實習(xí)七生存分析課件

1、生存分析生存分析掌握生存資料的特點掌握生存分析中生存概率、死亡概率、生存率等指標的計算方法及含義熟悉生存曲線的比較方法掌握生存分析SAS結(jié)果的閱讀和解釋目的要求：掌握生存資料的特點目的要求：蘊涵有結(jié)局和時間兩方面信息；結(jié)局為兩分類互斥事件；通過隨訪收集資料；常因失訪等原因造成生存時間數(shù)據(jù)不完整，分布類型復(fù)雜。 生存（隨訪）資料的特點：蘊涵有結(jié)局和時間兩方面信息；生存（隨訪）資料的特點：將研究對象的隨訪結(jié)局和隨訪時間兩個因素同時結(jié)合起來考慮的一種統(tǒng)計分析方法；能充分利用所獲得的信息，達到較準確、全面地評價和比較隨訪資料的目的。生存分析將研究對象的隨訪結(jié)局和隨訪時間兩個因素同時結(jié)合起來考慮的一種生

2、存分析中的重要概念“死亡”事件 失敗事件 (failure event)生存時間 (survival time)完全數(shù)據(jù)截尾數(shù)據(jù)（失訪、退出、終止）死亡概率 (mortality probability)生存概率 (survival probability) 生存率 (survival rate)中位生存時間 (median survival time) 生存分析中的重要概念“死亡”事件 失敗事件 (failu關(guān)于生存時間：截尾的模式圖隨訪開始“死亡”事件失訪死于車禍等非“死亡”事件研究截止時仍存活研究截止時點患者進入期間關(guān)于生存時間：截尾的模式圖隨訪開始“死亡”事件失訪研究截止時乘積極限法（

3、 product-limit estimates)未分組資料生存率的估計主要適用于小樣本壽命表法 (life-table method)實質(zhì)上是乘積極限法的一種近似樣本含量較大時使用通常資料按隨訪時間分組，沒有每個觀察對象確切的生存時間生存過程的描述乘積極限法（ product-limit estimates生存過程的比較 非參數(shù)方法 參數(shù)方法對數(shù)秩檢驗(log-rank test) 分布參數(shù)檢驗分層對數(shù)秩檢驗 Gehan檢驗廣義Wilcoxon檢驗Mantel-Haenszel檢驗生存過程的比較 非參數(shù)方法 對數(shù)秩檢驗（log-rank test）一種非參數(shù)檢驗方法，不要求生存時間符合某特定

4、的分布對分組資料和未分組資料均適用是針對整個生存曲線的比較，而非某個特定時間點生存率的比較除需滿足生存資料的基本要求外，還要求各樣本生存曲線不能交叉對數(shù)秩檢驗（log-rank test）SAS程序SAS程序非參數(shù)法：乘積極限法、壽命表法等SAS過程：LIFETEST參數(shù)法：指數(shù)分布法、威布爾分布法、對數(shù)正態(tài)回歸分析法以及對數(shù)logistic回歸分析法等SAS過程：LIFEREG半?yún)?shù)法：COX模型分析方法SAS過程：PHREG生存分析常用SAS程序非參數(shù)法：乘積極限法、壽命表法等生存分析常用SAS程序生存分析的非參數(shù)方法的SAS過程可用乘積極限法和壽命表法估計生存率和中位生存時間等用對數(shù)秩檢

5、驗、Wilcoxon檢驗、似然比檢驗方法做生存曲線的分組比較LIFETEST過程生存分析的非參數(shù)方法的SAS過程LIFETEST過程PROC LIFETEST 選項； TIME 生存時間變量*截尾指示變量(值)； STRATA 分組變量名列； TEST 分組變量名列； FREQ 頻數(shù)變量名列；RUN;LIFETEST過程的語法格式PROC LIFETEST 選項；LIFETEST過METHOD = 分析方法 PL 乘積極限法（該選項為缺省值） LT 壽命表法PLOTS = (繪制圖形)，若有多個選項用逗號隔開 (S) 以生存率*生存時間繪圖； (LS) 以-logS(t)*生存時間繪圖； (L

6、LS) 以log(-logS(t)*生存時間對數(shù)值繪圖； (C) 繪制有關(guān)截尾值情況的圖形； (H) 對風險函數(shù)做圖，橫縱坐標分別為t、H(t) 選 項METHOD = 分析方法選 項Intervals = 指定壽命表的區(qū)間端點端點值以空格分隔，如“intervals=10 30 50 70”端點值以逗號分隔，如“intervals=10,30,50,70”“a to b by c”的形式，如“intervals=1 to 8”或“intervals=1 to 8 by 2”選 項（續(xù)）Intervals = 指定壽命表的區(qū)間端點選 項（續(xù)）為調(diào)用LIFETEST過程所必需用以指定代表生存時間

7、的變量語句形式如下： TIME t 尖括號中的內(nèi)容可省略TIME 語句為調(diào)用LIFETEST過程所必需TIME 語句主要用于指定分組變量SAS結(jié)果會按指定的分組變量的不同水平分別給出生存率等相關(guān)指標的估計和描述SAS結(jié)果會按指定的分組變量進行生存曲線的比較STRATA 語句主要用于指定分組變量STRATA 語句TEST 語句指定需檢驗的變量語句中的變量為數(shù)值型,則為需要與生存變量進行關(guān)聯(lián)性分析的協(xié)變量語句中的變量為分組變量，則分組比較生存時間有無差別Lifetest過程將通過兩類秩檢驗統(tǒng)計量來檢驗test變量與生存變量的關(guān)聯(lián)性TEST 語句指定需檢驗的變量某醫(yī)師對26例肝癌患者首次肝移植失敗后

8、實施再次肝移植手術(shù)，并于再次移植術(shù)后開始隨訪，隨訪時間(月)和隨訪結(jié)果如表15.2第(2)、第(3)欄所示。試估計再次肝移植患者各時點生存率及其標準誤、各時點總體生存率的95置信區(qū)間、中位生存時間，并繪制生存曲線。教材P203例15.1某醫(yī)師對26例肝癌患者首次肝移植失敗后實施再次肝移植手術(shù)序號生存時間(月)死亡數(shù)期初病例數(shù)死亡概率生存概率生存率生存率的標準誤ktkdknk(1)(2)(3)(4)(5)(6)(7)(8)111261/261-1/260.961 50.037 7222252/251-2/250.884 60.062 732+0230/231-0/230.884 60.062 7

9、431221/221-1/220.844 40.071 654+0210/211-0/210.844 40.071 6661201/201-1/200.802 20.079 5711+0190/191-0/190.802 20.079 58121181/181-1/180.757 60.086 7 表15.226例肝癌患者再次移植術(shù)后估計生存率及其標準誤估計(乘積極限法) 序號生存時間(月)死亡數(shù)期初死亡概率生存概率生存率生存率的標data lt15_1;input t c f; /*t為生存時間變量;c為截尾指示變量，1為完整數(shù)據(jù)，0為截尾數(shù)據(jù)*/cards;1 1 1 2 1 2 2 0

10、1 3 1 1 4 0 1 6 1 1 11 0 1 12 1 1 14 1 2 16 0 1 18 0 1 20 1 1 22 0 1 23 0 1 26 1 1 35 0 1 36 0 1 39 0 1 42 0 1 45 0 1 50 1 1 51 0 1 55 1 1 60 0 1;proc lifetest plots=(s); /*調(diào)用lifetest過程，并繪制生存曲線，缺省情況下使用乘積極限法（pl）*/time t*c(0); /*C=0為截尾數(shù)據(jù)*/Freq f;run;教材P203例15.1data lt15_1;教材P203例15.1生存率死亡率生存率死亡率注意：這里5

11、0%的點估計不是中位生存時間。注意：這里50%的點估計不是中位生存時間。實習(xí)七生存分析課件 某醫(yī)師對324例肝癌患者肝移植后每半年隨訪1次，隨訪結(jié)果如表15.3第(2)欄第(4)欄所示，試估計各時點生存率及其標準誤、各時點總體生存率的95置信區(qū)間、中位生存時間，并繪制生存曲線。教材P206例15.2序號i確診后月數(shù)ti期內(nèi)截尾人數(shù)Ci期內(nèi)死亡人數(shù)Di103137262923121333418433524433630038736331842111 某醫(yī)師對324例肝癌患者肝移植后每半年隨訪1教材P206例15.2data lt15_2;do t=0 to 66 by 6; /*t為生存時間變量*

12、/do c=0 to 1; /*指定截尾變量*/input f; /*f為頻數(shù)變量，表示某個生存時間區(qū)間內(nèi)死亡例數(shù)或截尾例數(shù)*/output;end; end;cards;31 37 29 2 13 33 4 33 4 33 0 38 3 31 1 11 0 8 0 6 0 5 0 2;proc lifetest method=lt intervals=0 to 72 by 6 plots=(s); /*用壽命表法估計(lt)，規(guī)定分組區(qū)間為6，繪制生存曲線*/time t*c(0); /*C=0為截尾數(shù)據(jù)*/ freq f; /*指明f為分析變量的頻數(shù)，起到加權(quán)的作用*/run; 教材P20

13、6例15.2data lt15_2;這個表的結(jié)果和書上有一些出入，注意一下這個表的結(jié)果和書上有一些出入，注意一下實習(xí)七生存分析課件 某臨床醫(yī)生對26例肝炎后肝硬化、29例肝炎后肝硬化合并肝癌患者實施了肝移植手術(shù)，并從肝移植術(shù)后開始隨訪，兩組患者肝移植術(shù)后隨訪時間(月)和隨訪結(jié)果分別如表15.4第(2)和第(4)、第(5)、第(8)、第(9)欄所示，試比較肝炎后肝硬化和肝炎后肝硬化合并肝癌的預(yù)后是否有差別。 教材P209例15.3 某臨床醫(yī)生對26例肝炎后肝硬化、29例肝炎后教材P209例15.3序號時間(月) 肝炎后肝硬化肝炎后肝硬化合并肝癌期初人數(shù)死亡數(shù)截尾數(shù)期初人數(shù)死亡數(shù)截尾數(shù)itin1i

14、d1ic1in2id2ic2i(1)(2)(3)(4)(5)(7)(8)(9)1126102911222501271033241026114423012410552201231066211022007720012201教材P209例15.3序號時間(月) 肝炎后肝硬化肝data lt15_3;input g t c; cards;1 1 1 1 2 0 1 3 1 1 4 0 1 5 0 1 6 1 1 7 0 1 8 1 1 9 0 1 10 0 1 16 1 1 22 0 1 23 1 1 27 1 1 30 1 1 31 1 1 35 0 1 39 1 1 40 0 1 43 0 1 45 1 1 55 0 1 61 0 1 62 0 1 65 0 1 66 0 2 1 1 2 1 0 2 2 1 2 3 1 2 3 0 2 4 1 2 5 1 2 7 0 2 8 0 2 9 0 2 10 1 2 11 1 2 12 0 2 14 0 2 15 1 2 18 1 2 21 1 2 24 1 2 26 0 2 30 1 2 33 0 2