附錄利用string數據庫進行cytoscape蛋白互作網絡繪制

1、利用 STRING 數據庫進行蛋白互作預測By 黃志遠一、簡介STRING （ Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins ） 數 據 庫(/)是一個搜尋已知蛋白質之間和預測蛋白質之間相互作用的系統(tǒng)，這種相互作用既包括蛋白質之間直接的物理的相互作用，也包括蛋白質之間間接功能的相關性。STRING 數據庫除了包含有實驗數據、從 PubMed 摘要中文本挖掘的結果和綜合其他數據庫數據外，還有利用生物信息學的方法預測的結果。所應用的生物信息學的方法有：染色 體臨近、基因融合、系統(tǒng)進化譜和基于芯片數據的基因共表達。系統(tǒng)中利用一

2、個打分機制對 這些不同方法得來的結果給予一定的權重，最終給出一個綜合的得分。二、使用方法1. 打開 STRING 網站 /圖 2.1 2. 支持多種類型文件來搜索，如名稱、蛋白序列、多個名稱、多條蛋白序列。這里，我們以多個豬轉錄本Ensembl的ID稱為例。圖2.23.輸入轉錄本名稱，按“GO!”，進入下個界面； 圖 2.3 4.點擊“GO”之后會出現如下界面：圖 2.4 5.匹配到的蛋白會自動勾選出來，如圖顯示圖 2.5 6. 按“Continue”，獲得蛋白網絡圖；如圖 2.6 所示，可以選擇不同的表達類型。圖 2.6 7.不同顏色的圓點，代表不同的蛋白；圖 2.7 所示為蛋白的注釋信息。

3、圖 2.7 8.如圖 2.8 所示，為蛋白互作關聯分析結果，線條的粗細表示關聯程度的強弱。圖 2.89.保存數據分析的結果；10.利用Cytoscape去畫基因蛋白互作關系；首先我們要確定與基因互作的蛋白節(jié)點關系，這個關系可以從之前的結果頁面下載，選擇Other fomats：11.點擊Other fomats之后會出現一系列的下載選項，選擇下載Text Summary：12.summary結果展示，前兩列即為節(jié)點文件，導入Cytoscape即可作圖：14.用cytoscape作圖操作流程：首先我們要安裝cytoscape，cytoscape程序官方網站： HYPERLINK / /點擊進去之

4、后用戶可以根據自己的實際情況選擇不同的版本，安裝沒有特別需要注意的地方，一直點擊NEXT就可以了，這里我們以cytoscape2.8.3版本進行演示。1）安裝好了點擊運行，會出現如下界面：2）點擊左上角的File選項中的Import選項，再選擇文本格式輸入：3）選擇文本格式輸入之后，會出現如下界面，點擊Select File（s）：4）選擇已經準備好的節(jié)點文件，總共兩列，每一行代表一種對應關系：5）選擇好文件之后會在界面中展示文件中的內容，如下所示：6）然后選擇互作中的第一列元素，也就是Select Source node column:7) 再選擇第二列元素，也就是Target Intera

5、ction的輸入數據：8）其中的Interaction Type選擇默認，選擇好了之后點擊Import：9）cytoscape會根據我們輸入的節(jié)點文件自動繪制出互作網絡圖：10）根據需要我們可以將網絡圖認為調整得更加美觀（直接點擊圖中的紅色圓圈可以隨意拖動），下圖為調整后的圖形：11）保存圖片：點擊File-Export-Current Network View As Graphics（或者直接快捷鍵：Ctrl+shift+P）12）選擇保存類型，有好多種類型可以自行選擇，選擇之后點擊OK：13.更多的數據展示，請登錄 / 查閱。 三、參考文獻Franceschini et al., STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increasedcoverage and integration. Nucleic Acids Res. 2013 Jan四、聯系我們地址：浙江省杭州市下沙經濟開發(fā)區(qū) 6