SNP與人類疾病課件

1、單核苷酸多態(tài)與人類疾病SNPs In Human Diseases1.回顧理論課內(nèi)容單核苷酸多態(tài)性及相關概念常用的SNP分型技術基于SNP的復雜疾病遺傳定位方法12重要的SNP數(shù)據(jù)庫資源342.3實習課內(nèi)容1. 利用HapMart網(wǎng)絡平臺提取中國漢族人群基因IL8上的SNP，并列出這些SNP各自所處的功能區(qū)域2. 試結(jié)合第一章中對NCBI等重要的序列數(shù)據(jù)資源知識介紹，選取適當?shù)南拗菩云伍L度多態(tài)性方法用于IL8基因上SNP分型的內(nèi)切酶.4實習課內(nèi)容3. 從本章給出的Haploview網(wǎng)絡地址下載并安裝最新的Haploview軟件版本，研究一下可以輸入的數(shù)據(jù)格式4. 在Haploview中導入H

2、apmap格式IL8基因上的SNP基因型，從中提取能覆蓋整個基因的最少量的TagSNP.5 為了培養(yǎng)大家獨立操作的能力，老師給大家演示例子時用IL10基因，大家做習題的時候用IL8基因！.61. 利用HapMart網(wǎng)絡平臺提取中國漢族人群基因IL10上的SNP，并列出這些SNP各自所處的功能區(qū)域?qū)嵙曨}1/（1）開打網(wǎng)頁.（2）輸入設置：選擇CHB、 在GENE FILTERS框中輸入IL107.（3）輸出設置：選擇感興趣的輸出信息8.3. 結(jié)果導出：以界面和文件形式輸出限定條件下IL10上的SNP位置、基因型、群體頻率等信息9.10實習題22. 試結(jié)合第一章中對NCBI等重要的序列數(shù)據(jù)資源知識

3、介紹，選取適當?shù)南拗菩云伍L度多態(tài)性方法用于IL8基因上SNP分型的內(nèi)切酶.限制性內(nèi)切酶（restriction enzyme），能識別雙鏈DNA中的特定堿基序列，并切割雙鏈DNA的核酸酶。常用于重組DNA技術的一類限制酶的識別位點為回文對稱結(jié)構(gòu)，它們的結(jié)合和切割都在這一特定的對稱結(jié)構(gòu)內(nèi)11同一物種不同個體的DNA分子，用同一種限制性內(nèi)切酶完全酶切后，出現(xiàn)分子量不同的同源等位基因片段，稱為限制性片段長度多態(tài)性（restriction fragment length polymorphism，RFLP） .內(nèi)切酶酶切示例BbuI GCATGCCGTACGGCATGC3端突出NotIGCGGCCG

4、CCGCCGGCGGCCGCCGG5端突出HpaIGTTAACCAATTGGTT AACCAA TTG平末端名稱識別位點切割后分子末端類型555555333333粘性末端12.13TTTCCC249 bp254 bp503 bp電泳圖模擬.14.優(yōu)點：1.方法簡單；2.容易操作；3.經(jīng)費要求不高缺點：1.樣品純度要求較高和用量大；2.過分依賴于限制性內(nèi)切酶的種類和數(shù)量；3.分析步驟繁瑣、工作量大；4.分型容易出錯、通量較小RFLP方法優(yōu)缺點15.16/index.html直接以IL8為例演示.17.18.19.20.21選取一個要研究的區(qū)域.22利用軟件分析該區(qū)域的限制性內(nèi)切酶位點.23設計引

5、物PCR擴增目的片段EcoRI酶切聚丙烯酰胺凝膠檢測.24C 等位EcoRI不能識別.25T 等位EcoRI切割.26實習題33. 從本章給出的Haploview網(wǎng)絡地址下載并安裝最新的Haploview軟件版本，研究一下可以輸入的數(shù)據(jù)格式/mpg/Haploview/index.php.27實習題44. 在Haploview中導入Hapmap格式IL10基因上的SNP基因型，從中提取能覆蓋整個基因的最少量的TagSNP.28/.Haploview軟件直接分析基因的tagSNPIL10: Chr1,205,007,571-205,012,462 Chr1,205007 kb-205,012 kb29.在Haploview軟件界面輸入相應信息30.31.依據(jù)連鎖不平衡（LD），基因內(nèi)block情況32.Tagger: 尋找基因內(nèi)的tagSNP33.tagSNP34.35/大家要是有時間的話，可以嘗試在dbSNP數(shù)據(jù)庫中進行SNP檢索dbSNP數(shù)據(jù)庫檢索SNP.結(jié)果顯示，點擊 GeneView輸入查詢36.選in gene region, 顯示IL10內(nèi)所有的SNP；選cSNP,顯示編碼區(qū)域的SNP37.注意：dbSNP數(shù)據(jù)庫中SNP數(shù)量很大，有的沒有經(jīng)過驗證，研究時僅作參考想想red、green區(qū)域的區(qū)別？38.rs1227691