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文檔簡介
生物工程反應(yīng)姜梅2010.9聯(lián)系方式:
Meijiang9@84396989(O)緒論本章重點:生物反應(yīng)工程生物工程概念與內(nèi)容;本章難點:生物反應(yīng)過程與生物反應(yīng)工程的區(qū)別。
1.1生物反應(yīng)過程概述
1.1.1生物反應(yīng)過程(bioprocess)
定義:
將生物技術(shù)的實驗室成果經(jīng)工藝及工程開發(fā)而成為可供工業(yè)生產(chǎn)的工藝過程。實質(zhì):利用生物催化劑從事生物技術(shù)產(chǎn)品的生產(chǎn)過程。青霉素的生產(chǎn)。抗生素——青霉素羅伯茨(W.Roberts,1874)首次報道微生物的頡頏(xiehang)現(xiàn)象(antagonism)灰綠青霉生長旺盛的液體會使人工感染細菌困難廷德爾(J.Tyndall,1876)青霉菌與細菌液體培養(yǎng)中有頡頏現(xiàn)象巴斯德和朱伯特(J.F.Joubert,1877)用炭疽芽孢桿菌培養(yǎng)物感染動物巴比斯和科尼爾(V.Babes&A.V.Cornil,1885)細菌之間……青霉素的生產(chǎn)1928.9英國Fleming發(fā)現(xiàn)青霉素1938英國Flory和Chain重復(fù)(實驗室)少量敗血病失敗第二次世界大戰(zhàn)美國D.Elder
液體深層發(fā)酵0.001g/L1945青霉素高產(chǎn)菌株——產(chǎn)黃青霉(Penicillium
chrysogenum)
育種技術(shù)培養(yǎng)基設(shè)計技術(shù)攪拌通氣發(fā)酵罐為反應(yīng)器(六葉平板槳)
氧的傳遞技術(shù)等等化學(xué)家錢恩(E.Chain)獲得精制品,1940在美國產(chǎn)業(yè)化當(dāng)前水平60000~80000U/ml(150m3)空氣凈化工藝流程生物技術(shù)
biotechnology側(cè)重技術(shù)方法
應(yīng)用自然科學(xué)及工程學(xué)的原理,依靠生物催化劑的作用將物料進行加工以提供產(chǎn)品或為社會服務(wù)的技術(shù)。生物科學(xué)
bioscience:側(cè)重機理研究生命現(xiàn)象和生命活動規(guī)律的科學(xué)生物工程bioengineering:側(cè)重工程(一)描述性生物學(xué)1.19世紀(jì)30年代,德國植物學(xué)家施萊登、動物學(xué)家施旺提出細胞學(xué)說。2.1859年,英國生物學(xué)家達爾文出版《物種起源》。(二)實驗生物學(xué)階段:(孟德爾遺傳規(guī)律重新提出—1900年)(三)分子生物學(xué)階段:
1.1944年,美國生物學(xué)家艾弗里首次證明DNA是遺傳物質(zhì)。
2.1953年,美國沃森,英國克里克提出DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型。生物科學(xué)發(fā)展生物工程專業(yè)本科授予工學(xué)學(xué)士學(xué)位,生物科學(xué)和生物技術(shù)專業(yè)本科授予理學(xué)學(xué)士學(xué)位。以清華大學(xué)為例,生物科學(xué)與技術(shù)系是培養(yǎng)在生物科技領(lǐng)域從事科學(xué)研究、教學(xué)和應(yīng)用開發(fā)工作的高水平人才的專門系科。現(xiàn)設(shè)有生物科學(xué)和生物技術(shù)兩個本科專業(yè),為了拓寬人才培養(yǎng)口徑,招生時按生物科學(xué)一個專業(yè)招生。雖然分為兩個專業(yè),但課程安排和教學(xué)內(nèi)容上并沒有什么區(qū)別,只是在寫畢業(yè)論文時各有側(cè)重。生物科學(xué)專業(yè)主要涉及生物化學(xué)、分子生物學(xué)、生物物理學(xué)、結(jié)構(gòu)生物學(xué)和細胞發(fā)育生物學(xué)等學(xué)科領(lǐng)域。生物技術(shù)專業(yè)主要包括生物芯片技術(shù)、微生物發(fā)酵工程、藻類技術(shù)、細胞工程及酶工程和生態(tài)環(huán)境工程。為使學(xué)生適應(yīng)未來生物科技發(fā)展的需要,培養(yǎng)學(xué)生不僅注重生物學(xué)知識的學(xué)習(xí)和實驗技術(shù)的訓(xùn)練,而且重視學(xué)生在數(shù)、理、化、計算機等方面的培養(yǎng)和訓(xùn)練,還需學(xué)習(xí)無機化學(xué)、分析化學(xué)、有機化學(xué)、物理化學(xué)、普通生物學(xué)、生物化學(xué)、細胞生物學(xué)、微生物學(xué)、遺傳學(xué)、分子生物學(xué)、動物生理學(xué)、生物物理學(xué)及電工與電子技術(shù)、計算機軟硬件技術(shù)基礎(chǔ)課程。另有神經(jīng)生物學(xué)、發(fā)育生物學(xué)、免疫學(xué)和生物工程學(xué)等一系列課程可選修。以上海交大為例,生物技術(shù)專業(yè)旨在培養(yǎng)具有扎實的現(xiàn)代生命科學(xué)理論基礎(chǔ)和熟練的操作技能與工程基礎(chǔ)知識、掌握計算機以及外語的高級專業(yè)人才。研究方向為生物大分子的結(jié)構(gòu)與功能、基因分子生物學(xué)、人類與動物分子遺傳學(xué)、微生物代謝與調(diào)控以及植物基因工程等。該專業(yè)主要學(xué)習(xí)與基因工程、蛋白質(zhì)工程等相關(guān)的基礎(chǔ)理論和操作技能。主要課程有:普通生物學(xué)、生物化學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、微生物學(xué)、微生物原理、基因工程原理與方法、細胞工程、生化工程、酶與酶工程、發(fā)酵工程、計算機在生命科學(xué)中的應(yīng)用、生命科學(xué)信息與情報、生命科學(xué)基礎(chǔ)講座等。示意圖
細胞
酶
(游離或固定化)
空氣
能量
提取精制
產(chǎn)品生物催化劑
副產(chǎn)品
滅菌
廢物
原料
基質(zhì)或培養(yǎng)基生
物
反
應(yīng)
器檢
測
控
制
系
統(tǒng)組成
原料的預(yù)處理——選擇、加工(物理或化學(xué))、培養(yǎng)基的配制和滅菌;生物催化劑的制備——菌種的選擇、擴大培養(yǎng)和接種,酶的純化和固定化等;(核心)生物反應(yīng)器及反應(yīng)條件的選擇與監(jiān)控——反應(yīng)器的結(jié)構(gòu)、操作方式、操作條件;反應(yīng)
參數(shù)的檢測與控制;產(chǎn)物的分離純化——去除雜質(zhì),提高濃度。
以生物反應(yīng)器為核心,之前反應(yīng)上游加工;之后反應(yīng)下游加工1.1.2生物反應(yīng)過程的特點
一門綜合學(xué)科——生物學(xué):生物化學(xué)、分子生物學(xué)、微生物學(xué)
化學(xué):無機、有機、分析、物理
工程學(xué):化學(xué)工程、機械工程;采用生物催化劑——酶
Enzyme;采用再生資源為原料——豐富、低廉,危害性??;難控制,質(zhì)量不穩(wěn)定;設(shè)備簡單,能耗低。1.1.3生物反應(yīng)過程的分類
(1)
酶反應(yīng)過程——游離、固定化酶(2)
細胞反應(yīng)過程——微生物和動植物反應(yīng)(3)
廢水的生物處理過程廢水的生物處理過程特點:①是由細菌等菌類、原生動物等各種微生物構(gòu)成的混合培養(yǎng)系統(tǒng);②幾乎全都采用連續(xù)操作;③微生物所處的環(huán)境條件波動大;④反應(yīng)的目的是消除有害物質(zhì)而不是生成代謝產(chǎn)物和微生物細胞本身;⑤不計成本。1.2生物工程
1.2.1生物工程的定義
人們以現(xiàn)代生命科學(xué)為基礎(chǔ),結(jié)合先進的工程技術(shù)手段和其他基礎(chǔ)學(xué)科的科學(xué)原理,按照預(yù)先的設(shè)計改造生物體或加工生物原料,為人類生產(chǎn)出所需產(chǎn)品或達到某種目的。1.2.2.生物工程的分類:
基因工程(Geneengineering)
細胞工程(Cellengineering)酶工程(Enzymeengineering)發(fā)酵工程(Fermentationengineering)蛋白質(zhì)工程(Proteinengineering)細胞工程微生物工程菌發(fā)酵工程產(chǎn)品蛋白質(zhì)或酶蛋白質(zhì)或酶工程基因工程優(yōu)良動、植物品系動、植物個體或細胞基因工程、細胞工程、酶工程、發(fā)酵工程、蛋白質(zhì)工程之間的相互關(guān)系
1.2.3.生物工程涉及的學(xué)科
學(xué)科眾多。分子生物學(xué)、微生物生理學(xué)、生物化學(xué)、免疫生物學(xué)等等。使用現(xiàn)代化器和設(shè)備——技術(shù)手段。
廣闊的應(yīng)用前景;醫(yī)藥林業(yè)環(huán)境保護能源采礦冶金農(nóng)業(yè)材料畜牧業(yè)化工表1-1重要的現(xiàn)代生物技術(shù)儀器和設(shè)備
名稱用途1DNA自動測序儀自動測定核酸的核苷酸2蛋白/多肽自動測序儀測定蛋白質(zhì)、多肽的氨基酸序列3半自動DNA測序儀測定核酸的核苷酸序列4DNA自動合成儀合成已知寡核苷酸序列5蛋白/多肽自動合成儀的蛋白質(zhì)或多肽6生物反應(yīng)器細胞的連續(xù)培養(yǎng)7發(fā)酵罐微生物細胞培養(yǎng)8熱循環(huán)儀(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)儀、PCR儀)DNA快速擴增9序列分析軟件核酸/蛋白質(zhì)序列分析10基因轉(zhuǎn)移設(shè)備將外源DNA引進靶細胞11色譜軟件控制色譜儀、收集和處理數(shù)據(jù)12高效液相色譜儀物質(zhì)的分離和純化及純度鑒定13電泳設(shè)備物質(zhì)的分離和純化及純度鑒定14凝膠電泳系統(tǒng)蛋白質(zhì)和核酸的分離和分析15毛細管電泳儀質(zhì)量控制、組分分析16超速、高速離心機分離生物大分子物質(zhì)17電子顯微鏡觀察細胞及組織的超微結(jié)構(gòu)圖生物技術(shù)樹1.2.4生物工程的研究的內(nèi)容
運用化學(xué)工程的原理與方法將生物技術(shù)的實驗室成果進行工業(yè)開發(fā)的一門學(xué)科。既為生物技術(shù)服務(wù)的化學(xué)工程。
化學(xué)工程的原理與方法——化學(xué)反應(yīng)、原料的處理和產(chǎn)物的分離、能量的傳遞、設(shè)備的設(shè)計與放大、過程的控制和優(yōu)化等一系列工程技術(shù)問題。化學(xué)工程——傳遞工程、分離工程、反應(yīng)工程、化工熱力學(xué)、化工過程系統(tǒng)工程
工程分類——生物(生化)反應(yīng)工程和生物分離工程1.3生物反應(yīng)工程
1.3.1定義:研究生物反應(yīng)動力學(xué),反應(yīng)器的結(jié)構(gòu)、設(shè)計、放大以及反應(yīng)器優(yōu)化的一個重要學(xué)科。實質(zhì):生物反應(yīng)過程中帶有共性的工程技術(shù)問題的學(xué)科。如何從生物現(xiàn)象中抽象出共性的內(nèi)容從宏觀看
以獲得生物量為目的:
生物合成速率≈影響因素(生物體、基質(zhì)、環(huán)境因素、操作條件等)
以獲得目的產(chǎn)物為目的:從微觀看轉(zhuǎn)錄與轉(zhuǎn)譯速率=(基因量、…….等)
調(diào)控速率=(表達速率、酶活力、……等)1.3.2反應(yīng)器——生物反應(yīng)過程的關(guān)鍵設(shè)備。
操作方式 產(chǎn)品的質(zhì)量
操作條件產(chǎn)量
結(jié)構(gòu)能耗
原因——物料的混合與流動傳質(zhì)與傳熱
三傳一反
氧和基質(zhì)的供養(yǎng)和傳遞等等1.3.3內(nèi)容:
以生物反應(yīng)動力學(xué)為基礎(chǔ),通過運用傳遞過程原理、設(shè)備工程學(xué)、過程動態(tài)學(xué)及最優(yōu)化原理等化學(xué)工程學(xué)的方法,進行生物反應(yīng)過程的工程分析與開發(fā),以及生物反應(yīng)器的設(shè)計、放、操作和控制等。1971英國
阿特金遜
B.Atkinson采用生化反應(yīng)工程術(shù)語1974
編寫《生化反應(yīng)器》1979日本
山根恒夫
編《生物反應(yīng)工程》1985德國
許蓋爾特Schugerl
專著《生物反應(yīng)工程》
A.
生物反應(yīng)動力學(xué)
動力學(xué)——研究工業(yè)生產(chǎn)中生物反應(yīng)速率問題;影響生物反應(yīng)速率的各種因素以及如何獲得最優(yōu)的反應(yīng)結(jié)果。
本征動力學(xué)(微觀動力學(xué))
反應(yīng)器動力學(xué)(宏觀動力系學(xué))B.生物反應(yīng)器
傳遞特性——傳質(zhì)、傳熱和動量傳遞設(shè)計與放大——選型、操作方式、計算優(yōu)化與控制——優(yōu)化操作與優(yōu)化設(shè)計、反應(yīng)參數(shù)測定與控制。表生物反應(yīng)過程特征的比較生物反應(yīng)過程生物反應(yīng)特征酶反應(yīng)過程
細胞反應(yīng)過程
微生物反應(yīng)過程
動植物細胞培養(yǎng)過程
單一菌體培養(yǎng)系統(tǒng)
多菌體混合培養(yǎng)系統(tǒng)
反應(yīng)水平分子水平單一群體水平生態(tài)系水平細胞或組織水平反應(yīng)過程的復(fù)雜性簡單一般復(fù)雜很復(fù)雜基質(zhì)的數(shù)量1-2基質(zhì)
幾種基質(zhì)
幾種基質(zhì)幾種基質(zhì)產(chǎn)物的數(shù)量
1-2種
菌體和幾種代謝產(chǎn)物
幾種菌體和二氧化碳,厭氧反應(yīng)過程、甲烷
細胞或組織或幾種產(chǎn)物和二氧化碳
反應(yīng)速率或生長速率
快一般慢很慢1.3.4發(fā)展歷史
a
釀酒、生產(chǎn)醬油和醋——容器
最簡單、最原始的生物反應(yīng)器b.
1857Pasteur酵母發(fā)酵生產(chǎn)酒——控制——發(fā)酵罐c.
第一次世界大戰(zhàn)
深層培養(yǎng)技術(shù)、無菌空氣制備技術(shù)——分批、連續(xù)與流加操作d.
60年代固定化技術(shù)——新概念——生物反應(yīng)器
e.70年代基因工程——特殊生物反應(yīng)器
龍山文化(距今4000-4200年)已有酒具出現(xiàn)。公元前200年,作豆腐、醬油和釀醋。在我國最早的詩集《詩經(jīng)》中就提出過采用厭氧進行亞麻浸漬處理。公元10年有了天花的活疫苗。龍山文化泛指中國黃河中、下游地區(qū)約當(dāng)新石器時代晚期的一類文化遺存。因1928年首先在山東省章丘縣龍山鎮(zhèn)城子崖發(fā)現(xiàn)而命名。
20世紀(jì)中期前后生物化學(xué)工程學(xué)科的形成。20世紀(jì)后期(1970~80年)生物反應(yīng)工程學(xué)科的形成。英國學(xué)者阿特金遜(1971)首次提出生化反應(yīng)工程……。20世紀(jì)90年代基因工程與生物反應(yīng)工程不斷融合、發(fā)展。1.3.5發(fā)展方向
新型生物反應(yīng)器的研究與開發(fā);各種描述生物反應(yīng)過程的數(shù)學(xué)模型的建立;生產(chǎn)過程參數(shù)與控制手段的改進。生物反應(yīng)工程與相關(guān)學(xué)科的關(guān)系1.4生物反應(yīng)工程的研究方法
數(shù)學(xué)模型法——用數(shù)學(xué)語言表達生物法反應(yīng)過程中各個變量之間的關(guān)系。
不能替代實驗研究。方法——機理模型或結(jié)構(gòu)模型既過程機理出發(fā)推倒的。--------可外推使用半經(jīng)驗?zāi)P蚛
經(jīng)驗?zāi)P徒?jīng)驗法參考資料國外1975年日本學(xué)者合葉修一等《生物化學(xué)工程---反應(yīng)動力學(xué)》1979年日本學(xué)者山根恒夫《生物反應(yīng)工程》1985年德國學(xué)者許蓋特(Schugerl)《生物反應(yīng)工程》1993年日本學(xué)者川瀨義矩《生物反應(yīng)工程基礎(chǔ)》1994(02)年丹麥學(xué)者Nielsen等《生物反應(yīng)工程原理》國內(nèi)《生物反應(yīng)工程原理》(1990和2003天津科技大學(xué)賈士儒)《生物工藝學(xué)》(1992華東理工大學(xué)俞俊棠等)《生化工程》(1993江南大學(xué)倫世儀)《生化反應(yīng)動力學(xué)與反應(yīng)器》(1996北京化工大學(xué)戚以政等)《生物反應(yīng)工程》(2004戚以政等)《生物反應(yīng)工程》2005浙江大學(xué)岑沛林等)《生物反應(yīng)工程》(2005清華大學(xué)邢新會譯)作業(yè):
1.什么是生物工程?它包括哪幾部分?
2.
生物工程對人類社會將產(chǎn)生怎樣的影響?
3.
什么是生物反應(yīng)工程?其內(nèi)容包括那些?
4.什么是生物反應(yīng)過程?其內(nèi)容包括那些?
預(yù)習(xí):
1.
概念:解離常數(shù)、平衡常數(shù)、速度常數(shù);
2.酶的生物化學(xué)知識。
第1章均相酶催化動力學(xué)
本章的重點:①米氏方程的兩種假設(shè)、兩種推導(dǎo)方式及其參數(shù)的物理意義;②實驗法求取米氏方程的動力學(xué)參數(shù);③競爭性抑制劑和非競爭抑制劑的動力學(xué)方程的推導(dǎo)及判斷;④根據(jù)實驗數(shù)據(jù),計算出動力學(xué)參數(shù)并判斷動力學(xué)類型。本章的難點:①米氏方程及抑制劑動力學(xué)等有關(guān)的推導(dǎo);②酶失活動力學(xué)的意義及推導(dǎo)。1.1酶催化反應(yīng)的基本特征
1.1.1酶的分類與命名
氧化還原酶類、轉(zhuǎn)移酶類、水解酶類、裂合酶類、異構(gòu)酶類、合成酶類。1.1.
2酶的活力表示方法酶的催化效率與酶的轉(zhuǎn)換數(shù)是同一概念。催化中心活力酶活力——1kat=6×107U或
1μkat=60U1U=1.7×10-8
比活力——每1mg(1mL)蛋白質(zhì)所具有的酶的單位數(shù)。U/mg或
kat/mg1.1.3酶的特性
生物催化劑,具有一般催化劑所特有的特性——不能改變反應(yīng)的平衡點,只能改變反應(yīng)速率,反應(yīng)條件溫和。高效性;專一性;酶的催化作用需要輔因子——非蛋白質(zhì)物質(zhì)共同作用;金屬離子、有機物質(zhì)——輔酶(緊密)、輔基(疏松)
酶是蛋白質(zhì)——失活與變性。酶失活的原因與再生的可能性化學(xué)修飾(微觀變化)、空間障礙、高級結(jié)構(gòu)的變化(宏觀變化)、多肽鏈的斷裂1.1.4酶的穩(wěn)定方法
分類穩(wěn)定化方法穩(wěn)定的理由水溶性酶低溫(冷凍)保存難以被化學(xué)物質(zhì)和蛋白質(zhì)破壞添加鹽類
加入高濃度硫銨等后,酶高級結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性增加添加底物、輔酶等配體
常用
護酶活性中心,有利于酶分子高級結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性
添加多元醇
理由不明化學(xué)修飾,特別是分子架橋
穩(wěn)定酶的高級結(jié)構(gòu)或保護酶的活性中心
添加強變性劑
若能保護好一級結(jié)構(gòu),則可隨時再生
大量添加蛋白質(zhì)
添加清蛋白等用于保護在稀薄狀態(tài)下易發(fā)生變性、失活的酶類添加有機溶劑
如加入丙酮,理由不明結(jié)晶化
有利于高級結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定不溶性酶
固定化
常用能防止蛋白酶間的相互作用,其它理由不明1.2簡單的酶催化反應(yīng)動力學(xué)
1.2.1概念:
反應(yīng)速率:在均相反應(yīng)中,一般以單位時間、單位體積中反應(yīng)組分的改變量。對于恒容反應(yīng),V為常數(shù),故
aA+bB
cC+dD
②平衡常數(shù)K意義:衡量反應(yīng)進行程度大小的一個常數(shù)。K越大。表示反應(yīng)進行程度越大,即反應(yīng)進行的越完全;反之,K越,表示反應(yīng)進行程度越小,即反應(yīng)進行的越不完全。K是溫度的函數(shù)。③解離常數(shù)Ks:
aA+bB
cC+dD
Ks=1/K意義:衡量解離進行程度大小的一個常數(shù)。Ks越大。表示解離進行程度越大,即反應(yīng)進行的越完全;反之,Ks越小,表示反解離進行程度越小,即解離進行的越不完全。Ks是溫度的函數(shù)。④(反應(yīng))速度常數(shù)(比速度):aA+bB+??????lL+Mm+??????[A]=[B]=1mol?L-1時,則r=k。k與溫度、催化劑有關(guān)。物理意義:某在反應(yīng)一定溫度下,反應(yīng)物為單位濃度時的反應(yīng)速度。反應(yīng)快,k數(shù)值大。阿侖尼烏斯公式:
Lnk=(-E/RT)+InA零級反應(yīng)動力學(xué)一級反應(yīng)動力學(xué)
AB二級反應(yīng)動力學(xué)A+BCk1k1連鎖酶反應(yīng)ABC
k1k2如果A的初始濃度為a0,B和C的初始濃度為0,并且a+b+c=a0,則求得:[例]卵狀假單胞菌(Pseudomonaso
valis)在分批反應(yīng)中先把葡萄糖轉(zhuǎn)變?yōu)槠咸烟莾?nèi)酯,再轉(zhuǎn)化為葡萄糖酸。此反應(yīng)為一級反應(yīng),反應(yīng)如下
GLP
求中間產(chǎn)物(葡萄糖內(nèi)酯)濃度達到最大時所需要的時間tmax及其最大濃度值[L]max。已知反應(yīng)常數(shù)k和k分別為0.87h-1和0.7h-1。G0(初始葡萄糖濃度)=0.38mg/mL。解:GLPt=0[G0]00t=0[G][L][P]k1k2k1k2當(dāng)葡萄糖內(nèi)酯達到最大值時,有所以即在1.28h時,葡萄糖內(nèi)酯達到最大值15.5g/L1.2.2簡單的酶催化反應(yīng)特點:
①簡單的酶催化反應(yīng)動力學(xué)——一種反應(yīng)物(底物)參與的不可逆反應(yīng)。酶反應(yīng)動力學(xué)基礎(chǔ)。
酶催化的水解反應(yīng)、異構(gòu)化反應(yīng)和大部分裂解反應(yīng)②對單一底物參與的簡單酶催化反應(yīng):
SP反應(yīng)機理可表示為:
S+EESE+P根據(jù)質(zhì)量作用定律,P的生成速率可表示為
rp=k+2[ES]=k+2XEk+2k+1k-11.2.3米氏方程
假設(shè)
在反應(yīng)過程中,酶的濃度保持恒定,即e0=efree+X與底物濃度[S]相比,酶的濃度是很小的。故可以忽略有于生成中間復(fù)合物ES而消耗的底物;產(chǎn)物的濃度是很低的,因而產(chǎn)物的抑制作可以忽略,同時也不考慮P+EES這個逆反應(yīng)的存在。(反應(yīng)的初始狀態(tài))
V.Henri于1902年根據(jù)轉(zhuǎn)化酶(invertase),苦杏仁酶(emulsin)及淀粉酶(amylase)的實驗結(jié)果提出了反應(yīng)速率方程①M——M方程
快速平衡學(xué)說(rapidequilibrium)原理:k+1>>
k-2
,k-1>>
k-2
即ESE+P反應(yīng)慢,k+2較小,決定整個酶催化反應(yīng)的速度。推導(dǎo):
eo=e+Xk+1e[S]=k-1X
rp=k+2X動力學(xué)參數(shù):KS為rP=1/2rP,max時的底物濃度,表示酶與底物相互作用的特性;rP,max表示當(dāng)全部的酶分子都變成[ES]的反應(yīng)速度;k+2表示單位時間內(nèi)一個酶分子所催化底物發(fā)生反應(yīng)的分子,即表示酶催化能力大小——轉(zhuǎn)換系數(shù)。(kcat)②B-H方程擬穩(wěn)態(tài)學(xué)說原理:中間復(fù)合物濃度維持不變,即生成產(chǎn)物速度與分解產(chǎn)物速度相等。推倒:動力學(xué)參數(shù):同M——M③兩種方程(學(xué)說)比較項目M—M方程B—H方程假設(shè)酶和底物生成不穩(wěn)定復(fù)合物[ES],酶催化反應(yīng)是經(jīng)中間復(fù)合物完成的。即[ES]在反應(yīng)開始后與E及S迅速達到動態(tài)平衡k+1>>k-2,k-1>>k-2ES]的生成速率與其解離速率相等,其濃度不隨時間變化。底物濃度遠遠高于酶的濃度。[S]>>e0酶量守恒
e0=efree+X產(chǎn)物生成動力學(xué)動力學(xué)方程Ks與Kmk-1④擴展方程若米氏方程中e數(shù)值大(結(jié)果見書[例3-5])存在多個中間復(fù)合物是,催化活性中心速率常數(shù)S1+ES1EK1有輔因子反應(yīng)S2+ES2EK2S1E+S2S1S2EK12S2E+S1S1S2EK21S1S2EE+Pk雙底物反應(yīng)E+CECKCEC+CECSKSECSE+C+Pk[例1]假設(shè)單底物S生成產(chǎn)物P的酶促反應(yīng)機理下式,試建立可逆反應(yīng)動力學(xué)方程。E,[S],X和[P]分別與下式對應(yīng)的濃度。
E+S[ES]E+P
e[S]Xe[P]解:M-M:
rP=k+2X-k-2e[P]e=e+Xk+1[S]e=k-1Xk+2X=k-1e[P]
k+1k+1k--1k--2k+21.2.4動力學(xué)特征與參數(shù)求解動力學(xué)特征A.[S]<<Km([S]<0.01Km
),r為直線,B.[S]>>Km
([S]>100Km
),r為直線C.0.01Km
<[S]<100Km,r為曲線參數(shù)求解參數(shù)求解(a)Linewear-Bunk(b)Hane-Woolf
(c)Eadie-Hofstee(d)積分法參數(shù)求解L-B法,雙倒數(shù)法(常用)特點:濃度小時,誤差大;方便,快速。
H-W法特點:橫坐標(biāo)均勻,易作圖,誤差小,便于分析E-H法(誤差?。┨攸c:易作圖,誤差小,但不易測量積分法特點:誤差小,不經(jīng)變量計算,工程上常用例2有一均相酶催化反應(yīng),Km值為2×10-3mol/L,當(dāng)?shù)孜锏某跏紳舛萚S]0為1×10-5mol/L,若反應(yīng)進行1min,則有2%的底物轉(zhuǎn)化為產(chǎn)物。試求:(1)當(dāng)反應(yīng)進行3min,底物轉(zhuǎn)化為產(chǎn)物的百分?jǐn)?shù)是多少?此時底物和產(chǎn)物的濃度分別是多少?(2)當(dāng)[So]為1×10-6mol/L,也反應(yīng)了3min,底物轉(zhuǎn)化為產(chǎn)物的百分?jǐn)?shù)是多少?(3)最大反應(yīng)速率rmax值為多少?解(1)根據(jù)題意:[S]0<<0.01Km
ln([S]0/[S])=(rmax/Km)t=Ktt=1min,Xs=0.02[S]=[S]0(1-XS)=0.98×10-5mol/L,K=0.0202min-1(2)[So]為1×10-6mol/L時,仍是一級反應(yīng),
t=3min,求得χ=6%[S]=0.94×10-5mol/L,[P]=6×10-6mol/L(3)K=rmax/Km=0.202min-1
rmax=4.04×10-5mol/(L?min)[例3]常溫下利用蔗糖酶水解蔗糖,蔗糖的初試濃度[S]0=1.0mmol/L,酶的初試濃度e0=0.001mmol/L
在實驗室反應(yīng)器內(nèi)進行分批操作,測得如下表中數(shù)據(jù)。試確定可否用米氏方程來描述反應(yīng)速率,若可以,求Km和k+2。t/h1234567891011[S]/(mmol/L)0.840.680.530.380.270.160.090.040.0180.0060.005ln([S0]-[S])[S0]-[S]1.0901.2051.3511.5611.7942.1822.6263.3534.0915.1476.006
t[S0]-[S]6.2506.2506.3836.4526.8497.1437.6928.3339.16510.0611.028解:米氏方程轉(zhuǎn)換為Rmax/Km=1截距=-5.0846-1/Km=-5.0846Km=0.197mmol/Lk2=19.7/h1.3有抑制劑的酶催化動力學(xué)不可逆抑制劑——失活可逆抑制劑——競爭、非競爭、反競爭、混合(用透析等物理方法除去抑制劑)定義:凡能減慢或停止酶促反應(yīng)的化合物稱抑制劑。作用機制:抑制劑的主要作用是直接或間接地影響酶活性中心,改變活性中心的三維構(gòu)象,占據(jù)酶活性中心,從而使酶與底物的結(jié)合機率下降。1.3.1競爭性抑制的酶催化動力學(xué)概念:競爭性抑制劑和底物結(jié)構(gòu)相似,能和底物分子競爭與酶的活性中心相結(jié)合,酶與抑制劑結(jié)合后,不能再與底物結(jié)合。
琥珀酸脫氫酶受丙二酸及草酰乙酸抑制。此二者競爭酶與底物的結(jié)合部位,但不能被酶催化脫氫,故一旦結(jié)合在活性中心部位,就抑制了酶與底物的結(jié)合
.機理
E+SESE+P
E+IEI推導(dǎo):M-M:
rP=k+2X-e=e+X+[EI]k+1[S]e=k-1Xk-3[EI]=k+3
e[I]k+2k+3k-3k+1k-1方程圖形討論
A.Km[I]KmI
B.處理方法[S]>>
[I]可解除抑制[S]/r[S]無竟-kIm-km1.3.2非競爭性抑制的酶催化動力學(xué)
概念:機理推導(dǎo)方程圖形討論
[S]不能解除抑制
無有1/[S]1/rs核苷對霉菌酸性磷酸酯酶1.3.3反競爭性抑制的酶催化動力學(xué)
概念:機理E+S[ES]E+P[ES]+I[SEI]推導(dǎo)方程圖形討論
無反
肼對芳香基硫酸酯酶1/[S]1/r競爭性和非競爭性抑制示意圖1.3.4線性競爭性抑制的酶催化動力學(xué)
概念:機理E+SESE+PE+IEI
EI+SSEIES+ISEI推導(dǎo)方程圖形討論
A.KIS=KSI時,rSI為非競爭性抑制動力學(xué);
B.KSI∞,
rSI為競爭性抑制動力學(xué);
C.KSI∞,
rSI為反競爭性抑制動力學(xué);
D.KIS=≠KSI,且為常數(shù),rSI為混合競爭性抑制動力學(xué)
k+2KsαKsαKIKI1.3.5底物抑制的酶催化動力學(xué)
概念:機理E+S[ES]E+P[ES]+S[SES]推導(dǎo)方程圖形討論
1.3.6小結(jié)抑制形式最大速率米氏常數(shù)抑制百分?jǐn)?shù)競爭性抑制rmax
Km(1+)非競爭性抑制rmax/(1+)Km反競爭性抑制rmax/(1+)Km/(1+)幾種抑制動力學(xué)的比較抑制百分?jǐn)?shù),表示抑制劑對酶催化反應(yīng)抑制的程度[例]在含有相同酶濃度的五個反應(yīng)物系中,分別加入不同濃度的底物,并測定其初始速率,然后再在五個反應(yīng)物系中分別加入濃度為1×10-6mol/L的抑制劑,并測定其初始的反應(yīng)速率,其數(shù)據(jù)如下表.試根據(jù)上述數(shù)據(jù)決定其抑制類型及動力學(xué)參數(shù)。底物初始濃度[S]0mmol/L
無抑制時速率rsommol/(L·min)有抑制時速率rSImmol/(L·min)0.1028180.1536240.2043300.5063510.707463解:由題意作L-B圖,有圖可知-1/Km=-4.16-1/KmI=-0.27,
-1/rmax=1×10-2
rmax=100Km=0.24KmI=0.44102KI=0.27-4.16-0.271.4復(fù)雜酶催化動力學(xué)A+B+C+???P+Q+R+???
隨機機制順序機制雙底物機制
有序機制乒乓機制
T-C機制1.4.1隨機機制1.4.2有序機制①順序機制②T-C機制③乒乓機制多底物反應(yīng)可看成是一組反應(yīng)。類似這樣反應(yīng)多糖和蛋白質(zhì)等高分子化合物的酶的水解反應(yīng)是類似這樣反應(yīng)。最初底物具有一定的聚合度分布,底物種類很多;一般高分子底物的聚合度越大,酶促的反應(yīng)速率越大。1.5影響酶催化速率的因素內(nèi)部酶的結(jié)構(gòu)特性、底物的結(jié)構(gòu)特性外部濃度因素:[E]、[S]、[P]、[I]、[A]等操作因素:T、P、pH、離子強度1.1.5pH對影響酶催化速率的因素pH對酶的影響的兩個方面′pH對酶穩(wěn)定性影響(臺形)pH對酶活性影響(鐘形)產(chǎn)生的原因:
pH改變酶的活性中心,即改變其解離狀態(tài),從而反應(yīng)速率。1.5.1pH值的影響
Michaelis假設(shè)①假定酶分子有兩個可解離的基團,隨著pH值的變化,分別呈現(xiàn)出EH2、EH-及E2-三種狀態(tài)模型,既EH2
EH-E2-酸性條件下,酶呈現(xiàn)EH2狀態(tài);當(dāng)pH增加,酶以EH-狀態(tài)存在;當(dāng)pH繼續(xù)增加,酶以E2-狀態(tài)在。②
上述三種解離狀態(tài)中,只有EH-型具有催化活性。③底物的解離狀態(tài)不變。④速率控制步驟為由EHS-生成產(chǎn)物的速率。
-H++H++H+-H+pH反應(yīng)機制S推導(dǎo):
-rs=rp=k+2[EHS-]E0=[EH2]-+[EH-]+[E2-]+[EH2S]+[EHS-]+[ES2-]方程討論:
1.5.2溫度的影響影響:
A.在較低溫度的范圍內(nèi),θ、r總
B.在較高溫度的范圍內(nèi),θ、r總動力學(xué)模型Arrhenius公式:溫度與反應(yīng)速率的關(guān)系Eryring過渡理論:實驗建立模型(a)1.6酶的失活動力學(xué)影響酶活力因素:高溫、pH、有機溶劑等;失活模型:雙狀態(tài)模型多狀態(tài)模型機理
kdND
krDNDN1.6.1失活速率的實驗測定失活曲線:在一定條件下,使酶溶液恒溫保持一定時間,間隔時間定時取樣,在酶的最適pH、溫度條件下測定其活力,以殘存酶活力與失活處理時間作圖,即得失活曲線。分析:
A.均勻時間間隔取樣
B.測定時間一致
C.注意有無底物
D.在最適pH、溫度1.6.2酶的熱穩(wěn)定動力學(xué)熱穩(wěn)定曲線:在一定條件下,使酶溶液不同的恒溫中保持一定時間,在酶的最適pH、溫度條件下測定其活力,以殘存酶活力與失活處理溫度作圖,即得該活曲線。表示酶的熱穩(wěn)定性雙模型機理kr推導(dǎo):
e0=et-[D]
利用初始條件t=0,et=e0,解方程方程:
(可逆)①(不可逆)②討論大多數(shù)熱失活模型服從②大多數(shù)pH失活模型服從①半衰期t1/2=ln2/kd;表示酶活力衰減的程度,是酶的穩(wěn)定性參數(shù);若考慮溫度與時間的關(guān)系,則1.6.3反應(yīng)時酶的熱失活動力學(xué)
——操作穩(wěn)定性
操作穩(wěn)定性
:
酶在反應(yīng)中的穩(wěn)定性;機理:
E+S[ES]E+P
DD+S方程:
δkdk+1k-1k+2kdet=ef
+X分析
A.δ=1時,底物對酶失活沒影響。B.δ=0時,酶完全被底物所保護,復(fù)合物[ES]完全不失活,此時只有游離酶失活。C.0<δ<1時,底物對酶有部分保護作用,能在一定程度上抑制酶的失活。D.δ>1時,底物加速酶的失活。E.若只有游離酶失活時,其分批反應(yīng)的動力學(xué)方程F.如果還要考慮到在反應(yīng)時溫度對酶失活的影響。顯然其速率方程更加復(fù)雜。這里只討論零級不可逆酶催化反應(yīng)的情況。對零級不可逆反應(yīng),[S]值趨于無窮大,因此有
對該式積分,得到當(dāng)[s]足夠大時,上式可簡化為
進行積分得到
復(fù)習(xí)題:復(fù)雜酶催化動力學(xué)模型有哪幾類型?Michaelis假設(shè)怎樣描述pH對酶催化反應(yīng)速率的影響?酶失活速率測定的方法?產(chǎn)物很高時,反應(yīng)機制為
E+S[ES]E+PE+P[EP]試推導(dǎo)其反應(yīng)速率方程。k-3k+3k-1k+1k+2第2章
固定化酶催化反應(yīng)過程動力學(xué)
本章重點:①影響固定化酶性質(zhì)動力學(xué)因素;
②Da準(zhǔn)數(shù)與φ準(zhǔn)數(shù)的意義;本章難點:①內(nèi)擴散動力學(xué)模型建立原理;②外擴散動力學(xué)模型建立原理
酶與細胞的應(yīng)用:
①
cheese生產(chǎn):牛奶+凝乳蛋白酶;②
淀粉糖生產(chǎn):大米(玉米)+α-淀粉酶+β-淀粉酶+異淀粉酶;③
原料處理:酒精、甘油、乳糖、氨基酸;④
生絲脫膠:絲蛋白(絲膠包裹著)——胰蛋白酶、木瓜蛋白酶處理脫膠;⑤
醫(yī)藥生產(chǎn):L-氨基酸⑥
有機酸生產(chǎn):L-蘋果酸
固定化黃色短桿菌⑦
如用固定化氨基酸?;干a(chǎn)L—氨基酸;⑧
固定化青霉素酰胺酶水解青霉素G生產(chǎn)6—氨基青霉烷酸;⑨
固定化葡萄糖異構(gòu)酶生產(chǎn)高果糖漿;⑩
固定化糖化酶生產(chǎn)葡萄糖固定化酶定義定義:固定化酶亦稱固相酶或水不溶酶。它是通過物理或化學(xué)的方法使溶液酶轉(zhuǎn)變?yōu)樵谝欢ǖ目臻g內(nèi)其運動受到完全約束、或受到局部約束的一種不溶于水,但仍具活性的酶。它能以固相狀態(tài)作用于底物進行催化反應(yīng)。優(yōu)點:不僅固定化酶可以反復(fù)使用,而且產(chǎn)物不受污染容易精制;固定化后的酶大多數(shù)情況下其穩(wěn)定性增加,僅有少數(shù)的穩(wěn)定性下降;固定化酶有一定的形狀和一定的機械強度,可以裝填在反應(yīng)器中長期使用,便于實現(xiàn)生產(chǎn)連續(xù)化和自動化。固定化酶方法:
載體結(jié)合法、交聯(lián)法、包埋法
1.載體結(jié)合法:將酶結(jié)合于水不溶性載體的一種固定化方法。根據(jù)結(jié)合的形式不同,又可分為物理吸附法、離子結(jié)合法和共價結(jié)合法等。A.物理吸附法:指酶被物理吸附于不溶性載體的一種固定化方法。載體有活性炭、多孔玻璃、氧化鋁、硅膠、淀粉、合成樹脂等。
特點:酶活性中心不易被破壞,酶結(jié)構(gòu)變化少的優(yōu)點,但它有酶與載體相互作用力弱,酶易脫落的缺點。
1.載體結(jié)合法:B.離子結(jié)合法:酶通過離子鍵結(jié)合于具有離子交換基的水不溶性載體的固定化方法。此法的載體有多糖類離子交換劑和合成高分子離子交換樹脂。例如DEAE—纖維素、GM—纖維素等特點:操作簡單,條件溫和,酶的高級結(jié)構(gòu)和活性中心的氨基酸殘基不易被破壞,能得到酶活回收率較高的固定化酶。但是載體與酶的結(jié)合力較弱,容易受緩沖液種類或pH的影響,在離子強度高的條件下反應(yīng)時,酶易從載體上脫落。1.載體結(jié)合法:C共價結(jié)合法:酶以共價結(jié)合于載體的固定化方法,它是載體結(jié)合法中應(yīng)用最多的一種。此法或是將載體有關(guān)基團活化,然后與酶有關(guān)基團發(fā)生偶聯(lián)反應(yīng);或是在載體上接一個雙功能試劑,然后將酶偶聯(lián)上去??膳c載體結(jié)合的酶的功能團有氨基、羧基、羥基、酚基等。特點:共價結(jié)合法反應(yīng)條件比較苛刻,操作復(fù)雜,并且易引起酶高級結(jié)構(gòu)產(chǎn)生變化,破壞了部分活性中心,酶活回收率一般為30%左右。代表性的方法有重氮法、溴化氰法等。2.交聯(lián)法雙功能或多功能試劑使酶與酶之間交聯(lián)的固定化方法。此法與共價結(jié)合法一樣也是利用共價鍵固定酶的,不同的是它不使用載體。做為交聯(lián)劑的有形成希夫堿的戊二醛、形成肽鍵的異氰酸酯、發(fā)生重氮偶合反應(yīng)的雙重氮聯(lián)苯胺等。特點:應(yīng)用條件較激烈、酶活回收率低。3.包埋法
分網(wǎng)格型和微囊型網(wǎng)格型:埋在高分子凝膠細微網(wǎng)格中的方法。微囊型:包埋在高分子半透膜中的方法。特點:包埋法一般很少改變酶的高級結(jié)構(gòu),酶活回收率較高,因此可用于許多酶的固定化,但必須巧妙地設(shè)計反應(yīng)條件。適合范圍:小分子底物和產(chǎn)物的酶,因為只有小分子才可以通過高分子凝膠的網(wǎng)格進行擴散。
固定化酶的模式(5)疏水作用;(6)脂質(zhì)體包埋;(7)微膠囊2.1固定化酶催化的動力學(xué)特征
酶固定化后性質(zhì)的變化評價固定化酶指標(biāo):酶活力表現(xiàn)率和酶活力收率影響固定化酶動力學(xué)的因素固定化酶反應(yīng)動力學(xué)2.1固定化酶催化的動力學(xué)特征
酶固定化后性質(zhì)的變化:①
底物專一性的改變:②
pH的改變③
穩(wěn)定性——熱的穩(wěn)定性、貯藏穩(wěn)定性、操作穩(wěn)定性④
動力學(xué)的改變。原因:①酶自身的變化——主要由于活性中心氨基酸殘基、空間結(jié)構(gòu)和電荷狀態(tài)變化;②載體的物理和化學(xué)性質(zhì)的變化。大多數(shù)酶在固定化后,其Km值增加,表示
催化反應(yīng)活性將下降。也有少數(shù)酶固定化后活性無變化,甚至有所增大。評價這種活性變化可用下述兩種指標(biāo)來衡量:酶活力表現(xiàn)率和酶活力收率。酶活力表現(xiàn)率(相對活力):實際測定的固定化酶的總活力與被固定化了的酶在溶液狀態(tài)時的總活力之比。酶活力收率(活力回收):實際測定的固定化酶的總活力與固定化時所用的全部游離酶的活力之比。上述兩種指標(biāo)之差別在于是否考慮了所剩余的未被固定化的酶。
影響固定化酶動力學(xué)的因素分子構(gòu)象的改變位阻效應(yīng)微擾效應(yīng)分配效應(yīng)擴散效應(yīng)固定化酶反應(yīng)歷程①底物從液相主體傳向固定化酶周圍的滯流液層(外表面);②底物擴散通過這一滯流液層到載體外表面;③進行酶促反應(yīng);④底物由載體外表面向載體內(nèi)擴散;⑤產(chǎn)物由內(nèi)部擴散到載體外表面;⑥產(chǎn)物由載體外表面到滯流液層;⑦產(chǎn)物由滯流液層傳遞到主體溶液當(dāng)酶固定化于載體的外表面時,沒有④和⑤兩個階段。①和②、⑥和⑦是屬于外擴散過程,④、⑤則為內(nèi)擴散過程??梢钥闯?,固定化酶的催化反應(yīng)受到了物質(zhì)傳遞和酶促反應(yīng)兩個方面的影響。固定化酶反應(yīng)歷程影響固定化酶動力學(xué)的因素
(1)分子構(gòu)象的改變:指固定化過程中酶和載體的相互作用引起酶的活性中心或調(diào)節(jié)中心的構(gòu)象發(fā)生了變化,導(dǎo)致酶與底物的結(jié)合活力下降的一種效應(yīng)。特點:難以定量描述與預(yù)測。多出現(xiàn)于吸附法和共價偶聯(lián)法的固定化酶中。(2)位阻效應(yīng):載體的遮蔽作用(如載體的空隙太小,或者固定化位置或方法不當(dāng),給酶的活性中心或調(diào)節(jié)中心造成空間障礙,使底物和效應(yīng)物無法與酶接觸等)引起的。特點:選擇適宜的載體與固定化方法,可消除這種不利因素的影響,但這種效應(yīng)難以定量描述與預(yù)測。(3)微擾效應(yīng)由于載體的親水性、疏水性及介質(zhì)的介電常數(shù)等,使緊鄰固定化酶的環(huán)境區(qū)域(微環(huán)境)發(fā)生變化,改變了酶的催化能力及酶對效應(yīng)物做出調(diào)節(jié)反應(yīng)的能力。特點:這種效應(yīng)難以定量描述和預(yù)見,但可以通過改變載體與介質(zhì)的性質(zhì)而做出判斷與調(diào)節(jié)??臻g效應(yīng)模擬圖(4)分配效應(yīng)
分配效應(yīng)是由于固定化載體與底物或效應(yīng)物之間的疏水性,親水性及靜電作用所引起微環(huán)境(固定化酶緊鄰的微觀局部環(huán)境)和宏觀環(huán)境之間物質(zhì)的不等分配,改變了酶反應(yīng)系統(tǒng)的組成平衡,從而影響酶反應(yīng)速率的一種效應(yīng)。
(4)分配效應(yīng)分配效應(yīng)可以通過分配系數(shù)Kp來定量描述。Kp的定義是載體內(nèi)外底物(或其他物質(zhì))濃度之比。測定Kp方法:在已知濃度和體積的底物溶液中,放人不含底物的一定體積的載體,并保持適宜條件,當(dāng)達到平衡時,測定載體外溶液中的底物濃度。(5)擴散限制指底物、產(chǎn)物及其他效應(yīng)物的遷移和傳遞速度所受到的一種限制。
物質(zhì)的傳遞過程包括分子擴散和對流擴散。這種擴散過程的速率在某些情況下可能會對反應(yīng)速率產(chǎn)生限制作用。
擴散限制效應(yīng)可分為外擴散限制效應(yīng)和內(nèi)擴散限制效應(yīng)。
分配效應(yīng)與擴散效應(yīng)分配效應(yīng)擴散效應(yīng)分配和擴散效應(yīng)同時作用固定化酶剖面圖及濃度分布圖固定化酶反應(yīng)動力學(xué)本征動力學(xué)
指酶的真實動力學(xué)行為,包括溶液酶和固定化酶在內(nèi)。對后者,它僅將空間效應(yīng)的影響考慮在內(nèi)。從這個意義上講,固定化酶的本征動力學(xué)與溶液酶的本征動力學(xué)是有差別的。固有動力學(xué)
在本征動力學(xué)的基礎(chǔ)上,僅僅考慮由于這種分配效應(yīng)而造成的濃度差異對動力學(xué)產(chǎn)生的影響,所建立的動力學(xué)稱為固有動力學(xué)
表觀動力學(xué)表觀動力學(xué)不論分配效應(yīng)是否存在,固定化酶受到擴散限制時
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