化學信息學4課件

1、第四章 化學事實數(shù)據(jù)庫Reaxys的使用全球最全面的科學期刊和在線期刊與科學數(shù)據(jù)服務商，主要產(chǎn)品有： Scopus 全球最大的文摘與引文數(shù)據(jù)庫 ScienceDirect 全球最大的外文期刊全文數(shù)據(jù)庫CrossFire：Beilstein全球最全的有機化學數(shù)值和事實庫 Patent Chemistry化學專利數(shù)據(jù)庫 Gmelin當今最全面的無機與金屬有機化學 事實數(shù)據(jù)庫Reaxys Crossfire的升級產(chǎn)品PharmaPendium 綜合性藥物安全性數(shù)據(jù)的關(guān)鍵來源Elsevier（愛思唯爾）CrossFire 1.0Structures&Facts181718811988198919931

2、9962007Gmelin HandbookBeilstein HandbookCrossFire CommanderV3.2plusReactionsCrossFire CommanderV7.1January 1st 2009: Reaxys 1.0Beilstein on STNReaxys的發(fā)展歷程Reaxys的內(nèi)容豐富的內(nèi)容,全面的高質(zhì)量的數(shù)值與事實數(shù)據(jù)庫ReaxysPatentBeilsteinGmelin2800萬反應1800萬物質(zhì)400萬文獻CrossFire Beilstein Database : 世界最全的有機化學數(shù)值和事實庫 時間跨度從1771年至今化學結(jié)構(gòu)相關(guān)的化學、

3、物理等方面的性質(zhì)化學反應相關(guān)的各種數(shù)據(jù)詳細的藥理學，環(huán)境病毒學，生態(tài)學等信息資源Patent Chemistry Database: Beilstein的完美補充涵蓋的國際專利類別IPC（1976年之后） C07 有機化學 A61K 藥物（醫(yī)藥，牙醫(yī)，化妝品制備） A01N 生物殺滅劑（農(nóng)用化學品，消毒劑等） C09B 染料（可能具有藥理學活性）Crossfire簡介Reaxys是什么?Reaxys的優(yōu)點：Reaxys不需要要安裝客戶端軟件,使用方便；Reaxys功能不僅強大,而且使用界面也符合大眾使用習慣,容易上手Reaxys 將Beilstein/Patent/Gmelin三個數(shù)據(jù)庫整合為

4、一個Reaxys 能把檢索結(jié)果按照收率、催化劑等條件進行二次過濾Reaxys 能幫助設計合成路線.操作系統(tǒng)windows操作系統(tǒng)版本W(wǎng)indows 2000Windows XPWindows VistaWindows 7瀏覽器必須允許Java和cookie運行IE 6/ IE 7Firefox 2/ Firefox 3JAVA（安裝JavaSetup6u25.exe）Sun Microsystems Java Version 5.0 or Java Runtime Environment (JRE) Version 1.5.0 結(jié)構(gòu)式畫圖軟件（安裝reaxysplugin.exe）-Marvi

5、n Sketch -Symyx ISIS Draw -Symyx Draw -CrossFire Structure Editor Reaxys對電腦軟硬件要求MarvinSketch為默認結(jié)構(gòu)編輯器在Reaxys中注冊用戶使用注冊的用戶進行登陸進入“My Settings”進入“Modify Application Settings”下載并安裝“Reaxys Structure Editor Plugin” 在電腦中需安裝JAVA程序JavaSetup6u25.exe選擇需要的畫圖軟件，如ISIS Draw或Symyx Draw點擊“Save”進行保存設置在Reaxys中注冊用戶和選擇結(jié)構(gòu)編

6、輯軟件的操作流程Reaxys的檢索界面(2)化學物質(zhì)結(jié)構(gòu)式輸入?yún)^(qū)域Reaxys的檢索界面(3)文獻 一、關(guān)鍵字檢索例1: 檢索CAS號為34014-18-1 的化合物輸入34014-18-134014-18-1檢索結(jié)果顯示檢索結(jié)果顯示檢索結(jié)果顯示例2: 檢索包含特定信息的文獻synthesis of aspirin檢索結(jié)果顯示 二、結(jié)構(gòu)式檢索1、精確結(jié)構(gòu)檢索2、子結(jié)構(gòu)檢索3、化學反應檢索選擇你習慣的結(jié)構(gòu)編輯器（事先已下載安裝reaxysplugin.exe）1、精確結(jié)構(gòu)檢索雙擊此處進入結(jié)構(gòu)編輯器例3: 查看氯苯的性質(zhì)及合成路線點擊返回Structure query options area精確

7、結(jié)構(gòu)式檢索檢索結(jié)果顯示檢索結(jié)果顯示說明：如果嫌ISIS/Draw編輯軟件畫結(jié)構(gòu)太麻煩，也可以通過你順手的軟件畫結(jié)構(gòu)，以Molfile格式文件讀入ISIS/Draw ，如1、通過ChemSketch分子編輯軟件畫結(jié)構(gòu)， 并輸出其Mol文件（如，MDLV2000.mol）2、通過ISIS/Draw分子編輯軟件讀入該Mol文件（MDLV2000.mol）。從而實現(xiàn)所需查詢化合物結(jié)構(gòu)的輸入。2、子結(jié)構(gòu)檢索例4、查詢包含某分子骨架（基本結(jié)構(gòu)）的所有化合物點擊返回例5：Atom list 查詢 F, Cl, Br, I 右鍵點擊點擊返回3、化學反應檢索例6、查詢一條如圖所示的反應右鍵點擊點擊返回例7、半反

8、應查詢方式例8、查詢鄰位C上連接一個芳基和一個鏈狀烷烴的羧基還原為醇羥基的反應直鏈烷烴代表不包括氫的芳環(huán)去掉使用毒性較大溶劑的相關(guān)文獻選擇比較可信的期刊數(shù)量減為43個選擇收率比較高的現(xiàn)在您應該滿意了吧？ 三、 聯(lián)合檢索（關(guān)鍵字與結(jié)構(gòu)式）這里只選擇了編號為1，3兩條記錄作為選擇的記錄 四、化合物名稱檢索（既可以查化合物，也可以查反應）例9、查詢以下化合物的性質(zhì)及其合成路線Name：3-(2-pyridinyl)benzoic acidSmiles：O=C(O)c1cc(ccc1)c2ccccn2輸入 3-(2-pyridinyl)benzoic acid3-(2-pyridinyl)benzoi

9、c acid點擊查看化合物詳細信息點擊查看化合物合成方法合成計劃點擊查看備選合成方法備選合成方法點擊查看備選合成方法備選合成方法例10、查詢以下反應信息Smiles：ClCl.c1ccccc1ClC1C(Cl)C(Cl)C(Cl)C(Cl)C1Cl輸入 ClCl.c1ccccc1ClC1C(Cl)C(Cl)C(Cl)C(Cl)C1ClClCl.c1ccccc1ClC1C(Cl)C(Cl)C(Cl)C(Cl)C1Cl 五、二次篩選的應用第一次檢索結(jié)果較多，想直接篩選出符合自己需要的檢索條目或者有些檢索記錄是不需要的，需要從檢索條目中去除避免檢索時檢索條件太嚴格漏掉有用信息二次篩選功能是快速，高效

10、檢索文獻的利器二次檢索的分類類型，全部在左側(cè)列出展開后的二次檢索欄目，已經(jīng)自動分類還可以通過人工選擇進行過濾通過點擊方框回到之前查詢結(jié)果中，再次進行不同條件篩選以各種Filter條件可以連續(xù)進行二次篩選 六、 合成路線的智能設計例11、設計Gefitinib（吉非替尼，商品名：易瑞沙）合成路線（第一個批準上市治療非小細胞肺癌的EGFR抑制劑）用順手的分子編輯器畫結(jié)構(gòu)產(chǎn)生Smiles編碼 Reaxys檢索結(jié)果的導出與保存要是選擇導出全部數(shù)據(jù)，由于數(shù)據(jù)太多，會慢很多?？梢赃x擇只導出自己需要的數(shù)據(jù)Reaxys檢索結(jié)果導出與保存Reaxys檢索條件本地保存Reaxys檢索結(jié)果在線保存Reaxys檢索結(jié)果在線保存Reaxys檢索結(jié)果在線保存總 結(jié)信息量：Reaxys數(shù)據(jù)庫