小鼠實(shí)驗(yàn)(80年代初完成)。27貢獻(xiàn)：打破了自然種間隔離，使基因能在種系關(guān)系遙遠(yuǎn)的機(jī)體間流動(dòng)，為基礎(chǔ)科學(xué)研究提供了有用的生物模型。通過(guò)轉(zhuǎn)基因動(dòng)物和植物的表達(dá)可生產(chǎn)出一些新型的蛋白

14、和藥物，具有很高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。利用轉(zhuǎn)基因技術(shù)可以培育出產(chǎn)量增加、抗病蟲害的優(yōu)良種子，有助于解決世界糧食問(wèn)題，并有利于環(huán)保農(nóng)業(yè)的發(fā)展。利用轉(zhuǎn)基因技術(shù)改造動(dòng)物器官，使其被移植到人體中后不產(chǎn)生或少產(chǎn)生免疫排斥反應(yīng)。28影響及重要性： 在1991年第一次國(guó)際基因定位會(huì)議上被公認(rèn)為是遺傳學(xué)中的第四代技術(shù)和生物發(fā)展史(126年)上的第14個(gè)轉(zhuǎn)折點(diǎn)。說(shuō)明: 染色體連鎖分析(第一代技術(shù),20世紀(jì)初) 體細(xì)胞遺傳(第二代技術(shù),60年代) 基因重組技術(shù)(第三代技術(shù),70年代)2914、DNA芯片(DNA Chip) 又稱基因芯片或DNA陣列(DNA array)，非常類似于計(jì)算機(jī)芯片，由成千上萬(wàn)的網(wǎng)格狀密集排列的基

15、因探針組成，即：將大量特定序列的寡聚核苷酸(DNA探針)有序地固化在硅或玻璃等材料做的承載基片上，使其能與靶基因進(jìn)行互補(bǔ)雜交形成DNA探針池。特點(diǎn)： 高效、快速、多參量。應(yīng)用： 對(duì)遺傳物質(zhì)進(jìn)行分子檢測(cè)。30貢獻(xiàn)：生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域：基因芯片可檢測(cè)出疾病的遺傳傾向并作出準(zhǔn)確診斷，由此影響整個(gè)醫(yī)療模式；對(duì)制藥工業(yè)，將可開(kāi)發(fā)出很多基因水平的藥物?；蛐酒拇笠?guī)模應(yīng)用將會(huì)大大縮短實(shí)現(xiàn)人類基因組計(jì)劃的時(shí)間。3115、反義核苷酸(Antisence Oligonucleotide) 能夠與DNA或信使RNA發(fā)生特異性結(jié)合，分別阻斷核酸的轉(zhuǎn)錄或翻譯功能，阻止與病理過(guò)程相關(guān)的核酸或蛋白質(zhì)的生物合成。這種可與DNA或

16、信使RNA結(jié)合的互補(bǔ)鏈稱作反義寡核苷酸。反義核苷酸mRNA32基因治療主要用于由基因組的缺陷或在轉(zhuǎn)錄或翻譯過(guò)程中的失常而發(fā)生的疾病，如癌癥、病毒性疾病及遺傳性疾病。堿基配對(duì)是反義核苷酸作用的基礎(chǔ)。33反義核苷酸作為藥物的條件：制備方法簡(jiǎn)便、經(jīng)濟(jì)具有一定的穩(wěn)定性具有較強(qiáng)的細(xì)胞通透性能在靶細(xì)胞內(nèi)保持一定的濃度能與靶細(xì)胞內(nèi)特定位點(diǎn)作用不與其他生物大分子反應(yīng)34反義寡核苷酸的分子大小是設(shè)計(jì)的重要環(huán)節(jié)：1225范圍，1520較佳反義核苷酸的類似物：局部修飾(堿基雜環(huán)、硫代、甲基磷酸酯等)骨架類似物(PNA等)353616、細(xì)胞凋亡(Apoptosis) 是指在活組織中，單個(gè)細(xì)胞受內(nèi)在基因編程的調(diào)節(jié)，通過(guò)

17、主動(dòng)的生化過(guò)程而自殺的現(xiàn)象，又稱程序化細(xì)胞死亡(programmed cell death, PCD)。細(xì)胞凋亡是細(xì)胞內(nèi)在的有規(guī)律的自我消亡，其不同于細(xì)胞壞死(necrosis)。對(duì)多細(xì)胞生物個(gè)體發(fā)育、正常細(xì)胞更新、各組織保持正常結(jié)構(gòu)與功能具有積極而重要的意義。37細(xì)胞凋亡與AIDS的病變過(guò)程及腫瘤的發(fā)生、發(fā)展和轉(zhuǎn)移密切相關(guān)。細(xì)胞凋亡可由輻射、高溫、化學(xué)藥物、激素、環(huán)境污染物等引起。細(xì)胞凋亡可因受到某些因素的作用而被抑制，如：白細(xì)胞介素-3、EB病毒、bc12基因、P53腫瘤抑制基因等。腫瘤細(xì)胞可以通過(guò)人工觸發(fā)其細(xì)胞凋亡而被除去。3817、分子模擬(Molecular Modeling) 是指

18、用簡(jiǎn)化而理想的模型去模仿分子或分子體系在不同環(huán)境中的行為及性質(zhì)。目前的分子模擬體系：?jiǎn)蝹€(gè)分子聚合物體系(高分子材料等)生物大分子(蛋白質(zhì)、DNA等)39分子模擬的三個(gè)階段：選擇一個(gè)能夠描述分子內(nèi)和分子間相互作用的模型，即：理論計(jì)算方法，現(xiàn)常用量子力學(xué)法和分子力學(xué)法。具體的計(jì)算過(guò)程，包括：能量?jī)?yōu)化、分子動(dòng)力學(xué)模擬、構(gòu)象搜尋等。對(duì)計(jì)算結(jié)果進(jìn)行分析，考察計(jì)算結(jié)果的可靠性，分析計(jì)算結(jié)果的意義。 最終對(duì)所模擬的分子的性質(zhì)作出合理的解釋及預(yù)測(cè)。40分子模擬的研究方向：從蛋白質(zhì)的氨基酸序列預(yù)測(cè)其三維結(jié)構(gòu)的計(jì)算方法，包括： 同源模建法(根據(jù)蛋白質(zhì)一級(jí)序列的相似性) 穿針引線法(根據(jù)蛋白質(zhì)的一級(jí)序列與某已知結(jié)構(gòu)的相容性) 從頭預(yù)測(cè)法(從氨基酸序列以及氨基酸在水溶液中的物化性質(zhì))研究生物大分子-生物大分子以及生物大分子-配體小分子間的相互作用(即：虛擬藥物篩選中的分子對(duì)接方法，docking)。4118、計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)(Computer-Aided Drug Design, CADD)方法：基于配體的藥物設(shè)計(jì) 根據(jù)已知的配體結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)新的配體，包括QSAR方法和藥效團(tuán)模型方法。基于受體的藥物設(shè)