分子對(duì)接與全局最優(yōu)化方法

關(guān)于分子對(duì)接與全局最優(yōu)化方法第一頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日分子對(duì)接配體－受體的相互作用結(jié)合自由能的理論計(jì)算優(yōu)化方法第二頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日配體與受體的相互作用生理過(guò)程與其有關(guān)生物大分子與大分子之間小分子與生物大分子之間蛋白質(zhì)的生理和藥物作用體現(xiàn)在蛋白質(zhì)與小分子之間第三頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日結(jié)合自由能的理論計(jì)算靜電相互作用氫鍵相互作用范德華相互作用疏水作用第四頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日結(jié)合自由能的理論計(jì)算幾何形狀互補(bǔ)靜電相互作用互補(bǔ)氫鍵作用互補(bǔ)疏水作用互補(bǔ)第五頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日幾種計(jì)算方法分子動(dòng)力學(xué)自由能微擾方法(FEP)經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法第六頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)第七頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)第八頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日網(wǎng)格能量(GridMap)近似計(jì)算利用計(jì)算好的參數(shù)三線性插值第九頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日現(xiàn)在的問(wèn)題和今后的方向溶劑化效應(yīng)、水分子、柔性問(wèn)題精確的計(jì)算和計(jì)算時(shí)間的問(wèn)題表面計(jì)算數(shù)據(jù)庫(kù)第十頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日Autodock的處理Pdb文件的準(zhǔn)備

小分子的準(zhǔn)備第十一頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日分子處理文件格式：pdb,mol2,mol,pdbq優(yōu)缺點(diǎn)各種軟件的使用

babel，chemoffice，weblabviewer，hyperchem等等第十二頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日babel轉(zhuǎn)換分子類(lèi)型，支持幾十種分子類(lèi)型，dos界面。使用方法：babel–ipdb文件名[-h/-d]-omol2文件名Wendows界面babelwin第十三頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日Chemoffice畫(huà)小分子的三維結(jié)構(gòu)(由分子式轉(zhuǎn)化)計(jì)算其最小能量構(gòu)形用PM3或者AM1計(jì)算原子電荷或者其他參數(shù)第十四頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日處理蛋白質(zhì)程序weblabviewer顯示格式加氫減氫氨基酸顯示去水除去小分子第十五頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日顯示格式第十六頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日加氫減氫利用playscriptSetPropertyAtomelement="Oxygen":select=onSetPropertyAtomelement="Sulfur":select=onSetPropertyAtomelement="Nitrogen":select=onHydrogensAdd第十七頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日多種顯示模式NewHierarchyWindowNewDataWindow第十八頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日去水第十九頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日除去小分子第二十頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日全局優(yōu)化方法SAGA-NGATabu-Search第二十一頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日Tabu-Search第二十二頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日新的發(fā)展ReactiveTabuSearchEnhancedContinuousTabuSearchContinuousReactiveTabuSearch第二十三頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日缺點(diǎn)初始解具有較強(qiáng)的依賴性單-單操作第二十四頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日與NGA的結(jié)合現(xiàn)在的做法：

在NGA計(jì)算到減少Scale的時(shí)候，把最好的值作TabuSearch，TS時(shí)sacle也是逐步減少，到一定步數(shù)時(shí)如果數(shù)值不見(jiàn)好的話，就跳回到最好的地方重新開(kāi)始。缺點(diǎn)第二十五頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日計(jì)算結(jié)果計(jì)算次數(shù)NGANGA-TS計(jì)算結(jié)果所用時(shí)間(s)計(jì)算結(jié)果所用時(shí)間(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963第二十六頁(yè)，共二十九頁(yè)，2022年，8月28日第二十七頁(yè)，共二十九頁(yè)，202