表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析常用軟件介紹

表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析常用軟件介 ： 業(yè)務(wù)咨 差 挑

Go&

2計(jì)畫R3 聚類分差 挑

GO-Pathway分miRNA 預(yù)4PartPart5，性差較的入同類分技術(shù)。（ 間相關(guān)系數(shù)一般在0.以上。）目標(biāo)：就是在相似的基礎(chǔ)上把數(shù)據(jù)分類到不同的簇查看樣品分組情6層次聚類主成分分析 時(shí)間 數(shù)據(jù)預(yù)處 過濾，log數(shù)據(jù)預(yù)處計(jì)算計(jì)算相關(guān)系數(shù)，距聚類聚類運(yùn)查看查看分類效8數(shù)據(jù)載過濾數(shù)

調(diào)整數(shù)

展聚類類9Color

ProbeCluster3.0是否Median圖圖Cluster3.0PartPart T-excel中的公式 SAM ysisofSAM方法以t檢驗(yàn)為基的探針數(shù)目較多，用t檢驗(yàn)容易得到較高的假陽性結(jié)果，SAM方降低了錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率SAM軟件進(jìn)行分析的一個(gè)基本前提就是需要至少3次實(shí)驗(yàn)的重可以用MeV軟件進(jìn)行SAM

SAM分析One

單樣本t檢驗(yàn)

PartPartGeneOntology基于geneontology數(shù)據(jù)GeneOntology可分為分子功能（MF），生物過程（BP）和細(xì)胞成（CC）三個(gè)部通過 找到與之對(duì)應(yīng)的GO號(hào)，而類別或者細(xì)胞定位Pathway基于KEGG數(shù)據(jù)KEGG是一個(gè)整合 組、化學(xué)和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù) 功能注1 1 2Genelist或background，即，所提交的 23344結(jié)果窗P累計(jì)累計(jì)超幾何分布PartPart 互補(bǔ)性：位于miRNA5′端的 ：miRmiR熱動(dòng)力學(xué)因素：miRNA:target對(duì)形成的自由能，自由能越低，其能性越位點(diǎn)的可結(jié)合性：mRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)影響與miRNA的結(jié)合形成雙結(jié)構(gòu)的能UTR堿基分布：miRNA結(jié)合位點(diǎn)在非編響miRNA與 位點(diǎn)的結(jié)合和誘導(dǎo)沉默的效率 綜合目前流行的多款軟件，進(jìn)行預(yù)測(cè)，將多款軟件預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行整合 實(shí)現(xiàn)了該功能導(dǎo)入數(shù)10個(gè)數(shù)據(jù)預(yù) 個(gè) 感謝聆ThanksforyourBest博奧晶典生物技 partpart Genomeandtranscription(tilingarraydata Proteincodingsequence

<2%of~25%ofTranscriptionalactivity ≧60%(20-30X)of ~70 (2-3X)ofThemajorityoftranscriptsarenon-codingThemajordifferencesamongdifferentorganismsare PubMed查詢：longnon-codingRNA，截 累計(jì)5720 明在腫瘤胞中某些定lncR表水的變?yōu)?的志和在藥靶。下所： 疾病類 疾病類 參考文 相關(guān)的 與神經(jīng)系統(tǒng)疾病相關(guān)的

多種癌組織中均發(fā)生上chen調(diào)al.1977a;Iacoangeliet Lukiwetal.1992調(diào)Milaret Wolfet 精 2000,2004;Blackwood Bussemakerset Wwvricket

癌

al.1997;LottinetAskewetRangelet

ZNF127ASPrader-Wili

Polesskayaetal.2003Vincentetal.2002Jongetal.1999非小細(xì)胞肺癌，肝癌等Jietal.2001;Lin

癌A.p.SilvaetPizztietPibouinetYamasakiet癌SrikantanetSutherlandetSparagoet LanzetSparagoetlncRNA與編 的位置關(guān)lncRNA

輸入數(shù)據(jù)：差異表達(dá)的lncRNA和差異表達(dá)的mRNA的表達(dá)譜數(shù)組合并計(jì) 相關(guān)系數(shù)（Pearson主 過篩選準(zhǔn)為：Correlation≥0.99或者Correlation≤-0.99， 并且Pvalue≤0.05） 采用Cytoscape軟件對(duì)顯著相關(guān)的lncRNA和mRNA行畫圖 partpart Part Part

（可選 Part

Part Part

partpart WEGO:awebtoolforplottingGO /cgi- 輸入文件格式①WEGOnative②InterProScantext：如果是用InterProScan做的GO注釋，那么InterProScan的結(jié)果文件直接作為輸入文件partpartaabcdefghki

Avs 并abcabcdeabefghacdkfih 功能：差 adfgadfghiUniGeneabcdefgh--ijklmnUniGeneadfgh--i PartPart常規(guī)差 沒 顯著差異表 同一病理狀態(tài)，不同的 GSEA(GeneSetEnri ysis)是一個(gè)可