山大生物信息學(xué)課件05-2分子進(jìn)化2

1、分子進(jìn)化 2生物信息學(xué)用PhyML建ML樹多序列比對（ClusteralW, T-Coffee, MUSCLE）。參數(shù)選擇（ProtTest），在用ML算法時需要。把序列比對和ProtTest 給出的參數(shù)輸入PhyML，計(jì)算時間有時較長。進(jìn)化樹查看軟件（Treeview）。 多序列比對seq.fasta這里選Phylip, interleaved或sequential都可以Submit之后返回的結(jié)果保存在pg.phylip文件里http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/Gaps cause trouble for most phylogeny reconstru

2、ction methods. 可以考慮刪除的列多序列比對的預(yù)處理ML建樹參數(shù)選擇參數(shù)選擇（ProtTest），在用ML算法時需要自己搜“ProtTest download”下載下來解壓縮，綠色軟件無需安裝，雙擊ProtTest.jar跳出小窗口“select file”輸入 .phylip格式的序列比對“Optimization strategy”選 “slow ” (課上演示因時間原因選“fast”)點(diǎn)Start跑完之后點(diǎn)”O(jiān)verall comparison”注意：1、電腦要設(shè)置成顯示文件后綴名（延展名）2、電腦要安裝JAVA運(yùn)行環(huán)境用PhyML創(chuàng)建ML樹PhyML: http:/www.

3、atgc-montpellier.fr/phyml/Substitution Model這一組的幾項(xiàng)必要參數(shù)都可以從ProtTest的結(jié)果中拿到：首先從ProtTest結(jié)果里找到best model:什么+什么+什么+再填寫PhyML里的參數(shù)：Substitution model: 什么+什么+什么+，里的第一個“什么”Equilibrium frequencies: F (amino acid frequencies ) “observed”對應(yīng)的就是“empirical” Proportion of invariable sites: I (proportion of invariable sites)Number of substitution rate categories: G (n rate categories)Gamma shape parameter: G (“=”后面的數(shù)值)best model里沒有的點(diǎn)“estimated”。Perform bootstrap: 1001000其他參數(shù)都比較簡單，根據(jù)實(shí)際情況填，不明白的就別動。等幾個小時甚至1整天后，結(jié)果發(fā)到郵箱里(pg_phys_phyml_result)。用PhyML創(chuàng)建ML樹用PhyML創(chuàng)建ML樹進(jìn)化樹顯